单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 14161 - 14180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14161 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals key immune cell phenotypes in the lungs of patients with asthma exacerbation
2021-03, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.09.032
PMID:33039479
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了哮喘急性发作患者肺部关键免疫细胞表型 | 本研究首次在单细胞水平上识别了与哮喘急性发作强烈相关的候选基因，并揭示了多个细胞簇中共享的复杂分子框架 | NA | 旨在识别与哮喘急性发作在细胞水平上强烈相关的候选基因 | 哮喘急性发作患者及健康对照者的支气管肺泡灌洗液中的细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 哮喘急性发作患者和健康对照者 |
| 14162 | 2024-08-04 |
A dynamical perspective: moving towards mechanism in single-cell transcriptomics
2024-Apr-22, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2023.0049
PMID:38432314
|
评论 | 本文探讨了单细胞转录组学中从表象描述转向机制理解的重要性 | 提出在单细胞分辨率下捕获动态信息的价值，以获取机制见解 | 未明确指出该研究的具体限制 | 目的在于促进对基因调控的机制理解 | 主要研究单细胞转录组学技术和动态信息 | 数字病理学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14163 | 2024-08-04 |
Detecting horizontal gene transfer with metagenomics co-barcoding sequencing
2024-Mar-05, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.03602-23
PMID:38315121
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研究论文 | 本文开发了一种新的元基因组共条形码测序系统，以检测水平基因转移 (HGT) | 引入了元基因组共条形码测序（MECOS），实现了长DNA片段提取和综合生物信息学管道 | 传统方法如短读长程元基因组测序和单细胞测序存在片段短、输入DNA量大、测序成本高等限制 | 旨在揭示微生物群落中水平基因转移的机制 | 研究对象为人类和小鼠的肠道微生物群落 | 数字病理学 | NA | 元基因组共条形码测序 | NA | DNA序列 | 超过3000个HGT块，涉及约6000个基因和100个分类组 |
| 14164 | 2024-08-07 |
Identification and validation of RNA-binding protein SLC3A2 regulates melanocyte ferroptosis in vitiligo by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing
2024-Mar-04, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10147-y
PMID:38438962
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研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了RNA结合蛋白SLC3A2调控黑色素细胞铁死亡在白癜风中的作用。 | 首次确定了与白癜风相关的RNA结合蛋白基因及其潜在的发病机制，特别是在黑色素细胞中SLC3A2的下调促进铁死亡的作用。 | 研究主要集中在细胞实验层面，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。 | 揭示白癜风的发病机制，特别是RNA结合蛋白在其中的作用。 | 白癜风患者的不同细胞亚群及其RNA结合蛋白基因。 | 数字病理学 | 白癜风 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 14种不同细胞类型，28种细胞亚群 |
| 14165 | 2024-08-04 |
Domain generalization enables general cancer cell annotation in single-cell and spatial transcriptomics
2024-Mar-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46413-6
PMID:38431724
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研究论文 | 该文章介绍了一种基于领域泛化的深度学习算法Cancer-Finder，能够快速识别恶性细胞 | 提出了一种新的算法Cancer-Finder，具有95.16%的准确率并能跨多个数据集进行恶性细胞标注 | 目前研究未提及该算法在其他类型癌症样本上的表现 | 研究旨在提高单细胞和空间转录组数据中恶性细胞的注释准确性 | 研究对象为清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序和空间转录组测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | 5个清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本 |
| 14166 | 2024-08-04 |
High-throughput mapping of single-neuron projection and molecular features by retrograde barcoded labeling
2024-Feb-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85419
PMID:38390967
|
研究论文 | 该文章建立了一种新型的多重追踪方法，同时表征单神经元的投射组和转录组 | 提出了rAAV2-retro条形码的多重追踪方法，能够同时分析神经元投射和转录组特征 | 该研究在复杂脑网络中可能仍面临技术挑战 | 帮助揭示神经电路的组织原则和信息处理机制 | 探究腹内侧前额叶皮层(vmPFC)神经元的投射模式及其分子特征 | 神经科学 | NA | 条形码连接组学 | NA | 转录组数据 | 大量单神经元样本 |
| 14167 | 2024-08-07 |
Human archetypal pluripotent stem cells differentiate into trophoblast stem cells via endogenous BMP5/7 induction without transitioning through naive state
2024-02-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-53381-w
PMID:38332235
