单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 14101 - 14120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14101 | 2024-08-07 |
WITHDRAWN: The effect of ischemia on expression quantitative trait loci (eQTL) in human myocardium and insights into myocardial injury etiology
2024-Feb-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3967889/v1
PMID:38464039
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了118名接受主动脉瓣置换手术患者的心肌组织样本，探讨缺血对人类心肌表达数量性状位点（eQTL）的影响及其与心肌损伤病因的关系 | 本研究首次在人类心肌组织中识别并复制了缺血条件下的局部表达数量性状位点（cis-eQTL），并结合基因组关联研究，确定了心肌损伤的因果基因 | 研究样本主要集中在接受特定心脏手术的患者，可能限制了结果的普遍性 | 旨在理解人类心肌缺血的病理过程，并探索心肌损伤的病因 | 人类心肌组织样本及心肌损伤的因果基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 118名患者的心肌组织样本及2,371名患者的独立队列 |
| 14102 | 2024-08-04 |
Spatial analyses: Focusing on immune-stromal interactions to understand immunity in the tissue context
2024-Feb, Seminars in arthritis and rheumatism
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.semarthrit.2023.152319
PMID:38040516
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研究论文 | 本文探讨免疫细胞在组织环境中的作用，重点分析免疫-基质相互作用 | 运用多重免疫荧光组织学结合基于机器学习的细胞分割和注释方法，以识别和定位稀有免疫细胞群体 | 是否类似的机制适用于其他与纤维化相关的疾病尚待进一步研究 | 全面了解免疫细胞在组织环境中的功能及其微环境的影响 | 研究不同人类组织中的免疫细胞，特别是固有淋巴细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 多重免疫荧光组织学 | 机器学习 | 组织切片 | 涉及多种人类组织中的稀有免疫细胞群体 |
| 14103 | 2024-08-07 |
Transcriptome network analysis of inflammation and fibrosis in keloids
2024-Feb, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2023.12.007
PMID:38242738
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研究论文 | 本文通过转录组测序和微小RNA测序，分析了人类瘢痕疙瘩组织与正常皮肤组织中的炎症和纤维化转录组图谱，并利用单细胞RNA测序研究了细胞间通讯网络和成纤维细胞的多样性 | 本文首次通过多组学数据揭示了瘢痕疙瘩中炎症细胞与成纤维细胞之间的细胞间对话，并发现了可能与瘢痕疙瘩发展相关的miRNA和基因 | 研究样本量较小，仅包括六个瘢痕疙瘩组织和两个正常皮肤样本，可能影响结果的普遍性 | 探究瘢痕疙瘩中炎症和纤维化的转录组图谱 | 瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤肿瘤 | 转录组测序、微小RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、微小RNA数据、单细胞RNA数据 | 六个瘢痕疙瘩组织和两个正常皮肤样本，共24,086个细胞 |
| 14104 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA profiling reveals classification and characteristics of mononuclear phagocytes in colorectal cancer
2024-Feb, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011176
PMID:38408082
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对结直肠癌中的单核吞噬细胞进行了分类和特征分析 | 本研究发现了与结直肠癌预后相关的新亚群，并揭示了调控单核吞噬细胞分化的转录因子调控网络 | NA | 深入全面地理解单核吞噬细胞的免疫功能 | 结直肠癌中的单核吞噬细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6种不同的单核吞噬细胞亚群 |
| 14105 | 2024-08-07 |
Quantifying and correcting bias in transcriptional parameter inference from single-cell data
2024-01-02, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2023.10.021
PMID:37885177
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研究论文 | 本文开发了一种理论，用于解释在使用标准电报模型从单细胞数据推断参数时估计偏差的大小和符号 | 本文发现了特定偏差特征，这些特征取决于外在噪声的来源（即哪个参数在细胞间变化最大）和转录活性模式 | 本文假设没有外在噪声，即参数在细胞间不变化，因此估计的参数应理解为近似群体中的平均值 | 量化并修正从单细胞数据推断转录参数时的偏差 | 单细胞数据中的mRNA计数分布和转录参数 | 分子生物学 | NA | 单分子荧光原位杂交，单细胞RNA测序 | 两状态电报模型 | 单细胞数据 | NA |
| 14106 | 2024-08-07 |
Combined BRAF, MEK, and heat-shock protein 90 inhibition in advanced BRAF V600-mutant melanoma
2024-01, Cancer
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/cncr.35029
PMID:37776537
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研究论文 | 本研究探讨了在晚期BRAF V600突变型黑色素瘤中，联合使用BRAF、MEK抑制剂及热休克蛋白90（HSP90）抑制剂的效果。 | 本研究首次尝试在晚期BRAF V600突变型黑色素瘤中联合使用BRAF、MEK及HSP90抑制剂，并评估了其疗效和安全性。 | 联合治疗显示出显著的毒性，需要频繁减少剂量，这可能导致了相对较低的无进展生存期，尽管肿瘤反应率较高。 | 评估在晚期BRAF V600突变型黑色素瘤中，联合使用BRAF、MEK及HSP90抑制剂的疗效和安全性。 | 晚期BRAF V600突变型黑色素瘤患者。 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 25名患者 |
| 14107 | 2024-08-07 |
Corrigendum: Dissecting the single-cell transcriptome network of immune environment underlying cervical premalignant lesion, cervical cancer and metastatic lymph nodes
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1386072
PMID:38464538
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14108 | 2024-08-04 |
Protocol for isolation of signet ring cells from human gastric mucosa
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102695
PMID:37925632
|
研究论文 | 本文介绍了一种从人类胃黏膜中分离信封细胞的方法。 | 该研究提供了一种高生存率的信封细胞悬浮液制备方案，可能用于进一步的研究和临床应用。 | 未提及研究的样本数量和其他可能的实验限制。 | 研究旨在开发一种有效提取信封细胞的方法以用于进一步分析。 | 研究对象为人类胃黏膜中的信封细胞。 | 数字病理学 | NA | 免疫组化染色，流式细胞术，单细胞测序 | NA | 细胞悬浮液 | NA |
| 14109 | 2024-08-04 |
Protocol to combine brain sections from multiple mice into a single block for spatial transcriptomic analyses
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102617
PMID:37742175
|
研究论文 | 这篇文章介绍了一种将多个小鼠的脑部切片合并为单个块的方法，以进行空间转录组分析 | 创新点在于提出了一种能够减少试剂消耗并同时处理多鼠样本的协议 | 没有提及具体的实验验证结果或对该协议的局限性分析 | 研究多个小鼠大脑样本的空间转录组特征 | 多个小鼠的海马切片 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 切片 | 多个小鼠 |
| 14110 | 2024-08-07 |
Protocol for PPP1R15A-inhibited mouse model establishment with subcutaneous B16F1 tumor and single-cell analysis
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102616
PMID:37756156
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研究论文 | 本文介绍了一种探索PPP1R15A抑制剂Sephin1对小鼠B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫影响的实验方案 | 提出了构建单细胞转录组和TCR文库的方法，并详细描述了基因分化、调控子和细胞间通信分析的步骤 | NA | 探索PPP1R15A抑制剂Sephin1对小鼠B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响 | 小鼠B16F1皮下肿瘤 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 14111 | 2024-08-07 |
Protocol for isolating single cells from human pancreatic cancer tissues and analyzing major immune cell populations using flow cytometry
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102679
PMID:37910511
|
研究论文 | 本文介绍了一种从人胰腺癌组织中分离单细胞并使用流式细胞术分析主要免疫细胞群体的协议 | 提供了从胰腺癌组织中分离免疫细胞并进行流式细胞术分析的详细方法 | NA | 开发和描述一种用于从胰腺癌组织中分离和分析免疫细胞的方法 | 人胰腺癌组织中的免疫细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 14112 | 2024-08-07 |
TimiGP: An R package to depict the tumor microenvironment from bulk transcriptomics
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102742
PMID:38019649
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研究论文 | 本文介绍了一种基于基因对的R包TimiGP，用于从大量转录组数据中描绘肿瘤微环境，推断细胞间相互作用，并揭示免疫细胞相对丰度与患者预后之间的关系 | 提出了一种新的方法，通过基因对来描绘肿瘤免疫微环境，并结合单细胞RNA测序数据来映射不同癌症类型的肿瘤免疫微环境 | NA | 探索肿瘤微环境中不同免疫细胞类型的临床相关性，以揭示癌症复杂性并开发治疗方案 | 肿瘤微环境中的免疫细胞类型及其与患者预后的关联 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 14113 | 2024-08-07 |
Protocol for nuclear dissociation of the adult C. elegans for single-nucleus RNA sequencing and its application for mapping environmental responses
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102756
PMID:38043054
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研究论文 | 本文介绍了一种用于成年C. elegans单核RNA测序的核解离协议，并应用于环境响应的映射 | 提出了针对C. elegans的单核RNA测序（snRNA-seq）协议，克服了单细胞RNA测序中的困难 | NA | 旨在克服C. elegans中单细胞RNA测序的困难，并应用于环境响应的研究 | 成年C. elegans的核解离和单核RNA测序 | 分子生物学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 14114 | 2024-08-07 |
scDEED: a statistical method for detecting dubious 2D single-cell embeddings and optimizing t-SNE and UMAP hyperparameters
2023-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.21.537839
PMID:37163087
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scDEED的统计方法，用于检测可疑的二维单细胞嵌入并优化t-SNE和UMAP的超参数 | 开发了scDEED方法，通过计算每个细胞嵌入的可靠性分数，识别低可靠性的可疑嵌入和高可靠性的可信嵌入，并提供优化嵌入方法超参数的直观指导 | NA | 开发一种统计方法以检测可疑的二维单细胞嵌入并优化相关方法的超参数 | 二维单细胞嵌入方法及其超参数优化 | 计算机视觉 | NA | t-SNE, UMAP | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个scRNA-seq数据集 |
| 14115 | 2024-08-07 |
Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network of Immune Environment Underlying Cervical Premalignant Lesion, Cervical Cancer and Metastatic Lymph Nodes
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.897366
PMID:35812401
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了宫颈癌不同阶段的免疫细胞和间质细胞的组成、谱系和功能状态 | 首次使用单细胞RNA测序技术描绘了宫颈癌进展过程中免疫细胞的转录组图谱 | NA | 深入理解肿瘤微环境（TME）的复杂性，为宫颈癌提供新的治疗策略 | 正常宫颈组织、上皮内瘤变、原发性肿瘤和转移性淋巴结组织中的免疫细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 共获得59913个单细胞，分为9个细胞集群 |
| 14116 | 2024-08-07 |
Fallopian tube single cell analysis reveals myeloid cell alterations in high-grade serous ovarian cancer
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.108990
PMID:38384837
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析输卵管和高度浆液性卵巢癌组织，揭示了免疫和基质细胞的转录多样性及其在肿瘤进展中的作用 | 首次综合分析了人类输卵管单细胞RNA测序数据和高度浆液性卵巢癌相关组织，发现了输卵管中丰富的单核细胞，并揭示了单核细胞和巨噬细胞在肿瘤和正常组织中的特定交互作用和功能通路 | NA | 探索高度浆液性卵巢癌早期检测标志物的发现 | 输卵管和高度浆液性卵巢癌组织中的免疫和基质细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及两个独立队列的输卵管和高度浆液性卵巢癌相关组织 |
| 14117 | 2024-08-04 |
Single cell transcriptome analysis of the THY-Tau22 mouse model of Alzheimer's disease reveals sex-dependent dysregulations
2024-Mar-07, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-024-01885-9
PMID:38453894
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析THY-Tau22阿尔茨海默病小鼠模型，揭示了与性别相关的失调现象。 | 研究首次深入探讨了阿尔茨海默病中早期分子变化的性别依赖性，并识别了关键的调控因子。 | 研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全反映人类阿尔茨海默病的复杂性。 | 旨在探讨阿尔茨海默病的早期分子变化及其性别差异。 | 研究对象是THY-Tau22阿尔茨海默病小鼠模型。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | THY-Tau22小鼠模型的样本量NA |
| 14118 | 2024-08-07 |
NeuroTri2-VISDOT: An open-access tool to harness the power of second trimester human single cell data to inform models of Mendelian neurodevelopmental disorders
2024-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.01.578438
PMID:38352329
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研究论文 | 本文介绍了一个名为NeuroTri2-VISDOT的网络工具，用于探索第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据，以支持孟德尔神经发育障碍的研究 | 开发了一个易于访问的网络工具，降低了使用单细胞数据分析的门槛，促进了孟德尔神经发育障碍的转化研究 | NA | 提供一个易于访问的工具，帮助研究人员利用第二孕期人类大脑的单细胞数据来构建孟德尔神经发育障碍的模型 | 第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 由Bhaduri等人在2021年产生的第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据集 |
| 14119 | 2024-08-07 |
Clinical-mediated discovery of pyroptosis in CD8+ T cell and NK cell reveals melanoma heterogeneity by single-cell and bulk sequence
2023-08-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06068-5
PMID:37620327
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量测序技术，分析了黑色素瘤中与细胞焦亡相关的基因表达，特别是在CD8 T细胞和NK细胞中的表达情况 | 首次综合分析了黑色素瘤中单细胞转录组景观中的细胞焦亡现象，并通过实验验证了免疫细胞簇和免疫基因模块 | 研究主要集中在CD8 T细胞和NK细胞，未涵盖所有类型的免疫细胞 | 探讨细胞焦亡在黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和免疫治疗的影响 | 黑色素瘤组织中的CD8 T细胞和NK细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 14120 | 2024-08-07 |
Single-cell atlas of the human neonatal small intestine affected by necrotizing enterocolitis
2023-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002124
PMID:37205711
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序、T细胞受体β分析、批量转录组学和成像技术，详细描述了坏死性小肠结肠炎（NEC）中细胞身份、相互作用和区域变化的情况 | 本研究首次建立了NEC相关肠道组织中异常上皮-间质-免疫相互作用的详细图谱，并强调了NEC相关肠道组织的细胞失调 | NA | 旨在填补对坏死性小肠结肠炎（NEC）中细胞变化和异常相互作用全面认识的空白 | 人类新生儿受坏死性小肠结肠炎影响的小肠细胞 | 数字病理学 | 新生儿疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |