单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14041	2024-08-07	Discovering sparse transcription factor codes for cell states and state transitions during development 2017-03-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.20488 PMID:28296636	研究论文	本文通过计算分析基因表达水平，发现了一组稀疏的基因子集在B细胞和T细胞发育谱系中的表达模式，并开发了一种统计框架来同时推断谱系转换和决定这些关系的基因	本文开发了一种新的统计框架，能够同时推断细胞谱系转换和关键基因，并将其应用于早期造血、肠道和人类皮质发育的单细胞RNA测序数据分析	NA	确定多能细胞在发育过程中做出的谱系选择顺序，并识别影响这些选择的基因	B细胞和T细胞发育谱系中的细胞状态和状态转换	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计框架	基因表达数据	早期造血、肠道和人类皮质发育的细胞样本
14042	2024-08-07	A machine learning approach for the identification of key markers involved in brain development from single-cell transcriptomic data 2016-12-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3317-7 PMID:28155657	研究论文	本文介绍了一种利用机器学习算法（支持向量机和随机森林）分析单细胞RNA测序数据的新方法，以识别大脑发育中的关键标记物	本文提出了一种新的计算方法，使用支持向量机和随机森林算法来分析单细胞RNA测序数据，以识别不同细胞亚型之间的独特转录组差异	NA	研究目的是开发一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据，以识别大脑发育中的关键标记物	研究对象是来自新皮质细胞和神经前体细胞的单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	支持向量机和随机森林	转录组数据	38个关键转录本
14043	2024-08-07	Feasibility of whole RNA sequencing from single-cell mRNA amplification 2013, Genetics research international DOI:10.1155/2013/724124 PMID:24455282	研究论文	本文探讨了从单细胞mRNA扩增进行全RNA测序的可行性	本文展示了单细胞RNA-seq技术在基因拼接检测和不同亚型TGF-beta分析中的应用	单细胞RNA-seq技术在某些基因表达检测中存在遗漏，敏感性和特异性有待提高	验证单细胞RNA-seq技术在基因组医学中的应用	单细胞mRNA扩增后的全RNA测序	数字病理学	肿瘤	RNA-seq	NA	文本	11.6百万条原始测序读取（19.6百万条）
14044	2024-08-04	CCNA2 and NEK2 regulate glioblastoma progression by targeting the cell cycle 2024-May, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2024.14339 PMID:38516683	研究论文	该研究旨在探究CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤中的分子机制	首次系统阐明CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤进展中的作用，并建立了生存预测的诺模图	目前研究中并未明确说明样本量和不同亚类型的详细数据	探讨CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤中的特定功能和分子机制	胶质母细胞瘤中CCNA2和NEK2的表达及其预后	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、西方印迹法和免疫组化染色	NA	基因表达数据	NA
14045	2024-08-04	STEP: profiling cellular-specific targets and pathways of bioactive small molecules in tissues via integrating single-cell transcriptomics and chemoproteomics 2024-Mar-20, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d3sc04826h PMID:38516082	研究论文	本文提出了一种新颖的多组学集成管道STEP，能够在单细胞分辨率下剖析哺乳动物组织中的蛋白质靶标。	STEP是一种新策略，首次实现了细胞特异性靶标和功能过程的全球剖析，提供了前所未有的分辨率。	未提及具体的局限性	本研究旨在提升对生物活性小分子的药物作用机制的理解。	研究对象为哺乳动物组织中的生物活性小分子及其细胞靶标。	化学生物学	NA	单细胞转录组学与化学蛋白组学的集成	NA	蛋白质靶标数据	采用了经典药物（如阿司匹林、马兜铃酸和顺铂）作为示例
14046	2024-08-04	In Silico Localization of Perilymph Proteins Enriched in Meńier̀e Disease Using Mammalian Cochlear Single-cell Transcriptomics 2023-Mar, Otology & neurotology open DOI:10.1097/ONO.0000000000000027 PMID:38516320	研究论文	本研究利用哺乳动物耳蜗的单细胞转录组学定位梅尼埃病患者富集的外淋巴蛋白	研究首次通过单细胞转录组数据分析梅尼埃病相关的外淋巴蛋白与特定耳蜗细胞类型的关联	目前对人类内耳疾病的理解有限，可能影响结果的广泛适用性	研究梅尼埃病患者外淋巴蛋白的表达与耳蜗特定细胞类型的关联	梅尼埃病患者的外淋巴蛋白及其在耳蜗细胞中的表达	数字病理学	梅尼埃病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个梅尼埃病患者及对照样本数据
14047	2024-08-04	Machine learning combined with single-cell analysis reveals predictive capacity and immunotherapy response of T cell exhaustion-associated lncRNAs in uterine corpus endometrial carcinoma 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111077 PMID:38311301	研究论文	本研究建立了与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 在子宫体内膜癌中的预测模型并研究了其免疫特征	首次探讨了与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 在子宫体内膜癌中的作用，并建立了相关的预测模型	研究主要基于公共数据库的数据，可能存在信息的偏倚和不足	建立与子宫体内膜癌 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 的预测模型	与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA	数字病理学	子宫体内膜癌	转录组和单细胞测序	逻辑回归模型	基因表达数据	使用癌症基因组图谱和基因表达综合数据库中的数据，具体样本数量未提及
