单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14081	2024-08-05	Bacterial heat shock protein: A new crosstalk between T lymphocyte and macrophage via JAK2/STAT1 pathway in bloodstream infection 2024-May, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2024.127626 PMID:38330817	研究论文	本研究探讨了细菌热休克蛋白在血流感染中T淋巴细胞和巨噬细胞之间的新型相互作用	发现了细菌外分泌调节蛋白与宿主免疫细胞之间的相互作用，并识别了JAK2/STAT1通路的激活与T细胞耗竭相关	尚未明确该研究在临床治疗中的具体应用效果	调查在高度耐药恶性血流感染中细菌与宿主免疫细胞的相互作用	单细胞测序结果、感染者的免疫细胞和相关信号通路	数字病理学	NA	蛋白质组学、单细胞测序	细胞模型和动物模型	细胞样本与患者血液样本	涉及单细胞样本和感染患者的血液样本
14082	2024-08-07	Cytokine expression patterns: A single-cell RNA sequencing and machine learning based roadmap for cancer classification 2024-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108025 PMID:38335854	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，分析了肿瘤免疫微环境中的细胞因子表达模式，用于精确的癌症分类	首次利用单细胞RNA测序数据结合机器学习模型，识别出不同癌症类型的独特细胞因子表达模式，并应用于癌症分类	NA	旨在解决特定类型癌症中细胞因子表达模式的识别问题，并提高癌症分类的准确性	肿瘤免疫微环境中的细胞因子表达模式	机器学习	NA	单细胞RNA测序	机器学习分类模型	表达数据	包括39种癌症，整合了来自多个公共数据库的684个肿瘤单细胞RNA测序样本
14083	2024-08-07	Histone Trimethylations and HDAC5 Regulate Spheroid Subpopulation and Differentiation Signaling of Human Adipose-Derived Stem Cells 2024-Mar-15, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad090 PMID:38173411	研究论文	本文研究了人类脂肪干细胞（ASCs）球状体形成的表观遗传调控及其信号协调机制	发现了H3K4me3、H3K9me3和HDAC5在干细胞命运和定向分化中的关键作用	NA	揭示ASCs球状体形成的细胞命运和分化机制	人类脂肪干细胞（ASCs）及其球状体	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用10x Genomics平台分析了ASCs球状体
14084	2024-08-07	Decoding the Cell Atlas and Inflammatory Features of Human Intracranial Aneurysm Wall by Single-Cell RNA Sequencing 2024-Mar-05, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.123.032456 PMID:38390814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人颅内动脉瘤壁的细胞图谱和炎症特征	首次在颅内动脉瘤壁中鉴定出具有ABCC9和HIGD1B特征的周细胞，并通过机器学习算法证实了巨噬细胞与动脉瘤破裂的关联	NA	深入了解颅内动脉瘤壁的细胞结构和炎症特征，为未破裂动脉瘤的治疗提供新思路	破裂和未破裂的人颅内动脉瘤壁	数字病理学	颅内动脉瘤	单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA	21,332个合格细胞，以及126名患者的血清学结果
14085	2024-08-04	TISSUE: uncertainty-calibrated prediction of single-cell spatial transcriptomics improves downstream analyses 2024-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02184-y PMID:38347138	研究论文	本文提出了一种新框架TISSUE，用于评估空间基因表达预测的不确定性，改善下游分析	TISSUE框架利用保形推断提供良好校准的预测区间，并减少差异基因表达分析中的假发现率	未提及具体的局限性	提高单细胞空间转录组学预测的准确性及其下游分析	对小鼠成年人侧脑室区域的MERFISH空间转录组数据进行分析	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	11个基准数据集及一个小鼠数据集
14086	2024-08-04	Correcting PCR amplification errors in unique molecular identifiers to generate accurate numbers of sequencing molecules 2024-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02168-y PMID:38317008	研究论文	本研究探讨了PCR扩增误差对RNA分子绝对计数的准确性影响。	研究展示了一种使用同聚三聚体核苷酸块合成唯一分子标识符的方法，以纠正PCR错误并实现精确计数。	研究未提及样本数量及多样性限制。	探讨PCR扩增误差对RNA分子计数准确性的影响。	研究对象为RNA分子及其测序数据。	数字病理	NA	PCR	NA	RNA数据	NA
14087	2024-08-04	In situ single-cell profiling sheds light on IFI27 localisation during SARS-CoV-2 infection 2024-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105016 PMID:38377798	研究论文	本研究利用单细胞空间转录组技术描绘了SARS-CoV-2感染期间的免疫反应	首次识别了在感染部位M1巨噬细胞中IFI27的高表达	NA	探讨SARS-CoV-2感染下的免疫反应	感染部位的M1巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞空间转录组技术	NA	NA	NA
