单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 14281 - 14300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14281 | 2024-08-04 |
Extracting, filtering and simulating cellular barcodes using CellBarcode tools
2024-Feb, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00595-7
PMID:38374363
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研究论文 | 介绍CellBarcode和CellBarcodeSim工具，以提高细胞条形码的提取和过滤效率 | 提供了一种新的工具包，支持多种条形码类型的提取和过滤，并探索影响条形码识别的因素 | 目前工具在支持的条形码类型多样性和分析策略上存在局限 | 开发更灵活有效的条形码提取与过滤工具 | 细胞条形码，从批量或单细胞测序数据中提取 | 数字病理学 | NA | PCR，测序 | NA | 生物数据 | NA |
| 14282 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals immune cell heterogeneity in acute myeloid leukaemia peripheral blood mononuclear cells after chemotherapy
2024-Feb, Cellular oncology (Dordrecht)
DOI:10.1007/s13402-023-00853-2
PMID:37615858
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组测序技术分析了急性髓系白血病（AML）患者在接受化疗后的外周血单个核细胞（PBMC）的免疫细胞异质性 | 本研究首次揭示了AML患者化疗后PBMC中T细胞、自然杀伤细胞（NK细胞）、单核细胞、树突状细胞（DCs）和造血干细胞前体（HSC-Prog）的亚群多样性及其转录因子和染色体拷贝数变异（CNV）的显著变化 | NA | 探索AML患者化疗后的免疫微环境，为精准医疗和免疫治疗提供见解 | AML患者化疗后的PBMC微环境 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 5名AML患者和6名健康捐赠者的PBMC |
| 14283 | 2024-08-07 |
Normalizing need not be the norm: count-based math for analyzing single-cell data
2024-Feb, Theory in biosciences = Theorie in den Biowissenschaften
DOI:10.1007/s12064-023-00408-x
PMID:37947999
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研究论文 | 本文提出了一种不进行归一化处理，而是利用基于计数的代数方法来分析单细胞数据的新方法 | 本文创新地避免了归一化和转换步骤，采用基于计数的代数方法来分析单细胞RNA测序数据，这种方法更简单直观，且避免了常见转换带来的问题 | NA | 探索不进行归一化处理的新方法来分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 计数数据 | NA |
| 14284 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the mechanism of PI3K/AKT/mTOR signaling pathway activation in lung adenocarcinoma by KRAS mutation
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3658
PMID:38282149
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了KRAS突变在肺腺癌中激活PI3K/AKT/mTOR信号通路的机制 | 首次详细探讨了KRAS突变对肺腺癌中PI3K/AKT/mTOR信号通路活性的影响 | NA | 探讨KRAS突变在肺腺癌中激活PI3K/AKT/mTOR信号通路的机制 | 肺腺癌中的KRAS突变及其对PI3K/AKT/mTOR信号通路的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用The Cancer Genome Atlas数据库中的肺腺癌患者样本 |
| 14285 | 2024-08-04 |
Dissecting cellular states of infiltrating microenvironment cells in melanoma by integrating single-cell and bulk transcriptome analysis
2023-12-12, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-023-00587-8
PMID:38082384
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA-seq数据解析黑色素瘤微环境细胞状态的组成 | 首次识别了三种不同的肿瘤微环境免疫表型，并揭示其与临床结果的关系 | 使用的样本仅限于463个黑色素瘤肿瘤样本，可能不具有广泛适用性 | 研究微环境细胞状态对黑色素瘤免疫活动的影响 | 463个皮肤黑色素瘤的肿瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq | CIBERSORT | 基因表达数据 | 463个黑色素瘤样本 |
| 14286 | 2024-08-07 |
Integrated genomic and single-cell transcriptomic analyses reveal clonal evolution and immune signature in donor cell leukemia after haploidentical allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
2023-10, Leukemia & lymphoma
IF:2.2Q3
DOI:10.1080/10428194.2023.2232493
PMID:37424322
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研究论文 | 本文报道了一例罕见的在同种异体造血干细胞移植后发生的供者细胞白血病病例，通过全基因组测序和单细胞RNA测序揭示了克隆进化和免疫特征。 | 首次通过全基因组测序和单细胞RNA测序技术，揭示了供者细胞白血病中的克隆进化和免疫特征，为理解其发病机制提供了新的视角。 | 研究基于单一病例，其普遍性和可重复性有待进一步验证。 | 探讨同种异体造血干细胞移植后供者细胞白血病的发病机制。 | 供者细胞白血病中的克隆进化和免疫特征。 | 数字病理学 | 白血病 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 单一病例 |
| 14287 | 2024-08-05 |
mRNA vaccination boosts S-specific T cell memory and promotes expansion of CD45RAint TEMRA-like CD8+ T cells in COVID-19 recovered individuals
2023-08-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101149
PMID:37552991
