单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14081	2024-08-07	CD4 T cells and toxicity from immune checkpoint blockade 2023-09, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13248 PMID:37491734	研究论文	本文通过多种单细胞和批量测序技术，研究了免疫检查点抑制剂治疗后严重免疫相关不良事件（irAEs）的预处理决定因素。	首次发现循环中升高的激活CD4效应记忆T细胞丰度和TCR多样性与严重irAEs的发展相关。	研究样本量相对较小，且仅限于晚期黑色素瘤患者。	深入理解导致严重irAEs发展的因素，以改善irAEs的预测和预防。	晚期黑色素瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗后的免疫相关不良事件。	免疫学	黑色素瘤	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，批量RNA测序，批量T细胞受体（TCR）测序	NA	细胞数据	71名晚期黑色素瘤患者
14082	2024-08-05	Immune dysfunction revealed by digital spatial profiling of immuno-oncology markers in progressive stages of renal cell carcinoma and in brain metastases 2023-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007240 PMID:37586773	研究论文	本研究揭示了肾细胞癌进展阶段和脑转移中的免疫功能障碍	利用数字空间分析技术，首次对肾细胞癌不同进展阶段及脑转移进行详尽的免疫肿瘤标志物分析	样本量虽然相对较大，但仍可能存在选择偏差，并且结果需要进一步验证	探索肾细胞癌及其脑转移的肿瘤微环境对免疫反应的影响	76个原发肿瘤、27个相邻的正常肾样本和86个转移样本，包括24个脑转移样本	数字病理学	肾癌	数字空间分析	NA	组织样本	76个原发肿瘤，27个正常肾样本，86个转移样本，包括24个脑转移样本
14083	2024-08-07	Assessment of Treatment-Relevant Immune Biomarkers in Psoriasis and Atopic Dermatitis: Toward Personalized Medicine in Dermatology 2023-08, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.04.005 PMID:37341663	综述	本文综述了用于测量炎症性皮肤病中与治疗相关的免疫生物标志物的转化免疫学方法	介绍了胶带剥离分析、微针基生物标志物贴片、表皮刮除术的分子分析、RNA原位杂交组织染色和单细胞RNA测序等新技术	目前没有批准或广泛使用的皮肤科个性化治疗方法	探讨个性化医学在炎症性皮肤病中的应用前景	牛皮癣和特应性皮炎中的治疗相关免疫生物标志物	NA	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14084	2024-08-07	Gene knockout inference with variational graph autoencoder learning single-cell gene regulatory networks 2023-07-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad450 PMID:37246643	研究论文	本文介绍了一种名为Gene Knockout Inference (GenKI)的虚拟敲除工具，用于在没有敲除样本的情况下，利用单细胞RNA测序数据预测基因功能	GenKI通过变分图自编码器模型，在没有真实敲除样本信息的情况下，以无监督方式捕捉基因敲除扰动引起的基因调控模式变化	NA	开发一种新的工具，用于在没有敲除样本的情况下，利用单细胞RNA测序数据预测基因功能	基因敲除对基因调控模式的影响	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	变分图自编码器 (VGAE)	基因调控网络	使用公开可用的单细胞RNA测序数据集
14085	2024-08-07	VISTA (PD-1H) Is a Crucial Immune Regulator to Limit Pulmonary Fibrosis 2023-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2022-0219OC PMID:36450109	研究论文	研究探讨了VISTA（PD-1H）在限制特发性肺纤维化（IPF）中的作用及其治疗潜力	首次明确了VISTA在IPF中的作用及其作为治疗靶点的潜力	需要进一步研究以验证VISTA作为IPF治疗的新型靶点	确定VISTA在IPF中的作用及其治疗潜力	VISTA在IPF中的表达及其对肺纤维化的影响	NA	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括VISTA缺陷小鼠和野生型同窝小鼠的实验模型
14086	2024-08-05	Immune-interacting lymphatic endothelial subtype at capillary terminals drives lymphatic malformation 2023-04-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20220741 PMID:36688917	研究论文	本研究揭示了一种新的免疫相互作用淋巴内皮亚型，该亚型在毛细血管末端促进淋巴管畸形	发现了一种新的Ptx3阳性皮肤淋巴毛细血管内皮细胞亚型，其能够招募促淋巴管生成的巨噬细胞	尚需进一步研究以深入理解该内皮细胞亚型的作用机制和临床应用	研究PIK3CA突变驱动的淋巴管畸形的致病机制	小鼠模型中的Pik3caH1047R驱动的血管畸形	数字病理学	淋巴管畸形	单细胞转录组学	NA	生物样本	使用了小鼠模型，具体样本数量未提及
14087	2024-08-07	SECANT: a biology-guided semi-supervised method for clustering, classification, and annotation of single-cell multi-omics 2022-Sep, PNAS nexus IF:2.2Q1 DOI:10.1093/pnasnexus/pgac165 PMID:36157595	研究论文	本文开发了一种名为SECANT的生物学指导半监督方法，用于单细胞多组学数据的聚类、分类和注释	SECANT的创新点包括使用表面蛋白数据中识别的可靠细胞类型标签作为细胞聚类的指导，为每个细胞群提供一般注释，利用具有不确定或缺失细胞类型标签的细胞提高性能，以及准确预测scRNA-seq数据的可靠细胞类型	NA	开发一种新的方法来分析单细胞多组学数据，特别是CITE-seq数据	单细胞多组学数据，特别是CITE-seq数据	生物信息学	NA	CITE-seq	NA	单细胞多组学数据	多个组织的公共和内部数据集
14088	2024-08-07	Metastatic Transition of Pancreatic Ductal Cell Adenocarcinoma Is Accompanied by the Emergence of Pro-Invasive Cancer-Associated Fibroblasts 2022-Apr-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14092197 PMID:35565326	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据分析了胰腺导管细胞癌（PDAC）从原发部位向淋巴结转移过程中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的变化	提出了“进化侵袭水平（ELI）”框架，描述了基质侵袭性的进化，并发现了在PDAC进展的不同阶段，成纤维细胞亚群的显著变化	NA	探究胰腺导管细胞癌转移过程中癌症相关成纤维细胞的角色和变化	胰腺导管细胞癌及其相关成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用Peng等人发表的单细胞RNA测序数据和The Cancer Genome Atlas中的大量RNAseq数据
14089	2024-08-04	Prediction of immunotherapy responsiveness in melanoma through single-cell sequencing-based characterization of the tumor immune microenvironment 2024-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101910 PMID:38417293	研究论文	该文章分析黑色素瘤患者的单细胞测序数据，以预测免疫疗法的响应。	文章提出了一种基于免疫成分组成的免疫疗法响应预测模型，并在黑色素瘤患者中经过验证，表现优于其他现有模型。	研究仅限于黑色素瘤患者，可能无法普遍适用于所有类型的癌症。	探讨黑色素瘤患者对免疫检查点抑制剂的反应差异，并建立预测模型。	研究对象为接受免疫检查点抑制剂治疗的黑色素瘤患者。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	集成自多位黑色素瘤患者的单细胞测序数据
14090	2024-08-07	Multi-omics analysis-based macrophage differentiation-associated papillary thyroid cancer patient classifier 2024-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101889 PMID:38382228	研究论文	本研究通过多组学分析，构建了一个基于巨噬细胞分化特征的甲状腺乳头状癌患者分类器	本研究首次从免疫学角度探讨甲状腺肿瘤的预后差异机制，并利用巨噬细胞的分化特性为甲状腺乳头状癌的亚型分类提供新方法	NA	重新分类甲状腺乳头状癌	甲状腺乳头状癌患者的巨噬细胞分化特征	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	从公共数据库获取的甲状腺乳头状癌浸润髓样细胞的单细胞RNA测序数据