14088	2024-08-04	PI3K/mTOR is a therapeutically targetable genetic dependency in diffuse intrinsic pontine glioma 2024-Feb-06, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI170329 PMID:38319732	研究论文	本文探讨了针对弥漫性内在脑干胶质瘤的治疗靶点和组合疗法的潜力	识别了PIK3CA和MTOR作为可靶向的分子依赖性，并提出了paxalisib与二甲双胍及标准放疗联合的临床相关治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床应用仍需进一步验证	开发有效的针对弥漫性中线胶质瘤的治疗策略	研究弥漫性内在脑干胶质瘤患者衍生模型及其针对性治疗效果	数字病理学	NA	CRISPR/Cas9基因删除筛选，空间转录组学，ATAC-Seq	正交肿瘤模型	分子数据	多种患者衍生和免疫相容性的异种移植模型
14089	2024-08-05	Central role of lung macrophages in SARS-CoV-2 physiopathology: a cross-model single-cell RNA-seq perspective 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1197588 PMID:37350967	研究论文	本研究探讨了肺巨噬细胞在SARS-CoV-2生理病理学中的核心作用	通过跨物种单细胞RNA测序分析揭示了细胞因子产生的巨噬细胞与肺泡细胞在病毒转录本中的主要贡献	尚未深入理解细胞因子生产的触发和解决机制，以及其与感染细胞之间的关系	研究SARS-CoV-2感染中肺巨噬细胞的作用及其与COVID-19严重性之间的关系	主要研究Syrian hamsters和African green monkeys中的巨噬细胞和肺泡细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	Syrian hamsters和African green monkeys的样本
14090	2024-08-07	A novel DNA damage repair-related gene signature predicting survival, immune infiltration and drug sensitivity in cervical cancer based on single cell sequencing 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1198391 PMID:37449209	研究论文	本研究基于单细胞测序数据，开发了一种与DNA损伤修复（DDR）相关的基因签名，用于预测宫颈癌（CC）的生存、免疫浸润和药物敏感性。	构建了一种新的DDR相关基因签名，该签名在预测宫颈癌预后方面表现优于其他临床特征。	需要进一步的实验验证ITGB1在宫颈癌细胞DDR能力中的作用机制。	开发一种DDR相关基因签名，用于评估宫颈癌的预后。	宫颈癌及其相关的DNA损伤修复机制。	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	LASSO回归分析	基因表达数据	使用了来自GSE168652和TCGA-CESC队列的数据，具体样本数量未在摘要中明确。
14091	2024-08-07	DrImpute: imputing dropout events in single cell RNA sequencing data 2018-06-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-018-2226-y PMID:29884114	研究论文	本文介绍了DrImpute算法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失事件	DrImpute在区分真实零值和缺失零值方面表现优于现有的填补算法	NA	开发一种新的算法来处理单细胞RNA测序数据中的缺失事件	单细胞RNA测序数据中的缺失事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	九个已发表的单细胞RNA测序数据集
14092	2024-08-07	Harnessing single-cell genomics to improve the physiological fidelity of organoid-derived cell types 2018-06-05, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-018-0527-2 PMID:29871632	研究论文	本文介绍了一种利用大规模并行单细胞RNA测序技术比较体内外细胞类型和状态的方法，并利用这些差异来提高体外模型的生理忠实度	提出了一种系统的方法来识别体外模型的局限性并提高其生理忠实度，特别是针对肠道类器官中的潘氏细胞	尚未测试类器官衍生的细胞类型在多大程度上重现了体内的对应细胞	提高体外模型的生理忠实度，以便更好地进行功能性研究	肠道类器官中的潘氏细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组学、细胞学、形态学和蛋白质组学数据	大规模并行单细胞RNA测序
14093	2024-08-07	Neural lineage tracing in the mammalian brain 2018-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2017.10.013 PMID:29125960	综述	本文综述了利用基因标记技术在哺乳动物神经系统中追踪神经细胞谱系的应用	近期基因编辑和单细胞测序技术的进步使得谱系分析在规模、速度和深度上达到了前所未有的水平	对于复杂系统，完全实现单个细胞谱系仍然具有挑战性	探讨神经细胞谱系追踪技术在理解大脑发育、组织和功能中的应用	哺乳动物大脑中的神经细胞谱系	NA	NA	基因编辑和单细胞测序	NA	NA	NA
