单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14181	2024-08-07	Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for sepsis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27379 PMID:38495196	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析，识别了铜依赖性细胞死亡（cuproptosis）在脓毒症中的免疫特征生物标志物和治疗靶点	首次揭示了cuproptosis在脓毒症免疫特征中的作用，并识别了关键的差异表达cuproptosis相关基因（DECuGs）和潜在的新药	研究依赖于已有的公开数据集，未涉及临床试验验证	探索cuproptosis在脓毒症中的免疫特征和潜在的治疗靶点	脓毒症患者的免疫细胞和cuproptosis相关基因	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	两个脓毒症数据集（GSE9960和GSE134347），具体样本数量未详细说明
14182	2024-08-07	Tumor-infiltrating CD8+ sub-populations in primary and recurrent glioblastoma: An in-silico study 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27329 PMID:38495199	研究论文	研究分析了原发性和复发性胶质母细胞瘤中肿瘤浸润性CD8+ T细胞的亚群，并探讨了其在肿瘤微环境中的作用	提供了原发性和复发性胶质母细胞瘤中CD8+ TILs亚群的详细图谱，为未来的精准免疫治疗提供了概念验证	NA	研究CD8+ TILs亚群在原发性和复发性胶质母细胞瘤中的分布及其在肿瘤微环境中的作用	原发性和复发性胶质母细胞瘤中的肿瘤浸润性CD8+ T细胞亚群	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14183	2024-08-07	Single-cell transcriptomes reveal the heterogeneity and microenvironment of vestibular schwannoma 2024-03-04, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad201 PMID:37862593	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了前庭神经鞘瘤的异质性和微环境	首次在单细胞水平上揭示了前庭神经鞘瘤的微环境，并发现了与快速生长相关的特定细胞亚群	研究仅限于少数样本，可能需要更多样本以验证结果的普遍性	探究前庭神经鞘瘤的细胞异质性和微环境，以增进对该疾病临床表型的理解	前庭神经鞘瘤及其正常神经样本	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	7个前庭神经鞘瘤样本和2个正常神经样本
14184	2024-08-07	5 signature genes revealed by single-cell profiling identified unique immune subtypes affecting the prognosis of ovarian cancer 2024-Mar, European review for medical and pharmacological sciences DOI:10.26355/eurrev_202403_35618 PMID:38497886	研究论文	本研究通过单细胞测序数据识别出五个与卵巢癌预后相关的标志性基因，并据此将患者分为五个亚型，分析了各亚型的临床预后和治疗反应	首次通过单细胞测序数据识别出五个影响卵巢癌预后的标志性基因，并据此进行患者亚型分类，为临床决策提供指导	NA	旨在识别预测卵巢癌临床预后的生物标志物，特别是针对免疫治疗和化疗的预后分组	卵巢癌患者的基因标志物和预后亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	共识聚类	基因表达数据	TCGA-OV数据库中的患者样本
14185	2024-08-07	A comprehensive database of exosome molecular biomarkers and disease-gene associations 2024-Feb-15, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03015-7 PMID:38360815	研究论文	开发了一个综合数据库ExMdb，包含外泌体核酸生物标志物与疾病-基因关联信息	首次系统地整合了外泌体核酸生物标志物与疾病-基因关联的数据，并提供了大量的高通量数据支持	NA	探索复杂疾病的调控机制并促进诊断和治疗生物标志物的开发	外泌体核酸生物标志物及其与疾病基因的关联	NA	NA	RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据集	4,586个实验支持的基因-疾病关联，13,768个诊断和治疗生物标志物，312,049个核酸亚细胞定位，164个高通量数据集
14186	2024-08-04	Integrating single-cell transcriptomics with cellular phenotypes: cell morphology, Ca2+ imaging and electrophysiology 2024-Feb, Biophysical reviews IF:4.9Q1 DOI:10.1007/s12551-023-01174-2 PMID:38495444	综述	本文回顾了单细胞转录组学与细胞表型结合的最新技术进展	提出了一系列新的方法将scRNAseq与生物物理测量结合，为转录组数据与细胞功能之间的联系提供了生理学见解	文章中未明确提及具体的技术限制或挑战	旨在探讨如何通过结合单细胞转录组学和细胞表型来理解细胞状态及其功能	研究对象包括细胞形态、钙信号和电生理学等细胞功能指标	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNAseq)	NA	转录组数据与生物物理测量数据	强调在具有可兴奋细胞类型的组织中的应用，例如大脑、胰岛和视网膜，但具体样本数未说明
14187	2024-08-04	DOT1L promotes expression of CD44 through the Wnt/β-catenin signaling pathway in early gastric carcinoma 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90170 PMID:38495505	研究论文	本研究评估了DOT1L基因在胃癌组织中的表达及其促进癌症干细胞介导的上皮-间质转化的功能	发现DOT1L通过Wnt/β-连环蛋白信号通路促进CD44的表达，揭示了其在胃癌干细胞调节中的重要性	样本量相对较小，限制了结果的广泛适用性和外推性	研究DOT1L在早期胃癌中的作用及其机制	通过单细胞测序分析早期胃癌和低级别上皮内瘤变的组织样本	数字病理学	胃癌	全外显子测序、单细胞测序	NA	组织样本	24个样本（来自8名患者的3个阶段，其中每个阶段各8个样本）