14091	2024-08-07	A BET inhibitor, NHWD-870, can downregulate dendritic cells maturation via the IRF7-mediated signaling pathway to ameliorate imiquimod-induced psoriasis-like murine skin inflammation 2024-Apr-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2024.176382 PMID:38311277	研究论文	研究了BET抑制剂NHWD-870通过IRF7介导的信号通路下调树突状细胞成熟，从而减轻咪喹莫特诱导的类牛皮癣小鼠皮肤炎症的效果	发现NHWD-870能通过抑制IRF7的表达来抑制树突状细胞的成熟和激活，从而减轻牛皮癣样皮肤病变	NA	探讨NHWD-870对咪喹莫特诱导的类牛皮癣小鼠模型和体外树突状细胞成熟的影响	NHWD-870对咪喹莫特诱导的类牛皮癣小鼠皮肤炎症和树突状细胞成熟的影响	NA	牛皮癣	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和树突状细胞
14092	2024-08-04	Comprehensive analyses and experimental verification of NETs and an EMT gene signature for prognostic prediction, immunotherapy, and chemotherapy in pancreatic adenocarcinoma 2024-Apr, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24082 PMID:38088494	研究论文	本文探讨了中性粒细胞外网和上皮-间充质转化基因在胰腺腺癌预后预测中的作用	建立了一个基于八个NET和EMT相关基因的风险模型，并进行了实验验证	未详细描述样本数量和外部数据库的选择标准	探究NET和EMT基因与胰腺腺癌患者预后的相关性	胰腺腺癌患者及其相关的基因	数字病理学	胰腺癌	RNA测序	Cox回归模型	转录组数据	NA
14093	2024-08-07	Bioinformatics analyses and experimental validation of the role of phagocytosis in low-grade glioma 2024-Apr, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24095 PMID:38112449	研究论文	本文通过生物信息学分析和实验验证，探讨了吞噬作用在低级别胶质瘤中的作用及其分子特征	首次研究了低级别胶质瘤中吞噬作用的改变，并构建了吞噬作用相关的预后标志物	NA	揭示吞噬作用的分子特征，并为低级别胶质瘤的个性化治疗奠定基础	低级别胶质瘤中的吞噬作用及相关基因	生物信息学	脑瘤	非负矩阵分解聚类、LASSO回归分析、单细胞RNA测序、多重免疫组织化学技术	NA	mRNA、拷贝数变异、单核苷酸变异、甲基化水平、单细胞RNA测序数据	涉及多种癌症类型的样本及低级别胶质瘤样本
14094	2024-08-07	S100A9+CD14+ monocytes contribute to anti-PD-1 immunotherapy resistance in advanced hepatocellular carcinoma by attenuating T cell-mediated antitumor function 2024-Mar-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-02985-1 PMID:38454445	研究论文	本研究探讨了S100A9+CD14+单核细胞在晚期肝细胞癌患者中通过减弱T细胞介导的抗肿瘤功能，促进对PD-1免疫疗法的抵抗作用	本研究首次揭示了S100A9+CD14+单核细胞作为预测免疫检查点抑制剂治疗效果的生物标志物，并提出了通过抑制S100A9来增强免疫疗法效果的新策略	NA	旨在探索晚期肝细胞癌患者接受PD-1单药治疗前可预测治疗效果的外周生物标志物，并阐明免疫检查点阻断抵抗的分子机制	晚期肝细胞癌患者及其对PD-1免疫疗法的反应	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	血液样本	晚期肝细胞癌患者的血液样本
14095	2024-08-07	Single-cell profiling identifies IL1Bhi macrophages associated with inflammation in PD-1 inhibitor-induced inflammatory arthritis 2024-Mar-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46195-x PMID:38453911	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎（PD-1-IA）和类风湿性关节炎（RA）患者的外周血和滑液中的CD45细胞，发现PD-1-IA中IL1B髓系细胞的显著扩张及其与耗竭的CD8 T细胞的相互作用。	首次揭示了PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎中IL1B髓系细胞的扩张及其与耗竭CD8 T细胞的相互作用，为该疾病的治疗提供了新的潜在靶点。	研究仅限于外周血和滑液样本，未涉及其他组织或器官，可能限制了对疾病机制的全面理解。	探讨PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎与类风湿性关节炎在细胞和分子水平上的差异。	PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎和类风湿性关节炎患者的外周血和滑液中的CD45细胞。	数字病理学	炎症性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎和类风湿性关节炎患者的外周血和滑液样本
