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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1401 | 2026-05-31 |
Spatially Resolved Microglial State Transitions Govern Strain-Specific Zika Neuropathogenesis
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.721456
PMID:42146367
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研究论文 | 通过整合高分辨率空间转录组学与感染感知细胞类型分析,构建寨卡病毒感染小鼠大脑的时空图谱,揭示小胶质细胞状态转变驱动毒株特异性神经发病机制 | 首次结合空间转录组学和感染感知细胞分型,在时空维度上对比亚洲和非洲ZIKV毒株的差异,发现毒株特异性小胶质细胞状态转化(如疾病相关小胶质细胞DAM)是感染控制的关键,并阐明Apoe-Trem2信号通路在其中的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,可能不完全代表人类感染过程;未深入探讨小胶质细胞状态转变的上下游分子机制;样本量及时间点有限,可能遗漏其他关键细胞类型或信号通路 | 探究神经性病毒感染如何通过空间、时间和细胞类型间的相互作用影响疾病严重程度,特别是病毒毒株差异如何塑造神经发病机制 | 寨卡病毒亚洲株和非洲株感染的小鼠大脑 | 空间转录组学 | 寨卡病毒感染相关神经疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据(空间转录组)、组织图像 | 小鼠脑组织样本(多个感染阶段及毒株条件) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台用于捕获小鼠脑组织切片中的mRNA |
| 1402 | 2026-05-31 |
REACTOR: REgulon Activity analysis and Comparison Tool for single-cell transcriptOmics Research
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag203
PMID:42082398
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研究论文 | 介绍REACTOR,一种用于检测单细胞RNA测序数据中转录调控因子及其靶基因(调控子)差异活性的计算工具 | 通过引入稳健的统计检验来检测不同条件(如疾病与对照)下调控子的差异活性,且支持多个重复样本,扩展了现有的调控子分析框架 | 未明确说明局限性,可能依赖于单细胞数据质量 | 开发一种计算工具,用于分析单细胞RNA测序数据中转录调控子的差异活性 | 单细胞RNA测序数据中的转录调控因子及其靶基因(调控子) | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用公开可用的COVID-19数据集 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 1403 | 2026-05-31 |
A spatial atlas of the healthy human liver from live donors
2026-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10377-y
PMID:41986723
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研究论文 | 利用空间转录组学和单核RNA测序构建健康人体肝脏空间基因表达图谱,并揭示早期脂肪变性肝细胞的动态变化 | 首次从活体健康捐赠者获取肝脏样本,避免了传统死后或病变邻近组织样本的基因表达偏差,并结合多种空间转录组学技术(Visium、Visium HD、MERFISH、PhenoCycler)和单核RNA测序进行全面分析 | 样本量有限(16个样本),且仅涉及早期脂肪变性,未涵盖其他肝脏疾病阶段 | 构建健康人体肝脏的空间基因表达参考图谱,并研究早期脂肪变性中肝细胞的变化 | 健康肝脏和病变肝脏的邻近正常组织 | 空间转录组学 | 肝脏疾病 | 空间转录组学、单核RNA测序(snRNA-seq)、多重抗误差荧光原位杂交(MERFISH)、PhenoCycler成像 | NA | 基因表达数据、图像 | 16个肝脏样本:8个来自年轻健康活体捐赠者,8个来自肝脏病变个体的邻近正常组织 | 10x Genomics, Vizgen, Akoya Biosciences | 空间转录组学, 单核RNA测序, 多重抗误差荧光原位杂交, PhenoCycler成像 | 10x Visium, 10x Visium HD, MERFISH, PhenoCycler | 10x Visium空间转录组学、10x Visium HD高分辨率空间转录组学、Vizgen MERFISH多重抗误差荧光原位杂交、Akoya PhenoCycler成像系统 |
| 1404 | 2026-05-31 |
Spatial atlas of diabetic kidney disease reveals a B cell-rich subgroup
2026-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10363-4
PMID:42056516
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研究论文 | 利用空间转录组学和单核RNA测序构建糖尿病肾病空间图谱,揭示以B细胞为主的亚群与疾病进展加速相关 | 跨平台整合Xenium和CosMx单细胞空间转录组学与单核RNA测序,首次构建可计算的组织架构图谱,并鉴定出以B细胞为主的免疫微环境定义的糖尿病肾病亚型 | 未提及 | 建立糖尿病肾病的空间转录组图谱,识别不同预后亚群及其组织微环境特征 | 糖尿病肾病患者的肾脏组织样本 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学、单核RNA测序 | 未提及 | 空间转录组数据、单核RNA测序数据 | 未明确提及样本数量 | 10x Genomics、NanoString | 单细胞空间转录组学、单核RNA测序 | Xenium、CosMx | 未提及具体平台配置 |
| 1405 | 2026-05-31 |
