单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 14061 - 14080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14061 | 2024-08-04 |
ITGAM-mediated macrophages contribute to basement membrane damage in diabetic nephropathy and atherosclerosis
2024-Feb-27, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-024-03505-1
PMID:38413872
|
研究论文 | 本研究分析了ITGAM介导的巨噬细胞在糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的作用 | 发现ITGAM作为关键基因参与了糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的基底膜损伤 | 未提供研究中可能存在的具体局限性信息 | 研究糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的基底膜损伤及其相关机制 | 糖尿病肾病和动脉粥样硬化患者的转录组特征 | 生物信息学 | 糖尿病相关并发症 | 转录组分析、免疫浸润分析、单细胞测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 来源于基因表达综合数据库的糖尿病肾病和动脉粥样硬化患者样本 |
| 14062 | 2024-08-04 |
Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity
2024-Jan-20, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.01.18.24301478
PMID:38410450
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研究论文 | 本研究整合了精神障碍的基因组结果与人脑细胞类型和区域，揭示了功能连接的汇聚 | 本研究利用人类成年大脑综合图谱，重点关注精神障碍的特定神经元簇，并探讨了其与基因组和转录组数据的结合 | 先前的研究主要依赖于小鼠图谱，可能限制了结果的普遍适用性 | 探讨精神障碍的时间和空间脑区，促进针对性的神经生物研究 | 包括精神分裂症、双相障碍和重度抑郁障碍的神经元簇及其与智力、教育和神经质的关系 | 数字病理学 | 精神障碍 | 单细胞转录组技术 | NA | 基因组、转录组和功能MRI连接数据 | 精神分裂症患者与神经典型对照的功能MRI数据 |
| 14063 | 2024-08-07 |
A mouse model of ZTTK syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis
2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.19.567732
PMID:38014320
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研究论文 | 本文开发了ZTTK综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血中的不可或缺的作用 | 首次建立了ZTTK综合征的小鼠模型，并详细研究了SON基因在器官发育和造血中的功能 | NA | 研究SON基因在ZTTK综合征中的作用及其在器官发育和造血中的功能 | ZTTK综合征的小鼠模型 | 遗传学 | 罕见病 | 单细胞转录组分析 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | NA |
| 14064 | 2024-08-04 |
Spatial enrichment of the type 1 interferon signature in the brain of a neuropsychiatric lupus murine model
2023-11, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2023.06.021
PMID:37369340
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研究论文 | 本研究在神经精神性狼疮小鼠模型中验证了1型干扰素的空间富集 | 揭示了1型干扰素在中枢神经系统中的信号作用及其与神经精神性症状的关系 | 尚未明确1型干扰素信号在中枢神经系统中如何导致神经精神后遗症 | 探讨1型干扰素在神经精神性狼疮中的作用机制 | 使用神经精神性狼疮小鼠模型进行研究 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞核测序，图像基础空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因组数据 | 小鼠模型样本，具体样本数量未提及 |
| 14065 | 2024-08-04 |
Protocol for identifying immune checkpoint on circulating tumor cells of human pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell RNA sequencing
2023-Sep-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102539
PMID:37659082
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研究论文 | 本文提出了一种通过单细胞RNA测序识别人胰腺导管腺癌循环肿瘤细胞上的免疫检查点的协议 | 提供了针对胰腺导管腺癌的循环肿瘤细胞的分离和单细胞RNA测序的新方法 | 未提及具体的样本规模和验证结果 | 建立有效的免疫治疗以防止肿瘤转移 | 胰腺导管腺癌肝转移患者的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞悬浮液 | 胰腺导管腺癌肝转移患者的样本，具体数量未说明 |
| 14066 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing and analysis of rodent blood stage Plasmodium
2023-Sep-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102491
PMID:37581982
|
研究论文 | 本文提供了一种使用单细胞RNA测序分析疟疾血液阶段的方案 | 该研究通过单细胞RNA测序解决了大规模RNA测序无法识别的发育阶段特异性基因调控问题 | 本文没有提及具体的限制因素 | 研究疟疾血液阶段的基因表达调控 | FACS分选的Plasmodium chabaudi chabaudi-AS感染的红血球 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 14067 | 2024-08-04 |
Protocol for profiling in vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing
2023-Sep-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102447
PMID:37453069