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研究论文 | 本研究展示了人类原始多能干细胞可以通过内源性BMP5/7诱导分化为滋养层干细胞，无需经过原始状态 | 本研究首次证明了人类原始多能干细胞可以直接分化为滋养层干细胞，无需添加外源性BMP4，通过激活EGF和WNT通路以及抑制TGFβ、HDAC和ROCK信号通路 | NA | 探索人类多能干细胞向滋养层干细胞分化的机制 | 人类多能干细胞和滋养层干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个原始诱导多能干细胞和胚胎干细胞系 |
| 14168 | 2024-08-07 |
Microglia sense astrocyte dysfunction and prevent disease progression in an Alexander disease model
2024-02-01, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awad358
PMID:37955589
|
研究论文 | 本研究探讨了微胶质细胞在亚历山大疾病模型中感知星形胶质细胞功能障碍并防止疾病进展的作用 | 首次展示了微胶质细胞通过P2Y12受体感知星形胶质细胞功能障碍，并通过改变形态和钙信号传导来保护对抗亚历山大疾病病理 | NA | 探究微胶质细胞在亚历山大疾病中的作用及其机制 | 微胶质细胞和星形胶质细胞在亚历山大疾病模型中的相互作用 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 免疫组织化学研究，钙成像，单细胞RNA测序，ATP成像 | NA | 图像数据 | 60TM小鼠模型和野生型小鼠 |
| 14169 | 2024-08-07 |
A novel batch-effect correction method for scRNA-seq data based on Adversarial Information Factorization
2024-Feb, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011880
PMID:38386700
|
研究论文 | 本文提出了一种基于对抗信息分解的新型批次效应校正方法，用于单细胞RNA测序数据 | 该方法不依赖于细胞类型的先验知识或特定的标准化策略，适用于任何下游分析任务，并在多种情况下优于现有技术 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据中的批次效应问题 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 白血病 | scRNA-seq | 对抗信息分解 | 基因表达数据 | NA |
| 14170 | 2024-08-07 |
Soluble TREM2 triggers microglial dysfunction in neuromyelitis optica spectrum disorders
2024-01-04, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awad321
PMID:37740498
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研究论文 | 研究探讨了可溶性触发受体表达于髓样细胞2（sTREM2）在神经脊髓炎视谱系疾病（NMOSD）中的病理生理作用及其作为生物标志物的潜力 | 通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序，揭示了sTREM2与NMOSD风险之间的遗传关联，并阐明了sTREM2介导的微胶质细胞功能障碍的分子机制 | NA | 阐明sTREM2在NMOSD中的病理生理作用及其作为治疗靶点的潜力 | sTREM2在NMOSD患者中的表达及其对微胶质细胞功能的影响 | 神经科学 | 神经脊髓炎视谱系疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类巨噬细胞/微胶质样细胞样本 |
| 14171 | 2024-08-07 |
Characterizing hedgehog pathway features in senescence associated osteoarthritis through Integrative multi-omics and machine learning analysis
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1255455
PMID:38444758
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学和机器学习分析，探讨了Hedgehog信号通路在衰老相关骨关节炎中的特征 | 首次结合Bulk RNA-seq和scRNA-seq技术，识别并验证了与骨关节炎相关的Hedgehog信号通路中的关键基因 | NA | 旨在阐明Hedgehog信号通路在骨关节炎发病机制中的作用 | 骨关节炎中的Hedgehog信号通路及相关基因 | 机器学习 | 骨关节炎 | RNA-seq, scRNA-seq, Real-time PCR | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 涉及八个Bulk RNA-seq数据集和一个scRNA-seq数据集 |
| 14172 | 2024-08-07 |
Chronic chromosome instability induced by Plk1 results in immune suppression in breast cancer
2023-12-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113266
PMID:37979172
|
研究论文 | 本研究通过在Her2乳腺癌模型中过度表达Polo样激酶1（Plk1），探讨了染色体不稳定（CIN）相关的分子特征如何改变肿瘤进化过程中的免疫识别 | 发现高CIN肿瘤通过激活衰老相关分泌表型（SASP）、上调PD-L1和CD206以及诱导非细胞自主核因子κB（NF-κβ）信号，促进免疫逃逸 | NA | 理解CIN相关的分子特征如何影响肿瘤进化过程中的免疫识别 | Her2乳腺癌模型中过度表达Plk1的高CIN肿瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自癌前乳腺组织的单细胞RNA测序数据 |
| 14173 | 2024-08-04 |
Division-Independent Differentiation of Muscle Stem Cells During a Growth Stimulus
2023-Dec-08, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxad091
PMID:38066665
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研究论文 | 这篇文章探讨了成体肌肉干细胞在生长刺激下是否与细胞分裂相关的分化过程 | 提出了一种新的小鼠模型，用于跟踪肌肉干细胞衍生的肌肉细胞核，发现了一种与细胞分裂无关的肌肉干细胞分化和融合 | 研究仅限于小鼠模型，可能无法完全适用于人类肌肉干细胞 | 研究成体肌肉干细胞对生长刺激的反应及其分化机制 | 成体肌肉干细胞的不同转录亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 在小鼠中进行了5天的生长刺激实验 |
| 14174 | 2024-08-07 |
