单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14101	2024-08-04	Single-cell insights into immune dysregulation in rheumatoid arthritis flare versus drug-free remission 2024-Feb-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45213-2 PMID:38316770	研究论文	本文探讨类风湿性关节炎（RA）在药物撤除后的免疫失调及其发作过程	提出了一种模型来理解RA的免疫失调，为治疗和预防提供了新的研究方向	研究主要集中在药物撤除后的短期效果，可能未能全面覆盖所有RA患者的情况	探讨类风湿性关节炎发作时的免疫机制	分析类风湿性关节炎患者在发作与药物撤除缓解状态下的免疫细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞测序和质谱细胞术	NA	细胞数据	研究涉及类风湿性关节炎患者的循环细胞亚群
14102	2024-08-07	Baf-mediated transcriptional regulation of teashirt is essential for the development of neural progenitor cell lineages 2024-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01169-3 PMID:38374207	研究论文	研究通过遗传学方法破坏果蝇神经系统中的进化保守屏障自整合因子（Baf），利用单细胞RNA测序技术揭示了Baf敲降引起的转录组变化，特别是I型神经母细胞中的变化，并发现Baf与转录因子teashirt（tsh）共同作用于异染色质锚定至内核膜的过程，从而调控神经前体细胞谱系的发育	首次揭示了Baf介导的teashirt转录调控是一种新的分子机制，用于调节神经前体细胞谱系的发育	NA	探索异染色质锚定至内核膜的细胞类型特异性或上下文依赖性程序化调控对神经细胞发育的影响	果蝇神经系统中的Baf因子及其对神经前体细胞谱系发育的影响	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	果蝇神经系统中的I型神经母细胞
14103	2024-08-04	A novel variable neighborhood search approach for cell clustering for spatial transcriptomics 2024, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.109 PMID:38440167	研究论文	本文提出了一种新的基于可变邻域搜索的细胞聚类方法，结合基因表达和空间坐标进行细胞聚类	引入了基于可变邻域搜索的模型，超越了传统细胞类型聚类，能够在空间域中进行聚类	NA	研究细胞聚类的方法，特别是在空间转录组学领域	细胞聚类，基于基因表达和空间坐标的信息	数字病理学	NA	可变邻域搜索	NA	基因表达矩阵和空间坐标	NA
14104	2024-08-04	Opportunities for High-plex Spatial Transcriptomics in Solid Organ Transplantation 2023-Dec-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004587 PMID:36944604	review	本文讨论了高通量空间转录组技术在固体器官移植中的应用	探讨了空间转录组技术在移植科学中的潜在应用，以识别新的治疗干预和生物标志物	对现有技术的应用于移植的具体案例缺乏深入研究	研究高通量空间转录组技术在移植科学中的应用潜力	探讨移植患者及其与拒绝、耐受、感染等病理过程相关的情况	数字病理	NA	高通量空间转录组技术	NA	mRNA转录组	NA
14105	2024-08-04	Identification of biomarkers of renal ischemia-reperfusion injury by bioinformatics analysis and single-cell sequencing analysis combined with in vivo validation 2023-12, Transplant immunology IF:1.6Q3 DOI:10.1016/j.trim.2023.101928 PMID:37704087	研究论文	本文研究了与肾缺血再灌注损伤相关的中心基因和通路	本研究识别了cyp1a1和pdk4作为肾缺血的潜在生物标志物，并展示了其良好的诊断价值	未提及该研究的局限性	探索肾缺血再灌注损伤的生物标志物	小鼠肾缺血样本	数字病理学	肾脏疾病	单细胞分析、qRT-PCR	NA	转录组表达数据	小鼠肾缺血样本的转录组数据，共发现157个差异表达基因
14106	2024-08-04	Spatial transcriptomics reveals novel genes during the remodelling of the embryonic human arterial valves 2023-Nov, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010777 PMID:38011284	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了人类胚胎动脉瓣重塑过程中发现的新基因	发现了一些在小鼠基因组中不存在的新基因，这些基因与瓣膜发育未曾关联过	研究主要集中在早期人类胚胎，可能不适用于其他发育阶段	探究人类胚胎动脉瓣的形成和重塑过程中的转录组特征	人类胚胎中的动脉瓣	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	CS16和CS19的动脉瓣
14107	2024-08-04	Lineage skewing and genome instability underlie marrow failure in a zebrafish model of GATA2 deficiency 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112571 PMID:37256751	研究论文	本研究探讨了GATA2缺乏的斑马鱼模型中的骨髓衰竭机制。	揭示了gata2a缺失导致的细胞谱系偏倚及基因组不稳定性对骨髓衰竭的影响	研究仅在斑马鱼模型中进行，未验证在人类中的结果	研究GATA2缺乏所致骨髓衰竭的机制	斑马鱼模型中的HSPC细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学和染色质可及性分析	NA	细胞	NA
