单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 1401 - 1420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1401 | 2025-04-06 |
ODSEI Chip: An Open 3D Microfluidic Platform for Studying Tumor Spheroid-Endothelial Interactions
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410659
PMID:39805002
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research paper | 介绍了一种新型开放式3D微流控平台ODSEI芯片，用于研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用 | 开发了一种能够阵列超过1000个肿瘤球体并允许单球体水平分析的开放式3D微流控平台 | 未提及具体的技术限制或应用范围的局限性 | 研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用及其在药物耐药性中的作用 | 乳腺癌肿瘤球体与血管内皮细胞 | digital pathology | breast cancer | single-cell RNA sequencing, protein arrays | 3D-microarray platform | gene expression profiles, cytokines | 超过1000个肿瘤球体 |
| 1402 | 2025-04-06 |
AXL-Mediated Drug Resistance in ALK-Rearranged NSCLC Enhanced by GAS6 From Macrophages and MMP11 Positive Fibroblasts
2025-Apr, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70006
PMID:39904499
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research paper | 本研究探讨了AXL介导的ALK重排非小细胞肺癌（NSCLC）对ALK-TKI药物alectinib的耐药机制，特别是在肿瘤微环境中GAS6和MMP11的作用 | 揭示了AXL表达和GAS6在肿瘤微环境中的协同作用如何增强ALK-TKI耐药性，并识别了CAFs和TAMs作为GAS6的主要来源 | 研究主要基于体外和小鼠模型，未在大量患者样本中验证 | 探究ALK重排NSCLC对alectinib耐药的分子机制 | ALK重排NSCLC细胞系（H3122）、小鼠模型、患者样本 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、小鼠模型实验 | NA | 基因表达数据、临床样本数据 | 患者样本和小鼠模型 |
| 1403 | 2025-04-06 |
SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881
PMID:40179332
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研究论文 | 提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组学数据分析 | SpaMask通过同时掩码部分节点和边，结合MGAE和MGCL模块，提高了模型的性能和鲁棒性 | 未明确提及具体局限性 | 改进空间转录组学数据分析中的空间域表征方法 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间分辨转录组学(SRT) | 图神经网络(GNN), 图自编码器, 对比学习 | 空间转录组数据 | 来自5个不同平台的8个数据集 |
| 1404 | 2025-04-06 |
scRNA-seq of the intestine reveals the key role of mast cells in early gut dysfunction associated with acute pancreatitis
2025-Mar-28, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v31.i12.103094
PMID:40182603
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肥大细胞在急性胰腺炎早期肠道功能障碍中的关键作用 | 首次在单细胞水平解析急性胰腺炎早期肠道屏障功能障碍的分子机制，并鉴定出肥大细胞分泌的CCL5是潜在治疗靶点 | 研究仅基于动物模型，尚未在人类样本中验证 | 探索急性胰腺炎相关肠道损伤的生物学过程和机制，寻找早期防治靶点 | 小鼠小肠组织 | 单细胞组学 | 急性胰腺炎 | scRNA-seq | 动物模型（雨蛙素诱导急性胰腺炎） | 单细胞转录组数据 | 33232个细胞（包含正常组、AP1组和AP2组） |
| 1405 | 2025-04-06 |
Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes
2025-Mar-21, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016
PMID:40122457
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研究论文 | 本研究旨在利用肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因开发膀胱癌（BLCA）的预测模型 | 构建了一个新的TIIC特征评分，用于BLCA的预后和免疫治疗预测，并发现该评分与生存状态、肿瘤分期及PD-L1免疫治疗反应显著相关 | 未发现非癌性膀胱状况与BLCA之间的显著统计学关联，仅在SNP位点rs3763840上观察到显著关联 | 开发基于TIIC相关基因的膀胱癌预测模型，并评估其预后和免疫治疗预测能力 | 膀胱癌（BLCA）患者及其肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA表达数据分析、scRNA-seq、单变量Cox分析 | 20种机器学习算法 | RNA表达数据、scRNA-seq数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多组RNA表达数据和scRNA-seq数据 |