Redundant and distinct mechanisms suppress innate immune activation during SARS-CoV-2 infection
2026-May, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003808
PMID:42160380
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研究论文 | 利用一系列重组SARS-CoV-2病毒,揭示NSP1与NSP15等蛋白通过冗余和不同机制抑制先天免疫激活 | 首次通过构建12个点突变的重组SARS-CoV-2病毒库,系统比较多种病毒蛋白在感染背景下对先天免疫的抑制相对贡献,并明确NSP1和NSP15在抑制I型干扰素应答和树突状细胞成熟中的关键作用 | 未在动物模型中对其他突变蛋白(如NSP2、ORF6等)进行体内验证;体外实验主要基于293T-ACE2/TMPRSS2细胞和Calu-3细胞系,可能不能完全代表体内感染微环境 | 阐明SARS-CoV-2感染过程中多种病毒蛋白抑制宿主先天免疫的机制及其相对重要性 | SARS-CoV-2病毒蛋白(NSP1、NSP2、NSP3、NSP6、NSP12、NSP13、NSP14、NSP15、NSP16、ORF3a、ORF6和ORF8)及相关突变病毒,人类细胞(293T-ACE2/TMPRSS2,Calu-3),人单核细胞来源树突状细胞,K18 hACE2转基因小鼠 | 分子生物学 | COVID-19 | 细菌人工染色体介导的诱变,ISRE驱动的荧光素酶报告基因检测,RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 12个重组SARS-CoV-2病毒突变体;293T-ACE2/TMPRSS2细胞;Calu-3细胞;人单核细胞来源树突状细胞;K18 hACE2转基因小鼠(具体数量未说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA-seq平台 |
| 1406 | 2026-05-31 |
[A new nomenclature for natural killer cells]
2026-May, Medecine sciences : M/S
DOI:10.1051/medsci/2026080
PMID:42213981
|
综述 | 基于单细胞转录组学进展提出自然杀伤细胞新命名法 | 整合单细胞转录组数据对NK细胞进行统一分类,揭示其在肿瘤微环境中的行为与功能障碍机制 | 未提及具体技术局限性或命名法验证方法 | 建立自然杀伤细胞的标准化分类体系并理解其抗肿瘤机制 | 自然杀伤细胞 | 单细胞转录组学 | 肿瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1407 | 2026-05-31 |
Multi-Omics Analysis and Mechanistic Validation Reveal RPS8 as a Novel Prognostic Biomarker and Therapeutic Target for Hepatocellular Carcinoma
2026 May-Jun, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.70116
PMID:42216580
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研究论文 | 通过多组学分析和机制验证,揭示RPS8作为肝细胞癌新型预后生物标志物和治疗靶点的作用 | 首次系统阐明核糖体蛋白S8在肝细胞癌中的促癌作用及其通过激活内质网应激通路促进肿瘤进展的分子机制 | 未提及具体局限性 | 探究RPS8在肝细胞癌进展中的生物学功能、临床意义及调控机制 | 肝细胞癌组织样本、细胞系及小鼠模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 多组学分析, 单细胞RNA测序, 全转录组测序, 体外功能实验, 体内异种移植模型 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质数据 | 利用TCGA和GEO公共数据集,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 全转录组测序 | NA | NA |
| 1408 | 2026-05-31 |
Atypical memory B cell clonal expansion and inflammatory programs associate with platelet-activating antibody development in COVID-19
2026-Apr-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.201033
PMID:41746733
|
研究论文 | 运用单细胞RNA测序和B细胞受体库测序,揭示COVID-19患者中与血小板激活抗体产生相关的非典型记忆B细胞克隆扩增和炎症特征 | 首次系统描述血小板激活抗体阳性COVID-19患者的免疫特征,特别是非典型记忆B细胞的克隆扩增和RKH/Y5重链基序的富集 | 本摘要未明确提及研究局限性 | 鉴定与COVID-19患者血小板激活抗体产生相关的免疫特征 | COVID-19患者中产生血小板激活抗体(PEA+)和不产生抗体(PEA-)的亚群 | 数字病理学 | 冠状病毒病 | 单细胞RNA测序、单B细胞V(D)J-seq、血浆细胞因子和趋化因子分析 | NA | 基因表达数据、序列数据、蛋白质数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞B细胞V(D)J-seq | NA | NA |
| 1409 | 2026-04-20 |
Deciphering immune and cellular reprogramming during the progression from inflammatory bowel disease to colorectal cancer using multi-omics single-cell and spatial transcriptomics
2026-Apr-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08158-2
PMID:42001187
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1410 | 2026-05-31 |
