单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 14121 - 14140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14121 | 2024-08-04 |
Protocol to dissect and dissociate the mouse brainstem for single-cell RNA-seq applications
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102908
PMID:38461411
|
研究论文 | 本文提供了一种用于解剖和分离小鼠脑干以进行单细胞RNA-seq应用的协议 | 提出了一种针对小脑结构（如脑干核）的单细胞转录组学样本处理的新方法 | 样本产量可能较低，协议主要针对新生小鼠的脑干组织 | 研究小鼠脑干的单细胞转录组学 | 小鼠脑干及其相应的细胞样本 | 数字病理学 | NA | SmartSeq3 cDNA文库准备 | NA | 细胞 | 新生小鼠的脑干组织样本 |
| 14122 | 2024-08-04 |
Protocol for acquiring high-quality fresh mouse lung spatial transcriptomics data
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102825
PMID:38280199
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研究论文 | 本文介绍了一种高质量新鲜小鼠肺部空间转录组数据的获取协议 | 提出了一种新的协议来克服肺泡内腔给空间转录组实验带来的挑战 | 未提及协议在不同实验条件下的适用性 | 旨在为空间转录组学的实验提供一种有效的样本获取方法 | 新鲜小鼠肺组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | cDNA数据 | NA |
| 14123 | 2024-08-04 |
An optimized protocol for isolation of murine pancreatic single cells with high yield and purity
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102836
PMID:38219150
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研究论文 | 本文介绍了一种快速分离小鼠胰腺单细胞的优化协议 | 此研究通过优化解剖顺序、酶组成和操作程序，显著提高了可存活胰腺单细胞的产率和纯度 | NA | 旨在提供一种高效的单细胞分离方法，以支持多种研究领域 | 小鼠胰腺单细胞 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞 | NA |
| 14124 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805
PMID:38341849
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研究论文 | 本文介绍了一种针对前列腺癌患者脊柱肿瘤临床标本的单细胞处理协议 | 提出了一种从手术室到实验室的单细胞处理方法，以应对脊柱肿瘤组织的异质性 | 未提及具体样本的异质性对结果的潜在影响 | 旨在识别脊柱转移瘤患者的预后标志物和治疗靶点 | 涉及前列腺癌患者的脊柱肿瘤标本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床标本 | NA |
| 14125 | 2024-08-07 |
Protocol to study the inheritance and propagation of non-genetically encoded states using barcode decay lineage tracing
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102809
PMID:38180835
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为条码衰变谱系追踪结合单细胞转录组分析（BdLT-Seq）的实验方案，用于研究非遗传编码状态的继承和传播 | 提出了一种新的BdLT-Seq技术，能够在保持同质性的同时，以定向方式评估克隆进化，从而比较同源细胞谱系间的非遗传分子特征 | NA | 开发一种新的实验方案，用于研究细胞谱系中的非遗传分子特征的继承和传播 | 非遗传编码状态的继承和传播 | 生物技术 | NA | 条码衰变谱系追踪结合单细胞转录组分析（BdLT-Seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 14126 | 2024-08-07 |
Protocol for inferring epithelial-to-mesenchymal transition trajectories from single-cell RNA sequencing data using R
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102819
PMID:38183653
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研究论文 | 本文介绍了COMET，一个用于从单细胞RNA测序数据推断上皮-间质转化（EMT）轨迹和状态间转换率的R包 | 提出了COMET R包，用于从单细胞RNA测序数据中推断EMT轨迹和状态间转换率 | NA | 研究上皮-间质转化（EMT）在癌症转移过程中的作用及其在癌症预后中的价值 | 上皮-间质转化（EMT）轨迹和状态间转换率 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 连续时间马尔可夫链 | RNA测序数据 | NA |
| 14127 | 2024-08-07 |
Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684
PMID:38219153
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研究论文 | 本文介绍了一种通过转录组分析肿瘤微环境中免疫细胞表型变化和浸润的协议 | 利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，分析免疫细胞在肿瘤微环境中的表型变化和浸润过程 | NA | 研究免疫治疗在癌症治疗中的应用 | 肿瘤微环境中的免疫细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 转录组数据 | NA |
| 14128 | 2024-08-07 |
Establishing a 3D culture system for early organogenesis of monkey embryos ex vivo and single-cell transcriptome analysis of cultured embryos
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102835
PMID:38224493
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研究论文 | 本文介绍了一种用于体外培养猕猴胚胎3D培养系统的建立及单细胞转录组分析的方法 | 首次成功在体外培养猕猴胚胎长达25天，并详细描述了原肠形成和早期器官发生的关键发育事件 | NA | 旨在理解早期灵长类胚胎发生的最初4周 | 猕猴胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 3D培养系统 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 14129 | 2024-08-07 |
Protocol for optimized dissociation of human scalp tissue for hair follicle transcriptomics by scRNA-seq
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102848
PMID:38319786
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研究论文 | 本文介绍了一种优化的人类头皮组织解离协议，用于通过scRNA-seq进行毛囊转录组学研究 | 提出了一种优化的头皮组织解离方法，以获得高质量的单细胞悬液用于scRNA-seq | NA | 研究人类毛囊的转录组学 | 人类头皮组织和毛囊 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA序列 | NA |
| 14130 | 2024-08-07 |
Protocol for functional profiling of patient-derived organoids for precision oncology
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102887
PMID:38367233
|
研究论文 | 本文介绍了一种全面的协议，用于生成和培养患者来源的结直肠类器官，以及分离和扩增肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和外周血单个核细胞（PBMCs），以支持精准肿瘤学的功能性分析。 | 该协议支持多种组学分析，如RNA测序（RNA-seq）、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和（磷酸化）蛋白质组学。 | NA | 为个性化治疗提供基于扰动癌症患者原代肿瘤细胞的精准肿瘤学策略。 | 患者来源的结直肠类器官、肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和外周血单个核细胞（PBMCs）。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序（RNA-seq）、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和（磷酸化）蛋白质组学。 | NA | 细胞 | NA |
| 14131 | 2024-08-07 |
Kidins220 and Aiolos promote thymic iNKT cell development by reducing TCR signals
2024-Mar-15, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj2802
PMID:38489359
|
研究论文 | 研究探讨了Kidins220和Aiolos在调节胸腺iNKT细胞发育中的作用，通过减少TCR信号强度 | 首次揭示了Kidins220在T细胞发育中的作用，并发现Aiolos是Kidins220在iNKT细胞发育中的下游效应因子 | NA | 探究Kidins220和Aiolos在胸腺iNKT细胞发育中的作用 | 胸腺iNKT细胞和常规T细胞的发育 | 免疫学 | NA | scRNA-seq | NA | 细胞 | T细胞特异性Kidins220敲除（T-KO）小鼠 |
| 14132 | 2024-08-04 |
JAK/STAT3 represents a therapeutic target for colorectal cancer patients with stromal-rich tumors
2024-Mar-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-02958-4
PMID:38424636
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研究论文 | 本研究探讨了抑制JAK/STAT3在不同结直肠癌（CRC）模型中的有效性，并建立了其预后意义。 | 揭示了JAK/STAT3在高间质侵袭性结直肠癌患者中的预后价值，指出抑制其信号通路为有前景的治疗策略。 | 研究中可能存在样本历程偏倚，并且需要在更大规模的人群中验证结果。 | 探讨JAK/STAT3信号传导在结直肠癌中的作用及其抑制对治疗的潜力。 | 研究对象包括结直肠癌细胞系、小鼠模型类器官和患者导向类器官。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序、免疫组化、NanoString GeoMx®空间转录组学 | NA | RNA | 三个独立的CRC患者队列和TransSCOT临床试验队列 |
| 14133 | 2024-08-07 |
Integrative analysis of neuroblastoma by single-cell RNA sequencing identifies the NECTIN2-TIGIT axis as a target for immunotherapy
2024-02-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.12.008
PMID:38181797
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析神经母细胞瘤中的免疫调节相互作用，识别出NECTIN2-TIGIT轴作为免疫治疗的新靶点 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了神经母细胞瘤中的免疫调节网络，并确定了NECTIN2-TIGIT轴作为关键的免疫检查点 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术，识别和优化神经母细胞瘤的免疫治疗策略 | 高风险神经母细胞瘤患者及其肿瘤中的免疫细胞 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 24个肿瘤样本（包括10个化疗前和14个化疗后，其中有5对匹配样本） |
| 14134 | 2024-08-07 |
Leukaemia exposure alters the transcriptional profile and function of BCR::ABL1 negative macrophages in the bone marrow niche
2024-Feb-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45471-0
PMID:38316788
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研究论文 | 研究慢性髓系白血病（CML）对骨髓微环境中BCR::ABL1阴性巨噬细胞转录组和功能的影响 | 揭示了CML骨髓微环境中存在的独特亚群未成熟巨噬细胞，并发现CML暴露的巨噬细胞通过减少表面标记CD36的表达，显著降低了凋亡细胞的清除能力 | NA | 探讨CML对骨髓微环境中旁观巨噬细胞的影响 | CML小鼠模型和人类骨髓来源的巨噬细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 14135 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics and single-nucleus RNA sequencing reveal a transcriptomic atlas of adult human spinal cord
2024-Jan-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92046
PMID:38289829
|
研究论文 | 该文章揭示了成人人体脊髓的转录组图谱，分类了脊髓神经元并分析了其空间分布 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组技术对成人脊髓神经元进行详细分类和空间分布研究 | 成人脊髓的细胞异质性的分子证据相对有限 | 研究成人脊髓神经元的类型和功能异质性 | 来自九名人类供体的脊髓神经元 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单核RNA测序和空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 来自九名人类供体的样本 |
| 14136 | 2024-08-07 |
Dandelion uses the single-cell adaptive immune receptor repertoire to explore lymphocyte developmental origins
2024-Jan, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01734-7
PMID:37055623
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研究论文 | 本文介绍了Dandelion计算流程，用于单细胞适应性免疫受体（scVDJ-seq）分析，以探索淋巴细胞发育起源 | Dandelion能够应用标准V(D)J分析工作流程于单细胞数据集，提供改进的V(D)J contig注释和非生产性及部分剪接contig的识别 | NA | 研究淋巴细胞生物学，特别是人类胸腺发育轨迹和细胞系承诺的调控因子 | 单细胞基因表达和适应性免疫受体序列数据 | 生物信息学 | NA | scVDJ-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 14137 | 2024-08-07 |
Opportunities and tradeoffs in single-cell transcriptomic technologies
2024-01, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2023.10.003
PMID:37953195
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review | 本文综述了单细胞转录组技术的最新进展及其优缺点 | 介绍了长读长测序方法在单细胞转录组分析中的应用，突破了以往全转录组表征的障碍 | 单细胞转录组分析中仍存在细胞数量与全长转录本覆盖度之间的权衡问题 | 全面概述单细胞转录组分析的可用选项，并强调每种方法的关键优缺点 | 单细胞转录组技术及其应用 | NA | NA | 长读长测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 14138 | 2024-08-07 |
Development of a cell-free strategy to recover aged skeletal muscle after disuse
2023-Nov, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP282867
PMID:35318675
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验，展示了在小鼠骨骼肌中，长时间不活动导致周细胞失去合成抗氧化剂的能力，并利用这一发现设计了一种策略，通过使用过氧化氢刺激健康供体周细胞产生小外泌体（sEVs），有效恢复了成年和老年肌肉纤维的大小。 | 本研究首次展示了过氧化氢预处理的周细胞衍生的sEVs能有效改善骨骼肌在固定后的恢复，提供了一种新的无细胞方法来重建老年人在不活动后的肌肉质量。 | NA | 探索和开发一种无细胞策略，以恢复老年人因不活动导致的骨骼肌退化。 | 小鼠骨骼肌中的周细胞及其在肌肉不活动和恢复过程中的功能。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年和老年小鼠 |
| 14139 | 2024-08-07 |
HCG18, LEF1AS1 and lncCEACAM21 as biomarkers of disease severity in the peripheral blood mononuclear cells of COVID-19 patients
2023-10-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04497-6
PMID:37884975
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和qPCR验证，探索了长非编码RNA（LncRNAs）在COVID-19患者外周血单个核细胞（PBMCs）中的表达模式，并发现HCG18-242、HCG18-244、LEF1-AS1和lncCEACAM21与COVID-19的严重程度和死亡率相关 | 本研究首次发现HCG18-242、HCG18-244、LEF1-AS1和lncCEACAM21作为COVID-19严重程度和死亡率的潜在创新生物标志物 | NA | 探索COVID-19严重程度和死亡率的可靠和准确生物标志物 | COVID-19患者外周血单个核细胞中的长非编码RNA | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序 | NA | RNA | 2906个长非编码RNA在COVID-19患者PBMCs中的表达模式，以及111名住院COVID-19患者的qPCR验证 |
| 14140 | 2024-08-04 |
mitoSplitter: A mitochondrial variants-based method for efficient demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq
2023-09-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2307722120
PMID:37725654
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研究论文 | 本文开发了一种基于线粒体变体的方法‘mitoSplitter’，用于高效地解混合池化的单细胞RNA-seq数据 | 提出利用线粒体RNA变体进行解混合的新算法，从而克服传统方法的局限 | 在多样本和大规模细胞数据的情况下，仍可能存在一定的挑战与限制 | 旨在提高单细胞RNA-seq数据分析的效率，减少批次效应 | 研究五种非小细胞肺癌细胞系对BET化学降解的反应 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA数据 | 10个样本，60000个细胞 |