| 1406 | 2025-04-06 |
Expansion and pathogenic activation of skeletal muscle-resident macrophages in mdx5cv/Ccr2-/- mice
2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2410095122
PMID:40067893
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research paper | 本研究探讨了在Duchenne肌营养不良症（DMD）小鼠模型中，骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增和致病性激活机制 | 揭示了在CCR2缺陷小鼠中，骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增和致病性激活，以及FAPs通过CSF-1刺激巨噬细胞增殖的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类DMD患者中验证 | 探究DMD小鼠模型中骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增和致病性激活机制 | mdx5cv/Ccr2-/-小鼠和野生型小鼠 | 生物医学研究 | Duchenne肌营养不良症 | 单细胞RNA测序分析和基于谱系追踪的巨噬细胞起源研究 | 小鼠模型 | 基因表达数据和细胞增殖数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及mdx5cv/Ccr2-/-小鼠和野生型小鼠的比较 |
| 1407 | 2025-04-06 |
CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf126
PMID:40178283
|
研究论文 | 提出了一种名为CoupleVAE的新型深度学习方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据 | CoupleVAE通过两个耦合的VAE和一个耦合器，在潜在空间中进行更复杂的单细胞状态转换，有效预测扰动后的单细胞RNA测序数据 | NA | 预测单细胞扰动响应，以理解生物体的功能和行为 | 单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | VAE (变分自编码器) | RNA测序数据 | 三个真实数据集（感染、刺激和跨物种预测） |
| 1408 | 2025-04-06 |
Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility
2025-Mar, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011420
PMID:40106407
|
研究论文 | 本研究开发了一个针对小鼠的单细胞转录组深度学习模型mouse-Geneformer，并探讨了其跨物种应用的潜力 | 首次构建了基于小鼠大规模单细胞转录组数据的预训练模型mouse-Geneformer，并验证了其在小鼠和人类数据上的跨物种分析能力 | 在人类COVID-19模型上的分析结果与人类专用Geneformer仅部分一致，表明物种特异性模型对某些疾病机制分析的重要性 | 开发适用于小鼠单细胞转录组分析的深度学习模型，并探索其在跨物种分析中的应用 | 小鼠和人类的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 心肌梗塞和COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Transformer Encoder | 单细胞转录组数据 | 2100万个小鼠单细胞转录组样本 |
| 1409 | 2025-04-06 |
Chemokine Ligands and Receptors Regulate Macrophage Polarization in Atherosclerosis: A Comprehensive Database Mining Study
2025-Mar, CJC open
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.cjco.2024.11.018
PMID:40182401
|
研究论文 | 通过生物信息学方法研究趋化因子配体和受体在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用 | 首次通过公共数据库挖掘和生物信息学分析，揭示了趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的具体机制 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探究趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用机制 | 巨噬细胞极化和趋化因子 | 生物信息学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, GEO2R, IPA分析 | 巨噬细胞极化调控模型 | 基因表达数据 | 公共数据库中的小鼠组织数据 |
| 1410 | 2025-04-06 |
Spatial profiling of the interplay between cell type- and vision-dependent transcriptomic programs in the visual cortex
2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421022122
PMID:39946537
|
research paper | 该研究通过空间转录组分析，探讨了视觉经验对初级视觉皮层（V1）中L2/3神经元细胞类型空间组织的影响 | 揭示了视觉剥夺诱导的转录组变化包含两个独立的基因程序，并提出了L2/3细胞类型空间分区与基因表达连续性的关联 | 研究仅关注了L2/3细胞类型，未涵盖其他皮层细胞类型 | 探究早期感觉经验如何影响哺乳动物新皮层神经元细胞类型的组织和功能 | 初级视觉皮层（V1）中的L2/3神经元细胞类型 | 神经科学 | NA | 空间转录组分析，单核RNA测序 | 多任务理论 | 转录组数据 | 正常饲养和黑暗饲养的L2/3细胞 |
| 1411 | 2025-04-06 |
HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200
PMID:39680021
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研究论文 | 本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌(PDAC)基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的用途 | 发现HMGA2表达可预测PDAC患者的生存期和治疗反应，并与GATA6状态结合可识别疾病亚型 | 研究样本量有限，且需要进一步验证HMGA2作为生物标志物的临床应用价值 | 探索HMGA2在PDAC中的预后和治疗抵抗预测价值 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(RNA-seq)、多重免疫组化(IHC) | NA | RNA-seq数据、免疫组化数据 | 172例患者样本(单细胞RNA-seq)、580例PDAC样本(多重IHC)、额外30例多样化患者样本 |
| 1412 | 2025-04-06 |
Multi-omics-based mapping of decidualization resistance in patients with a history of severe preeclampsia
2025-Feb, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03407-7
PMID:39775038
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研究论文 | 通过多组学策略揭示严重子痫前期患者子宫内膜蜕膜化抵抗的细胞和分子特征 | 首次使用多组学方法（包括单细胞RNA测序和空间转录组学）系统研究严重子痫前期患者的子宫内膜蜕膜化抵抗现象 | 样本量相对较小（sPE患者n=11，对照组n=12），需要在更大队列中验证发现 | 探索严重子痫前期患者子宫内膜蜕膜化抵抗的分子机制 | 严重子痫前期患者的子宫内膜组织 | 多组学分析 | 子痫前期 | scRNA-seq, 空间转录组学, 激光捕获显微切割/质谱 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 质谱数据 | 23例子宫内膜样本（11例sPE患者，12例对照） |
| 1413 | 2025-04-06 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals SH3D21 promotes hepatocellular carcinoma progression by activating the PI3K/AKT/mTOR pathway
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0302766
PMID:40179068
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研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，揭示了SH3D21通过激活PI3K/AKT/mTOR通路促进肝细胞癌进展的机制 | 首次揭示了SH3D21作为新型遗传生物标志物在肝细胞癌中的表达和功能，并证实其通过激活PI3K/AKT/mTOR信号通路促进肿瘤进展 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探究SH3D21在肝细胞癌中的表达特征、临床意义及其促癌机制 | 肝细胞癌患者样本和癌细胞系 | 癌症基因组学 | 肝细胞癌 | RNA测序（bulk和单细胞）、qRT-PCR、CCK-8实验、集落形成实验、Western blot | NA | 基因表达数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的肝细胞癌样本 |
| 1414 | 2025-04-06 |
Predicting and comparing transcription start sites in single cell populations
2025, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012878
PMID:40179341
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研究论文 | 该研究开发了一个名为scTSS的计算流程，用于预测和比较单细胞群体中的转录起始位点（TSS） | scTSS能够同时处理配对端和单端5'单细胞RNA测序数据，并进行差异TSS使用分析 | 当前方法缺乏在单细胞环境中的比较评估，且主要针对配对端数据 | 开发一个计算流程以分析单细胞分辨率下的转录起始位点 | 单细胞群体中的转录起始位点（TSS） | 生物信息学 | NA | 5'单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Binomial广义线性混合模型 | RNA测序数据 | 两种不同疾病的单细胞数据 |
| 1415 | 2025-04-06 |
Unraveling the spatial and signaling dynamics and splicing kinetics of immune infiltration in osteoarthritis synovium
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1521038
PMID:40181977
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态、剪接动力学及信号通路 | 首次构建了骨关节炎滑膜的空间和转录图谱，鉴定了驱动免疫浸润的关键基因和转录因子，并提出了潜在的治疗靶点 | 样本量较小（8例OA和4例健康滑膜样本），且仅基于计算预测提出治疗靶点，需进一步实验验证 | 解析骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态和分子机制 | 骨关节炎患者和健康人的滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | scRNA-seq, 空间转录组学, Spatrio, STT分析, NMF, CellPhoneDB, pyLIGER | 空间过渡张量(STT), 非负矩阵分解(NMF) | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 8例OA患者和4例健康人的滑膜样本 |
| 1416 | 2025-04-06 |
A prognostic model based on autophagy-and senescence-related genes for gastric cancer: implications for immunotherapy and personalized treatment
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1509771
PMID:40182050
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研究论文 | 本研究基于自噬和衰老相关基因构建了一个胃癌预后模型，用于预测免疫浸润、免疫治疗效果并指导个性化治疗 | 首次结合自噬和衰老相关基因构建胃癌预后模型，并验证其在免疫治疗和个性化治疗中的潜在应用 | 研究结果需要进一步通过大规模临床试验验证 | 开发一个能够预测胃癌预后和免疫治疗效果的模型 | 胃癌患者 | 数字病理学 | 胃癌 | 基因表达分析、单细胞测序 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本 |
| 1417 | 2025-04-06 |
Temporal and spatial distribution of histone acetylation in mouse molar development
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19215
PMID:40183048
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研究论文 | 本研究通过小鼠磨牙模型，揭示了组蛋白乙酰化修饰在牙齿发育过程中的时空分布及其作用机制 | 首次系统描绘了牙齿发育过程中组蛋白H3和H4及其乙酰化位点的分布模式，并鉴定了关键组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶 | 研究仅局限于小鼠磨牙模型，人类牙齿发育中的组蛋白乙酰化机制仍需进一步验证 | 揭示组蛋白乙酰化修饰与牙齿发育的关联机制 | 小鼠磨牙发育过程中的上皮细胞和间充质细胞 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq（单细胞RNA测序）和免疫组织化学 | NA | 基因表达数据和蛋白质定位数据 | NA |
| 1418 | 2025-04-06 |
Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney
2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2416887121
PMID:39705305
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和荧光标记技术，揭示了HGF-Met信号通路在肾脏上皮小管互连中的作用机制 | 首次发现HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进小管吻合，且独立于细胞增殖过程 | 研究仅在小鼠胚胎肾脏中进行，尚未在人类组织或成年组织中验证 | 探究上皮小管互连的分子机制及其在肾脏发育中的作用 | 小鼠胚胎肾脏上皮小管 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序，荧光标记技术 | NA | 基因表达数据，图像数据 | 小鼠胚胎肾脏样本 |
| 1419 | 2025-04-06 |
Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN
2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761
PMID:39283774
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研究论文 | 提出了一种名为scTSNN的张量共享最近邻锚点聚类方法，用于自动检测单细胞RNA测序数据中的锚点细胞和聚类 | 利用张量亲和力学习模块挖掘细胞的局部-全局平衡拓扑结构，设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞 | 在无监督场景下发现scRNA-seq数据的真实细胞类型仍然具有挑战性 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞异质性研究的精度和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | scRNA-seq | scTSNN | 单细胞RNA测序数据 | 合成数据集和scRNA-seq数据集（包括哺乳动物细胞和宫颈癌肿瘤细胞） |
| 1420 | 2025-04-06 |
Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy
2024-Oct-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459
PMID:38742767
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研究论文 | 研究发现NOTCH3+干细胞在脑膜瘤的发生和放疗抵抗中起关键作用，并提出了一种新的治疗策略 | 首次报道了血管周围NOTCH3+干细胞在脑膜瘤发生和放疗抵抗中的作用，并发现了一种通过稳定NOTCH3负调控区域的抗体来抑制肿瘤生长和增强放疗敏感性的治疗方法 | 研究主要基于小鼠模型和异种移植实验，临床转化效果需进一步验证 | 探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型及信号机制，并寻找有效的系统性治疗方法 | 人类、狗和小鼠的脑膜瘤组织 | 肿瘤学 | 脑膜瘤 | 单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术 | 基因工程小鼠模型和异种移植模型 | 基因表达数据、影像数据 | 涉及人类、狗和小鼠的脑膜瘤样本，具体数量未明确说明 |