单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14321	2024-08-07	Cell type-specific attenuation of brassinosteroid signaling precedes stomatal asymmetric cell division 2023-09-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2303758120 PMID:37639582	研究论文	研究探讨了激素油菜素内酯（BR）信号传导与气孔发育之间的关系，特别是通过SHAGGY/GSK3样激酶BIN2的作用	揭示了BIN2在气孔不对称细胞分裂（ACD）中的双重角色，以及BR信号激活的两种模式如何产生时空上不同的转录反应	NA	阐明BR信号如何调控气孔发育	油菜素内酯信号传导和气孔发育	植物生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
14322	2024-08-05	Approaches for single-cell RNA sequencing across tissues and cell types 2023 Jun-Oct, Transcription DOI:10.1080/21541264.2023.2200721 PMID:37062951	综述	本文回顾了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术及其方法。	提供了关于单细胞RNA测序技术的全面评述和实验室最佳实践的指导。	未详细描述特定技术的应用案例和实验数据。	旨在为单细胞RNA测序技术建立稳健的工作流程和最新的协议。	涵盖各类组织和细胞类型的单细胞RNA测序方法。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA数据	NA
14323	2024-08-05	Understanding spatiotemporal coupling of gene expression using single molecule RNA imaging technologies 2023 Jun-Oct, Transcription DOI:10.1080/21541264.2023.2199669 PMID:37050882	研究论文	本文概述了使用单分子RNA成像技术定量理解基因表达的最新进展	提出了先进成像技术如何揭示从转录到降解的mRNA生命过程之间的协调关系	对未来挑战的讨论尚不够深入	提高对基因表达中转录和后转录事件的时空耦合的理解	主要关注mRNA在单细胞中的表达监测	数字病理学	NA	单分子RNA成像技术	NA	图像	NA
14324	2024-08-05	Impact of disulfidptosis-associated clusters on breast cancer survival rates and guiding personalized treatment 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1256132 PMID:38116315	研究论文	本研究开发了一个与二硫化死亡相关的预后预测工具以指导乳腺癌患者的个性化治疗	首次将二硫化死亡及其相关基因与乳腺癌生存率关联，构建了预后模型	需要进一步研究以阐明不同风险组的免疫机制	研究乳腺癌与二硫化死亡的关系及其对生存率的影响	乳腺癌患者的样本数据及相关基因的表达情况	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序和转录组测序	Cox和Lasso回归模型	基因表达数据	基于单细胞分析识别的21个细胞簇，包含多种细胞类型
14325	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analysis of lung cells in COVID-19 patients with diabetes, hypertension, and comorbid diabetes-hypertension 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1258646 PMID:38144556	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析了COVID-19患者中糖尿病、高血压及其合并症患者的肺细胞状态	首次揭示了SARS-CoV-2感染下糖尿病和高血压患者肺部纤维母细胞亚群的上调现象，并发现了KREMEN1可能是纤维母细胞激活的受体	研究仅限于特定的疾病组合和药物治疗效果的初步评估	探讨SARS-CoV-2感染下糖尿病、高血压及其合并症患者的肺细胞状态和潜在治疗靶点	COVID-19患者中糖尿病、高血压及其合并症患者的肺细胞	数字病理学	糖尿病, 高血压, COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及糖尿病、高血压及其合并症的COVID-19患者肺样本
14326	2024-08-07	Inhibition of the renin-angiotensin system causes concentric hypertrophy of renal arterioles in mice and humans 2021-12-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.154337 PMID:34762601	研究论文	研究通过使用携带荧光细胞谱系示踪剂的小鼠、单细胞RNA测序以及在人和小鼠中长期抑制肾素-血管紧张素系统(RAS)，发现肾素缺失或RAS抑制导致肾内动脉和 arterioles 向心性增厚	首次揭示了肾素细胞的多克隆扩张和转化，从经典内分泌表型转变为基质分泌表型，导致血管疾病	需要对人类进行前瞻性形态学研究，以确定广泛使用RAS抑制剂导致的肾血管损伤程度	探讨肾素-血管紧张素系统抑制对肾血管结构的影响	小鼠和人类的肾内动脉和 arterioles	NA	高血压	单细胞RNA测序	NA	NA	小鼠和人类样本
14327	2024-08-07	Phenotypic variation of transcriptomic cell types in mouse motor cortex 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2907-3 PMID:33184512	研究论文	本研究使用Patch-seq技术结合膜片钳记录、生物素染色和单细胞RNA测序，分析了成年小鼠初级运动皮层中超过1,300个神经元的转录组和形态电生理特性	首次在同一组细胞中同时研究了神经元的转录组和形态电生理多样性，揭示了神经元类型在皮层中并非总是形成离散实体，而是在家族级别上形成连续且相关的转录组和形态电生理景观	研究仅限于成年小鼠的初级运动皮层，可能需要进一步研究其他脑区和不同发育阶段的神经元类型	探讨神经元类型的转录组和形态电生理多样性及其在皮层中的组织方式	成年小鼠初级运动皮层中的神经元	神经科学	NA	Patch-seq	NA	单细胞RNA测序数据	超过1,300个神经元
14328	2024-08-07	A multimodal cell census and atlas of the mammalian primary motor cortex 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03950-0 PMID:34616075	研究论文	本文报道了通过BRAIN Initiative Cell Census Network (BICCN)生成的哺乳动物初级运动皮层的多模态细胞普查和图谱	研究首次整合了单细胞转录组、染色质可及性、DNA甲基化图谱、空间解析的单细胞转录组、形态学和电生理特性以及细胞分辨率的输入-输出映射，并通过跨模态计算分析进行整合	NA	推进对大脑细胞类型组织的集体知识和理解	哺乳动物初级运动皮层的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、DNA甲基化分析、空间解析的单细胞转录组学	跨模态计算分析	转录组、染色质可及性、DNA甲基化、形态学和电生理数据	NA
14329	2024-08-07	Dysbalance of ACE2 levels - a possible cause for severe COVID-19 outcome in COPD 2021-09, The journal of pathology. Clinical research DOI:10.1002/cjp2.224 PMID:33978304	研究论文	研究探讨了慢性阻塞性肺病（COPD）患者中ACE2及其相关辅助因子的表达水平，以及这些变化如何影响SARS-CoV-2感染的风险	首次揭示了COPD患者肺组织中ACE2和TMPRSS2表达增加，同时循环sACE2水平降低，这些变化可能增加COPD患者对SARS-CoV-2感染的易感性	研究未涉及这些变化与肺部血流动力学变化之间的关联	探究COPD患者中ACE2及其相关辅助因子的表达变化及其对SARS-CoV-2感染的影响	COPD、特发性肺动脉高压（IPAH）和肺纤维化（PF）患者的肺组织样本及健康对照组样本	数字病理学	慢性阻塞性肺病	定量PCR、酶联免疫吸附试验、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	COPD患者28例，IPAH患者10例，PF患者10例，健康对照组10例
14330	2024-08-07	A Role for Protease Activated Receptor Type 3 (PAR3) in Nociception Demonstrated Through Development of a Novel Peptide Agonist 2021-06, The journal of pain IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jpain.2020.12.006 PMID:33429107	研究论文	研究通过开发一种新的肽激动剂，探讨了蛋白酶活化受体3（PAR3）在痛觉中的作用	开发了一种脂质连接的PAR3激动剂C660，该激动剂能特异性地激活PAR3并引起DRG和三叉神经元中的钙反应	NA	更好地理解PAR3在外周感觉神经系统中的潜在功能	PAR3在痛觉中的作用及其与其他PARs的相互作用	NA	NA	单细胞RNA测序	G蛋白偶联受体（GPCRs）	RNA序列数据	使用了野生型和PAR3敲除的小鼠模型
14331	2024-08-07	The alx3 gene shapes the zebrafish neurocranium by regulating frontonasal neural crest cell differentiation timing 2021-04-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.197483 PMID:33741714	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了alx3基因在调控前鼻神经嵴细胞分化时间和细胞形态中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术，详细定义了颅神经嵴细胞的不同群体，并发现Alx转录因子基因家族在前鼻神经嵴细胞中的富集	NA	深入理解控制发育时序的基因如何塑造颅面骨骼元素	alx3基因在前鼻神经嵴细胞分化中的作用	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
14332	2024-08-07	Comprehensive single-cell sequencing reveals the stromal dynamics and tumor-specific characteristics in the microenvironment of nasopharyngeal carcinoma 2021-03-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21795-z PMID:33750785	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞动态和肿瘤特异性特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞群及其亚群，并揭示了其对患者预后和治疗结果的影响	研究仅基于14名患者的样本，可能需要更多样本以增强结果的普遍性	深入理解鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞动态，以促进癌症诊断、治疗和预后	鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞及其亚群	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	66,627个细胞来自14名患者
14333	2024-08-07	ReactomeGSA - Efficient Multi-Omics Comparative Pathway Analysis 2020-12, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1 DOI:10.1074/mcp.TIR120.002155 PMID:32907876	研究论文	介绍了一种名为ReactomeGSA的新资源，用于多组学数据集的比较途径分析	ReactomeGSA通过Reactome的现有网页界面和新的ReactomeGSA R Bioconductor包，支持scRNA-seq数据，并能自动将不同物种的数据映射到共同的途径空间，大大降低了多组学、跨物种比较途径分析的技术门槛	NA	探索多组学数据集的比较途径分析方法	B细胞在抗肿瘤免疫中的作用	生物信息学	肺癌	scRNA-seq	NA	多组学数据	比较了来自Cancer Genome Atlas (TCGA)的五个转录组学研究和Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC)的两个蛋白质组学研究的B细胞丰富和贫乏的人类癌症样本