14108	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptional changes of human choroidal and retinal pigment epithelium cells during fetal development, in healthy adult and intermediate age-related macular degeneration 2023-05-05, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddad007 PMID:36645183	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序揭示了人类脉络膜和视网膜色素上皮细胞在胎儿发育期间、健康成人和中间阶段年龄相关性黄斑变性的转录变化	研究揭示了从胎儿到成人状态转变过程中与氧化应激反应和重金属毒性解毒相关的基因表达增加	结果需要通过在更大数量的AMD患者和对照者中使用额外技术进行验证，因为单细胞RNA测序的复杂组织处理可能导致技术伪影	解析不同发育阶段及疾病状态下人类RPE和脉络膜细胞的转录变化	人类胎儿和成人的RPE-脉络膜组织	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	涉及人类胎儿和成人RPE-脉络膜组织的样本
14109	2024-08-07	Human Retinal Organoids Provide a Suitable Tool for Toxicological Investigations: A Comprehensive Validation Using Drugs and Compounds Affecting the Retina 2022-03-17, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szab010 PMID:35298655	研究论文	本研究使用源自人类多能干细胞（hPSCs）的视网膜类器官进行药物和化合物毒性筛选，验证其作为毒理学研究工具的适用性	首次提供了视网膜类器官在毒理学研究中适用性的强有力实验证据	NA	验证视网膜类器官作为毒理学研究工具的适用性	视网膜类器官对多种药物和化合物的反应	NA	NA	单细胞RNA测序（Single-cell RNA-Seq）	NA	细胞	两个hPSC细胞系分化成的视网膜类器官
14110	2024-08-07	Single Cell Transcriptomes of In Vitro Bradyzoite Infected Cells Reveals Toxoplasma gondii Stage Dependent Host Cell Alterations 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.848693 PMID:35372115	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了体外感染布氏锥虫的宿主细胞转录组变化	揭示了布氏锥虫感染阶段依赖的宿主细胞转录组变化，并发现了宿主细胞中c-Myc和NF-κB信号通路及能量代谢途径的上调	未提及	旨在理解宿主细胞与布氏锥虫在转录组层面的相互作用	体外感染布氏锥虫的宿主细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
14111	2024-08-07	RNA-Scoop: interactive visualization of transcripts in single-cell transcriptomes 2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab105 PMID:34859209	研究论文	本文介绍了RNA-Scoop，一个用于分析单细胞转录组中转录本使用情况的交互式细胞簇和转录组可视化工具	RNA-Scoop允许用户检查不同簇之间的差异转录本表达，并研究特定转录本表达机制在细胞组中的变化	NA	开发一个工具来分析单细胞转录组中的转录本使用情况	单细胞转录组中的转录本使用情况	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
14112	2024-08-07	Subclonal cooperation drives metastasis by modulating local and systemic immune microenvironments 2019-07, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0346-x PMID:31263265	研究论文	本文研究了乳腺癌细胞中的次要亚克隆通过调节局部和系统性免疫微环境促进转移的机制	首次揭示了IL11和FIGF表达的次要亚克隆通过间接合作促进转移性进展的机制	NA	探讨肿瘤异质性对临床结果的影响及其机制	乳腺癌细胞的亚克隆及其在转移中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括原发肿瘤、血液和肺部的CD45细胞群
14113	2024-08-07	Unravelling Intratumoral Heterogeneity through High-Sensitivity Single-Cell Mutational Analysis and Parallel RNA Sequencing 2019-03-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.01.009 PMID:30765193	研究论文	本文开发了一种名为TARGET-seq的高灵敏度单细胞突变分析方法，结合并行RNA测序，用于解析肿瘤内异质性	TARGET-seq方法能够在单细胞水平上同时进行高灵敏度的多重突变检测和无偏差的整个转录组分析	NA	克服单细胞RNA测序在研究癌组织时缺乏关键突变热点覆盖的问题	骨髓增生性肿瘤（MPN）的干细胞和前体细胞	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组和编码DNA	4,559个单细胞