Low-density lipoprotein receptor promotes crosstalk between cell stemness and tumor immune microenvironment in breast cancer: a large data-based multi-omics study
2023-11-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04699-y
PMID:38037058
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研究论文 | 本研究通过大规模多组学数据分析，探讨了低密度脂蛋白受体（LDLR）在乳腺癌细胞干性和肿瘤免疫微环境交互作用中的作用 | 首次揭示了LDLR在乳腺癌细胞干性和肿瘤免疫微环境交互作用中的关键作用 | 主要依赖于公共数据库的数据，缺乏体内实验验证 | 识别破坏乳腺癌细胞干性和免疫微环境之间通信的潜在靶点 | 乳腺癌细胞的干性和肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序, 蛋白质组学分析, 单细胞RNA测序 | Lasso回归分析, Cox生存回归模型 | RNA序列数据, 蛋白质数据 | 3132名乳腺癌患者 |
| 14175 | 2024-08-07 |
The construction of a testis transcriptional cell atlas from embryo to adult reveals various somatic cells and their molecular roles
2023-11-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04722-2
PMID:38012716
|
研究论文 | 本文构建了一个从胚胎到成年的睾丸转录细胞图谱，揭示了各种体细胞及其分子作用 | 通过整合单细胞RNA测序数据，构建了跨五个发育阶段的睾丸转录细胞图谱，并使用多种分析技术进行了全面分析 | NA | 更好地理解睾丸从胚胎到成年的发育变化 | 睾丸中的体细胞和生殖细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过26,000个细胞 |
| 14176 | 2024-08-04 |
Talniflumate abrogates mucin immune suppressive barrier improving efficacy of gemcitabine and nab-paclitaxel treatment in pancreatic cancer
2023-11-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04733-z
PMID:37996891
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研究论文 | 本研究探讨了talniflumate如何克服粘蛋白的免疫抑制屏障，从而增强吉西他滨和纳米紫杉醇在胰腺癌治疗中的疗效 | 本研究揭示了GCNT3作为粘蛋白表达的主要调节因子，并提出其作为talniflumate作用的可行靶点 | 研究中使用的样本量较小，仅分析了43个胰腺管内乳头状粘液瘤（IPMN），且主要集中于特定的粘蛋白通路 | 研究旨在识别肿瘤微环境中的免疫抑制机制，并提高对胰腺癌的治疗效果 | 研究对象包括低级和高级胰腺管内乳头状粘液瘤，胰腺癌类器官及T细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | 小鼠同种异体模型 | 基因表达数据 | 43个胰腺管内乳头状粘液瘤样本（12个低级，31个高级） |
| 14177 | 2024-08-07 |
Correction: iDESC: identifying differential expression in single-cell RNA sequencing data with multiple subjects
2023-Oct-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05523-6
PMID:37858060
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14178 | 2024-08-07 |
iDESC: identifying differential expression in single-cell RNA sequencing data with multiple subjects
2023-Aug-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05432-8
PMID:37608264
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研究论文 | 本文开发了iDESC方法，用于在包含多个受试者的单细胞RNA测序数据中检测细胞类型特异性的差异表达基因 | iDESC采用零膨胀负二项混合模型，同时考虑了受试者效应和数据中的脱落事件，提高了差异表达分析的准确性和稳健性 | NA | 开发和评估一种新的方法，用于在单细胞RNA测序数据中进行差异表达分析，特别是在考虑多个受试者效应和数据脱落事件的情况下 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项混合模型 | RNA测序数据 | 多个受试者 |
| 14179 | 2024-08-04 |
Debiased personalized gene coexpression networks for population-scale scRNA-seq data
2023-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277363.122
PMID:37295843
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研究论文 | 本文提出了一种名为Dozer的方法，用于修正来自scRNA-seq数据集的基因-基因相关性估计。 | Dozer能够消除来自低稀疏表达基因的相关性估计偏差，并能准确量化个体间的网络级变异。 | 尽管Dozer在多种情况下表现出鲁棒性，但仍可能受到技术限制和数据噪声的影响。 | 本研究旨在估计个性化的基因共表达网络，以便在单细胞RNA-seq数据中量化表达变异。 | 研究对象包括来自不同个体的人诱导多能干细胞和阿尔茨海默病后人类组织提取的少突胶质细胞。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 普瓦松测量模型 | 基因表达数据 | 涉及不同个体的多条人诱导多能干细胞系和人类组织样本 |
| 14180 | 2024-08-07 |
Analysis of immunogenic cell death in atherosclerosis based on scRNA-seq and bulk RNA-seq data
2023-Jun, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110130
PMID:37075670
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研究论文 | 本文通过scRNA-seq和bulk RNA-seq数据分析了动脉粥样硬化中免疫原性细胞死亡的作用 | 首次系统研究了动脉粥样硬化中的免疫原性细胞死亡，并探讨了其相关基因作为治疗靶点的可能性 | NA | 探讨免疫原性细胞死亡在动脉粥样硬化中的作用及其相关基因的治疗潜力 | 动脉粥样硬化中的免疫原性细胞死亡及相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | 随机森林 | RNA序列数据 | 动脉粥样硬化斑块单细胞RNA序列数据及大量RNA序列数据 |