14048	2024-08-07	Multi-omics reveals the switch role of abnormal methylation in the regulation of decidual macrophages function in recurrent spontaneous abortion 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111071 PMID:38295895	研究论文	本文通过整合转录组学、DNA甲基化组学和单细胞RNA测序，探讨了DNA甲基化与蜕膜细胞在复发性自然流产中的调控关系	首次系统地描绘了异常DNA甲基化在调控蜕膜巨噬细胞功能中的作用，为复发性自然流产的发生机制提供了新的见解	NA	阐明DNA甲基化与蜕膜细胞在复发性自然流产中的调控关系	复发性自然流产中的DNA甲基化和蜕膜细胞功能	数字病理学	生殖系统疾病	转录组学、DNA甲基化组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、DNA甲基化数据、单细胞RNA测序数据	涉及22个低甲基化的CpG位点和16个关键通路
14049	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the MIF-ACKR3 receptor-ligand interaction between iCAFs and tumor cells in esophageal squamous cell carcinoma 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111093 PMID:38336189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了食管鳞状细胞癌（ESCC）样本，揭示了肿瘤微环境中iCAFs与肿瘤细胞之间的MIF-ACKR3受体-配体相互作用。	本研究首次在ESCC中发现并验证了iCAFs与肿瘤细胞之间的MIF-ACKR3相互作用，并揭示了其在肿瘤细胞迁移和侵袭中的作用。	研究主要基于GEO数据库中的ESCC样本进行单细胞RNA测序分析，可能存在样本选择偏倚。	深入理解食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境异质性，并识别新的治疗靶点。	食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境及其细胞间的相互作用。	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	31,283个单细胞
14050	2024-08-07	Histone deacetylase 6 suppression of renal tubular epithelial cell promotes interstitial mineral deposition via alpha-tubulin acetylation 2024-04, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111057 PMID:38242268	研究论文	本研究探讨了组蛋白去乙酰化酶6（HDAC6）在肾小管上皮细胞中的抑制作用及其通过α-微管蛋白乙酰化促进间质矿物沉积的机制	研究发现HDAC6的抑制加剧了MDCK细胞中的矿物沉积，而其过表达则减轻了这一现象，表明HDAC6在调节肾小管上皮细胞矿物沉积中起关键作用	研究未观察到与矿物沉积增加相关的成骨相关蛋白表达增加，且单细胞RNA测序结果显示上皮细胞的钙化活性较低，提示成骨性转分化可能并未实际发生	探讨HDAC6在肾小管上皮细胞中的作用及其对间质矿物沉积的影响	肾小管上皮细胞、高草酸尿大鼠的肾脏组织、体外培养的MDCK细胞及NRK49F细胞	NA	肾结石	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肾乳头样本的单细胞RNA测序
14051	2024-08-04	Single cell atlas of Xenoturbella bocki highlights limited cell-type complexity 2024-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45956-y PMID:38503762	研究论文	这篇文章展示了对海洋生物Xenoturbella bocki进行单细胞RNA测序的研究，突出了其细胞类型的复杂性有限。	首次通过单细胞RNA测序揭示了Xenacoelomorpha的细胞类型补充，提供了与其他动物的比较。	研究主要集中在单一物种上，可能无法全面代表整个Xenacoelomorpha门的细胞类型多样性。	探索Xenacoelomorpha中的细胞类型及其与其他生物的关系，理解动物细胞类型演化。	研究对象为海洋生物Xenoturbella bocki及其细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及Xenoturbella bocki的样本
14052	2024-08-07	Long-term effects of Omicron BA.2 breakthrough infection on immunity-metabolism balance: a 6-month prospective study 2024-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46692-z PMID:38503738	研究论文	本研究追踪了轻度BA.2突破性感染康复者在六个月内的免疫代谢平衡情况	首次详细探讨了Omicron BA.2突破性感染后长期免疫代谢失衡的机制和病理特征	研究仅限于轻度BA.2突破性感染康复者，可能无法完全代表所有感染情况	评估COVID-19长期影响及Omicron突破性感染后的免疫恢复情况，为理解疾病和新一代疫苗管理提供依据	轻度BA.2突破性感染康复者	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血液检测数据	具体样本数量未在摘要中提及
14053	2024-08-07	CD38-RyR2 axis-mediated signaling impedes CD8+ T cell response to anti-PD1 therapy in cancer 2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2315989121 PMID:38451948	研究论文	本文探讨了CD38通过RyR2轴介导的信号传导如何阻碍CD8+ T细胞对PD1阻断疗法的反应，并提出通过靶向CD38来提高抗PD1治疗癌症的疗效。	首次揭示了CD38通过RyR2钙通道激活导致细胞内钙水平升高，进而促进AKT慢性激活和TCF1表达抑制，导致CD8+ T细胞对PD1阻断疗法的抵抗。	研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步的人体临床试验来验证其效果。	研究CD38在CD8+ T细胞中的作用机制，以及如何通过靶向CD38提高抗PD1治疗的疗效。	CD8+ T细胞、CD38、RyR2、PD1阻断疗法。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	体外慢性刺激和肿瘤内CD8+ T细胞
14054	2024-08-04	Region-specific cellular and molecular basis of liver regeneration after acute pericentral injury 2024-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.01.013 PMID:38402618	研究论文	本研究探讨了急性中心周围损伤后肝脏再生的细胞和分子基础	使用Cyp2e1-DreER追踪肝脏再生，并揭示了mTOR/4E-BP1轴和乳酸脱氢酶A在中心周围再生中的重要作用	研究主要集中在特定的损伤模式上，可能不适用于所有类型的肝脏损伤	研究急性中心周围损伤后肝脏的再生机制	重点关注中心周围肝细胞及其再生反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫染色、体内功能测定	NA	NA	使用Cyp2e1-DreER命运追踪系统进行的实验，样本数量未具体说明
14055	2024-08-07	Canonical Wnt signaling directs the generation of functional human PSC-derived atrioventricular canal cardiomyocytes in bioprinted cardiac tissues 2024-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.01.008 PMID:38366588	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析和3D生物打印技术，发现阶段特异性激活的规范Wnt信号通路可以生成功能性的人类多能干细胞衍生的房室管（AVC）心肌细胞	首次发现规范Wnt信号通路在体外调控AVC心肌细胞分化的关键作用，并提供了一种用于功能性人心脏生物制造的关键细胞来源	NA	探索生成功能性3D生物打印人类心脏的方法	房室管（AVC）心肌细胞	生物工程	NA	单细胞RNA测序分析，3D生物打印技术	NA	细胞	NA
14056	2024-08-04	Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07011-6 PMID:38326616	研究论文	使用空间转录组学研究神经元与星形胶质细胞在长期记忆中的协同作用	揭示了脑下部杏仁体内存储长期记忆的神经元和星形胶质细胞的转录特征	未提及具体的局限性	探讨脑下部杏仁体在长期记忆形成中的细胞和分子机制	脑下部杏仁体的神经元和星形胶质细胞亚群	数字病理学	NA	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了完整切片的单细胞样本
14057	2024-08-07	A prognostic model based on Scissor+ cancer associated fibroblasts identified from bulk and single cell RNA sequencing data in head and neck squamous cell carcinoma 2024-02, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2023.110984 PMID:38029947	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与头颈鳞状细胞癌（HNSCC）不良预后相关的成纤维细胞亚群，并构建了一个预测HNSCC患者生存概率的风险模型	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与HNSCC不良预后相关的成纤维细胞亚群，并构建了预测模型	需要进一步的实验验证和临床试验来验证模型的准确性和实用性	识别与头颈鳞状细胞癌预后相关的成纤维细胞亚群，并构建预测模型	头颈鳞状细胞癌患者的成纤维细胞亚群及其预后相关基因	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	风险模型	RNA测序数据	使用The Cancer Genome Atlas (TCGA)和Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的数据进行验证
14058	2024-08-04	Comparative and integrative single cell analysis reveals new insights into the transcriptional immaturity of stem cell-derived β cells 2024-Jan-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10013-x PMID:38267908	研究论文	文章探讨了干细胞衍生的β细胞（SC-β细胞）的转录身份，尤其是与原代胎儿和成年β细胞的关系	揭示了SC-β细胞具有独特的转录特征，特别是持续表达和激活前体和神经偏向基因网络	尚未明确SC-β细胞与原代β细胞的关系，需要进一步研究	研究干细胞衍生β细胞的转录身份及其发育过程中神经转录网络的作用	研究对象为干细胞衍生的β细胞、胎儿β细胞和成年β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞测序	NA	转录数据	NA
14059	2024-08-07	Decoding aging-dependent regenerative decline across tissues at single-cell resolution 2023-12-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.09.014 PMID:37898124	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了年轻和老年小鼠八个组织中再生能力的年龄依赖性下降机制	揭示了老年组织中再生过程减弱的细胞和分子机制，特别是干细胞移动能力受损和血管生成不足的影响	NA	解码年龄与再生能力之间的关系	年轻和老年小鼠的八个组织	生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	年轻和老年小鼠的八个组织
14060	2024-08-07	Generation of transgene-free hematopoietic stem cells from human induced pluripotent stem cells 2023-12-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.11.002 PMID:38065068	研究论文	本文通过一种原创的一步培养系统，从人诱导多能干细胞（hiPSCs）中分化出无载体和基质的可移植造血干细胞（HSCs）	首次成功从hiPSCs中生成无载体和基质的可移植HSCs，并展示了其在免疫缺陷小鼠中的多系造血能力	NA	研究从多能干细胞生成造血干细胞的可行性，并帮助识别人类个体发育过程中HSC产生的关键调控因子	人诱导多能干细胞（hiPSCs）和造血干细胞（HSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA