单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14101	2024-08-07	scDEED: a statistical method for detecting dubious 2D single-cell embeddings and optimizing t-SNE and UMAP hyperparameters 2023-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.21.537839 PMID:37163087	研究论文	本文介绍了一种名为scDEED的统计方法，用于检测可疑的二维单细胞嵌入并优化t-SNE和UMAP的超参数	开发了scDEED方法，通过计算每个细胞嵌入的可靠性分数，识别低可靠性的可疑嵌入和高可靠性的可信嵌入，并提供优化嵌入方法超参数的直观指导	NA	开发一种统计方法以检测可疑的二维单细胞嵌入并优化相关方法的超参数	二维单细胞嵌入方法及其超参数优化	计算机视觉	NA	t-SNE, UMAP	NA	单细胞RNA测序数据	多个scRNA-seq数据集
14102	2024-08-07	Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network of Immune Environment Underlying Cervical Premalignant Lesion, Cervical Cancer and Metastatic Lymph Nodes 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.897366 PMID:35812401	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了宫颈癌不同阶段的免疫细胞和间质细胞的组成、谱系和功能状态	首次使用单细胞RNA测序技术描绘了宫颈癌进展过程中免疫细胞的转录组图谱	NA	深入理解肿瘤微环境（TME）的复杂性，为宫颈癌提供新的治疗策略	正常宫颈组织、上皮内瘤变、原发性肿瘤和转移性淋巴结组织中的免疫细胞和间质细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	共获得59913个单细胞，分为9个细胞集群
14103	2024-08-07	Fallopian tube single cell analysis reveals myeloid cell alterations in high-grade serous ovarian cancer 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.108990 PMID:38384837	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析输卵管和高度浆液性卵巢癌组织，揭示了免疫和基质细胞的转录多样性及其在肿瘤进展中的作用	首次综合分析了人类输卵管单细胞RNA测序数据和高度浆液性卵巢癌相关组织，发现了输卵管中丰富的单核细胞，并揭示了单核细胞和巨噬细胞在肿瘤和正常组织中的特定交互作用和功能通路	NA	探索高度浆液性卵巢癌早期检测标志物的发现	输卵管和高度浆液性卵巢癌组织中的免疫和基质细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及两个独立队列的输卵管和高度浆液性卵巢癌相关组织
14104	2024-08-04	Single cell transcriptome analysis of the THY-Tau22 mouse model of Alzheimer's disease reveals sex-dependent dysregulations 2024-Mar-07, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-01885-9 PMID:38453894	研究论文	本文通过单细胞转录组分析THY-Tau22阿尔茨海默病小鼠模型，揭示了与性别相关的失调现象。	研究首次深入探讨了阿尔茨海默病中早期分子变化的性别依赖性，并识别了关键的调控因子。	研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全反映人类阿尔茨海默病的复杂性。	旨在探讨阿尔茨海默病的早期分子变化及其性别差异。	研究对象是THY-Tau22阿尔茨海默病小鼠模型。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	THY-Tau22小鼠模型的样本量NA
14105	2024-08-07	NeuroTri2-VISDOT: An open-access tool to harness the power of second trimester human single cell data to inform models of Mendelian neurodevelopmental disorders 2024-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.01.578438 PMID:38352329	研究论文	本文介绍了一个名为NeuroTri2-VISDOT的网络工具，用于探索第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据，以支持孟德尔神经发育障碍的研究	开发了一个易于访问的网络工具，降低了使用单细胞数据分析的门槛，促进了孟德尔神经发育障碍的转化研究	NA	提供一个易于访问的工具，帮助研究人员利用第二孕期人类大脑的单细胞数据来构建孟德尔神经发育障碍的模型	第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	由Bhaduri等人在2021年产生的第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据集
14106	2024-08-07	Clinical-mediated discovery of pyroptosis in CD8+ T cell and NK cell reveals melanoma heterogeneity by single-cell and bulk sequence 2023-08-24, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-023-06068-5 PMID:37620327	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序技术，分析了黑色素瘤中与细胞焦亡相关的基因表达，特别是在CD8 T细胞和NK细胞中的表达情况	首次综合分析了黑色素瘤中单细胞转录组景观中的细胞焦亡现象，并通过实验验证了免疫细胞簇和免疫基因模块	研究主要集中在CD8 T细胞和NK细胞，未涵盖所有类型的免疫细胞	探讨细胞焦亡在黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和免疫治疗的影响	黑色素瘤组织中的CD8 T细胞和NK细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