Dedifferentiation-driven oncogenic stemness promotes tumor-sustaining adaptability in the intestinal epithelium
2026-Apr-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08669-2
PMID:41997917
|
研究论文 | 揭示去分化驱动的癌干细胞特性如何促进肠道上皮肿瘤的适应性存活 | 首次证明去分化来源的癌干细胞比内源性突变干细胞更能维持肿瘤发生,并发现Notch信号异常和代谢可塑性是其关键机制 | 基于小鼠模型的发现是否完全适用于人类肿瘤尚需验证 | 研究肠道上皮去分化驱动的肿瘤发生机制及其对肿瘤异质性和持续性的影响 | 小鼠肠道上皮细胞(Smad4功能缺失/β-catenin功能获得模型) | 计算机视觉 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用Smad4:β-catenin小鼠模型,具体样本数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1411 | 2026-04-19 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies a Distinct Epithelial Subpopulation Driving Resistance to Neoadjuvant Chemoimmunotherapy in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2026-Apr-17, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-026-00337-1
PMID:41998494
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1412 | 2026-05-31 |
Biomimetic KeMA hydrogel encapsulating CAP-EVs-MEF2C for inhibiting inflammation and senescence in intervertebral disc degeneration
2026-Apr-17, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04416-z
PMID:41998644
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研究论文 | 开发一种包载CAP-EVs-MEF2C的KeMA水凝胶,通过调节MEF2C/P21/CDK2轴抑制椎间盘退变中的炎症和衰老 | 利用单细胞RNA测序鉴定MEF2C为关键调控因子,并通过仿生水凝胶系统实现靶向递送和持续释放,以协同抑制炎症和细胞衰老 | 未提及体内长期效果评估及潜在免疫原性 | 开发一种新型生物材料系统治疗椎间盘退变 | 软骨终板软骨细胞和髓核细胞 | 机器学习 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1413 | 2026-04-17 |
Single-cell transcriptomics uncovers heterogenous cell clusters and the biomarker FUT11 in ovarian cancer progression
2026-Apr-15, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04299-y
PMID:41987229
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1414 | 2026-05-31 |
Hypoxia-Induced Fibroblast IL-6 Promotes Immunosuppressive Macrophage Phenotypes in Pancreatic Cancer
2026-Apr-13, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15080683
PMID:42041553
|
研究论文 | 揭示缺氧诱导的成纤维细胞IL-6通过JAK/STAT信号通路促进胰腺癌中免疫抑制性巨噬细胞表型的机制 | 利用胰腺星状细胞-肿瘤类器官共培养模型和单细胞RNA测序分析,首次揭示缺氧驱动的成纤维细胞重编程通过IL-6/JAK/STAT轴促进免疫抑制性巨噬细胞表型 | NA | 阐明缺氧微环境如何通过肿瘤-成纤维细胞-巨噬细胞互作促进胰腺导管腺癌免疫抑制 | 胰腺星状细胞、肿瘤类器官、巨噬细胞 | 计算机视觉 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | na |
| 1415 | 2026-05-31 |
MYC-induced USP10 stabilizes SOX4 to promote thymocyte proliferation and leukemia onset in mice
2026-Apr-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71084-w
PMID:41927540
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研究论文 | 本研究整合去泛素化酶文库筛选和公开的单细胞RNA测序数据,发现USP10通过稳定SOX4促进胸腺细胞增殖和小鼠白血病发生,并揭示其作为T-ALL治疗靶点的潜力 | 首次发现去泛素化酶USP10在胸腺细胞发育和T-ALL中的双重作用,阐明MYC-USP10-SOX4信号轴在白血病发生中的新机制 | 未在人类样本中验证USP10抑制剂疗效,且缺乏对USP10在正常组织中的长期安全性评估 | 探究胸腺细胞发育与白血病转化之间的分子机制,特别是去泛素化酶在其中的调控作用 | 小鼠胸腺细胞、人类胸腺细胞、T-ALL患者外周血样本 | 数字病理学 | T细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及公开人类胸腺细胞单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 公开的人类胸腺细胞单细胞RNA测序数据 |
| 1416 | 2026-05-31 |
Delta family protocadherins contribute to protoglomerular targeting of olfactory sensory neuron axons in the olfactory bulb
2026-Apr, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1012090
PMID:41920906
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研究论文 | 通过斑马鱼嗅觉感觉神经元单细胞RNA测序,发现delta家族原钙黏蛋白在嗅觉轴突靶向投射中起重要作用 | 首次鉴定delta1和delta2原钙黏蛋白家族成员分别特异调控不同嗅觉小球区域的轴突靶向定位 | 仅使用斑马鱼模型,未在哺乳动物中验证;敲低实验未完全排除代偿机制影响 | 阐明嗅觉感觉神经元轴突靶向投射的分子机制 | 斑马鱼嗅觉感觉神经元及其轴突在嗅球中的投射 | 神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼嗅觉感觉神经元单细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 1417 | 2026-05-31 |
Nonsense Mutation in USH2A Exon-13 Activates the Innate Immune Response in Müller Glial Cells
2026-Feb-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27041636
PMID:41751772
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research paper | 该研究利用人类诱导多能干细胞来源的视网膜类器官,探究USH2A基因外显子13无义突变导致缪勒胶质细胞先天免疫反应激活的机制 | 首次发现USH2A热点外显子13的无义突变不仅影响感光细胞,更显著改变缪勒胶质细胞的转录组,揭示其参与先天免疫反应和内溶酶体系统紊乱的新机制 | NA | 探究USH2A突变导致视网膜变性的细胞机制 | 人类诱导多能干细胞来源的视网膜类器官 | digital pathology | Usher综合征II型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1418 | 2026-05-31 |
Single-cell analysis reveals that MXRA8 affected the progression of breast cancer via regulating ferroptosis
2026-Feb-02, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04175-9
PMID:41629963
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示MXRA8通过调节铁死亡影响乳腺癌进展的机制 | 首次在单细胞水平上揭示MXRA8通过调控铁死亡影响乳腺癌进展的机制,并识别出对铁死亡最敏感的肿瘤亚群 | 尚未进行体内实验验证,且基于已有单细胞数据的再分析可能存在数据偏倚 | 探索乳腺癌细胞在铁死亡中的异质性及其调控机制,寻找新的生物标志物和治疗靶点 | 26名乳腺癌患者的单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF)算法 | 基因表达数据 | 26名乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1419 | 2026-05-31 |
Hyperactivated YAP1 Drives an Invasive EMT Subtype of Cervical Squamous Cell Carcinoma
2026-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.18.700207
PMID:41648504
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研究论文 | 揭示了由Hippo-YAP信号通路破坏导致的YAP1过度激活能够诱导一种不依赖于HPV的侵袭性宫颈鳞癌亚型,该亚型缺乏表面病变,从而可以逃避HPV和细胞学检测 | 首次发现YAP1过度激活可诱导HPV非依赖性侵袭性宫颈癌新亚型,该亚型可逃避现有筛查策略,并利用单细胞RNA测序和高分辨率空间转录组学揭示了其细胞结构、分子途径和免疫微环境 | NA | 探究YAP1过度激活在HPV非依赖性侵袭性宫颈癌亚型中的作用及其免疫逃逸机制 | YAP1驱动的HPV非依赖性侵袭性宫颈癌 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,高分辨率空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1420 | 2026-05-31 |
Cross-disease immune cells atlas reveals the similarities and differences of cell characteristics and interactions in rheumatic diseases
2026, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2026.1820336
PMID:42210923
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研究论文 | 系统性比较五种风湿病和健康对照的外周血单个核细胞单细胞转录组数据,揭示免疫细胞特征和相互作用的共性与特异性 | 首次跨多种风湿病系统比较免疫细胞特征和细胞间相互作用网络,发现γδ T细胞功能受损的共享模块及MIF和GALECTIN信号通路的关键作用 | 仅涉及外周血单个核细胞,未涵盖组织驻留免疫细胞;样本量有限可能限制发现的普适性 | 揭示风湿病中免疫细胞特征和相互作用的共性与差异模式 | 五种风湿病患者(包含贝赫切特病、系统性红斑狼疮等)和健康对照的外周血免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 风湿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 五种风湿病患者及健康对照的外周血单个核细胞样本 | 未明确提及 | 单细胞RNA-seq | 未明确提及 | NA |