14334	2024-08-07	Quantitative single-cell interactomes in normal and virus-infected mouse lungs 2020-06-26, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.044404 PMID:32461220	研究论文	本文介绍了一种定量直观算法和优化实验方案，用于构建和比较正常与感染Sendai病毒的小鼠肺部细胞间的相互作用网络。	提出了一种新的定量直观算法，结合优化的实验协议，使不具有高级编程技能的实验室科学家也能适应。	算法和方法的通用性需要在其他器官和人类样本中进一步验证。	解析哺乳动物器官中通过配体-受体相互作用进行的细胞间信号传递，特别是在病毒感染情况下的变化。	正常和感染Sendai病毒的小鼠肺部细胞。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	定量直观算法	RNA序列数据	每种细胞类型至少90个细胞
14335	2024-08-07	Clonally expanded CD8 T cells patrol the cerebrospinal fluid in Alzheimer's disease 2020-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1895-7 PMID:31915375	研究论文	本研究通过综合分析多个队列，揭示了阿尔茨海默病中血液和脑脊液的适应性免疫变化，并发现了克隆扩增的CD8 T细胞在脑脊液中的存在	首次发现阿尔茨海默病患者脑脊液中存在克隆扩增的CD8 T细胞，并证实这些细胞对Epstein-Barr病毒抗原具有特异性	NA	探究阿尔茨海默病中适应性免疫反应的贡献	阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞和脑脊液中的CD8 T细胞	免疫学	阿尔茨海默病	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞TCR测序	机器学习	细胞	多个队列的患者样本
14336	2024-08-07	Computational analysis of single-cell transcriptomics data elucidates the stabilization of Oct4 expression in the E3.25 mouse preimplantation embryo 2019-06-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-45438-y PMID:31222057	研究论文	本研究通过计算分析32至64细胞阶段的E3.25小鼠胚胎的单细胞转录组数据，揭示了Oct4表达在植入前胚胎中的稳定机制	发现了非自主机制，基于ICM中至少四个细胞接触，激活植入前胚胎中的Oct4表达，并稳定在高水平	NA	阐明E3.25小鼠胚胎中Oct4表达的稳定机制及其与早期多能状态的关系	E3.25小鼠胚胎的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞微阵列转录组学	Hierarchical Optimal k-Means (HOkM) 聚类	转录组数据	超过3,800个基因在E3.25-HNC的ICM细胞中表现出转录组分叉
14337	2024-08-07	Single-cell landscape in mammary epithelium reveals bipotent-like cells associated with breast cancer risk and outcome 2019, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-019-0554-8 PMID:31428694	研究论文	本研究利用无标记算法分析单细胞RNA测序数据，揭示了与乳腺癌风险和预后相关的高潜能细胞状态	本研究首次应用无标记算法在单细胞RNA测序数据中识别出一种新的双潜能干细胞样状态，并验证了其在乳腺癌中的临床相关性	由于单细胞RNA测序数据的高丢失率，无偏见地识别成人干细胞具有挑战性	揭示乳腺上皮中的双潜能干细胞样细胞与乳腺癌风险和预后的关系	人类乳腺上皮细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	无标记算法	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
14338	2024-08-07	Single-cell RNA-sequencing analysis of estrogen- and endocrine-disrupting chemical-induced reorganization of mouse mammary gland 2019, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-019-0618-9 PMID:31701034	研究论文	本研究使用手术绝经（卵巢切除）小鼠模型，分析了17β-雌二醇（E2）和多溴联苯醚（PBDEs）对乳腺组织的影响，并通过单细胞RNA测序（scRNAseq）揭示了E2和PBDEs对乳腺细胞基因表达的调控作用	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了E2和PBDEs对乳腺细胞基因表达的调控作用，并发现了PBDEs促进E2-AREG-EGFR-M2巨噬细胞途径	NA	探究绝经后雌激素和内分泌干扰化学物质对小鼠乳腺组织的重组影响	小鼠乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	手术绝经（卵巢切除）小鼠模型
14339	2024-08-07	Genome organization and DNA accessibility control antigenic variation in trypanosomes 2018-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0619-8 PMID:30333624	研究论文	本文研究了布氏锥虫中基因组组织和DNA可及性控制抗原变异的现象	首次在布氏锥虫中识别了连接全局基因组结构、局部染色质构象和抗原变异的分子机制，即组蛋白变异体	研究受限于抗原基因阵列的高度重复性和杂合性，这阻碍了许多病原体的完整基因组组装	探讨基因组结构在抗原变异中的作用	布氏锥虫的抗原基因阵列及其基因组结构	基因组学	寄生虫病	长读长测序技术、染色体构象捕获(Hi-C)	NA	基因组数据	NA
14340	2024-08-04	Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.03.565463 PMID:37961672	研究论文	本文提出了一种新模型，旨在优化单细胞RNA测序数据集的整合，解决批次效应问题	通过引入和比较一系列正则化约束，提出了结合VampPrior和循环一致性损失的新模型，提高了生物变异的保留和批次校正	依赖KL正则化强度调节会在不区分生物信息和批次信息的情况下去除两者	优化单细胞RNA测序数据集的整合，以改善批次效应的去除和生物变异的保留	不同的单细胞RNA测序数据集，包括跨器官、物种和不同协议的数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	条件变分自编码器（cVAE）	RNA序列数据	NA