14107	2024-08-07	Single-cell atlas of the human neonatal small intestine affected by necrotizing enterocolitis 2023-05, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002124 PMID:37205711	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序、T细胞受体β分析、批量转录组学和成像技术，详细描述了坏死性小肠结肠炎（NEC）中细胞身份、相互作用和区域变化的情况	本研究首次建立了NEC相关肠道组织中异常上皮-间质-免疫相互作用的详细图谱，并强调了NEC相关肠道组织的细胞失调	NA	旨在填补对坏死性小肠结肠炎（NEC）中细胞变化和异常相互作用全面认识的空白	人类新生儿受坏死性小肠结肠炎影响的小肠细胞	数字病理学	新生儿疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
14108	2024-08-04	Distinct roles for interleukin-23 receptor signaling in regulatory T cells in sporadic and inflammation-associated carcinogenesis 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1276743 PMID:38375204	研究论文	本研究定义了调节性T细胞中IL-23受体信号在散发性和与炎症相关的结直肠癌中的贡献	揭示了IL-23R在调节性T细胞中对结直肠癌发展的细胞特异性影响，特别是在炎症相关和散发性癌症中的不同作用	研究主要在小鼠模型中进行，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	阐明IL-23R信号在调节性T细胞中对结直肠癌的作用	小鼠中调节性T细胞的IL-23R信号及其在结肠炎相关癌症和散发性结直肠癌中的功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因组数据	小鼠模型中有多个样本，不同实验组之间的数量未具体说明
14109	2024-08-07	LRcell: detecting the source of differential expression at the sub-cell-type level from bulk RNA-seq data 2022-05-13, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac063 PMID:35272348	研究论文	本文介绍了一种名为LRcell的计算方法，用于从批量RNA-seq数据中识别导致差异表达的具体（亚）细胞类型	LRcell方法通过预嵌入的标记基因和模拟研究，有效识别了与精神疾病相关的已知细胞类型	LRcell主要依赖于批量RNA-seq数据，未涉及单细胞RNA测序技术	旨在解决批量RNA-seq分析中未解决的问题，即识别差异表达发生的具体（亚）细胞类型	批量RNA-seq数据中的（亚）细胞类型	生物信息学	精神疾病	RNA-seq	计算方法	RNA-seq数据	使用了三个不同的真实数据集
14110	2024-08-04	Tissue-resident memory T cell signatures from single-cell analysis associated with better melanoma prognosis 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109277 PMID:38455971	研究论文	本研究系统性地探讨了组织驻留记忆T细胞与黑色素瘤肿瘤免疫微环境之间的关系	提出了基于T细胞浸润的22基因风险评分，以有效分类黑色素瘤患者的生存风险	NA	阐明组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其与患者生存的关系	黑色素瘤患者的组织驻留记忆T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	多个临床单细胞RNA-seq数据集
14111	2024-08-07	Synaptic endocytosis in adult adipose stromal cell-derived neurons 2024-03-15, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2023.148746 PMID:38184164	研究论文	本研究探讨了从脂肪来源的间充质干细胞（ADSCs）衍生的神经元中的突触内吞作用	首次研究了从ADSCs衍生的神经元中的内吞功能	NA	旨在检查从ADSCs衍生的神经元中的突触内吞作用	从ADSCs衍生的神经元中的突触内吞作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质和量子点	NA
14112	2024-08-07	A single-cell atlas of Drosophila trachea reveals glycosylation-mediated Notch signaling in cell fate specification 2024-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46455-w PMID:38448482	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了果蝇气管系统的细胞图谱，揭示了糖基化介导的Notch信号在细胞命运决定中的作用	首次提供了果蝇气管系统的全面单细胞转录组图谱，并发现了糖基化对Notch信号在细胞命运决定中的响应	NA	探究果蝇气管系统的管状形态发生程序	果蝇气管系统的细胞类型和Notch信号在细胞命运决定中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	9种主要亚型的气管细胞
14113	2024-08-07	MSCsDB: a database of single-cell transcriptomic profiles and in-depth comprehensive analyses of human mesenchymal stem cells 2024-Mar-06, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00496-5 PMID:38449024	研究论文	介绍了一个名为MSCsDB的数据库，该数据库整合了人类间充质干细胞的单细胞转录组数据，并提供深度综合分析	MSCsDB数据库提供了一个一站式交互查询平台，支持调控子活动、基因本体富集、特征基因可视化和转录因子调控子分析，并开发了专门模块评估MSC质量	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术深入研究间充质干细胞的异质性，并提供一个系统分析已发表数据集的平台	人类间充质干细胞的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	包括来自26个受试者的5个组织中的470,000个细胞