14094	2024-08-07	UMI-count modeling and differential expression analysis for single-cell RNA sequencing 2018-05-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1438-9 PMID:29855333	研究论文	本文通过多个单细胞RNA测序数据集，揭示了读取计数和唯一分子标识符（UMI）计数在基因表达量化方案中的分布差异，并提出了一种基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID）。	本文提出了一种新的基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID），该算法在UMI计数中能更好地控制错误发现率（FDR）并提高检测能力。	NA	研究单细胞RNA测序中基因表达量化的不同方案，并提出新的差异表达分析算法。	单细胞RNA测序数据中的读取计数和UMI计数。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	负二项模型	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
14095	2024-08-07	BGP: identifying gene-specific branching dynamics from single-cell data with a branching Gaussian process 2018-05-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1440-2 PMID:29843817	research paper	本文开发了一种名为分支高斯过程（BGP）的非参数模型，用于从单细胞数据中识别特定基因的分支动力学，并估计每个基因的分支时间及其可信区间。	BGP模型能够识别单个基因的分支动力学，并提供分支时间的估计及其可信区间。	NA	开发一种新方法来揭示细胞分化过程中细胞群体的分支动力学。	单细胞基因表达数据中的分支动力学。	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	BGP	single-cell data	包括模拟数据、单细胞RNA测序血液生成研究和使用液滴条形码生成的鼠胚胎干细胞。
14096	2024-08-07	Whole-Body Single-Cell Sequencing Reveals Transcriptional Domains in the Annelid Larval Body 2018-05-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msx336 PMID:29373712	研究论文	本文通过对比海洋环节动物Platynereis dumerilii幼体全身体细胞的转录组，识别出五个转录上不同的分化细胞群，每个群表达独特的转录因子和效应基因，实现细胞表型	本文首次通过全身体细胞测序揭示了环节动物幼体体内的转录域，这些转录域代表了基于基因表达差异的环节动物身体的新基本划分	NA	旨在通过全身体细胞测序技术，揭示环节动物幼体体内的转录域，为进化发育生物学研究提供新工具	海洋环节动物Platynereis dumerilii的幼体全身体细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	随机挑选的单细胞
14097	2024-08-07	Cell type discovery using single-cell transcriptomics: implications for ontological representation 2018-05-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddy100 PMID:29590361	综述	本文综述了利用单细胞和单核RNA测序技术在人类中枢神经和免疫系统中鉴定细胞类型的最新工作，并讨论了这些发现对参考细胞本体（CL）中细胞类型表示的影响	提出了一种基于随机森林机器学习的方法，用于识别必要和充分的标记基因集，这些基因可用于组装一致且可重复的细胞类型定义，以便纳入CL	NA	探讨单细胞转录组学在细胞类型发现中的应用及其对细胞本体表示的影响	人类中枢神经和免疫系统中的细胞类型	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	随机森林	文本	NA
14098	2024-08-07	An interpretable framework for clustering single-cell RNA-Seq datasets 2018-03-09, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-018-2092-7 PMID:29523077	研究论文	本文介绍了一种名为DendroSplit的可解释框架，用于单细胞RNA-Seq数据集的聚类分析	DendroSplit框架通过特征选择来揭示数据中多个生物学上有意义的层次，强调了聚类的可解释性	NA	解决单细胞RNA-Seq数据集聚类分析中的可解释性和主观性问题	单细胞RNA-Seq数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-Seq数据	多个标志性单细胞数据集
14099	2024-08-07	Model-based branching point detection in single-cell data by K-branches clustering 2017-Oct-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx325 PMID:28582478	研究论文	本文提出了一种基于K-Branches聚类的方法，用于在单细胞数据中检测分支点，通过局部拟合半线来表示细胞的分化轨迹	引入了一种类似于K-Means的聚类算法，并提出了改进的GAP统计量模型选择方法，以确定最佳描述数据的线数量	NA	旨在通过单细胞技术识别细胞群体中的异质性，推断细胞发育和谱系树	单细胞RNA-Seq数据、单细胞qPCR数据以及人工数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-Seq、单细胞qPCR	K-Branches聚类算法	单细胞数据	包括造血过程中髓系祖细胞的分化、小鼠胚泡发育、人类髓系单核白血病以及人工数据
14100	2024-08-07	Amphiregulin switches progenitor cell fate for lineage commitment during gastric mucosal regeneration 2024-Mar-14, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.03.009 PMID:38492892	研究论文	研究胃黏膜再生过程中，Amphiregulin如何调控前体细胞的谱系承诺	首次揭示了Amphiregulin在胃黏膜再生中对前体细胞谱系承诺的调控作用	NA	探讨胃黏膜损伤后前体细胞微环境的调控机制	胃黏膜中的Isthmic前体细胞及其在再生过程中的谱系承诺	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠胃黏膜上皮细胞