单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14341	2024-08-07	Kidney double positive T cells have distinct characteristics in normal and diseased kidneys 2024-02-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54956-3 PMID:38396136	研究论文	研究了在正常和疾病状态下小鼠和人肾脏中双阳性T细胞（DPT细胞）的特征和功能	首次详细研究了在正常和疾病状态下小鼠和人肾脏中双阳性T细胞的存在和功能	研究主要集中在小鼠模型和人类肾细胞癌样本，可能需要进一步研究以涵盖更广泛的肾脏疾病	探讨双阳性T细胞在肾脏中的存在、功能及其在肾脏损伤后的变化	小鼠肾脏中的双阳性T细胞，以及人类肾细胞癌患者的肾脏样本	NA	肾细胞癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠肾脏样本和人类肾细胞癌患者的肾脏样本
14342	2024-08-04	Identifying PLAUR as a Pivotal Gene of Tumor Microenvironment and Regulating Mesenchymal Phenotype of Glioblastoma 2024-Feb-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16040840 PMID:38398231	研究论文	本研究确定了PLAUR作为胶质母细胞瘤肿瘤微环境的关键基因，并调控其间质表型	识别PLAUR作为胶质母细胞瘤间质表型的中心基因，揭示其在肿瘤相关巨噬细胞和胶质瘤细胞之间的配体-受体相互作用	尚未详细探讨PLAUR在不同肿瘤微环境条件下的具体作用机制	识别能够通过肿瘤内在和外在机制调节胶质母细胞瘤间质表型的基因	胶质母细胞瘤及其相关的微环境组成部分	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序，功能富集分析，WGCNA	BALB/c裸鼠异种移植模型	基因表达数据	涉及细胞系、原代胶质瘤细胞及BALB/c裸鼠的实验
14343	2024-08-04	Harnessing the Transcriptional Signatures of CAR-T-Cells and Leukemia/Lymphoma Using Single-Cell Sequencing Technologies 2024-Feb-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25042416 PMID:38397092	综述	本文探讨了利用单细胞测序技术分析CAR-T细胞和白血病/淋巴瘤的转录特征	采用现代单细胞测序技术，深入剖析白血病细胞与CAR-T细胞的转录复杂性	未提及文章的具体限制	讨论导致CAR-T免疫治疗临床失败的潜在机制	探讨CAR-T细胞的生物特征和影响临床反应的机制	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
14344	2024-08-04	Peripheral Lymphocytes in Primary Liver Cancers: Elevated NK and CD8+ T Cells and Dysregulated Selenium Metabolism 2024-Feb-14, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14020222 PMID:38397459	研究论文	该研究探讨了原发性肝癌对外周血淋巴细胞的影响，特别关注NK细胞和CD8+ T细胞的变化以及硒代谢的失调	首次揭示了原发性肝癌对外周血淋巴细胞数量和硒蛋白代谢的显著影响	该研究的样本可能有限，且主要数据来自特定数据库，可能存在选择偏倚	研究原发性肝癌对外周血淋巴细胞的影响	研究对象包括肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）患者的外周血淋巴细胞	数字病理学	肝癌	单细胞测序技术	Cox回归模型	细胞型数据，转录组数据，蛋白质组数据	研究涉及的样本数量不明确，主要来源于GEO数据库和肿瘤切除患者的外周血样本
14345	2024-08-04	Microarray Gene Expression Analysis of Lesional Skin in Canine Pemphigus Foliaceus 2024-Feb-14, Veterinary sciences IF:2.0Q2 DOI:10.3390/vetsci11020089 PMID:38393106	研究论文	本研究旨在表征犬类脓疱性皮肤病患者皮肤损伤中的分子机制和生物通路变化	本研究发现犬类脓疱性皮肤病损伤与人类脓疱性皮肤损伤的免疫特征相似，提供了新的分子机制见解	研究样本量相对较小，仅包括7例病变皮肤和5例健康皮肤	阐明犬类脓疱性皮肤病的发病机制及其生物通路变化	犬类脓疱性皮肤病患者的损伤皮肤与健康皮肤样本	数字病理学	自体免疫性疾病	RNA微阵列	NA	基因表达数据	7例犬类脓疱性皮肤病患者和5例健康犬样本
