本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1401 | 2026-05-15 |
Identifying Multiomic Signatures of X-Linked Retinoschisis-Derived Retinal Organoids and Mice Harboring Patient-Specific Mutation Using Spatiotemporal Single-Cell Transcriptomics
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405818
PMID:39503290
|
研究论文 | 本研究采用多组学方法,结合单细胞RNA测序和时空转录组学,识别由患者特异性突变引起的X连锁视网膜劈裂症衍生视网膜类器官和小鼠的多组学特征 | 首次利用多模态方法(高吞吐量单细胞RNA测序和时空转录组学)在两种XLRS样模型(基因工程小鼠和患者衍生视网膜类器官)中全面解析疾病特异性转录组特征,并发现慢性内质网应激/eIF2信号通路作为保守疾病通路,为治疗提供新靶点 | 未明确说明研究局限性 | 阐明X连锁视网膜劈裂症(XLRS)的转录组特征和病理机制,探索潜在治疗靶点 | 携带患者特异性p.R209C突变的基因工程Rs1小鼠和患者衍生视网膜类器官 | 数字病理学 | X连锁视网膜劈裂症 | 单细胞RNA测序, 时空转录组学, 蛋白质组学, Western印迹 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 基因工程Rs1小鼠和患者衍生视网膜类器官(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3'用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学 |
| 1402 | 2026-05-15 |
PD-1+CD8+ T Cell-Mediated Hepatocyte Pyroptosis Promotes Progression of Murine Autoimmune Liver Disease
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407284
PMID:39494472
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和体外实验,揭示了PD-1+CD8+ T细胞通过颗粒酶B和穿孔素-1诱导肝细胞焦亡,促进自身免疫性肝病进展的机制 | 首次发现PD-1+CD8+ T细胞亚群在自身免疫性肝病中通过GSDMD介导的焦亡途径发挥致病作用,并证明CAR-T细胞清除该细胞群可缓解疾病 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类疾病的转化需要进一步验证;焦亡通路的详细分子机制尚未完全阐明 | 阐明自身免疫性肝病中效应通路的特异性机制,寻找潜在治疗靶点 | dnTGFβRII Aire小鼠模型中的肝脏自身反应性CD8 T细胞及肝细胞 | 数字病理学 | 自身免疫性肝病 | NGS, 单细胞测序, 体外分析 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台 |
| 1403 | 2026-05-15 |
Landscape of the Peripheral Immune Response Induced by Intraoperative Radiotherapy Combined with Surgery in Early Breast Cancer Patients
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308174
PMID:39494578
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序,分析早期乳腺癌患者术中放疗联合手术后的外周免疫反应 | 首次全面分析术中放疗联合手术诱导的外周免疫反应,揭示了CD8Teff_GZMK细胞毒性增加、MIF信号通路变化及T细胞克隆扩增等新发现 | 研究样本量较小,且仅关注早期乳腺癌患者,缺乏长期随访数据 | 探究术中放疗联合手术对早期乳腺癌患者外周免疫细胞的影响 | 早期乳腺癌患者的外周血单个核细胞 | 自然语言处理 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序, 流式细胞术, 共培养实验 | NA | 基因表达数据 | 早期乳腺癌患者的外周血样本,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序 |
| 1404 | 2026-05-15 |
CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae626
PMID:39592241
|
研究论文 | 提出CosGeneGate模型,用于单细胞分析中选择多功能且可信的生物标志物 | 结合细胞类型分类准确性和标志基因特异性表达模式的优点,选择非冗余且具有细胞类型特异性表达模式的标志基因 | 未明确说明局限性 | 开发更有效的标志基因选择方法,以改善单细胞测序分析中的细胞类型区分 | 人类主要细胞类型和组织 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | CosGeneGate | 基因表达数据 | 使用公开数据集和新测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1405 | 2026-05-15 |
The Impact of Low Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.569988
PMID:38106143
|
