单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14241	2024-08-04	Integrin β1-rich extracellular vesicles of kidney recruit Fn1+ macrophages to aggravate ischemia-reperfusion-induced inflammation 2024-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169885 PMID:38258908	研究论文	本研究分析了缺血-再灌注损伤中肾脏的细胞间通讯及其对炎症的影响	首次系统性地分析了在缺血-再灌注微环境中，细胞外囊泡介导的细胞间通讯及其带来的炎症反应	该研究未能提供不同时间点的动态分析数据	探讨缺血-再灌注导致的急性肾损伤中的细胞外囊泡对单核吞噬细胞的影响	研究对象主要是肾脏近端小管细胞和单核吞噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA Seq数据和蛋白质组学数据	NA
14242	2024-08-07	Spatially resolved transcriptomics of high-grade serous ovarian carcinoma 2022-Mar-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103923 PMID:35252817	研究论文	本研究首次全面采用空间转录组学方法分析高级别浆液性卵巢癌，通过分析治疗前肿瘤组织样本，揭示了化疗反应者之间的肿瘤组成差异	首次采用空间转录组学方法全面分析高级别浆液性卵巢癌，揭示了细胞集群组织和定位对化疗反应的影响	研究样本量较小，仅包括少数经过详细注释的高级别浆液性卵巢癌患者	深入分析高级别浆液性卵巢癌肿瘤组织，探讨细胞集群的空间交互作用对化疗反应的影响	高级别浆液性卵巢癌患者，特别是化疗反应不同的患者	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学	NA	组织样本	小样本量，具体数量未明确
14243	2024-08-04	Endothelial downregulation of nuclear m6A reader YTHDC1 promotes pulmonary vascular remodeling in sugen hypoxia model of pulmonary hypertension 2024-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24963 PMID:38318069	研究论文	本文分析了YTHDC1在苏根缺氧小鼠模型中的表达变化及其在肺动脉内皮细胞功能障碍中的作用	首次分析了苏根缺氧小鼠模型中m6A调节因子的表达和生物功能变化，建立了YTHDC1与PAECs功能障碍之间的因果关系	目前对m6A调节因子在肺动脉内皮细胞功能障碍中的具体机制尚不完全清楚	研究m6A调节因子在肺动脉内皮细胞功能障碍中的作用	鼠类模型中的肺动脉内皮细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞测序	苏根缺氧模型	RNA测序数据	苏根缺氧小鼠模型的肺动脉内皮细胞
14244	2024-08-07	Centrosome amplification-related signature correlated with immune microenvironment and treatment response predicts prognosis and improves diagnosis of hepatocellular carcinoma by integrating machine learning and single-cell analyses 2024-Feb, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-023-10538-5 PMID:37154991	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞分析，构建了与免疫微环境和治疗反应相关的中心体扩增相关特征，用于预测肝细胞癌的预后和改善诊断	首次详细探讨了中心体扩增在肝细胞癌中的作用，并构建了一个具有高敏感性和特异性的预后和诊断特征	研究主要基于TCGA和ICGC数据集，可能需要更多临床数据验证	探讨中心体扩增在肝细胞癌中的分子机制及其对临床特征、肿瘤微环境和临床药物反应的影响	肝细胞癌患者及其中心体扩增相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO-惩罚Cox回归算法	基因表达数据	134个中心体扩增相关预后基因，其中6个关键预后基因
14245	2024-08-07	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing reveals CK19 + cancer stem cells and their specific SPP1 + tumor-associated macrophage niche in HBV-related hepatocellular carcinoma 2024-Feb, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-023-10615-9 PMID:38159218	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了HBV相关肝细胞癌中CK19阳性癌症干细胞及其特异的SPP1阳性肿瘤相关巨噬细胞微环境	首次全面探索了HBV相关肝细胞癌中的CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞，并揭示了其异质性和免疫抑制特性	NA	探索HBV相关肝细胞癌中CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞的特性，为临床治疗提供新思路	HBV相关肝细胞癌中的CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	64,581个单细胞来自人类肝细胞癌及邻近正常组织
14246	2024-08-04	TIME for Bugs: The Immune Microenvironment and Microbes in Precancer 2023-09-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.) DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-23-0087 PMID:37428011	综述	本文探讨了在癌前状态下免疫微环境和微生物的作用	本文提出了在癌前阶段利用药物和生活方式干预改变免疫微环境的潜力	文章主要基于现有的数据和研究，可能缺乏新的实验结果	进一步澄清癌前免疫微环境的特征，并探讨癌症预防策略	癌前组织和早期肿瘤的免疫微环境与微生物	数字病理学	癌症	空间转录组学和蛋白质组学	NA	数据综述	NA