14188	2024-08-04	Identification of T-cell exhaustion-related genes and prediction of their immunotherapeutic role in lung adenocarcinoma 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.92839 PMID:38495503	研究论文	本文探讨了与T细胞耗竭相关的基因及其在肺腺癌免疫治疗中的预测作用	构建了一个基于T细胞耗竭的模型，用于评估肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	未提及具体的实验限制	探讨T细胞耗竭对肿瘤微环境的影响及其在肺腺癌中的作用	肺腺癌患者的RNA-seq数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA-seq (scRNA-seq)，RNA-seq	LASSO-Cox分析	基因表达数据	来自TCGA和GEO的LUAD患者数据，涉及多个验证队列
14189	2024-08-04	Unravelling spatial gene associations with SEAGAL: a Python package for spatial transcriptomics data analysis and visualization 2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad431 PMID:37436699	研究论文	本文介绍了一个名为SEAGAL的Python包，用于分析和可视化空间转录组数据。	SEAGAL包能够在单基因和基因集水平上检测和可视化空间基因相关性，突破了传统共表达分析的局限。	尚未提及具体局限性。	旨在通过空间转录组分析揭示基因的空间相关性。	对空间转录组数据集中的基因表达和空间坐标进行分析。	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
14190	2024-08-04	Single-cell profiling identifies ACE+ granuloma macrophages as a nonpermissive niche for intracellular bacteria during persistent Salmonella infection 2023-01-06, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add4333 PMID:36608122	研究论文	本研究揭示了ACE+ granuloma巨噬细胞在持久性沙门氏菌感染中作为非允许性细胞生态位的作用	首次通过单细胞转录组分析揭示了ACE巨噬细胞的功能多样性及其在细菌持久感染中的角色	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类感染中的机制	探讨巨噬细胞在沙门氏菌持久感染中的功能及其异质性	沙门氏菌感染的小鼠模型中的巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
14191	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals peripheral immune responses in non-segmental vitiligo 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1221260 PMID:38077333	研究论文	这项研究使用单细胞RNA测序揭示了非分段性白癜风患者的外周免疫反应	首次系统性研究了非分段性白癜风患者外周血液中循环免疫细胞的类型和功能	样本量较小，仅包括五个白癜风患者和三个健康对照组	研究白癜风患者外周免疫反应的机制	五个进展性非分段性白癜风患者和三个健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	白癜风	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	五个白癜风患者，三个健康对照
14192	2024-08-07	A novel signature predicts prognosis and immunotherapy in lung adenocarcinoma based on cancer-associated fibroblasts 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1201573 PMID:37325647	研究论文	本研究旨在探讨肺腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特征，并开发一种风险标志物以预测肺腺癌患者的预后	本研究开发了一种新的风险标志物，结合临床病理特征的诺模图，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应	研究结果需要在体内实验中进一步验证	研究肺腺癌中CAFs的特征，并开发一种风险标志物以预测患者的预后	肺腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	Lasso回归	RNA测序数据	1731个差异表达基因（DEGs）中的492个基因用于构建风险标志物
14193	2024-08-07	Identification of the immune-associated characteristics and predictive biomarkers of keratoconus based on single-cell RNA-sequencing and bulk RNA-sequencing 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1220646 PMID:37965330	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，探讨了圆锥角膜（KC）的免疫相关特征及其预测性生物标志物。	首次综合利用scRNA-seq和bulk RNA-seq技术，结合机器学习算法，识别出与KC进展相关的关键免疫细胞簇和预测性基因标志物。	研究依赖于现有的数据库和公开的测序数据，可能存在样本选择偏倚；机器学习模型的泛化能力需进一步验证。	旨在探讨圆锥角膜是否为炎症性疾病，并识别其免疫相关特征和预测性生物标志物。	圆锥角膜的免疫细胞簇和相关基因表达模式。	数字病理学	圆锥角膜	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	随机森林（RF），支持向量机（SVM），最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归分析	RNA序列数据	涉及多个细胞簇和1362个差异表达基因（DEGs）