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于空间标注单细胞测序的协议，以剖析肿瘤内部异质性 | 提出了一种结合活细胞成像和光模式化照明的步骤，以识别肿瘤模型中的感兴趣区域 | 该协议可能需要进一步扩展以适用于组织切片 | 研究空间标注单细胞测序在肿瘤异质性分析中的应用 | 针对体外肿瘤模型中的细胞进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 涉及多种细胞系 |
| 14068 | 2024-08-04 |
Computational workflow for investigating highly variable genes in single-cell RNA-seq across multiple time points and cell types
2023-Sep-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102387
PMID:37379219
|
研究论文 | 本研究提出了一种计算方法，用于研究与生物通路相关的高度变异基因（HVGs） | 本研究的创新点在于开发了一种用于分析单细胞RNA测序数据中的HVGs的方法，涵盖多个时间点和细胞类型 | 由于使用了公共数据集，分析结果可能受到数据本身限制 | 研究单细胞RNA测序数据中与生物通路相关的高度变异基因的动态表达 | 涉及与登革热病毒和COVID-19相关的免疫细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用公共数据集进行分析 |
| 14069 | 2024-08-04 |
Isolation and profiling of viable tumor cells from human ex vivo glioblastoma cultures through single-cell transcriptomics
2023-Sep-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102383
PMID:37393609
|
研究论文 | 本文提出了一种从人类外源性胶质母细胞瘤培养物中分离可存活肿瘤细胞的方法。 | 创新之处在于详细描述了从切除组织到单细胞转录组分析的全面方法步骤。 | 未提及具体的样本数量和分析结果的广泛适用性。 | 旨在通过单细胞转录组学分析深入理解脑肿瘤生物学。 | 研究对象为人类外源性胶质母细胞瘤培养物中的可存活肿瘤细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | NA | NA |
| 14070 | 2024-08-07 |
Protocol to dissociate and isolate wide-diversity single cells by density gradient centrifugation from human hepatoblastoma tissue
2023-Sep-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102449
PMID:37459235
|
研究论文 | 本文介绍了一种从人肝母细胞瘤组织中通过密度梯度离心法分离和获取高多样性单细胞的协议 | 该协议能够从人肝母细胞瘤样本中高效分离肝细胞和免疫细胞，并保持高存活率 | NA | 旨在通过单细胞转录组测序技术，揭示人肝组织中不同细胞类型，并促进对肝母细胞瘤异质性的理解 | 人肝母细胞瘤组织中的肝细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞数据 | 具体样本数量未提及 |
| 14071 | 2024-08-07 |
Protocol to isolate human normal and neoplastic pancreatic cells for single-cell omic analyses
2023-Sep-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102464
PMID:37480562
|
研究论文 | 本文介绍了一种从正常和肿瘤性人胰腺中分离单细胞用于单细胞组学分析的协议 | 提供了从人胰腺组织中高效分离单细胞的详细步骤，适用于高吞吐量的单细胞测序 | NA | 开发一种有效的单细胞分离方法，以便进行后续的单细胞RNA测序和单细胞ATAC-seq分析 | 正常和肿瘤性人胰腺细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC-seq | NA | 细胞 | 输入样品包含100-10,000个细胞，存活率至少为80%-90% |
| 14072 | 2024-08-07 |
Unraveling the activation process and core driver genes of HSCs during cirrhosis by single-cell transcriptome
2023-08, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.1177/15353702231191109
PMID:37674431
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了非肝硬化和肝硬化肝组织样本，深入探索了肝星状细胞（HSCs）的激活过程并发现了更好的治疗靶基因 | 通过单细胞RNA测序和伪时间分析，揭示了HSCs向肌成纤维细胞分化的关键基因，并识别了HSCs从静止到激活状态的主要调控因子 | NA | 深入探索肝星状细胞（HSCs）的激活过程并发现更好的治疗靶基因 | 肝星状细胞（HSCs）及其在肝硬化中的激活过程 | 数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13个非肝硬化肝组织样本和10个肝硬化肝组织样本 |
| 14073 | 2024-08-07 |
Establishment of the large-scale longitudinal multi-omics dataset in COVID-19 patients: data profile and biospecimen
2022-Sep, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:35996834
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研究论文 | 本文建立了COVID-19患者的大规模纵向多组学数据集，并提供了数据概况和生物样本信息 | 本研究收集了300名COVID-19患者和120名健康对照的全面生物样本和纵向多组学数据，包括全基因组测序、单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序等 | NA | 旨在帮助管理当前和未来的病毒介导的流行病，并促进对COVID-19感染中涉及的生物相互作用的理解 | COVID-19患者的生物样本和多组学数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 全基因组测序、单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序、批量TCR/BCR测序、细胞因子 profiling | NA | 生物样本和多组学数据 | 300名COVID-19患者和120名健康对照 |
| 14074 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals key immune cell phenotypes in the lungs of patients with asthma exacerbation
2021-03, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.09.032
PMID:33039479
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了哮喘急性发作患者肺部关键免疫细胞表型 | 本研究首次在单细胞水平上识别了与哮喘急性发作强烈相关的候选基因，并揭示了多个细胞簇中共享的复杂分子框架 | NA | 旨在识别与哮喘急性发作在细胞水平上强烈相关的候选基因 | 哮喘急性发作患者及健康对照者的支气管肺泡灌洗液中的细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 哮喘急性发作患者和健康对照者 |
| 14075 | 2024-08-04 |
A dynamical perspective: moving towards mechanism in single-cell transcriptomics
2024-Apr-22, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2023.0049
PMID:38432314
|
评论 | 本文探讨了单细胞转录组学中从表象描述转向机制理解的重要性 | 提出在单细胞分辨率下捕获动态信息的价值，以获取机制见解 | 未明确指出该研究的具体限制 | 目的在于促进对基因调控的机制理解 | 主要研究单细胞转录组学技术和动态信息 | 数字病理学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14076 | 2024-08-04 |
Detecting horizontal gene transfer with metagenomics co-barcoding sequencing
2024-Mar-05, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.03602-23
PMID:38315121
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研究论文 | 本文开发了一种新的元基因组共条形码测序系统，以检测水平基因转移 (HGT) | 引入了元基因组共条形码测序（MECOS），实现了长DNA片段提取和综合生物信息学管道 | 传统方法如短读长程元基因组测序和单细胞测序存在片段短、输入DNA量大、测序成本高等限制 | 旨在揭示微生物群落中水平基因转移的机制 | 研究对象为人类和小鼠的肠道微生物群落 | 数字病理学 | NA | 元基因组共条形码测序 | NA | DNA序列 | 超过3000个HGT块，涉及约6000个基因和100个分类组 |
| 14077 | 2024-08-07 |
Identification and validation of RNA-binding protein SLC3A2 regulates melanocyte ferroptosis in vitiligo by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing
2024-Mar-04, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10147-y
PMID:38438962
|
研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了RNA结合蛋白SLC3A2调控黑色素细胞铁死亡在白癜风中的作用。 | 首次确定了与白癜风相关的RNA结合蛋白基因及其潜在的发病机制，特别是在黑色素细胞中SLC3A2的下调促进铁死亡的作用。 | 研究主要集中在细胞实验层面，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。 | 揭示白癜风的发病机制，特别是RNA结合蛋白在其中的作用。 | 白癜风患者的不同细胞亚群及其RNA结合蛋白基因。 | 数字病理学 | 白癜风 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 14种不同细胞类型，28种细胞亚群 |
| 14078 | 2024-08-04 |
Domain generalization enables general cancer cell annotation in single-cell and spatial transcriptomics
2024-Mar-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46413-6
PMID:38431724
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研究论文 | 该文章介绍了一种基于领域泛化的深度学习算法Cancer-Finder，能够快速识别恶性细胞 | 提出了一种新的算法Cancer-Finder，具有95.16%的准确率并能跨多个数据集进行恶性细胞标注 | 目前研究未提及该算法在其他类型癌症样本上的表现 | 研究旨在提高单细胞和空间转录组数据中恶性细胞的注释准确性 | 研究对象为清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序和空间转录组测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | 5个清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本 |
| 14079 | 2024-08-04 |
High-throughput mapping of single-neuron projection and molecular features by retrograde barcoded labeling
2024-Feb-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85419
PMID:38390967
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研究论文 | 该文章建立了一种新型的多重追踪方法，同时表征单神经元的投射组和转录组 | 提出了rAAV2-retro条形码的多重追踪方法，能够同时分析神经元投射和转录组特征 | 该研究在复杂脑网络中可能仍面临技术挑战 | 帮助揭示神经电路的组织原则和信息处理机制 | 探究腹内侧前额叶皮层(vmPFC)神经元的投射模式及其分子特征 | 神经科学 | NA | 条形码连接组学 | NA | 转录组数据 | 大量单神经元样本 |
| 14080 | 2024-08-07 |
Human archetypal pluripotent stem cells differentiate into trophoblast stem cells via endogenous BMP5/7 induction without transitioning through naive state
2024-02-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-53381-w
PMID:38332235
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研究论文 | 本研究展示了人类原始多能干细胞可以通过内源性BMP5/7诱导分化为滋养层干细胞，无需经过原始状态 | 本研究首次证明了人类原始多能干细胞可以直接分化为滋养层干细胞，无需添加外源性BMP4，通过激活EGF和WNT通路以及抑制TGFβ、HDAC和ROCK信号通路 | NA | 探索人类多能干细胞向滋养层干细胞分化的机制 | 人类多能干细胞和滋养层干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个原始诱导多能干细胞和胚胎干细胞系 |