单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14181	2024-08-04	Evaluation of zero counts to better understand the discrepancies between bulk and single-cell RNA-Seq platforms 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.09.035 PMID:37841335	研究论文	文章探讨了批量RNA测序与单细胞RNA测序之间的差异以及零计数的影响	发现RNA完整性、基因长度及转录本数量对零计数的影响，为跨平台表达偏移修正开发新方法提供了基础	仅通过四组配对数据分析，样本量或数据丰富性可能有限	旨在理解批量与单细胞RNA测序在表达测量上的差异	研究对象为测序平台的技术和生物因素以及基因和生物通路	数字病理学	NA	RNA测序	机器学习模型	转录组数据	四组配对数据集，每组含多个样本
14182	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing provides novel insights to pathologic pathways in abdominal aortic aneurysm 2023, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2023.1172080 PMID:37288252	review	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在腹主动脉瘤发病机制研究中的应用	单细胞RNA测序技术提供了无偏见的、全局性的转录组特征视图，有助于识别腹主动脉瘤形成的关键通路	NA	探讨单细胞RNA测序技术在腹主动脉瘤分析中的应用趋势和未来潜力	腹主动脉瘤的发病机制	digital pathology	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
14183	2024-08-04	Exercise potentially prevents colorectal cancer liver metastases by suppressing tumor epithelial cell stemness via RPS4X downregulation 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26604 PMID:38439884	研究论文	本研究探讨了运动通过下调RPS4X抑制结直肠癌肝转移的机制	研究首次揭示了运动通过调节RPS4X表达来抑制结直肠癌的干性和转移风险	该研究主要依赖于生物信息学分析和实验验证，临床数据的验证尚未充分	研究运动对结直肠癌肝转移的影响及其机制	重点研究结直肠癌的上皮细胞及其干性标志物	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析、肿瘤微阵列、细胞/动物实验	NA	基因表达数据	19331个样本，涉及多种癌症数据集
14184	2024-08-07	Liver-restricted Type I IFN Signature Precedes Liver Damage in Chronic Hepatitis B Patients Stopping Antiviral Therapy 2024-Mar-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300569 PMID:38294274	研究论文	本研究追踪了停止抗病毒治疗的慢性乙型肝炎患者肝脏中的免疫成分和激活状态，使用流式细胞术和单细胞RNA测序分析，发现I型干扰素信号在肝脏损伤前出现。	首次揭示了I型干扰素信号在慢性乙型肝炎患者肝脏损伤前的出现，并确认了MIF在炎症反应中的作用。	研究样本量未明确提及，且仅限于慢性乙型肝炎患者，可能限制了结果的普遍性。	探讨慢性乙型肝炎患者停止抗病毒治疗后，肝脏损伤前的早期免疫激活事件。	慢性乙型肝炎患者的肝脏免疫反应。	NA	乙型肝炎	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA	NA
14185	2024-08-07	CD169+ classical monocyte as an important participant in Graves' ophthalmopathy through CXCL12-CXCR4 axis 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109213 PMID:38439953	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和多平台分析，探讨了CD169经典单核细胞在Graves眼病中的作用及其通过CXCL12-CXCR4轴的机制	首次揭示了CD169经典单核细胞在Graves眼病中的临床意义及其分化为CD169巨噬细胞促进炎症、脂肪生成和纤维化的作用	需要进一步研究针对循环中单核细胞和CXCL12-CXCR4轴的治疗策略	探究Graves眼病的病理机制及其潜在的治疗靶点	Graves病和Graves眼病患者	NA	Graves眼病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括Graves病和Graves眼病患者
14186	2024-08-07	Single-cell transcriptome profiling implicates the psychological stress-induced disruption of spermatogenesis 2024-Mar-12, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102158 PMID:38439912	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了心理压力对大鼠精子发生的影响，揭示了心理压力导致的细胞和分子层面的变化	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了心理压力对精子发生的细胞和分子机制的影响	研究仅限于大鼠模型，未来需要进一步在其他物种中验证这些发现	揭示心理压力如何通过细胞和分子机制影响精子发生	心理压力对大鼠精子发生的影响	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	11,744个睾丸细胞