14194	2024-08-07	Differential in vivo labeling with barcoded antibodies allows for simultaneous transcriptomic profiling of airway, lung tissue and intravascular immune cells 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1227175 PMID:38094305	研究论文	本文介绍了一种基于条形码抗体差异标记的方法，用于同时分析气道、肺组织和血管内免疫细胞的转录组特征	该方法不仅提供了基本的空间信息，还允许直接比较不同解剖部位的细胞，并且比传统的单细胞RNA测序方法更节省时间和成本	NA	开发一种新的方法来同时分析气道、肺组织和血管内免疫细胞的转录组特征	气道、肺组织和血管内免疫细胞的转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	在小鼠细菌性肺感染的临床前模型中进行了可行性验证
14195	2024-08-04	Mast cell activation disrupts interactions between endothelial cells and pericytes during early life allergic asthma 2024-Mar-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173676 PMID:38487999	研究论文	这篇文章研究了过敏性哮喘如何影响早期生命小鼠的肺微循环	揭示了肥大细胞激活如何通过蛋白酶破坏内皮细胞与周细胞之间的相互作用	研究主要基于小鼠模型，尚需在人类样本中验证	探讨过敏性哮喘对早期生命肺微循环的影响	新生小鼠肺脏切片以及儿童哮喘支气管活检样本	数字病理学	过敏性哮喘	定量成像与空间转录组学	NA	图像和生物样本	新生小鼠肺脏切片与儿童哮喘的支气管活检样本
14196	2024-08-04	Single-cell sequencing shows mosaic aneuploidy in most human embryos 2024-Mar-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179134 PMID:38488008	研究论文	该文章探讨了人类胚胎中的马赛克非整倍体现象，指出这一现象在大多数胚胎中普遍存在	提供了单细胞基因组测序数据，严谨评估了健康人类IVF胚胎中马赛克非整倍体的发生率和程度	研究未探讨非整倍体对胚胎结果的具体临床后果	旨在评估人类IVF胚胎中马赛克非整倍体现象的普遍性及其影响	健康的人类体外受精（IVF）胚胎	数字病理学	NA	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	至少80%的胚胎样本
14197	2024-08-04	Single-cell RNA-sequencing of cellular heterogeneity and pathogenic mechanisms in paraquat-induced Parkinson's disease with depression 2024-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116169 PMID:38447518	研究论文	本研究探讨了对于帕金森病合并抑郁症的小鼠模型中细胞异质性及其病理机制的单细胞RNA测序分析	揭示了特定的谷氨酸能神经元群体在帕金森病合并抑郁症进展中的作用并建立了全面的基因表达图谱	该研究主要依赖小鼠模型，可能无法完全推导到人类疾病的复杂性	全面研究在帕金森病背景下抑郁症进展的细胞异质性和机制	以PQ诱导的帕金森病合并抑郁症小鼠模型为研究对象	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	使用了多只小鼠进行实验
14198	2024-08-04	Single-cell and multi-omics analyses highlight cancer-associated fibroblasts-induced immune evasion and epithelial mesenchymal transition for smoking bladder cancer 2024-Mar-15, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2024.153782 PMID:38493947	研究论文	研究揭示了吸烟膀胱癌中癌相关成纤维细胞诱导的免疫逃逸和上皮-间质转化的机制	构建了一个新的预后标志，并识别了33个与烟草致癌物相关的关键基因	对烟草致癌物及其在膀胱癌预后中的具体功能尚缺乏深入阐述	系统评估烟草致癌物对膀胱癌预后的影响	膀胱癌特异性烟草致癌物相关基因	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序，癌基因组分析	基因×基因交互模型	基因数据	来自南京膀胱癌队列和TCGA数据库的基因数据
14199	2024-08-04	Highly sensitive spatial transcriptomics using FISHnCHIPs of multiple co-expressed genes 2024-Mar-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46669-y PMID:38491027	研究论文	本文介绍了一种名为FISHnCHIPs的技术，用于高度灵敏的细胞类型和基因表达程序的原位剖析	FISHnCHIPs能够同时成像~2-35个共同表达的基因，具有~2-20倍于单基因FISH的灵敏度	未在摘要中提到具体的局限性	旨在提高组织样本的空间转录组学分析的灵敏度	涉及鼠类肾脏和脑部的组织样本，以及人类结直肠癌活检样本	数字病理学	结直肠癌	FISH	NA	组织样本	分析了多个鼠类样本和一个人类活检样本
14200	2024-08-07	A prognostic risk prediction model based on ferroptosis-related long non-coding RNAs in bladder cancer: A bulk RNA-seq research and scRNA-seq validation: Erratum 2024-Mar-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000037547 PMID:38489743	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA