单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14121	2024-08-05	Discovery of Multiple Effects of Reactive Oxygen Species on Lung Adenocarcinoma at the Single-cell and Bulk Tissue Levels 2024-Mar-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291009240219055808 PMID:38485675	研究论文	本研究探讨了反应性氧种（ROS）在肺腺癌中的作用机制	该研究提供了ROS在肺腺癌单细胞和整体组织水平上的新见解，揭示了其对病理的影响	NA	探索ROS在肺腺癌发展和治疗中的机制	反应性氧种对肺腺癌进展的影响	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	LUAD组织中识别的七种细胞类型
14122	2024-08-07	Combined IL6 and CCR2 blockade potentiates antitumor activity of NK cells in HPV-negative head and neck cancer 2024-Mar-12, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03002-1 PMID:38468260	研究论文	本研究探讨了在HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌中，联合阻断IL6和CCR2通路对NK细胞抗肿瘤活性的增强作用	首次展示了在HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌中，通过联合阻断IL6和CCR2通路可以有效增强NK细胞的抗肿瘤活性	NA	探索增强NK细胞在HPV阴性头颈部鳞状细胞癌中的抗肿瘤活性的新治疗方法	HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了HPV阳性和阴性的头颈部鳞状细胞癌细胞系及同种异体小鼠模型
14123	2024-08-07	Single-cell integrative analysis reveals consensus cancer cell states and clinical relevance in breast cancer 2024-Mar-12, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03127-0 PMID:38472225	研究论文	本研究通过综合分析单细胞RNA测序数据，揭示了乳腺癌中跨患者复现的七种共识癌细胞状态及其临床相关性	首次系统地阐明了共识癌细胞状态的生物学功能、亚型特异性分布、潜在起源细胞及其相互关系，并揭示了肿瘤微环境中内部调节子和外部细胞成分对这些状态的贡献	NA	揭示乳腺癌中常见的癌细胞状态及其驱动因素，并探索其与临床结果的关联	乳腺癌中的癌细胞状态及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个独立数据集
14124	2024-08-07	Decoding gene regulatory circuitry underlying TNBC chemoresistance reveals biomarkers for therapy response and therapeutic targets 2024-Mar-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00529-6 PMID:38472332	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据，揭示了三阴性乳腺癌（TNBC）化疗耐药性的基因调控机制，并发现了潜在的治疗反应生物标志物和治疗靶点	本研究首次通过单细胞转录组数据和全基因组H3K27ac标记映射，揭示了TNBC化疗耐药性的表观遗传和转录因子网络	NA	揭示三阴性乳腺癌化疗耐药性的分子机制，并发现新的治疗策略	三阴性乳腺癌患者及其化疗耐药性	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组	NA	转录组数据	NA
14125	2024-08-04	Mefloquine enhances the efficacy of anti-PD-1 immunotherapy via IFN-γ-STAT1-IRF1-LPCAT3-induced ferroptosis in tumors 2024-Mar-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008554 PMID:38471712	研究论文	本研究探讨了美氟喹如何通过IFN-γ-STAT1-IRF1-LPCAT3诱导肿瘤中的铁死亡来增强抗PD-1免疫疗法的疗效	发现美氟喹通过激活IFN-γ诱导的STAT1-IRF1信号通路来调节LPCAT3的表达，这一机制尚未被阐明	本研究未提供不同肿瘤类型的广泛比较数据	探讨美氟喹增强抗PD-1免疫疗法的机制	研究对象包括黑色素瘤和肺癌细胞	数字病理学	黑色素瘤与肺癌	RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、染色质免疫沉淀-qPCR	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	临床数据分析涉及黑色素瘤患者与对照个体，具体样本大小未明确
14126	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing reveals critical modulators of extracellular matrix of penile cavernous cells in erectile dysfunction 2024-03-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-56428-0 PMID:38467692	研究论文	这项研究揭示了勃起功能障碍（ED）中阴茎海绵细胞外基质的关键调节因子	该研究首次利用单细胞RNA测序描绘了ED中阴茎海绵细胞的转录组图谱，并揭示了细胞与细胞之间的相互作用	该研究可能未能完全阐明所有细胞类型之间的相互作用和复杂性	研究ED与细胞外基质（ECM）之间的关系	分析ED与非ED样本中82,554个海绵单细胞的转录组特征	数字病理学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	82,554个海绵单细胞
14127	2024-08-04	Identification of robust cellular programs using reproducible LDA that impact sex-specific disease progression in different genotypes of a mouse model of AD 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582178 PMID:38464087	研究论文	本文开发了一个可重复的LDA（rLDA）包，以识别影响老年痴呆症小鼠不同基因型的性别特异性疾病进展的细胞程序	提出了Topyfic，一个可重复的LDA包，能够更准确地推断单细胞数据中细胞程序的身份和活性	LDA的可解释性受制于超参数选择及随机初始化导致的主题定义变异性	识别在单细胞RNA-seq数据分析中活跃的细胞程序	研究老年痴呆症小鼠模型中不同基因型的细胞类型及其状态	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	LDA	基因表达数据	使用了两种5xFAD小鼠模型的脑单细胞和单核数据集
14128	2024-08-04	Comprehensive analysis of the effects of the cuprotosis-associated gene SLC31A1 on patient prognosis and tumor microenvironment in human cancer 2024-Feb-29, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-1308 PMID:38482443	研究论文	本研究分析了SLC31A1基因在多种癌症中的表达与预后及肿瘤微环境的关系	提出SLC31A1作为癌症能量代谢相关的潜在靶点，提供新的治疗方向	未详细探讨不同癌症中SLC31A1的具体功能机制	探索SLC31A1在癌症中的生物功能及其预后价值	分析SLC31A1在多种癌症中的表达、突变、甲基化及免疫细胞浸润等	数字病理学	NA	单细胞测序、RT-qPCR、WB	NA	基因表达数据	涉及多种癌症组织的样本
14129	2024-08-04	The integration of bulk and single-cell sequencing data revealed the function of FKBP10 in the gastric cancer microenvironment 2024-Feb-29, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-1484 PMID:38482445	研究论文	本研究揭示了FKBP10在胃癌微环境中的功能	整合了散装和单细胞测序数据，提供了FKBP10及其共表达基因在肿瘤微环境中的影响	未提及具体限制	研究FKBP10在胃癌微环境中的表达和功能	胃癌细胞及其微环境中的相关基因	数字病理学	胃癌	qRT-PCR、单细胞和散装测序	NA	NA	NA
14130	2024-08-07	Identification of fatty acid oxidation-related subtypes by integrated analysis of bulk- and single-cell transcriptome profiling in colorectal cancer 2024-Feb-29, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-23-833 PMID:38482228	研究论文	本研究通过综合分析大量和单细胞转录组数据，识别了结直肠癌中与脂肪酸氧化（FAO）相关的亚型。	本研究首次揭示了结直肠癌患者中FAO水平的基因组模式，并构建了FAO相关基因评分（GFAO_Score），有助于精准筛选患者并优化临床策略。	NA	研究结直肠癌中脂肪酸氧化的分子生物化学特征及其相互作用机制。	结直肠癌患者的脂肪酸氧化水平及其相关基因。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数据来自TCGA和GEO数据库中的结直肠癌患者。
14131	2024-08-07	Disulfidptosis-related genes of prognostic signature and immune infiltration features in hepatocellular carcinoma supported by bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-Feb-29, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-23-949 PMID:38482234	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌的癌症基因组图谱-肝细胞癌和基因表达综合数据库数据，识别与硫化物应激相关的关键基因，并探讨其在肝细胞癌预后和免疫浸润中的作用	首次探讨了硫化物应激相关基因在肝细胞癌中的预后价值和免疫治疗潜力	NA	研究硫化物应激相关基因在肝细胞癌中的预后和免疫治疗作用	肝细胞癌患者的基因表达数据和免疫细胞浸润情况	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	使用了来自癌症基因组图谱-肝细胞癌和基因表达综合数据库的数据集
14132	2024-08-07	Tumoral C2 Regulates the Tumor Microenvironment by Increasing the Ratio of M1/M2 Macrophages and Tertiary Lymphoid Structures to Improve Prognosis in Melanoma 2024-Feb-23, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16050908 PMID:38473271	研究论文	本研究通过多维分析转录组数据，探讨了C2在黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的调节机制	首次发现C2水平的上调与黑色素瘤的良好预后相关，并能增强M1巨噬细胞的招募和极化	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，需要进一步的人体临床试验验证	探究C2在黑色素瘤中的作用及其对免疫治疗效果的影响	C2在黑色素瘤中的表达及其对肿瘤微环境和免疫细胞的影响	数字病理学	黑色素瘤	转录组分析、免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了C57BL/6小鼠构建的皮下肿瘤模型
14133	2024-08-07	Identification of bZIP Transcription Factors That Regulate the Development of Leaf Epidermal Cells in Arabidopsis thaliana by Single-Cell RNA Sequencing 2024-Feb-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25052553 PMID:38473801	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究了拟南芥叶片表皮细胞的转录组特征，并鉴定了两个bZIP转录因子基因在调控表皮细胞发育中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥叶片表皮细胞中bZIP转录因子的表达模式及其在细胞发育中的调控作用	研究仅限于3天龄的拟南芥真叶，未涵盖其他发育阶段的叶片	探究拟南芥叶片表皮细胞发育的转录调控机制	拟南芥叶片表皮细胞中的bZIP转录因子	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3天龄的拟南芥真叶中的表皮细胞
14134	2024-08-05	Single-Cell Sequencing Reveals the Expression of Immune-Related Genes in Macrophages of Diabetic Kidney Disease 2024-Feb, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-023-01906-2 PMID:37777674	研究论文	本研究旨在识别糖尿病肾病中巨噬细胞的免疫相关基因	该研究首次揭示了糖尿病肾病巨噬细胞中免疫相关基因的表达，并确定了相关的标记基因	样本量相对较小，仅分析了三只糖尿病小鼠和三只对照小鼠	识别糖尿病肾病中的免疫相关基因，以探索其作为治疗靶点的潜力	糖尿病小鼠的肾小管细胞和对照小鼠的肾小管细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	总共分析了59个正常肾小管和66个糖尿病肾病样本
14135	2024-08-07	NMI Functions as Immuno-regulatory Molecule in Sepsis by Regulating Multiple Signaling Pathways 2024-Feb, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-023-01893-4 PMID:37679586	研究论文	本文探讨了NMI作为免疫调节分子在脓毒症中的作用，通过调节多种信号通路来影响炎症反应	首次揭示了NMI通过多种受体和信号通路在脓毒症中的作用机制	NA	研究NMI在脓毒症中的功能机制及其对炎症反应的影响	NMI在脓毒症中的表达及其对免疫和炎症反应的调节作用	NA	脓毒症	转录组分析	NA	转录组数据	来自GEO数据库的脓毒症患者的中性粒细胞和单核细胞样本
14136	2024-08-07	Inhibiting PLA2G7 reverses the immunosuppressive function of intratumoral macrophages and augments immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2024-01-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008094 PMID:38272562	研究论文	本文研究了磷脂酶A2组VII（PLA2G7）在肝细胞癌（HCC）中的作用，并探讨了抑制PLA2G7对肿瘤内巨噬细胞免疫抑制功能的影响及其在免疫治疗中的应用	发现PLA2G7在肿瘤内巨噬细胞中的高表达与免疫治疗抵抗和预后不良相关，并通过药物抑制PLA2G7增强了免疫检查点阻断疗法的疗效	NA	旨在识别与HCC进展及免疫治疗抵抗相关的巨噬细胞亚群	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤内巨噬细胞及其对免疫治疗的影响	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及HCC患者的组织样本及HCC小鼠模型
14137	2024-08-07	Biomarkers of Pathologic Complete Response to Neoadjuvant Immunotherapy in Mismatch Repair-Deficient Colorectal Cancer 2024-01-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-2213 PMID:37906636	研究论文	本研究旨在识别错配修复缺陷型结直肠癌患者对新辅助免疫治疗病理完全反应的生物标志物	本研究首次综合分析了基因组、转录组和免疫细胞密度，以及肿瘤微环境对病理完全反应的影响	样本量较小，可能影响结果的普遍性	探索错配修复缺陷型结直肠癌患者对新辅助免疫治疗反应的生物标志物	42名接受新辅助PD-1阻断治疗的错配修复缺陷型结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	下一代测序, 多重免疫荧光染色	NA	基因组数据, 转录组数据, 免疫细胞密度数据	42名患者
14138	2024-08-07	scRNA-Seq and Bulk-Seq Analysis Identifies S100A9 Plasma Cells as a Potentially Effective Immunotherapeutic Agent for Multiple Myeloma 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S452062 PMID:38481477	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量测序技术分析多发性骨髓瘤患者，识别出S100A9浆细胞作为潜在有效的免疫治疗剂	本研究首次通过单细胞RNA测序和批量测序技术，识别出S100A9浆细胞在多发性骨髓瘤免疫治疗中的潜在作用	NA	研究多发性骨髓瘤的免疫治疗策略	多发性骨髓瘤患者的浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量测序	NA	RNA	多发性骨髓瘤患者样本
14139	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals a hierarchical transcriptional regulatory network of terpenoid biosynthesis in cotton secretory glandular cells 2023-12-04, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2023.10.008 PMID:37849250	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，全面分析了棉花叶片的转录组特征，并构建了一个层级转录调控网络，揭示了细胞特异性萜类化合物合成的调控机制	发现了两个新的转录因子GoHSFA4a和GoNAC42，它们在棉花色素腺体形成基因下游发挥作用，并能直接调控萜类化合物合成基因的表达	NA	揭示植物细胞水平上萜类化合物合成的特定调控机制	棉花分泌腺细胞中的萜类化合物合成	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
14140	2024-08-07	HLA-I Evolutionary Divergence Confers Response to PD-1 Blockade plus Chemotherapy in Untreated Advanced Non-Small Cell Lung Cancer 2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0604 PMID:37449971	研究论文	本研究探讨了HLA-I进化分歧（HED）在未经治疗的晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者中对PD-1阻断联合化疗的预测和预后价值	首次揭示了HLA-I进化分歧（HED）作为预测PD-1阻断联合化疗疗效的生物标志物	研究样本量有限，需要在更大规模的研究中验证HED的预测价值	确定PD-1阻断联合化疗在未经治疗的晚期非小细胞肺癌患者中的预测生物标志物	427名接受一线PD-1阻断联合化疗或单纯化疗的晚期非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	427名患者，其中11名患者的58,977个细胞用于单细胞RNA测序