14187	2024-08-07	Lineage and ecology define liver tumor evolution in response to treatment 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101394 PMID:38280378	研究论文	本文通过单细胞转录组学方法，研究了肝癌患者肿瘤样本在治疗过程中的进化轨迹	提出了一种基于细胞谱系和生态学的评分系统，用于监测肿瘤在治疗干预下的进化	NA	研究肝癌在治疗反应中的进化机制	肝癌患者的肿瘤样本	数字病理学	肝癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	716名肝癌患者
14188	2024-08-04	Single-cell insights into immune dysregulation in rheumatoid arthritis flare versus drug-free remission 2024-Feb-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45213-2 PMID:38316770	研究论文	本文探讨类风湿性关节炎（RA）在药物撤除后的免疫失调及其发作过程	提出了一种模型来理解RA的免疫失调，为治疗和预防提供了新的研究方向	研究主要集中在药物撤除后的短期效果，可能未能全面覆盖所有RA患者的情况	探讨类风湿性关节炎发作时的免疫机制	分析类风湿性关节炎患者在发作与药物撤除缓解状态下的免疫细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞测序和质谱细胞术	NA	细胞数据	研究涉及类风湿性关节炎患者的循环细胞亚群
14189	2024-08-07	Baf-mediated transcriptional regulation of teashirt is essential for the development of neural progenitor cell lineages 2024-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01169-3 PMID:38374207	研究论文	研究通过遗传学方法破坏果蝇神经系统中的进化保守屏障自整合因子（Baf），利用单细胞RNA测序技术揭示了Baf敲降引起的转录组变化，特别是I型神经母细胞中的变化，并发现Baf与转录因子teashirt（tsh）共同作用于异染色质锚定至内核膜的过程，从而调控神经前体细胞谱系的发育	首次揭示了Baf介导的teashirt转录调控是一种新的分子机制，用于调节神经前体细胞谱系的发育	NA	探索异染色质锚定至内核膜的细胞类型特异性或上下文依赖性程序化调控对神经细胞发育的影响	果蝇神经系统中的Baf因子及其对神经前体细胞谱系发育的影响	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	果蝇神经系统中的I型神经母细胞
14190	2024-08-04	A novel variable neighborhood search approach for cell clustering for spatial transcriptomics 2024, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.109 PMID:38440167	研究论文	本文提出了一种新的基于可变邻域搜索的细胞聚类方法，结合基因表达和空间坐标进行细胞聚类	引入了基于可变邻域搜索的模型，超越了传统细胞类型聚类，能够在空间域中进行聚类	NA	研究细胞聚类的方法，特别是在空间转录组学领域	细胞聚类，基于基因表达和空间坐标的信息	数字病理学	NA	可变邻域搜索	NA	基因表达矩阵和空间坐标	NA
14191	2024-08-04	Opportunities for High-plex Spatial Transcriptomics in Solid Organ Transplantation 2023-Dec-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004587 PMID:36944604	review	本文讨论了高通量空间转录组技术在固体器官移植中的应用	探讨了空间转录组技术在移植科学中的潜在应用，以识别新的治疗干预和生物标志物	对现有技术的应用于移植的具体案例缺乏深入研究	研究高通量空间转录组技术在移植科学中的应用潜力	探讨移植患者及其与拒绝、耐受、感染等病理过程相关的情况	数字病理	NA	高通量空间转录组技术	NA	mRNA转录组	NA
14192	2024-08-04	Identification of biomarkers of renal ischemia-reperfusion injury by bioinformatics analysis and single-cell sequencing analysis combined with in vivo validation 2023-12, Transplant immunology IF:1.6Q3 DOI:10.1016/j.trim.2023.101928 PMID:37704087	研究论文	本文研究了与肾缺血再灌注损伤相关的中心基因和通路	本研究识别了cyp1a1和pdk4作为肾缺血的潜在生物标志物，并展示了其良好的诊断价值	未提及该研究的局限性	探索肾缺血再灌注损伤的生物标志物	小鼠肾缺血样本	数字病理学	肾脏疾病	单细胞分析、qRT-PCR	NA	转录组表达数据	小鼠肾缺血样本的转录组数据，共发现157个差异表达基因
14193	2024-08-04	Spatial transcriptomics reveals novel genes during the remodelling of the embryonic human arterial valves 2023-Nov, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010777 PMID:38011284	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了人类胚胎动脉瓣重塑过程中发现的新基因	发现了一些在小鼠基因组中不存在的新基因，这些基因与瓣膜发育未曾关联过	研究主要集中在早期人类胚胎，可能不适用于其他发育阶段	探究人类胚胎动脉瓣的形成和重塑过程中的转录组特征	人类胚胎中的动脉瓣	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	CS16和CS19的动脉瓣