14114	2024-08-07	Classes and continua of hippocampal CA1 inhibitory neurons revealed by single-cell transcriptomics 2018-06, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.2006387 PMID:29912866	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析了海马CA1区抑制性神经元的多样性	揭示了10个主要的GABA能神经元群和49个细粒度集群，并发现连续变异在描述这些细胞多样性中的重要性	研究仅限于海马CA1区的抑制性神经元，未涵盖其他脑区或神经元类型	探索海马CA1区抑制性神经元的分类及其多样性	海马CA1区的抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	3,663个CA1区抑制性细胞
14115	2024-08-07	Establishment of mouse expanded potential stem cells 2017-10-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24052 PMID:29019987	研究论文	本文报道了从单个八细胞胚胎卵裂球中建立扩展潜能干细胞的方法，并通过直接转换小鼠胚胎干细胞和诱导多能干细胞实现	扩展潜能干细胞能够同时贡献于胚胎本身和滋养层谱系，并能直接在体外衍生出真正的滋养层干细胞系和胚外内胚层干细胞	NA	展示建立扩展潜能干细胞的可行性，并探讨其在其他哺乳动物中的应用	小鼠扩展潜能干细胞的建立及其特性	干细胞研究	NA	DNA甲基化分析，单细胞转录组分析	NA	DNA甲基化数据，转录组数据	单个八细胞胚胎卵裂球
14116	2024-08-04	scRNA-seq analysis of cells comprising the amphioxus notochord 2024-Apr, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.003 PMID:38224933	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序分析了含有鳃索的头索动物细胞的特性	本研究首次探讨了头索动物鳃索细胞的单细胞特性，揭示了其在脊索发育中的潜在作用	单细胞水平的特性分析仍然在某些细胞群体中存在不足，可能需要进一步的研究	阐明头索动物鳃索细胞的特性和其在脊索发展中的功能	研究对象为头索动物的鳃索细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
14117	2024-08-07	Neoadjuvant chemotherapy-induced remodeling of human hormonal receptor-positive breast cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Mar-31, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216656 PMID:38266804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色分析，探讨了新辅助化疗对人类激素受体阳性乳腺癌免疫微环境的重塑作用	发现了新辅助化疗后增加的先前未被识别的免疫细胞亚群，并验证了它们的抗肿瘤功能，同时识别了化疗耐药癌细胞的新基因组和转录模式	NA	探索化疗耐药机制及化疗如何重塑激素受体阳性乳腺癌的免疫微环境	激素受体阳性乳腺癌样本（新辅助化疗前后的配对样本）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	配对的新辅助化疗前后的激素受体阳性乳腺癌样本
14118	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing reveals epithelial cells driving brain metastasis in lung adenocarcinoma 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109258 PMID:38433899	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了肺腺癌脑转移的上皮细胞角色	发现了一种与脑转移相关的上皮细胞群体，这些细胞在脑转移中发挥重要作用	缺乏直接证据证明脑转移病灶与淋巴结转移病灶之间的关联	阐明肺腺癌脑转移的细胞起源及其驱动因素	主要研究肺腺癌、脑转移和淋巴结转移样本中的细胞组成	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	样本	涉及的样本包括初级肺腺癌、脑转移和淋巴结转移样本
14119	2024-08-04	Targeting ERBB2 and PIK3R1 as a therapeutic strategy for dilated cardiomyopathy: A single-cell sequencing and mendelian randomization analysis 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e25572 PMID:38434379	研究论文	这篇文章探讨了靶向ERBB2和PIK3R1作为扩张型心肌病的治疗策略。	文章创新地结合了单细胞测序和孟德尔随机化分析来识别药物可治疗的基因。	文章未能找到ERBB2的药物激动剂，并且对PIK3R1和心力衰竭的因果关系的探讨有限。	本研究旨在识别并验证扩张型心肌病中药物可治疗的基因，并分析其与心力衰竭的因果关系。	研究对象是扩张型心肌病中与心力衰竭相关的基因。	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	四个微阵列表达谱数据集
14120	2024-08-07	Bioinformatics analysis of MMP14+ myeloid cells affecting endothelial-mesenchymal transformation and immune microenvironment in glioma 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26859 PMID:38434278	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了MMP14+髓系细胞在胶质瘤中影响内皮间质转化和免疫微环境的作用	识别MMP14为独立的预后标志物，并发现其通过CCL信号通路介导免疫抑制，为胶质瘤治疗提供了新的策略	NA	探讨MMP14+髓系细胞在胶质瘤中的作用及其对治疗策略的影响	MMP14+髓系细胞在胶质瘤中的功能及其对内皮间质转化和免疫微环境的影响	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	收集了六个批量RNA数据集和一个单细胞RNA测序数据集