14346	2024-08-07	scMGCN: A Multi-View Graph Convolutional Network for Cell Type Identification in scRNA-seq Data 2024-Feb-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25042234 PMID:38396909	研究论文	本文介绍了一种名为scMGCN的多视角图卷积网络模型，用于从scRNA-seq数据中识别细胞类型	引入了多视角学习和多图构建方法来捕捉scRNA-seq数据中的全面细胞信息，并结合图卷积网络与注意力机制提取细胞间的高阶共享信息	NA	开发一种稳定且可解释的方法来从大规模scRNA-seq数据中识别细胞类型	scRNA-seq数据中的细胞类型	机器学习	NA	图卷积网络	多视角图卷积网络模型	scRNA-seq数据	多种数据集，包括单数据集、跨物种和跨平台实验
14347	2024-08-07	Comparison of Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts as Donor Nuclei for Handmade Cloning in Sheep Using a Single-Cell Transcriptome 2024-Feb-10, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14040589 PMID:38396557	研究论文	本文比较了脐带间充质干细胞和成纤维细胞作为供体核在手工克隆绵羊中的应用，使用单细胞转录组学方法分析了八细胞胚胎的转录组特征。	首次探索了脐带间充质干细胞作为供体核在核转移技术中的应用，并提供了细胞重编程机制的新见解。	文章未明确提及研究的局限性。	研究旨在提高核转移技术的效率，并探索脐带间充质干细胞作为供体核的优势。	研究对象包括脐带间充质干细胞、成纤维细胞和八细胞胚胎。	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	研究涉及脐带间充质干细胞和成纤维细胞作为供体核的八细胞胚胎。
14348	2024-08-07	Correlation of Myeloid-Derived Suppressor Cell Expansion with Upregulated Transposable Elements in Severe COVID-19 Unveiled in Single-Cell RNA Sequencing Reanalysis 2024-Jan-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12020315 PMID:38397917	研究论文	本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据，探讨了可转座元件（TEs）在严重COVID-19患者中的表达与髓源抑制细胞（MDSCs）扩增之间的关联。	首次在单细胞水平上研究了可转座元件表达与COVID-19免疫反应中细胞功能的可能关联。	研究样本量较小，仅包括六名严重COVID-19患者和三名健康捐赠者的支气管肺泡灌洗样本。	评估可转座元件表达与严重COVID-19患者中由SARS-CoV-2引发的免疫反应之间的可能关联。	严重COVID-19患者的支气管肺泡灌洗样本中的单细胞RNA测序数据。	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	六名严重COVID-19患者和三名健康捐赠者的样本
14349	2024-08-04	Pan-Cancer Analysis Reveals Disulfidoptosis-Associated Genes as Promising Immunotherapeutic Targets: Insights Gained from Bulk Omics and Single-Cell Sequencing Validation 2024-Jan-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12020267 PMID:38397869	研究论文	本研究探讨了与二硫化死亡相关的基因作为免疫治疗靶标的潜力	首次揭示二硫化死亡在不同肿瘤中的免疫和预后作用	研究主要依赖于公共数据库数据，缺乏临床实验证据	揭示二硫化死亡在肿瘤发生中的机制和临床应用潜力	研究了与二硫化死亡相关的基因在多种癌症中的表达及其临床意义	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，实时PCR，西方印迹	NA	基因表达数据，细胞系数据	包括多种癌症样本与细胞系的比较，具体数量未提及
14350	2024-08-04	Wnt signal-dependent antero-posterior specification of early-stage CNS primordia modeled in EpiSC-derived neural stem cells 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1260528 PMID:38405136	研究论文	本文研究了早期中枢神经系统（CNS）前后轴的特征化过程，利用来源于EpiSC的神经干细胞模型。	该研究展示了Wnt信号在中枢神经系统前后轴特征化中所起的重要作用，特别是在不同Wnt信号强度影响转瞬细胞的区域特征化方面。	研究未展示后续中枢神经系统区域的特征，可能限制了对后部更后部区域的理解。	研究中胚胎早期CNS前后规格化过程中的分子机制。	使用小鼠源的EpiSC导出的神经干细胞进行实验和分析。	数字病理学	NA	微阵列和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个神经干细胞系
14351	2024-08-07	Deciphering Oligodendrocyte Lineages in the Human Fetal Central Nervous System Using Single-Cell RNA Sequencing 2024-Mar, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-023-03661-9 PMID:37775719	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了人类胎儿中枢神经系统中三个区域（纹状体、脑干和脊髓）的少突胶质细胞发育过程	发现了多个少突胶质细胞前体细胞（OPCs）的谱系，并描绘了这三个中枢神经系统区域中少突胶质细胞分化的不同发育轨迹	NA	揭示人类胎儿中枢神经系统中少突胶质细胞谱系的分子异质性	人类胎儿中枢神经系统中的少突胶质细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从妊娠第8周到第12周的人类胎儿中枢神经系统样本
14352	2024-08-04	Multimodal Single-Cell Sequencing of B Cells in Primary Sjögren's Syndrome 2024-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42683 PMID:37610265	研究论文	本研究探讨了原发性干燥综合征中B细胞的组成、基因表达和B细胞受体使用情况	该研究首次通过多模态单细胞测序揭示了B细胞的异质性和分子特征，提供了更深入的患者分层方法	样本量相对较小，可能影响结果的广泛适用性和统计力量	确定SSA/SSB抗体分层的原发性干燥综合征（pSS）患者中B细胞的角色	研究对象为6名SSA-、8名SSA+单阳性和10名SSA/SSB+双阳性的pSS患者及4名健康对照者	数字病理学	原发性干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞变异、多样性及连接（VDJ）基因测序（scVDJ-seq）	NA	单细胞数据	230,000个B细胞，涉及24名参与者（6名SSA-，8名SSA+，10名SSA/SSB+及4名健康对照）
14353	2024-08-04	Tissue niches and immunopathology through the lens of spatial tissue profiling techniques 2024-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350484 PMID:37985207	评论	本研究讨论了空间组织在生物学中的基础作用及其对免疫系统的影响	结合多重组织学和空间转录组学技术，提供了蛋白质和基因表达模式的空间背景	承认空间组织剖析技术的挑战和局限性	探讨如何通过空间组织剖析改善对区域免疫的理解	重点关注组织生态位在健康和疾病中的作用	数字病理学	癌症	多重组织学和空间转录组学	NA	NA	NA
14354	2024-08-04	Role and Therapeutic Potential for Targeting Fibroblast Growth Factor 10/FGFR1 in Relapsed Rheumatoid Arthritis 2024-01, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42674 PMID:37584284	研究论文	该文章探讨了针对成纤维细胞生长因子10/FGFR1在复发性类风湿关节炎中的作用和治疗潜力	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析揭示FLS异质性及其在复发与缓解中的作用，提出针对FGF10/FGFR1的靶向治疗的新思路	样本数量较少，仅包含六个配对的滑膜组织样本，限制了结果的广泛适用性	本研究旨在识别成纤维细胞样滑膜细胞(FLSs)的异质性及其在复发性类风湿关节炎中的致病作用	研究对象为三名复发性RA患者和三名缓解期患者的滑膜组织样本	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	胶原诱导关节炎(CIA)模型	组织样本	六个配对的滑膜组织样本
14355	2024-08-07	Endothelial Response to Type I Interferon Contributes to Vasculopathy and Fibrosis and Predicts Disease Progression of Systemic Sclerosis 2024-01, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42662 PMID:37488975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了I型干扰素在系统性硬化症患者中的作用及其对疾病进展的影响。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了内皮细胞中I型干扰素信号在系统性硬化症中的显著特征，并验证了其在疾病进展预测中的作用。	研究样本量相对较小，需要进一步的大规模研究来验证这些发现。	探讨I型干扰素在系统性硬化症中的作用及其对疾病进展的影响。	系统性硬化症患者的皮肤组织。	NA	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	61名系统性硬化症患者
14356	2024-08-07	Comprehensive analysis of the impact of emerging flame retardants on prostate cancer progression: The potential molecular mechanisms and immune infiltration landscape 2024-01, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2023.153681 PMID:38006928	研究论文	研究探讨新兴阻燃剂与前列腺癌之间的关联及其潜在的致癌机制和免疫浸润情况	构建了一个具有良好预测能力的前列腺癌风险模型，并验证了六个与阻燃剂相关的预后基因	NA	探索新兴阻燃剂与前列腺癌之间的联系及其潜在的致癌机制	新兴阻燃剂对前列腺癌进展的影响及其分子机制和免疫浸润情况	NA	前列腺癌	蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析	NA	单细胞转录组数据	使用TCGA数据集和GSE70769数据集进行验证
14357	2024-08-07	Exploring the advances of single-cell RNA sequencing in thyroid cancer: a narrative review 2023-Dec-21, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-023-02260-x PMID:38129369	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在甲状腺癌研究中的应用	scRNA-seq技术革新了细胞亚群的鉴定和特征化，细胞间通信和受体相互作用的研究，揭示了前所未有的异质性，并为治疗发现提供了新的生物标志物	scRNA-seq面临技术偏差、财务障碍和伦理问题等挑战	深入理解甲状腺癌的肿瘤微环境免疫学见解，为患者开发有效的个性化治疗	甲状腺癌的细胞亚群、细胞间通信和受体相互作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
14358	2024-08-04	Increased m6A-RNA methylation and demethylase FTO suppression is associated with silica-induced pulmonary inflammation and fibrosis 2023-12, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2023.153673 PMID:37979906	研究论文	该研究探讨了m6A RNA甲基化与硅尘引起的肺部炎症和纤维化的关系	首次揭示了m6A甲基化在硅尘引发的早期肺炎和纤维化中的作用及其效应细胞	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在临床患者中广泛验证	研究硅尘引起的肺炎和纤维化中的m6A修饰及其机制	小鼠模型和硅尘患者的肺组织及外周血单核细胞	数字病理学	肺癌	m6A点杂交、m6A RNA甲基化定量和单细胞测序	小鼠模型	RNA	正常小鼠与硅沉积小鼠的对比及硅尘患者的外周血单核细胞
14359	2024-08-04	An ovarian phenotype of alpha 7 nicotinic receptor knockout mice 2023-09-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-23-0123 PMID:37432973	研究论文	本研究探讨了alpha 7烟碱乙酰胆碱受体缺失对小鼠卵巢表现形式的影响	揭示了nAChRa7在卵巢局部调节中的作用，尤其是在小型卵泡计数和卵巢基质细胞的改变方面	本研究主要集中在成年小鼠的卵巢，未考虑不同发育阶段或性别的影响	探讨nAChRa7在小鼠卵巢功能中的潜在作用	成年Chrna7缺失突变小鼠（KO）和野生型小鼠（WT）	数字病理学	NA	免疫组化、qPCR、蛋白质组学分析	NA	生物样本分析数据	成年小鼠（3个月，处于间歇期），具体样本大小未提及
14360	2024-08-07	Identification of zona pellucida defects revealed a novel loss-of-function mutation in ZP2 in humans and rats 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1169378 PMID:37293489	研究论文	本研究通过全外显子测序和桑格测序，在一位具有薄透明带（ZP）表型的不孕女性中鉴定出一个新的ZP2基因无义突变，并探讨了ZP缺陷对卵母细胞基因转录的影响。	发现了与薄透明带和自然受精失败相关的新ZP2基因突变，并揭示了ZP完整性破坏对TGF-β信号通路的影响。	NA	旨在鉴定导致不孕的ZP2基因致病变异，并研究ZP缺陷对卵母细胞基因转录的影响。	不孕女性及其卵母细胞，以及Zp2mut/mut大鼠模型。	生殖生物学	不孕症	全外显子测序，桑格测序，免疫荧光（IF），单细胞RNA测序，定量实时PCR（qRT-PCR）	NA	基因组数据，转录组数据	一位不孕女性，Zp2mut/mut大鼠模型中的卵母细胞