14194	2024-08-04	Lineage skewing and genome instability underlie marrow failure in a zebrafish model of GATA2 deficiency 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112571 PMID:37256751	研究论文	本研究探讨了GATA2缺乏的斑马鱼模型中的骨髓衰竭机制。	揭示了gata2a缺失导致的细胞谱系偏倚及基因组不稳定性对骨髓衰竭的影响	研究仅在斑马鱼模型中进行，未验证在人类中的结果	研究GATA2缺乏所致骨髓衰竭的机制	斑马鱼模型中的HSPC细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学和染色质可及性分析	NA	细胞	NA
14195	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptional changes of human choroidal and retinal pigment epithelium cells during fetal development, in healthy adult and intermediate age-related macular degeneration 2023-05-05, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddad007 PMID:36645183	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序揭示了人类脉络膜和视网膜色素上皮细胞在胎儿发育期间、健康成人和中间阶段年龄相关性黄斑变性的转录变化	研究揭示了从胎儿到成人状态转变过程中与氧化应激反应和重金属毒性解毒相关的基因表达增加	结果需要通过在更大数量的AMD患者和对照者中使用额外技术进行验证，因为单细胞RNA测序的复杂组织处理可能导致技术伪影	解析不同发育阶段及疾病状态下人类RPE和脉络膜细胞的转录变化	人类胎儿和成人的RPE-脉络膜组织	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	涉及人类胎儿和成人RPE-脉络膜组织的样本
14196	2024-08-07	Human Retinal Organoids Provide a Suitable Tool for Toxicological Investigations: A Comprehensive Validation Using Drugs and Compounds Affecting the Retina 2022-03-17, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szab010 PMID:35298655	研究论文	本研究使用源自人类多能干细胞（hPSCs）的视网膜类器官进行药物和化合物毒性筛选，验证其作为毒理学研究工具的适用性	首次提供了视网膜类器官在毒理学研究中适用性的强有力实验证据	NA	验证视网膜类器官作为毒理学研究工具的适用性	视网膜类器官对多种药物和化合物的反应	NA	NA	单细胞RNA测序（Single-cell RNA-Seq）	NA	细胞	两个hPSC细胞系分化成的视网膜类器官
14197	2024-08-07	Single Cell Transcriptomes of In Vitro Bradyzoite Infected Cells Reveals Toxoplasma gondii Stage Dependent Host Cell Alterations 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.848693 PMID:35372115	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了体外感染布氏锥虫的宿主细胞转录组变化	揭示了布氏锥虫感染阶段依赖的宿主细胞转录组变化，并发现了宿主细胞中c-Myc和NF-κB信号通路及能量代谢途径的上调	未提及	旨在理解宿主细胞与布氏锥虫在转录组层面的相互作用	体外感染布氏锥虫的宿主细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
14198	2024-08-07	RNA-Scoop: interactive visualization of transcripts in single-cell transcriptomes 2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab105 PMID:34859209	研究论文	本文介绍了RNA-Scoop，一个用于分析单细胞转录组中转录本使用情况的交互式细胞簇和转录组可视化工具	RNA-Scoop允许用户检查不同簇之间的差异转录本表达，并研究特定转录本表达机制在细胞组中的变化	NA	开发一个工具来分析单细胞转录组中的转录本使用情况	单细胞转录组中的转录本使用情况	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
14199	2024-08-07	Subclonal cooperation drives metastasis by modulating local and systemic immune microenvironments 2019-07, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0346-x PMID:31263265	研究论文	本文研究了乳腺癌细胞中的次要亚克隆通过调节局部和系统性免疫微环境促进转移的机制	首次揭示了IL11和FIGF表达的次要亚克隆通过间接合作促进转移性进展的机制	NA	探讨肿瘤异质性对临床结果的影响及其机制	乳腺癌细胞的亚克隆及其在转移中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括原发肿瘤、血液和肺部的CD45细胞群
14200	2024-08-07	Unravelling Intratumoral Heterogeneity through High-Sensitivity Single-Cell Mutational Analysis and Parallel RNA Sequencing 2019-03-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.01.009 PMID:30765193	研究论文	本文开发了一种名为TARGET-seq的高灵敏度单细胞突变分析方法，结合并行RNA测序，用于解析肿瘤内异质性	TARGET-seq方法能够在单细胞水平上同时进行高灵敏度的多重突变检测和无偏差的整个转录组分析	NA	克服单细胞RNA测序在研究癌组织时缺乏关键突变热点覆盖的问题	骨髓增生性肿瘤（MPN）的干细胞和前体细胞	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组和编码DNA	4,559个单细胞