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研究论文 | 这篇文章研究了mRNA疫苗如何影响COVID-19感染者的T细胞记忆及CD8+ T细胞的扩增 | 本研究揭示了感染引发的S特异性CD8 T细胞记忆在疫苗接种后影响T细胞反应的程度和克隆组成 | 未提及具体的样本限制或实验设计的局限性 | 分析COVID-19感染者接种mRNA疫苗后的T细胞反应 | 之前感染的疫苗接种者与未感染的疫苗接种者的对比研究 | 免疫学 | COVID-19 | mRNA疫苗 | NA | T细胞反应数据 | NA |
| 14288 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals an Angpt4-initiated EPDC-EC-CM cellular coordination cascade during heart regeneration
2023-05-08, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac010
PMID:37155312
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼心脏再生过程中由Angpt4启动的EPDC-EC-CM细胞协调级联反应 | 首次全面分析了不同细胞和信号如何相互作用和协调以调节心脏再生，并揭示了Angpt4在心脏再生中的关键作用 | NA | 探讨斑马鱼心脏再生过程中细胞和信号的相互作用机制 | 斑马鱼心脏细胞类型及其在发育和再生过程中的分子进展 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 斑马鱼心脏细胞类型 |
| 14289 | 2024-08-07 |
Inhibitory CD161 receptor identified in glioma-infiltrating T cells by single-cell analysis
2021-03-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.01.022
PMID:33592174
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了31名IDH野生型胶质母细胞瘤和IDH突变型胶质瘤患者的肿瘤浸润T细胞的基因表达和克隆景观 | 首次揭示了胶质瘤浸润T细胞中CD161作为候选抑制性受体的表达，并证明了其作为免疫治疗靶点的潜力 | NA | 探索胶质瘤中T细胞的基因表达模式及其在癌症免疫治疗中的作用 | 胶质瘤浸润T细胞的基因表达和克隆景观 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 31名患者 |
| 14290 | 2024-08-07 |
Microglia-endothelial cross-talk regulates diabetes-induced retinal vascular dysfunction through remodeling inflammatory microenvironment
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109145
PMID:38414848
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病视网膜病变中微胶质细胞和内皮细胞的转录组特征，并探讨了它们之间的相互作用及其在炎症反应和血管发育中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了糖尿病视网膜病变中微胶质细胞和内皮细胞的亚群及其相互作用，特别是在CSF1和CSF1R信号通路中的作用 | NA | 阐明糖尿病诱导的视网膜血管功能障碍中微胶质细胞和内皮细胞之间的相互作用及其在炎症微环境重塑中的作用 | 微胶质细胞和内皮细胞在糖尿病视网膜病变中的相互作用及其分子机制 | NA | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 14291 | 2024-08-04 |
Single-Cell RNA Sequencing Transcriptomics Revealed HCMV IE2-Related Microglia Responses in Alzheimer's-Like Disease in Transgenic Mice
2024-Mar, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-023-03553-y
PMID:37700217
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研究论文 | 本文研究了人类巨细胞病毒IE2蛋白如何促进小胶质细胞激活，从而导致类似阿尔茨海默病的疾病。 | 建立了IE2转基因小鼠模型，揭示HCMV IE2对小胶质细胞的激活作用及其与阿尔茨海默病的关系 | 研究主要集中在转基因小鼠模型，可能未能全面反映人类AD的复杂性 | 探讨HCMV IE2蛋白与阿尔茨海默病之间的关系及其机制 | 转基因小鼠，特别是表达IE2蛋白的小鼠 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠 | 基因表达数据 | IE2转基因小鼠的脑组织样本 |
| 14292 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies senescence as therapeutic target in rhabdomyolysis-induced acute kidney injury
2024-Feb-28, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfad199
PMID:37697719
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在横纹肌溶解诱导的急性肾损伤模型中，识别出与细胞衰老相关的过渡性巨噬细胞亚群，并探讨了衰老抑制剂的治疗潜力。 | 首次揭示了横纹肌溶解诱导的急性肾损伤中存在与细胞衰老相关的过渡性巨噬细胞亚群，并证明了衰老抑制剂在肾保护中的作用。 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证；衰老抑制剂的具体作用机制和长期效果仍需进一步研究。 | 探索横纹肌溶解诱导的急性肾损伤中免疫细胞的变化，特别是细胞衰老在其中的作用，并评估衰老抑制剂的治疗效果。 | 横纹肌溶解诱导的急性肾损伤中的免疫细胞，特别是巨噬细胞和肾小管上皮细胞。 | 数字病理学 | 肾损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约17,000个单细胞 |
| 14293 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing reveals roles of unique retinal microglia types in early diabetic retinopathy
2024-Feb-26, Diabetology & metabolic syndrome
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s13098-024-01282-3
PMID:38409074
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了独特的视网膜小胶质细胞类型在早期糖尿病视网膜病变中的作用 | 首次定义了三种新的小胶质细胞亚型，并构建了一个涉及小胶质细胞和其他视网膜细胞的炎症网络 | 样本量较小，仅包含五个视网膜标本，可能影响结果的普适性 | 探讨早期糖尿病视网膜病变中小胶质细胞的变化及其在炎症反应中的作用 | 采用SD大鼠捐赠的视网膜标本分析早期糖尿病视网膜病变中的细胞变化 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 五个视网膜标本 |