14247	2024-08-04	Dissecting and improving gene regulatory network inference using single-cell transcriptome data 2023-09, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277488.122 PMID:37580132	研究论文	本文通过单细胞转录组数据系统性地揭示并改善基因调控网络的推断精度	本研究通过使用前信使RNA信息来提高基因调控推断的准确性，提出了一种新的方法	研究中可能存在模拟数据集的局限性，实际应用中的复杂性可能带来挑战	探讨影响基因调控网络推断准确性的因素及改进方法	单细胞转录组数据及其在基因调控网络推断中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	动力学建模	转录组数据	公共单细胞RNA-seq数据集和实验数据集
14248	2024-08-07	Fast and accurate out-of-core PCA framework for large scale biobank data 2023-09, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277525.122 PMID:37620119	研究论文	本文提出了一种基于随机奇异值分解（RSVD）算法的新型主成分分析（PCA）框架PCAone，通过窗口优化方案加速收敛并提高准确性，同时支持外存和多线程实现	PCAone算法在计算时间上显著优于现有方法，同时保持与较慢的IRAM方法相当的准确性	NA	开发快速且内存高效的PCA方法以应对大规模生物银行数据处理挑战	大规模真实世界数据集，包括UK Biobank数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	随机奇异值分解（RSVD）	主成分分析（PCA）	基因组数据	UK Biobank数据包含约50万个体和610万个常见单核苷酸多态性；单细胞RNA测序数据包含130万个细胞
14249	2024-08-04	Analysis of Donor Pancreata Defines the Transcriptomic Signature and Microenvironment of Early Neoplastic Lesions 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0013 PMID:37021392	研究论文	该文章分析了来自脑死亡供体的胰腺组织，以定义早期肿瘤病变的转录组特征和微环境。	首次对健康成人胰腺和散发性PanIN病变的独特微环境进行了特征描述	供体胰腺组织样本的获取受到限制，仅来自脑死亡供体	旨在揭示成人健康胰腺及早期肿瘤病变的转录组特征	研究对象为脑死亡供体的胰腺组织样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、复合免疫组化	NA	组织样本	30个胰腺组织样本
14250	2024-08-04	Nephronectin is required to maintain right lung lobar separation during embryonic development 2023-03-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00505.2021 PMID:36719987	研究论文	本研究探讨了Nephronectin在胚胎发育过程中维持右肺叶分离的作用	首次揭示了Nephronectin通过整合素α8维持右肺叶分离的机制	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于其他生物	研究Nephronectin在肺发育中的潜在角色	使用全身敲除的小鼠胚胎进行研究	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	生物样本	使用的样本为敲除小鼠胚胎和成年的肺组织
14251	2024-08-07	Haplotype-aware analysis of somatic copy number variations from single-cell transcriptomes 2023-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01468-y PMID:36163550	研究论文	本文介绍了一种名为Numbat的计算方法，该方法结合了从群体分型中获得的单细胞转录组中的等位基因和表达信号，以增强对拷贝数变异的检测	Numbat利用亚克隆之间的进化关系，迭代推断单细胞拷贝数谱和肿瘤克隆系统发育，无需样本匹配的DNA数据或先验基因分型	NA	开发一种新的计算方法，以提高从单细胞转录组中检测拷贝数变异的准确性	单细胞转录组中的拷贝数变异	数字病理学	多发性骨髓瘤，胃癌，乳腺癌，甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	22个肿瘤样本
14252	2024-08-07	Preparation of single-cell suspensions from the human placenta 2023-03, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-022-00772-w PMID:36451054	研究论文	本文描述了一种从人类胎盘中制备高质量单细胞悬液的协议	首次描述了从胎盘制备单细胞悬液的协议	NA	制备高质量单细胞悬液以进行单细胞RNA测序	人类胎盘组织，包括基底层、胎盘绒毛和绒毛膜羊膜	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	NA
14253	2024-08-07	Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus 2023-03, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2022-223227 PMID:36564153	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析健康和骨关节炎（OA）膝关节的关节软骨和半月板组织，发现了一个与OA和衰老相关的细胞亚群，该亚群受转录因子ZEB1和成纤维细胞活化蛋白（FAP）调控。	首次在单细胞水平上识别出关节软骨和半月板中与骨关节炎和衰老相关的细胞亚群，并确定ZEB1和FAP为主要调控因子，为OA治疗提供了新的潜在靶点。	研究仅限于单细胞RNA测序和免疫组织化学分析，未涉及临床试验或治疗干预。	旨在通过单细胞水平分析，识别和理解骨关节炎中关节软骨和半月板的关键病理细胞亚群及其调控机制。	人类健康和骨关节炎膝关节的关节软骨和半月板组织。	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	健康膝关节样本各6例和7例，骨关节炎膝关节样本各6例。
14254	2024-08-07	Tubular-specific expression of HIV protein Vpr leads to severe tubulointerstitial damage accompanied by progressive fibrosis and cystic development 2023-03, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2022.12.012 PMID:36565808	研究论文	本研究利用一种新型诱导性管状上皮细胞特异性Vpr转基因小鼠模型，展示了Vpr表达导致渐进性管间质损伤、间质炎症和纤维化以及管状囊肿发展的过程	首次详细研究了Vpr在体内的管状损伤和慢性肾脏疾病（CKD）发病机制，并揭示了Vpr介导的转录组响应在特定管状亚群中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨HIV病毒蛋白Vpr在管状细胞中的表达对肾脏疾病进展和纤维化的影响	HIV病毒蛋白Vpr在管状上皮细胞中的表达及其对肾脏疾病的影响	NA	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA	小鼠模型
14255	2024-08-07	Glioma epileptiform activity and progression are driven by IGSF3-mediated potassium dysregulation 2023-03-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.013 PMID:36787748	研究论文	本研究探讨了恶性胶质瘤中癫痫样活动和进展的分子机制，发现IGSF3介导的钾失调是关键因素	首次揭示了IGSF3通过与Kir4.1相互作用抑制钾缓冲，导致肿瘤进展和癫痫样活动	NA	探究恶性胶质瘤中癫痫样活动和肿瘤进展的分子机制	恶性胶质瘤患者肿瘤中的基因表达和神经电路功能	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-seq, ECoG记录	NA	基因表达数据, 电生理数据	人类和鼠类样本
14256	2024-08-07	Tubular Epithelial Cell HMGB1 Promotes AKI-CKD Transition by Sensitizing Cycling Tubular Cells to Oxidative Stress: A Rationale for Targeting HMGB1 during AKI Recovery 2023-03-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000024 PMID:36857499	研究论文	本文研究了高迁移率族蛋白B1（HMGB1）在管状上皮细胞中通过使循环中的管状细胞对氧化应激敏感，从而促进急性肾损伤（AKI）向慢性肾脏病（CKD）的转变，并提出针对HMGB1在AKI恢复期间的治疗策略。	本文首次提出细胞内HMGB1通过降低管状细胞对长时间缺血应激的适应性，从而在AKI-CKD转变中发挥作用，并探讨了针对细胞内和细胞外HMGB1的治疗潜力。	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探讨HMGB1在AKI向CKD转变中的作用，并寻找新的治疗策略。	研究对象包括人及小鼠的急性肾损伤和慢性肾脏病。	NA	肾脏病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及人及小鼠的AKI和CKD样本，具体数量未详细说明。
14257	2024-08-07	Isolation of Thymus Stromal Cells from Human and Murine Tissue 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2679-5_13 PMID:36255703	研究论文	本文详细介绍了从人类和小鼠组织中分离胸腺基质细胞的方法	开发了适用于基质细胞分离的高通量单细胞分析技术	对于如何预防或逆转胸腺基质损伤的知识仍然有限	研究胸腺基质细胞的分离方法，以便进行下游应用分析	人类和小鼠的胸腺基质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	人类和小鼠的胸腺组织
14258	2024-08-07	Multi-resolution characterization of molecular taxonomies in bulk and single-cell transcriptomics data 2021-09-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab552 PMID:34226941	研究论文	本文介绍了一种名为K2Taxonomer的新型无监督递归分区算法及其相关的R包，该算法利用集成学习在类似分类结构的层次中识别稳健的子组	K2Taxonomer算法能够适应不同的数据范式，适用于批量和单细胞转录组学以及其他‘组学’数据的分析	NA	开发一种新算法以在大型生物医学项目中高效识别分子亚型	批量和单细胞转录组学数据	组学	乳腺癌	转录组学	集成学习	转录组数据	包括模拟数据和人类组织数据，具体样本数量未明确
14259	2024-08-07	A novel subpopulation of monocytes with a strong interferon signature indicated by SIGLEC-1 is present in patients with in recent-onset type 1 diabetes 2024-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06098-4 PMID:38349399	研究论文	本研究探讨了1型糖尿病发病初期的病理性免疫反应，并发现了新的免疫治疗靶点	识别出一类新的SIGLEC-1+单核细胞亚群，该亚群在1型糖尿病患者中比例显著增加，并具有强烈的干扰素特征	NA	探索1型糖尿病发病初期的病理性免疫反应及新的免疫治疗靶点	新诊断的成人隐匿性自身免疫糖尿病（LADA）患者和健康对照者的外周血样本	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	4名LADA患者和4名健康对照者，以及包括54名LADA患者、17名成人2型糖尿病患者和26名健康成人的验证队列
14260	2024-08-05	Development of a novel head and neck squamous cell carcinoma prognostic signature by bulk/single-cell sequencing data integration 2024-Mar, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.14443 PMID:36398480	研究论文	本研究旨在为头颈鳞状细胞癌(HNSCC)开发一种新的预后标志物	通过整合单细胞和大规模转录组数据，识别与不良预后相关的特定癌细胞亚群，并开发了一种包含六个基因的新预后标志物	独立验证仅在我们的患者队列中进行，可能需要更广泛的样本验证	识别与癌症不良预后相关的细胞亚群并开发预后签名	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者的特定癌细胞亚群	数字病理学	头颈癌	RNA测序	Cox回归模型	转录组数据	NA