14096	2024-08-04	Spatial transcriptomics data and analytical methods: An updated perspective 2024-Mar, Drug discovery today IF:6.5Q1 DOI:10.1016/j.drudis.2024.103889 PMID:38244672	综述	本文讨论了空间转录组学的数据库和基于深度学习的空间转录组数据分析模型	本文为空间转录组学领域的分析方法提供了更新的视角，强调了AI技术的整合	尽管在ST数据分析技术方面取得了显著进展，但模型的生物学相关性仍需提升	研究空间转录组学数据分析方法及其在生物医学中的应用	空间转录组学相关的数据库和深度学习模型	数字病理学	NA	高分辨率成像与转录组学	深度学习模型	转录组数据	NA
14097	2024-08-04	Construction and analysis of a joint diagnostic model of machine learning for cryptorchidism based on single-cell sequencing 2024-Mar, Birth defects research IF:1.6Q4 DOI:10.1002/bdr2.2316 PMID:38459615	研究论文	本研究开发了一种新型的隐睾诊断模型，并确定了与隐睾相关的新生物标志物	创新点在于利用人工神经网络构建隐睾的新型诊断模型，并通过单细胞测序分析验证中心基因	未提及此模型在临床应用中的局限性	研究的目的是开发隐睾的新诊断模型并识别新的生物标志物	研究对象为隐睾患者的RNA测序数据	数字病理学	隐睾	RNA测序	人工神经网络	基因表达数据	样本来源于南通大学医院和基因表达综合数据库(GEO)
14098	2024-08-07	Staphylococcus aureus lysate induces an IgE response via memory B cells in nasal polyps 2024-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.10.033 PMID:38056634	研究论文	研究探讨了金黄色葡萄球菌裂解物在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中诱导IgE合成的机制	首次揭示了金黄色葡萄球菌通过IgE阴性记忆B细胞在CRSwNP患者中诱导IgE反应的机制	NA	研究金黄色葡萄球菌是否能在CRSwNP中诱导异常IgE合成及其潜在机制	金黄色葡萄球菌裂解物对CRSwNP中IgE合成的影响及机制	NA	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	ELISA, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 定量逆转录PCR, 免疫组织化学, 免疫荧光	NA	细胞	NA
14099	2024-08-07	Altered tumor signature and T-cell profile after chemotherapy reveal new therapeutic opportunities in high-grade serous ovarian carcinoma 2024-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16074 PMID:38226451	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者在接受化疗后肿瘤标志物和T细胞谱的变化	揭示了化疗后肿瘤标志物和T细胞谱的显著变化，为克服治疗抵抗提供了新的治疗策略线索	NA	理解并解决高级别浆液性卵巢癌患者化疗抵抗的问题	高级别浆液性卵巢癌患者的组织样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
14100	2024-08-04	Nicotinamide riboside activates renal metabolism and protects the kidney in a model of Alport syndrome 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.580911 PMID:38464264	研究论文	这篇文章展示了烟酰胺核糖在Alport综合征小鼠模型中激活肾脏代谢并保护肾脏的作用	首次在Alport小鼠模型中发现烟酰胺核糖补充恢复近端肾小管中的脂肪酸氧化，并揭示了性别差异	当前对NAD补充的保护机制及其主要负责的细胞类型理解较少	研究烟酰胺核糖对慢性肾病的保护作用及其机制	使用Alport综合征小鼠模型进行研究	数字病理学	慢性肾病	RNA测序	小鼠模型	转录组数据	NA