研究论文 | 利用先进成像和单细胞RNA测序技术,探究低蛋白饮食对胎儿肾脏分子和细胞发育的影响 | 首次结合断层成像、共聚焦成像和单细胞RNA测序,全面揭示母体低蛋白饮食导致肾单位数量减少的细胞和分子机制 | 研究中提到低蛋白饮食对代谢、细胞周期、表观遗传调控和信号传导具有多效性影响,但未明确这些变化的因果关系或长期后果 | 阐明母体低蛋白饮食如何通过改变细胞和分子过程影响胎儿肾脏发育中的肾单位形成 | 小鼠胚胎肾脏样本(E14.5和P0阶段) | 机器学习,数字病理学 | 慢性肾脏病,高血压 | 单细胞RNA测序,光学投影断层成像,共聚焦成像 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 小鼠胚胎肾脏样本(E14.5和P0阶段),具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1406 | 2026-05-15 |
Autoimmune uveitis attenuated in diabetic mice through imbalance of Th1/Th17 differentiation via suppression of AP-1 signaling pathway in Th cells
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1347018
PMID:38887289
|
研究论文 | 本研究利用小鼠模型探讨糖尿病对自身免疫性葡萄膜炎发展的影响及其免疫机制 | 首次揭示糖尿病通过抑制Th细胞中的AP-1信号通路,导致Th1/Th17分化失衡,从而减轻自身免疫性葡萄膜炎 | 研究基于小鼠模型,未在人体中验证;具体分子机制尚需进一步探索 | 探究糖尿病状态对器官特异性自身免疫性疾病(如葡萄膜炎)的影响 | 野生型C57BL/6小鼠和自发糖尿病Ins2Akita小鼠 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎,糖尿病 | 单细胞RNA测序,免疫组化,流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型,具体数量未明确,涉及WT和Akita两组 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 1407 | 2026-05-15 |
Genome-wide mapping of cancer dependency genes and genetic modifiers of chemotherapy in high-risk hepatoblastoma
2023-07-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39717-6
PMID:37414763
|
研究论文 | 通过改进的MYC驱动肝母细胞瘤小鼠模型结合CRISPR-Cas9筛选,绘制了癌症依赖基因图谱并鉴定化疗遗传修饰因子 | 首次在肝母细胞瘤中整合单细胞转录组、空间转录组及CRISPR全基因组筛选,发现与高风险人类疾病相关的可药物化靶点(如CDK7、CDK9、PRMT1、PRMT5)及化疗增敏调控因子PRKDC | 未提及具体局限性(标题与摘要未提供) | 构建肝母细胞瘤的遗传模型并系统鉴定治疗靶点及化疗反应修饰因子 | 高风险的胚胎型肝母细胞瘤 | 机器学习 | 肝母细胞瘤 | CRISPR-Cas9筛选,单细胞RNA测序,空间转录组学,转录组测序 | NA | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 小鼠模型及衍生细胞系(具体数量未提) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium |
| 1408 | 2026-05-15 |
The current state and future of T-cell exhaustion research
2023, Oxford open immunology
DOI:10.1093/oxfimm/iqad006
PMID:37554723
|
综述 | 本文回顾了T细胞耗竭的研究现状,讨论了其分子定义不一致的问题,并提出了通过系统遗传学方法(如单细胞RNA-seq和CRISPR筛选)达成共识的进展,同时强调了体外生成耗竭T细胞的研究重要性 | 提出了用一组基于代谢、表观遗传、转录和激活的表型标志物(称为M.E.T.A)来统一定义T细胞耗竭,旨在解决不同研究语境下耗竭定义不一致的问题 | 由于在体内环境中进行操作困难,理解耗竭如何发生仍具挑战性 | 探讨T细胞耗竭的当前知识、研究方法及未来方向,推动统一定义和标准化分析 | T细胞,特别是耗竭T细胞 | 机器学习 | 慢性病毒感染,癌症 | 单细胞RNA-seq,CRISPR筛选 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1409 | 2026-05-15 |
Molecular and anatomical characterization of parabrachial neurons and their axonal projections
2022-11-01, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81868
PMID:36317965
|
研究论文 | 对臂旁核神经元及其轴突投射进行分子和解剖学特征描述 | 通过单细胞RNA测序鉴定出臂旁核及其邻近区域的21个神经元亚群,并利用多重原位杂交和21种Cre驱动小鼠品系提供了详细的分子身份、空间位置和投射模式 | 未明确讨论研究局限性 | 揭示臂旁核神经元亚群的分子特征、空间分布和轴突投射模式 | 臂旁核及其邻近区域的神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,多重原位杂交 | NA | 基因表达数据,图像 | 21种Cre驱动小鼠品系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1410 | 2026-05-12 |
Single-cell transcriptomics reveals EpCAM regulates the development and morphology of intestinal epithelium via controlling the EGFR pathway
2026-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2026.102072
PMID:42110227
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1411 | 2026-05-12 |
Multi-omics Mendelian randomization combined with single-cell and spatial transcriptomics: Multidimensional validation of drug targets for osteoarthritis
2026-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101864
PMID:42110225
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1412 | 2026-05-12 |
The applications of single-cell and spatial transcriptomics in neuroscience and brain disorders
2026-Jul, Neuroscience and biobehavioral reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.neubiorev.2026.106721
PMID:42069165
|
综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学在神经科学和脑疾病中的应用进展 | 系统总结了空间转录组学平台的最新进展,并探讨了其在神经科学中的关键应用,包括脑细胞类型识别、结构-功能关系以及神经精神疾病的基因表达模式 | 未详细讨论空间转录组学在临床转化中的具体挑战,如成本和技术复杂性 | 总结空间转录组学平台及其在神经科学和脑疾病研究中的应用,并为未来研究提供基础 | 脑细胞类型、神经发育过程、阿尔茨海默病和抑郁症等精神及神经退行性疾病 | 数字病理学 | 神经退行性疾病, 精神疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1413 | 2026-05-12 |
Pulsed photobiomodulation reprograms the tumor immune microenvironment to restore local T cell-mediated antitumor immunity
2026-Jun-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115788
PMID:42109854
|
研究论文 | 研究980纳米脉冲光生物调节(PBM)通过重编程肿瘤免疫微环境,恢复局部T细胞介导的抗肿瘤免疫 | 首次发现脉冲光生物调节可直接逆转CD8 T细胞耗竭并增强其细胞毒性功能,且免疫调节效应局限于照射部位,不依赖调节性T细胞 | 对色素性B16黑色素瘤无效,可能由于黑色素介导的光吸收;仅在早期肿瘤模型中验证,长期效果和联合治疗潜力需进一步研究 | 开发精准调控肿瘤免疫微环境的局部光免疫调节策略 | 同基因LLC和MC38肿瘤模型小鼠 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 未明确具体数量,涉及小鼠肿瘤模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 1414 | 2026-05-12 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and intercellular communication of endothelial cells and Schwann cells during keloid formation
2026-Jun, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2026.107973
PMID:41864161
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示瘢痕疙瘩形成过程中内皮细胞和雪旺细胞的异质性与细胞间通讯 | 首次发现瘢痕疙瘩中内皮细胞亚群具有皮肤恶性肿瘤内皮细胞的转录特征并表现出强迁移潜力,并鉴定PLPP3为该亚群内皮管形成的关键调控因子 | 样本量较小(仅6个样本),未进行功能验证实验,依赖公开数据集 | 探究瘢痕疙瘩形成过程中细胞异质性和细胞间信号调控机制 | 瘢痕疙瘩组织和正常瘢痕组织 | 数字病理学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6个样本(3个瘢痕疙瘩组织,3个正常瘢痕组织) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1415 | 2026-05-12 |
Multi-omics and AI-guided discovery and validation of sisomicin as a COPA-targeting agent for pathological scar inhibition
2026-Jun, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2026.108015
PMID:41980581
|
研究论文 | 整合多组学和人工智能方法发现并验证 sisomicin 作为靶向 COPA 的病理性瘢痕抑制剂 | 首次通过单细胞RNA测序、转录组数据和人工智能驱动药物筛选,发现COPA作为病理性瘢痕的关键调节因子,并识别出sisomicin作为潜在治疗药物 | 未明确说明局限性 | 发现病理性瘢痕的分子驱动因素并鉴定潜在治疗药物 | 病理性瘢痕(包括增生性瘢痕和瘢痕疙瘩)相关的巨噬细胞和成纤维细胞 | 机器学习, 深度学习 | 皮肤病, 纤维化疾病 | scRNA-seq, 转录组测序, AI药物筛选, 分子对接 | 高维加权基因共表达网络分析, 机器学习, 深度学习 | 单细胞RNA数据, 转录组数据 | 人类增生性瘢痕来源成纤维细胞, TGF-β1刺激的正常成纤维细胞, 博来霉素和牵引诱导的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1416 | 2026-05-12 |
Sex-dependent mechanisms of temporomandibular joint osteoarthritis
2026-Jun, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziag063
PMID:42110970
|
研究论文 | 本研究利用小鼠模型和单细胞RNA测序揭示了颞下颌关节骨关节炎的性别依赖性分子机制 | 首次利用烧伤-滑膜切除小鼠模型结合单细胞RNA测序,揭示颞下颌关节骨关节炎发病和进展中的性别二态性分子机制,包括女性免疫反应增强和形态发生通路下调 | 临床前模型可能无法完全模拟人类疾病复杂性;研究未涉及其他风险因素如年龄和遗传背景的影响 | 理解性别差异如何影响颞下颌关节骨关节炎的病理生理学分子机制 | 颞下颌关节骨关节炎小鼠模型,包括雌性和雄性小鼠 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用烧伤-滑膜切除小鼠模型,包括雌性和雄性动物组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1417 | 2026-05-12 |
Dynamics of severity-associated immune remodeling by granulocytes and macrophages in acute lung injury
2026-May-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115816
PMID:42111184
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1418 | 2026-05-12 |
iS2C2: a cointelligent platform for mechanistic discovery of disease cellular crosstalk
2026-May-11, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02691-8
PMID:42108258
|
研究论文 | iS2C2是一个结合数学算法与大语言模型的协同智能平台,用于从单细胞和空间转录组数据中自动生成疾病细胞互作的生物学假设 | 首次将严格数学计算算法与大语言模型上下文推理能力协同整合,实现了从多模态组学数据到生物学假设的完全自动化解读,无需人工专家干预 | 对大规模组学数据的直接解读能力受限,依赖算法与LLM的整合来提取可解释的生物学意义 | 建立全自动且可解释的生物学发现平台,用于揭示疾病微环境中细胞间信号通路的机制 | 阿尔茨海默病和癌症数据集中的细胞间通讯 | 机器学习 | 阿尔茨海默病, 癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 大语言模型(LLM) | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1419 | 2026-05-12 |
Spatiotemporal regulation of arbuscular mycorrhizal symbiosis at cellular resolution
2026-May-11, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koag133
PMID:42108419
|
研究论文 | 通过单细胞分辨率下的空间转录组学和阶段特异性TRAP-seq技术,解析水稻与丛枝菌根真菌共生过程中时空调控机制 | 首次在单细胞分辨率下结合空间转录组学和阶段特异性TRAP-seq技术,揭示了宿主细胞在不同共生阶段的转录和翻译异质性,以及丛枝发育过程中养分转运蛋白和细胞壁基因的精细调控模式 | 未涉及对真菌基因功能的直接验证,且研究局限于水稻单一物种,可能缺乏跨物种的通用性 | 阐明丛枝菌根共生建立过程中的细胞动态调控机制,特别是营养交换和真菌发育的时空协调 | 水稻根组织及丛枝菌根真菌根内球囊霉 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, TRAP-seq | NA | 转录组数据 | 水稻根组织样本(具体数量未提及) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1420 | 2026-05-12 |
Combining Spatial Multi-Omics Data to Decipher Spatial Domains and Elucidate Cell Heterogeneity Based on Self-Supervised Graph Learning
2026-May-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.75533
PMID:42109219
|
研究论文 | 提出SOTMGF,一种自监督多视图图融合框架,用于整合空间多组学数据以识别空间域和分析细胞异质性 | 首次在统一框架中联合分析空间转录组学和空间蛋白质组学数据,通过自训练和图表征迭代优化,并计算生成空间ATAC-seq数据以重建空间伪表达并识别暗基因/蛋白 | NA | 改进空间多组学数据整合方法,提升空间域识别和数据去噪能力,促进分子调控机制和治疗靶点发现 | 空间多组学数据(空间转录组学、空间蛋白质组学、空间ATAC-seq) | 机器学习 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间ATAC-seq | 图神经网络、自监督学习 | 多模态空间数据(分子表达、空间位置、微环境、分子关联) | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间ATAC-seq | NA | NA |