单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14041	2024-08-07	scRCMF: Identification of Cell Subpopulations and Transition States From Single-Cell Transcriptomes 2020-05, IEEE transactions on bio-medical engineering DOI:10.1109/TBME.2019.2937228 PMID:31449003	研究论文	本文介绍了一种名为scRCMF的无监督方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚群和过渡状态	scRCMF通过采用非线性优化模型和随机系数矩阵的正则化方法，提高了潜在子结构的估计可靠性和稳定性，并提出了两种新的测量方法：单细胞过渡熵（scEntropy）和过渡概率（scTP）	NA	阐明细胞命运动态中的过渡机制	单细胞转录组数据中的细胞亚群、稳定细胞状态和过渡细胞	单细胞技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解模型	基因-细胞矩阵	两个模拟数据集和三个已发表的scRNA-seq数据集
14042	2024-08-07	Closing the gap: a roadmap to single-cell regulatory genomics 2020-05, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209497 PMID:32430985	研究论文	本文介绍了一种新的策略，用于在果蝇的眼触角盘中空间映射和整合单细胞转录组和表观基因组数据，并推断每个细胞中精确的增强子到基因活性关系	该研究开创了转录调控领域的新时代，能够从构成组织的数千个细胞中提取驱动其身份的关键特征	NA	研究单细胞水平上基因调控网络的时空控制，以理解驱动细胞身份的机制	果蝇的眼触角盘中的单细胞转录组和表观基因组	基因组学	NA	单细胞转录组和表观基因组分析	NA	单细胞数据	数千个细胞
14043	2024-08-07	Identification of genomic enhancers through spatial integration of single-cell transcriptomics and epigenomics 2020-05, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209438 PMID:32431014	研究论文	本文通过空间整合单细胞转录组学和表观基因组学数据，生成了果蝇眼触角盘的独立单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序图谱，并利用ScoMAP方法在虚拟潜在空间中整合数据，以模拟2D组织的结构，从而识别基因组增强子。	本文创新性地利用ScoMAP方法将单细胞转录组学和表观基因组学数据空间整合，以模拟2D组织的结构，并验证了空间预测的增强子，揭示了增强子与基因的关系及其在细胞类型特异性效应中的作用。	NA	研究目的是通过空间整合单细胞转录组学和表观基因组学数据，识别和验证基因组增强子。	研究对象是果蝇眼触角盘的基因组增强子。	表观基因组学	NA	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）和单细胞ATAC测序（single-cell ATAC-seq）	NA	转录组数据和表观基因组数据	果蝇眼触角盘的多个细胞样本
14044	2024-08-07	Cell Atlas technologies and insights into tissue architecture 2020-04-30, The Biochemical journal DOI:10.1042/BCJ20190341 PMID:32339226	review	本文综述了细胞图谱技术及其对组织结构理解的贡献	介绍了单细胞分子分析技术，特别是单细胞RNA测序和空间分辨方法在细胞图谱构建中的应用	对细胞类型和状态在分子水平上的理解仍有限	旨在通过细胞图谱项目如人类细胞图谱，全面识别细胞类型及其在分子水平上的功能和位置	细胞类型及其在组织结构中的功能	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing	NA	molecular data	NA
14045	2024-08-07	Inferring spatial and signaling relationships between cells from single cell transcriptomic data 2020-04-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15968-5 PMID:32350282	研究论文	本文介绍了一种名为SpaOTsc的方法，利用结构化最优传输技术从单细胞转录组数据中恢复空间特性	SpaOTsc方法通过利用少量基因的空间测量数据，建立单细胞转录组数据的空间度量，并使用最优传输技术恢复细胞间的空间关系和信号传递	NA	旨在从单细胞转录组数据中推断细胞间的空间和信号关系	单细胞转录组数据中的细胞间空间和信号关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	最优传输	转录组数据	四组数据用于交叉验证空间基因表达预测和已知细胞间通信的比较
14046	2024-08-07	Accurate estimation of cell composition in bulk expression through robust integration of single-cell information 2020-04-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15816-6 PMID:32332754	研究论文	本文介绍了一种名为Bisque的工具，用于通过利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）或单核RNA测序（snRNA-seq）数据来准确估计细胞类型在批量表达中的比例	Bisque通过实施基于回归的方法，利用单细胞数据生成参考表达谱并学习基因特异性的批量表达转换，显著提高了分解性能，特别是在参考轮廓生成和观察到的批量表达存在显著技术变异的情况下	NA	开发一种高效且准确的工具，用于分析大型基因组数据集中的细胞类型比例	批量RNA-seq数据中的细胞类型比例	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq）	回归模型	RNA-seq数据	涉及皮下脂肪和背外侧前额叶皮层表达数据集
14047	2024-08-07	scRNA-seq Profiling of Human Testes Reveals the Presence of the ACE2 Receptor, A Target for SARS-CoV-2 Infection in Spermatogonia, Leydig and Sertoli Cells 2020-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9040920 PMID:32283711	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成人人类睾丸中ACE2受体的表达模式，发现ACE2主要富集在精原细胞、Leydig细胞和Sertoli细胞中，表明人类睾丸可能是SARS-CoV-2感染的潜在目标。	首次揭示了人类睾丸中ACE2受体的表达模式，并提供了证据表明睾丸可能是SARS-CoV-2感染的潜在目标。	NA	研究成人人类睾丸中ACE2受体的表达模式，以确定生殖系统是否为SARS-CoV-2感染的潜在目标。	成人人类睾丸中的ACE2受体表达模式。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	成人人类睾丸样本
14048	2024-08-07	Single-cell RNA-seq highlights heterogeneity in human primary Wharton's jelly mesenchymal stem/stromal cells cultured in vitro 2020-04-06, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-020-01660-4 PMID:32252818	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了体外培养的人类初代沃顿胶源间充质干细胞（WJMSCs）的基因表达谱，揭示了其功能异质性的分子机制	首次通过scRNA-seq技术详细分析了WJMSCs的基因表达谱，并识别出与经典MSC功能相关的差异表达基因（HVGs）	研究仅基于三个供体的WJMSCs样本，可能存在样本量不足的问题	探究体外培养的间充质干细胞的功能异质性及其分子机制	人类初代沃顿胶源间充质干细胞（WJMSCs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个供体的WJMSCs样本
14049	2024-08-07	SCGid: a consensus approach to contig filtering and genome prediction from single-cell sequencing libraries of uncultured eukaryotes 2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz866 PMID:31764940	研究论文	本文介绍了一种名为SCGid的共识方法，用于从未培养的真核生物的单细胞测序文库中过滤序列并预测基因组	SCGid软件包通过并行使用不同的过滤方法，从三个中间草图中提取共识，提高了基因组预测的准确性和一致性	文章未明确提及具体限制	解决从单细胞基因组测序数据中过滤污染和解析真核生物草稿基因组的难题	未培养的真核生物的单细胞基因组测序数据	基因组学	NA	单细胞基因组学（SCG）	NA	基因组数据	文章未提及具体样本数量
14050	2024-08-07	Targeting the cytoskeleton to direct pancreatic differentiation of human pluripotent stem cells 2020-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0430-6 PMID:32094658	研究论文	本研究探讨了肌动蛋白细胞骨架状态与胰腺转录因子表达之间的关系，并开发了一种二维分化协议，用于生成具有改善体外和体内功能的人多能干细胞衍生的β细胞。	通过使用latrunculin A来解聚细胞骨架，开发了一种新的二维分化协议，用于生成功能改善的人多能干细胞衍生的β细胞。	NA	探索细胞骨架状态与胰腺分化之间的关系，并开发新的细胞替代疗法用于糖尿病治疗。	人多能干细胞及其衍生的胰腺β细胞。	细胞生物学	糖尿病	RNA测序	NA	RNA	四个人多能干细胞系
14051	2024-08-07	Time course regulatory analysis based on paired expression and chromatin accessibility data 2020-04, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.257063.119 PMID:32188700	研究论文	本文提出了一种基于时间序列配对基因表达和染色质可及性数据分析基因调控网络的方法TimeReg	TimeReg方法能够优先考虑调控元件，提取每个时间点的核心调控模块，识别推动细胞状态变化的关键调控因子，并在不同时间点之间建立模块的因果联系	NA	研究细胞过程如分化或对刺激反应的时间序列实验	基因调控网络	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	57,048个新发现的调控元件
14052	2024-08-07	DNA methylation disruption reshapes the hematopoietic differentiation landscape 2020-04, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-020-0595-4 PMID:32203468	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了DNA甲基化相关基因突变对造血分化景观的影响	首次揭示了DNA甲基化变化通过CpG富集偏倚影响转录因子结合位点，从而导致造血分化偏倚的机制	NA	探讨DNA甲基化变化如何影响造血分化景观	小鼠造血干细胞和前体细胞以及人类克隆造血骨髓前体细胞	NA	血液恶性肿瘤	单细胞测序	NA	转录组	NA
14053	2024-08-07	CD4+ teff cell heterogeneity: the perspective from single-cell transcriptomics 2020-04, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2020.02.004 PMID:32259715	综述	本文综述了单细胞转录组学在各种挑战性环境中对传统CD4 αβ T细胞的研究，旨在解析先前定义的CD4 T细胞类型、谱系和宇宙学的复杂性和代表性	单细胞转录组学技术揭示了CD4 T细胞类型的复杂性，超越了传统低维度标记组合的定义	单细胞转录组学数据的高维度带来了定义细胞亚群的困难和陷阱	探讨单细胞转录组学在解析CD4 T细胞异质性中的应用	CD4 αβ T细胞在感染、肿瘤、过敏等环境中的表现	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
14054	2024-08-07	Scedar: A scalable Python package for single-cell RNA-seq exploratory data analysis 2020-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007794 PMID:32339163	research paper	本文介绍了一个名为scedar的可扩展Python包，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）探索性数据分析	scedar包提供了一个方便可靠的接口，用于在大规模scRNA-seq数据集上进行可视化、基因丢失插补、罕见转录组轮廓检测和聚类，且不假设数据遵循特定统计分布	NA	降低scRNA-seq数据分析的复杂性	单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	大规模scRNA-seq数据集
14055	2024-08-07	A single-cell atlas of adult Drosophila ovary identifies transcriptional programs and somatic cell lineage regulating oogenesis 2020-04, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000538 PMID:32339165	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建了成年果蝇卵巢及其相连组织的转录组数据集，并分析了整个卵泡细胞群从干细胞到排卵过渡期的转录轨迹	首次揭示了卵泡细胞在发育过程中的转录轨迹，并发现了多种细胞类型和阶段特异性的标记物，以及免疫相关基因在不同细胞类型中的表达相似性	NA	研究果蝇卵巢中卵泡细胞的转录调控机制及其在卵子发生过程中的作用	成年果蝇卵巢及其相连组织的细胞类型和转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年果蝇卵巢及其相连组织的多个细胞类型
14056	2024-08-07	Obstacles to detecting isoforms using full-length scRNA-seq data 2020-03-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-01981-w PMID:32293520	研究论文	本研究通过模拟方法探讨单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中检测剪接变体的障碍	明确考虑了scRNA-seq中的dropout和isoform定量错误对分析结果的影响	高dropout率和isoform选择模型的不同对模拟结果有显著影响	探讨使用scRNA-seq数据研究可变剪接的可行性及需克服的限制	单细胞RNA测序数据中的剪接变体检测	基因组学	NA	scRNA-seq	模拟模型	RNA序列	NA
14057	2024-08-07	Standard machine learning approaches outperform deep representation learning on phenotype prediction from transcriptomics data 2020-Mar-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3427-8 PMID:32197580	研究论文	本文通过综合分析多个疾病领域的24个二分类和多分类预测问题以及26个生存分析任务，探讨了基因子集、归一化方法和预测算法对表型预测的影响，并探索了深度表示学习方法在大型转录组数据集上的应用。	本文首次系统地研究了深度表示学习方法在大型转录组数据集上的应用，并评估了其在表型预测中的性能。	深度表示学习方法在跨数据集的外样本性能上并未显示出一致的改进。	开发可操作、稳健且可重复的表型预测标志物，以促进分子诊断的革命。	从溃疡性结肠炎、特应性皮炎、糖尿病到多种癌症亚型等24个二分类和多分类预测问题以及26个生存分析任务。	机器学习	NA	深度表示学习	l2-正则化回归	转录组数据	涉及GTEx和TCGA等大型转录组数据集
14058	2024-08-07	An integrative approach to the facile functional classification of dorsal root ganglion neuronal subclasses 2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1911382117 PMID:32079727	研究论文	本文介绍了一种名为三元组星座分析（TCA）的综合方法，用于快速分类体外背根神经节（DRG）神经元的功能亚类	提出了一种新的综合分析方法TCA，结合了药物反应、遗传标记、全细胞记录和单细胞转录组学，以快速且可靠地分类神经元功能亚类	NA	加速混合群体中个体躯体感觉神经元亚类的全面分类和特征化	背根神经节（DRG）神经元的功能亚类	神经科学	NA	钙成像、全细胞记录、单细胞转录组学	NA	细胞内钙浓度、动作电位模式、单细胞转录组数据	多个DRG神经元亚类（L1, L2, L3, L5）
14059	2024-08-07	Integrated proteogenomic deep sequencing and analytics accurately identify non-canonical peptides in tumor immunopeptidomes 2020-03-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14968-9 PMID:32157095	研究论文	本文介绍了一种基于质谱的分析方法，通过整合全外显子测序、批量和单细胞转录组学、核糖体分析以及两种质谱/质谱搜索工具，准确识别肿瘤人类白细胞抗原（HLA）结合的非经典肽。	该方法能够准确识别数百种共享和肿瘤特异性的非经典HLA肽，包括从黑色素瘤干细胞标记基因ABCB5下游开放阅读框衍生出的免疫原性肽。	NA	旨在精确识别能够介导T细胞基础肿瘤排斥的肿瘤HLA结合肽。	肿瘤HLA结合的非经典肽。	数字病理学	黑色素瘤	质谱（MS）	NA	蛋白质组学数据	NA
14060	2024-08-07	Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX 2020-03-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1950-6 PMID:32138770	研究论文	本文介绍了一种名为DecontX的新型贝叶斯方法，用于估计和去除单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的污染	DecontX是一种新颖的贝叶斯方法，能够准确估计并去除单细胞RNA测序中的污染	NA	提高单细胞RNA测序工作流程的下游分析质量	单细胞RNA测序中的污染问题	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯方法	RNA	使用了一个小鼠-人类混合数据集和一个PBMC数据集