| 14294 | 2024-08-04 |
Characterization of the human fetal gonad and reproductive tract by single-cell transcriptomics
2024-Feb-26, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.006
PMID:38295793
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析人类胎儿性腺及其相邻生殖道的特征 | 首次系统性描述了人类胎儿生殖道的细胞成分及其在性别分化过程中的变化 | 相邻生殖道的某些细胞群体可能尚未被充分表征 | 探讨人类胎儿性特异性性腺发生及生殖道的发展 | 人类胎儿的性腺及其相邻生殖道 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 男性和女性人类胎儿样本来自妊娠的第一和第二三个月 |
| 14295 | 2024-08-07 |
The soil emergence-related transcription factor PIF3 controls root penetration by interacting with the receptor kinase FER
2024-Feb-26, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.001
PMID:38295794
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研究论文 | 研究揭示了转录因子PIF3通过与受体激酶FER相互作用控制根穿透土壤的机制 | 首次阐明了PIF3通过与FER相互作用调控根穿透土壤的过程，并通过单细胞RNA测序揭示了根帽细胞的独特细胞聚类模式 | 研究主要集中在拟南芥和大豆上，可能需要进一步验证在其他植物中的普遍性 | 探究PIF3如何通过与FER相互作用控制根穿透土壤 | 拟南芥和大豆的根穿透能力 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及拟南芥和大豆的突变体 |
| 14296 | 2024-08-07 |
Single-cell multi-omics analysis of lineage development and spatial organization in the human fetal cerebellum
2024-Feb-26, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-024-00656-1
PMID:38409116
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学分析，探讨了人类胎儿小脑从妊娠第13周到第18周的细胞多样性和发育程序的涌现。 | 本研究首次鉴定了跨物种保守的过渡性颗粒细胞前体，并揭示了小脑叶的物种特异性基因表达模式，以及小脑中潜在的神经上皮新簇。 | NA | 探索人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。 | 人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学分析 | NA | 基因表达数据 | 妊娠第13周到第18周的胎儿样本 |
| 14297 | 2024-08-07 |
Human cytomegalovirus exploits STING signaling and counteracts IFN/ISG induction to facilitate infection of dendritic cells
2024-Feb-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45614-3
PMID:38409141
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研究论文 | 研究人巨细胞病毒（HCMV）如何利用STING信号通路并对抗干扰素/干扰素刺激基因（IFN/ISG）的诱导，以促进树突状细胞的感染 | 首次揭示了HCMV通过激活STING信号通路并抑制干扰素-β的转录，从而促进其在树突状细胞中的复制 | 研究主要集中在单核细胞衍生的树突状细胞上，可能无法完全代表所有树突状细胞类型对HCMV的反应 | 探讨HCMV如何影响树突状细胞的免疫反应，以及病毒如何调控宿主的抗病毒反应 | 人巨细胞病毒（HCMV）和单核细胞衍生的树突状细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及的样本包括单核细胞衍生的树突状细胞的三个亚群 |
| 14298 | 2024-08-04 |
An alternative splicing signature defines the basal-like phenotype and predicts worse clinical outcome in pancreatic cancer
2024-Feb-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101411
PMID:38325381
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研究论文 | 该研究揭示了一种与预后相关的亚型特异性剪接特征，并确定了QKI作为基础样亚型的决定因素 | 发现了PDAC亚型特异性的剪接特征，并阐明了QKI在基础样特征中的作用 | 尚未明确剪接异常在亚型特异性中的具体机制 | 探究胰腺癌中剪接失调与亚型特异性之间的关系 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其不同亚型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | 高等级原发肿瘤和转移病灶中的样本 |
| 14299 | 2024-08-04 |
Surface CD52, CD84, and PTGER2 mark mature PMN-MDSCs from cancer patients and G-CSF-treated donors
2024-Feb-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101380
PMID:38242120
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研究论文 | 本研究关注来自癌症患者和接受G-CSF治疗的健康供体的成熟多形核髓源抑制细胞（mPMN-MDSCs） | 识别了成熟PMN-MDSCs的新特征基因标记CD52、CD84和PTGER2 | 可能仅限于特定类型的肿瘤患者和供体的样本 | 精确分子表征循环的成熟PMN-MDSCs | 来自癌症患者和G-CSF治疗供体的成熟PMN-MDSCs | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因数据 | NA |
| 14300 | 2024-08-04 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.21.537881
PMID:37162914
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研究论文 | 本文提出了一种基于模型的单细胞RNA-seq数据降维新方法scGBM | scGBM利用泊松双线性模型处理RNA-seq数据，并引入快速估计算法以提高大规模数据集的计算效率 | 现有方法在处理大数据集时往往计算不可行，且对低维表示的不确定性量化不足 | 本研究旨在改进单细胞RNA-seq数据的降维分析 | 研究对象为单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 泊松双线性模型 | NA | RNA-seq数据 | 涉及数百万个细胞的数据集 |