单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 14041 - 14060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14041 | 2024-08-07 |
Characterizing the replicability of cell types defined by single cell RNA-sequencing data using MetaNeighbor
2018-02-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-03282-0
PMID:29491377
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MetaNeighbor的复制框架，用于量化单细胞RNA测序数据中细胞类型的跨数据集复制程度，并快速识别高度相似的集群 | 提出了MetaNeighbor框架，用于评估和提高单细胞RNA测序数据的复制性 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的复制性，并定义最佳实践 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型复制性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8个技术性和生物多样性不同的数据集，45个中间神经元亚型中的24个 |
| 14042 | 2024-08-07 |
An Efficient Single-Cell RNA-Seq Approach to Identify Neoantigen-Specific T Cell Receptors
2018-02-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2017.10.018
PMID:29174843
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研究论文 | 本文提出了一种新的治疗策略，通过遗传修饰自体T细胞与新抗原特异性T细胞受体（TCRs）并将其转移回癌症患者，以提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效 | 开发了一种新的方法，通过TILs与TMG转染或肽脉冲的自体抗原呈递细胞（APCs）共培养，并进行单细胞RNA测序分析T细胞，以识别与高表达IFN-γ和IL-2细胞相关的配对TCR序列 | 目前的分离新抗原特异性TCRs的技术耗时且技术挑战大，不适合临床应用 | 提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效 | 新抗原特异性T细胞受体（TCRs） | NA | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 多个TCRs被识别、合成、克隆并转导到供体T细胞中 |
| 14043 | 2024-08-07 |
A stochastic and dynamical view of pluripotency in mouse embryonic stem cells
2018-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006000
PMID:29451874
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研究论文 | 本文开发了一个框架，将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型，明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学 | 提出了一个系统的方法，将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型，明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学 | 文章未明确提及现有方法的局限性 | 研究胚胎干细胞多能性状态的动态和分子随机性 | 胚胎干细胞的多能性状态及其调控网络 | 生物医学科学 | NA | 单细胞测序 | 机器学习方法 | 基因网络拓扑结构 | 未明确提及样本数量 |
| 14044 | 2024-08-07 |
PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer
2014-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.2883
PMID:24633410
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研究论文 | 介绍了一种用于推断癌症克隆种群结构的统计模型PyClone | PyClone是一种贝叶斯聚类方法，能够将深度测序的体细胞突变分组为假定的克隆簇，同时估计它们的细胞流行率并考虑由片段拷贝数变化和正常细胞污染引入的等位基因不平衡 | NA | 推断癌症中的克隆种群结构 | 深度测序的体细胞突变 | 数字病理学 | 癌症 | 深度测序 | 贝叶斯聚类方法 | 测序数据 | NA |
| 14045 | 2024-08-07 |
Single-cell characterization of infiltrating T cells identifies novel targets for gallbladder cancer immunotherapy
2024-Apr-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216675
PMID:38280478
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建T细胞图谱，识别胆囊癌中的T细胞亚型，并基于这些亚型进行分子分型，以期为胆囊癌的个性化治疗提供新策略 | 首次建立了基于促肿瘤微环境的胆囊癌亚型分类标准，并发现Th17和Treg细胞数量之间的反比关系 | NA | 探索胆囊癌免疫治疗的新靶点 | 胆囊癌中的T细胞亚型及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12种T细胞亚型 |
| 14046 | 2024-08-04 |
Integrated profiling identifies ferredoxin 1 as an immune-related biomarker of malignant phenotype in glioma
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26976
PMID:38463788
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研究论文 | 本研究发现Ferredoxin 1 (FDX1)作为胶质瘤恶性表型的免疫相关生物标志物 | 揭示了FDX1在胶质瘤预后和肿瘤免疫浸润中的重要作用，尤其是与免疫相关信号通路的关联 | 对于FDX1在胶质瘤中的作用机制尚未进行深入的机制研究 | 探讨FDX1在胶质瘤中的预后意义及其与免疫细胞浸润的关系 | 胶质瘤样本及其临床病理特征 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 组织微阵列 (TMA) 和单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 胶质瘤样本数量未明确说明 |
| 14047 | 2024-08-04 |
CLEC4E upregulation in gastric cancer: A potential therapeutic target correlating with tumor-associated macrophages
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27172
PMID:38463883
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研究论文 | 本研究探讨了CLEC4E在胃癌中上调的作用及其与肿瘤相关巨噬细胞的关联 | 该研究首次揭示了CLEC4E在胃癌中的高表达与不良预后之间的关系，且CLEC4E可作为潜在的治疗靶点 | 该研究的局限性在于实验主要集中于体外研究，临床应用的验证尚需进一步的研究 | 研究CLEC4E在胃癌中的表达及其可能的治疗靶点 | 研究对象为胃癌样本及肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 组织样本 | 人类胃癌样本及共培养模型 |
| 14048 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct transcriptomic profiles and evolutionary patterns in lung cancer brain metastasis
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27071
PMID:38463784
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肺癌脑转移的转录组特征和进化模式 | 揭示了脑转移肿瘤相较于淋巴结和原发肿瘤的更大转录组变化，并发现了特定的配体-受体对 | NA | 阐明肺癌脑转移的潜在机制并描述其转录组景观，以开发治疗干预措施 | 肺癌脑转移的转录组特征和细胞间相互作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个不同的肺癌转移单细胞RNA测序数据集 |
| 14049 | 2024-08-07 |
CDKN1A regulation on chondrogenic differentiation of human chondrocytes in osteoarthritis through single-cell and bulk sequencing analysis
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27466
PMID:38463824
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量测序分析，验证了CDKN1A基因在骨关节炎（OA）中软骨细胞软骨形成分化的作用 | 首次结合单细胞和批量测序方法，探讨CDKN1A在OA软骨细胞软骨形成分化中的作用 | NA | 验证CDKN1A在OA软骨细胞软骨形成分化中的作用 | 人软骨细胞在骨关节炎中的软骨形成分化 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的三个RNA-seq数据集（GSE114007, GSE55235, GSE152805） |
| 14050 | 2024-08-04 |
Interrogations of single-cell RNA splicing landscapes with SCASL define new cell identities with physiological relevance
2024-Mar-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46480-9
PMID:38461306
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研究论文 | 本研究介绍了SCASL方法，以探讨单细胞RNA剪接的异质性并确定新的细胞身份 | SCASL方法解决了单细胞RNA剪接数据的偏见和稀疏覆盖问题，并提供了细胞身份分类的新方案 | 该方法的局限性尚未明确提及 | 研究单细胞RNA剪接的异质性及其与生理过程的关系 | 利用SCASL方法分析三阴性乳腺癌的潜在癌前和早期肿瘤阶段的细胞群体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA数据 | 使用之前发布的数据集作为例子 |
| 14051 | 2024-08-04 |
Transcriptome and single-cell transcriptomics reveal prognostic value and potential mechanism of anoikis in skin cutaneous melanoma
2024-Mar-09, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-024-00926-0
PMID:38460046
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研究论文 | 本文探讨了皮肤黑色素瘤中anoikis的预后价值和作用机制 | 建立了一种基于anoikis的新分类系统，并发现FASLG基因在耗竭的CD8(+) T细胞中的高表达与预后相关 | 样本量和临床数据的局限性可能影响结果的普适性 | 研究anoikis在皮肤黑色素瘤中的预后价值及其作用机制 | 研究对象为皮肤黑色素瘤的样本，特别是与anoikis相关的基因 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 14052 | 2024-08-07 |
[Analysis of the differences in the characteristics of mesenchymal stem cells derived from jaw and long bones based on single-cell RNA-sequencing]
2024-Mar-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 研究下颌骨和大腿骨骨髓细胞组成，分析这两种组织来源的间充质干细胞（MSCs）的异质性，探讨不同来源骨MSCs功能特性的差异 | 使用单细胞RNA测序技术分析下颌骨和大腿骨骨髓细胞组成，揭示了下颌骨来源的MSCs（M-MSCs）和大腿骨来源的MSCs（F-MSCs）在基因表达模式和上调信号通路上的显著差异 | NA | 探索不同来源骨MSCs功能特性的差异 | 下颌骨和大腿骨来源的间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 下颌骨和大腿骨的骨髓细胞 |
| 14053 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome reveals a novel mechanism of C-Kit+-liver sinusoidal endothelial cells in NASH
2024-Mar-09, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-024-01215-7
PMID:38461242
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了C-Kit+肝窦内皮细胞在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中的新型机制 | 发现了C-Kit+肝窦内皮细胞在NASH中的异质性和复杂性，并确认了其通过恢复Pink1相关线粒体自噬来促进NASH进展的作用 | NA | 理解肝窦内皮细胞（LSECs）如何响应非酒精性脂肪性肝炎（NASH） | C-Kit+肝窦内皮细胞的功能及其在NASH中的作用 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 来自对照组和MCD饮食喂养小鼠的肝脏单个LSEC样本 |
| 14054 | 2024-08-04 |
scFSNN: a feature selection method based on neural network for single-cell RNA-seq data
2024-Mar-08, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10160-1
PMID:38459442
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研究论文 | 提出了一种基于神经网络的特征选择方法scFSNN，用于单细胞RNA测序数据的分类问题 | scFSNN可以在模型训练过程中自动选择特征并控制假发现率，还能够自适应确定要消除的特征数量 | NA | 解决单细胞RNA测序数据的分类问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因特征 | 机器学习 | NA | NA | 神经网络 | 基因表达数据 | 进行了广泛的模拟和真实数据研究 |
| 14055 | 2024-08-07 |
Integrated analysis reveals FLI1 regulates the tumor immune microenvironment via its cell-type-specific expression and transcriptional regulation of distinct target genes of immune cells in breast cancer
2024-Mar-06, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10174-9
PMID:38448802
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研究论文 | 本文通过综合分析揭示了FLI1在乳腺癌中通过其细胞类型特异性表达和转录调控免疫细胞的不同靶基因来调节肿瘤免疫微环境 | 本文通过SMR分析和ncRNA网络构建，以及单细胞RNA测序数据的整合分析，验证了FLI1甲基化到基因表达再到乳腺癌发生的因果途径，并构建了以FLI1为中心的ceRNA网络 | NA | 探讨FLI1在乳腺癌中的具体作用及其在免疫调节中的角色 | FLI1在乳腺癌中的表达及其对免疫微环境的影响 | 数字病理学 | 乳腺癌 | GWAS, eQTLs, mQTLs, scRNA-seq | NA | 基因组数据, 表达数据, 甲基化数据, 单细胞RNA测序数据 | 使用乳腺癌基因组关联研究总结数据，血液中的表达数量性状位点和DNA甲基化数量性状位点，以及一系列的单细胞RNA测序数据 |
| 14056 | 2024-08-07 |
Deciphering the molecular regulatory of RAB32/GPRC5A axis in chronic obstructive pulmonary disease
2024-Mar-06, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02724-2
PMID:38448858
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研究论文 | 本研究通过多种生物信息学挖掘和实验验证，探讨了RAB32在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的分子调控机制，并识别了GPRC5A作为与RAB32相互作用的潜在分子。 | 本研究首次详细探讨了RAB32与GPRC5A在COPD中的相互作用及其在肺组织中的共定位，为COPD的机制研究提供了新的视角。 | 研究主要基于生物信息学分析和实验室检测，未来需要更多的临床数据和实验验证来进一步证实这些发现。 | 旨在揭示RAB32在COPD中的分子调控轴及其与GPRC5A的相互作用。 | RAB32在COPD中的分子调控机制及其与GPRC5A的相互作用。 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RT-qPCR, 免疫荧光, WGCNA, mfuzz聚类, Spearman相关分析 | NA | RNA序列, 蛋白质 | 从中山医院收集的肺组织手术样本，以及来自Gene Expression Omnibus (GEO)的四个COPD微阵列数据集和GSE173896数据集的COPD相关上皮细胞scRNA-seq数据。 |
| 14057 | 2024-08-04 |
Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic analysis reveals propagation of early acute vein harvest and distension injury signaling pathways following arterial implantation
2024-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.31.564995
PMID:37961724
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了静脉移植物收获和扩张后信号通路的传播。 | 首次应用单核RNA测序和空间转录组学分析研究静脉病理，提供了对静脉移植物损伤响应的深入理解。 | 使用的模型数量有限，仅包含4个犬模型，可能限制结果的广泛适用性。 | 揭示静脉移植物收获和移植后的响应，识别导致移植物失败的关键不适应性通路。 | 研究对象为犬模型中的静脉移植物，重点关注其在收获和扩张后的基因组效应。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST） | 犬模型 | 基因组数据 | 4个犬模型的静脉移植物样本 |
| 14058 | 2024-08-04 |
Plant biotechnology research with single-cell transcriptome: recent advancements and prospects
2024-Feb-21, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-024-03168-0
PMID:38381195
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综述 | 本文回顾了植物单细胞转录组学技术的最新进展，以及这些技术在植物生物学和生物技术研究中的潜在作用 | 突出单细胞转录组学在植物研究中的快速应用和先进技术 | 批判性地审视单细胞技术的固有挑战和限制 | 旨在提升对植物发展和生物技术研究的理解 | 重点研究单细胞转录组学在植物中的应用与发展 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 14059 | 2024-08-05 |
[The characteristics and impact on prognosis of cytopenia after anti-BCMA-CAR-T therapy in patients with relapsed and refractory multiple myeloma]
2024-Feb-20, Zhonghua yi xue za zhi
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研究论文 | 研究复发和难治性多发性骨髓瘤患者在接受BCMA CAR-T免疫治疗后细胞减少症的特征及其预后影响。 | 首次全面分析了BCMA CAR-T细胞治疗后复发和难治性多发性骨髓瘤患者细胞减少症的发生率及其对生存预后的影响。 | 研究基于单中心数据，样本量较小，可能影响结果的普遍适用性。 | 探讨细胞减少症的特征及其对复发和难治性多发性骨髓瘤患者预后的影响。 | 36名接受BCMA CAR-T治疗的复发和难治性多发性骨髓瘤患者。 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序 | NA | 临床数据 | 36名复发和难治性多发性骨髓瘤患者 |
| 14060 | 2024-08-04 |
PARD3 drives tumorigenesis through activating Sonic Hedgehog signalling in tumour-initiating cells in liver cancer
2024-Feb-06, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-02967-3
PMID:38317186
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研究论文 | 本研究探讨了PARD3在肝癌肿瘤发生中的作用 | 揭示了PARD3通过激活Sonic Hedgehog信号通路调控肿瘤干细胞，并对肝癌发生具有重要影响 | 未明确说明其他潜在影响因素和机制 | 研究PARD3在肝脏肿瘤发生中的作用 | 主要研究肝癌中的肿瘤发生细胞及其调控机制 | 数字病理 | 肝癌 | RNA测序 | NA | 组织样本 | 在饮食诱导的肝癌模型中进行了评估，研究是否包括具体样本数未说明 |