14114	2024-08-07	Diacylglycerols and Lysophosphatidic Acid, Enriched on Lipoprotein(a), Contribute to Monocyte Inflammation 2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319937 PMID:38269588	研究论文	研究探讨了脂蛋白(a)（Lp[a]）中富含的二酰甘油（DGs）和溶血磷脂酸（LPA）对单核细胞炎症的贡献	首次揭示了Lp(a)中DGs和LPA对单核细胞炎症的影响，并发现这种炎症部分依赖于NLRP3炎症小体	研究主要集中在体外实验和部分临床样本分析，需要进一步的临床研究来验证这些发现	探讨Lp(a)中其他促炎介质对动脉粥样硬化的影响	脂蛋白(a)（Lp[a]）及其相关脂质对单核细胞炎症的影响	心血管疾病	心血管疾病	脂质组学、RNA测序、ELISA、Western blot、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	血液样本、细胞样本	健康个体13人，高Lp(a)水平个体12人，心血管疾病患者若干
14115	2024-08-07	Human surface ectoderm and amniotic ectoderm are sequentially specified according to cellular density 2024-Mar, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh7748 PMID:38427729	研究论文	本文通过建立人类多能干细胞模型，研究了羊膜外胚层和表面外胚层的分化机制	首次提出人类羊膜外胚层和表面外胚层是根据细胞密度沿着共同非神经外胚层轨迹指定的	NA	探究人类羊膜外胚层和表面外胚层的分化机制	人类羊膜外胚层和表面外胚层	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
14116	2024-08-04	Recent progress in hair follicle stem cell markers and their regulatory roles 2024-Feb-26, World journal of stem cells IF:3.6Q3 DOI:10.4252/wjsc.v16.i2.126 PMID:38455104	研究论文	本文回顾了毛囊干细胞的分子标记物及其调节作用	探讨了单细胞转录组技术提供的详细数据，聚焦于重要的HFSC分子标记物	缺乏HFSC的实验验证和比较不同标记物的实用性	旨在总结和分析毛囊干细胞标记物及其功能	主要研究毛囊干细胞及其在损伤愈合中的功能	数字病理学	NA	单细胞转录组技术	NA	NA	NA
14117	2024-08-07	Identification and validation of a pyroptosis-related prognostic model for colorectal cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-Feb-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v15.i2.329 PMID:38455135	研究论文	本研究基于大量和单细胞RNA测序数据，构建并验证了与结直肠癌（CRC）预后相关的细胞焦亡相关预测模型。	首次构建了一个基于细胞焦亡相关基因的结直肠癌预后模型，并验证了其与免疫浸润的相关性。	NA	评估细胞焦亡相关基因对结直肠癌预后的影响及其与免疫浸润的关联。	结直肠癌（CRC）患者的预后及免疫浸润情况。	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	LASSO回归算法	基因表达数据	使用了来自TCGA和GEO的数据集，具体样本数量未在摘要中明确。
14118	2024-08-04	Granzyme B+ B cells detected by single-cell sequencing are associated with prognosis in patients with intrahepatic cholangiocarcinoma following liver transplantation 2024-Feb-22, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03609-x PMID:38386050	研究论文	本研究探讨了单细胞测序检测到的granzyme B+ B细胞与肝移植后肝内胆管癌患者预后的关系	首次揭示了肿瘤样本中granzyme B+ B细胞的显著增加及其与无病生存的正相关性	研究仅涉及肝内胆管癌，无法广泛适用于其他癌症类型	研究granzyme B+ B细胞在肝内胆管癌中的作用及其对预后的影响	肝移植接受者的肝内胆管癌患者	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞测序	NA	样本数据	25个样本来自基因表达综合数据库以及40名肝移植接受者
14119	2024-08-04	Identification macrophage signatures in prostate cancer by single-cell sequencing and machine learning 2024-Feb-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03633-5 PMID:38349474	研究论文	本研究通过单细胞测序和机器学习识别前列腺癌中的巨噬细胞特征。	提出了一种基于巨噬细胞相关基因的风险标签，用于预测前列腺癌患者的进展。	样本来源于公共数据库，可能缺乏来自不同临床环境的数据验证。	分析肿瘤相关巨噬细胞在前列腺癌中的作用，并建立相关的预后模型。	关注肿瘤微环境中巨噬细胞与前列腺癌进展之间的关系。	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序、机器学习	NA	基因数据、RNA数据	从多个公共数据库下载的前列腺癌单细胞测序数据
14120	2024-08-07	uPAR (PLAUR) Marks Two Intra-Tumoral Subtypes of Glioblastoma: Insights from Single-Cell RNA Sequencing 2024-Feb-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25041998 PMID:38396677	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，分析了uPAR（PLAUR）在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用及其分子合作者	首次全面研究uPAR在GBM内部亚型中的功能及其分子合作者，无需预设生物学途径	NA	探讨uPAR在胶质母细胞瘤内部亚型中的作用及其分子机制	uPAR在胶质母细胞瘤中的作用及其分子合作者	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	37名胶质母细胞瘤患者