单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 14021 - 14040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14021 | 2024-08-04 |
Protocol for isolation of signet ring cells from human gastric mucosa
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102695
PMID:37925632
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研究论文 | 本文介绍了一种从人类胃黏膜中分离信封细胞的方法。 | 该研究提供了一种高生存率的信封细胞悬浮液制备方案，可能用于进一步的研究和临床应用。 | 未提及研究的样本数量和其他可能的实验限制。 | 研究旨在开发一种有效提取信封细胞的方法以用于进一步分析。 | 研究对象为人类胃黏膜中的信封细胞。 | 数字病理学 | NA | 免疫组化染色，流式细胞术，单细胞测序 | NA | 细胞悬浮液 | NA |
| 14022 | 2024-08-04 |
Protocol to combine brain sections from multiple mice into a single block for spatial transcriptomic analyses
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102617
PMID:37742175
|
研究论文 | 这篇文章介绍了一种将多个小鼠的脑部切片合并为单个块的方法，以进行空间转录组分析 | 创新点在于提出了一种能够减少试剂消耗并同时处理多鼠样本的协议 | 没有提及具体的实验验证结果或对该协议的局限性分析 | 研究多个小鼠大脑样本的空间转录组特征 | 多个小鼠的海马切片 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 切片 | 多个小鼠 |
| 14023 | 2024-08-07 |
Protocol for PPP1R15A-inhibited mouse model establishment with subcutaneous B16F1 tumor and single-cell analysis
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102616
PMID:37756156
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研究论文 | 本文介绍了一种探索PPP1R15A抑制剂Sephin1对小鼠B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫影响的实验方案 | 提出了构建单细胞转录组和TCR文库的方法，并详细描述了基因分化、调控子和细胞间通信分析的步骤 | NA | 探索PPP1R15A抑制剂Sephin1对小鼠B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响 | 小鼠B16F1皮下肿瘤 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 14024 | 2024-08-07 |
Protocol for isolating single cells from human pancreatic cancer tissues and analyzing major immune cell populations using flow cytometry
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102679
PMID:37910511
|
研究论文 | 本文介绍了一种从人胰腺癌组织中分离单细胞并使用流式细胞术分析主要免疫细胞群体的协议 | 提供了从胰腺癌组织中分离免疫细胞并进行流式细胞术分析的详细方法 | NA | 开发和描述一种用于从胰腺癌组织中分离和分析免疫细胞的方法 | 人胰腺癌组织中的免疫细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 14025 | 2024-08-07 |
TimiGP: An R package to depict the tumor microenvironment from bulk transcriptomics
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102742
PMID:38019649
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研究论文 | 本文介绍了一种基于基因对的R包TimiGP，用于从大量转录组数据中描绘肿瘤微环境，推断细胞间相互作用，并揭示免疫细胞相对丰度与患者预后之间的关系 | 提出了一种新的方法，通过基因对来描绘肿瘤免疫微环境，并结合单细胞RNA测序数据来映射不同癌症类型的肿瘤免疫微环境 | NA | 探索肿瘤微环境中不同免疫细胞类型的临床相关性，以揭示癌症复杂性并开发治疗方案 | 肿瘤微环境中的免疫细胞类型及其与患者预后的关联 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 14026 | 2024-08-07 |
Protocol for nuclear dissociation of the adult C. elegans for single-nucleus RNA sequencing and its application for mapping environmental responses
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102756
PMID:38043054
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研究论文 | 本文介绍了一种用于成年C. elegans单核RNA测序的核解离协议，并应用于环境响应的映射 | 提出了针对C. elegans的单核RNA测序（snRNA-seq）协议，克服了单细胞RNA测序中的困难 | NA | 旨在克服C. elegans中单细胞RNA测序的困难，并应用于环境响应的研究 | 成年C. elegans的核解离和单核RNA测序 | 分子生物学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 14027 | 2024-08-07 |
scDEED: a statistical method for detecting dubious 2D single-cell embeddings and optimizing t-SNE and UMAP hyperparameters
2023-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.21.537839
PMID:37163087
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDEED的统计方法，用于检测可疑的二维单细胞嵌入并优化t-SNE和UMAP的超参数 | 开发了scDEED方法，通过计算每个细胞嵌入的可靠性分数，识别低可靠性的可疑嵌入和高可靠性的可信嵌入，并提供优化嵌入方法超参数的直观指导 | NA | 开发一种统计方法以检测可疑的二维单细胞嵌入并优化相关方法的超参数 | 二维单细胞嵌入方法及其超参数优化 | 计算机视觉 | NA | t-SNE, UMAP | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个scRNA-seq数据集 |
| 14028 | 2024-08-07 |
Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network of Immune Environment Underlying Cervical Premalignant Lesion, Cervical Cancer and Metastatic Lymph Nodes
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.897366
PMID:35812401
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了宫颈癌不同阶段的免疫细胞和间质细胞的组成、谱系和功能状态 | 首次使用单细胞RNA测序技术描绘了宫颈癌进展过程中免疫细胞的转录组图谱 | NA | 深入理解肿瘤微环境（TME）的复杂性，为宫颈癌提供新的治疗策略 | 正常宫颈组织、上皮内瘤变、原发性肿瘤和转移性淋巴结组织中的免疫细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 共获得59913个单细胞，分为9个细胞集群 |
| 14029 | 2024-08-07 |
Fallopian tube single cell analysis reveals myeloid cell alterations in high-grade serous ovarian cancer
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.108990
PMID:38384837
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析输卵管和高度浆液性卵巢癌组织，揭示了免疫和基质细胞的转录多样性及其在肿瘤进展中的作用 | 首次综合分析了人类输卵管单细胞RNA测序数据和高度浆液性卵巢癌相关组织，发现了输卵管中丰富的单核细胞，并揭示了单核细胞和巨噬细胞在肿瘤和正常组织中的特定交互作用和功能通路 | NA | 探索高度浆液性卵巢癌早期检测标志物的发现 | 输卵管和高度浆液性卵巢癌组织中的免疫和基质细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及两个独立队列的输卵管和高度浆液性卵巢癌相关组织 |
| 14030 | 2024-08-04 |
Single cell transcriptome analysis of the THY-Tau22 mouse model of Alzheimer's disease reveals sex-dependent dysregulations
2024-Mar-07, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-024-01885-9
PMID:38453894
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析THY-Tau22阿尔茨海默病小鼠模型，揭示了与性别相关的失调现象。 | 研究首次深入探讨了阿尔茨海默病中早期分子变化的性别依赖性，并识别了关键的调控因子。 | 研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全反映人类阿尔茨海默病的复杂性。 | 旨在探讨阿尔茨海默病的早期分子变化及其性别差异。 | 研究对象是THY-Tau22阿尔茨海默病小鼠模型。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | THY-Tau22小鼠模型的样本量NA |
| 14031 | 2024-08-07 |
NeuroTri2-VISDOT: An open-access tool to harness the power of second trimester human single cell data to inform models of Mendelian neurodevelopmental disorders
2024-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.01.578438
PMID:38352329
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研究论文 | 本文介绍了一个名为NeuroTri2-VISDOT的网络工具，用于探索第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据，以支持孟德尔神经发育障碍的研究 | 开发了一个易于访问的网络工具，降低了使用单细胞数据分析的门槛，促进了孟德尔神经发育障碍的转化研究 | NA | 提供一个易于访问的工具，帮助研究人员利用第二孕期人类大脑的单细胞数据来构建孟德尔神经发育障碍的模型 | 第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 由Bhaduri等人在2021年产生的第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据集 |
| 14032 | 2024-08-07 |
Clinical-mediated discovery of pyroptosis in CD8+ T cell and NK cell reveals melanoma heterogeneity by single-cell and bulk sequence
2023-08-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06068-5
PMID:37620327
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量测序技术，分析了黑色素瘤中与细胞焦亡相关的基因表达，特别是在CD8 T细胞和NK细胞中的表达情况 | 首次综合分析了黑色素瘤中单细胞转录组景观中的细胞焦亡现象，并通过实验验证了免疫细胞簇和免疫基因模块 | 研究主要集中在CD8 T细胞和NK细胞，未涵盖所有类型的免疫细胞 | 探讨细胞焦亡在黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和免疫治疗的影响 | 黑色素瘤组织中的CD8 T细胞和NK细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 14033 | 2024-08-07 |
Single-cell atlas of the human neonatal small intestine affected by necrotizing enterocolitis
2023-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002124
PMID:37205711
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序、T细胞受体β分析、批量转录组学和成像技术，详细描述了坏死性小肠结肠炎（NEC）中细胞身份、相互作用和区域变化的情况 | 本研究首次建立了NEC相关肠道组织中异常上皮-间质-免疫相互作用的详细图谱，并强调了NEC相关肠道组织的细胞失调 | NA | 旨在填补对坏死性小肠结肠炎（NEC）中细胞变化和异常相互作用全面认识的空白 | 人类新生儿受坏死性小肠结肠炎影响的小肠细胞 | 数字病理学 | 新生儿疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 14034 | 2024-08-04 |
Distinct roles for interleukin-23 receptor signaling in regulatory T cells in sporadic and inflammation-associated carcinogenesis
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1276743
PMID:38375204
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研究论文 | 本研究定义了调节性T细胞中IL-23受体信号在散发性和与炎症相关的结直肠癌中的贡献 | 揭示了IL-23R在调节性T细胞中对结直肠癌发展的细胞特异性影响，特别是在炎症相关和散发性癌症中的不同作用 | 研究主要在小鼠模型中进行，可能无法完全反映人类疾病的复杂性 | 阐明IL-23R信号在调节性T细胞中对结直肠癌的作用 | 小鼠中调节性T细胞的IL-23R信号及其在结肠炎相关癌症和散发性结直肠癌中的功能 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因组数据 | 小鼠模型中有多个样本，不同实验组之间的数量未具体说明 |
| 14035 | 2024-08-07 |
LRcell: detecting the source of differential expression at the sub-cell-type level from bulk RNA-seq data
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac063
PMID:35272348
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为LRcell的计算方法，用于从批量RNA-seq数据中识别导致差异表达的具体（亚）细胞类型 | LRcell方法通过预嵌入的标记基因和模拟研究，有效识别了与精神疾病相关的已知细胞类型 | LRcell主要依赖于批量RNA-seq数据，未涉及单细胞RNA测序技术 | 旨在解决批量RNA-seq分析中未解决的问题，即识别差异表达发生的具体（亚）细胞类型 | 批量RNA-seq数据中的（亚）细胞类型 | 生物信息学 | 精神疾病 | RNA-seq | 计算方法 | RNA-seq数据 | 使用了三个不同的真实数据集 |
| 14036 | 2024-08-04 |
Tissue-resident memory T cell signatures from single-cell analysis associated with better melanoma prognosis
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109277
PMID:38455971
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研究论文 | 本研究系统性地探讨了组织驻留记忆T细胞与黑色素瘤肿瘤免疫微环境之间的关系 | 提出了基于T细胞浸润的22基因风险评分，以有效分类黑色素瘤患者的生存风险 | NA | 阐明组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其与患者生存的关系 | 黑色素瘤患者的组织驻留记忆T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 多个临床单细胞RNA-seq数据集 |
| 14037 | 2024-08-07 |
Synaptic endocytosis in adult adipose stromal cell-derived neurons
2024-03-15, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2023.148746
PMID:38184164
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研究论文 | 本研究探讨了从脂肪来源的间充质干细胞（ADSCs）衍生的神经元中的突触内吞作用 | 首次研究了从ADSCs衍生的神经元中的内吞功能 | NA | 旨在检查从ADSCs衍生的神经元中的突触内吞作用 | 从ADSCs衍生的神经元中的突触内吞作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 蛋白质和量子点 | NA |
| 14038 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of Drosophila trachea reveals glycosylation-mediated Notch signaling in cell fate specification
2024-Mar-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46455-w
PMID:38448482
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了果蝇气管系统的细胞图谱，揭示了糖基化介导的Notch信号在细胞命运决定中的作用 | 首次提供了果蝇气管系统的全面单细胞转录组图谱，并发现了糖基化对Notch信号在细胞命运决定中的响应 | NA | 探究果蝇气管系统的管状形态发生程序 | 果蝇气管系统的细胞类型和Notch信号在细胞命运决定中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 9种主要亚型的气管细胞 |
| 14039 | 2024-08-07 |
MSCsDB: a database of single-cell transcriptomic profiles and in-depth comprehensive analyses of human mesenchymal stem cells
2024-Mar-06, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00496-5
PMID:38449024
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研究论文 | 介绍了一个名为MSCsDB的数据库，该数据库整合了人类间充质干细胞的单细胞转录组数据，并提供深度综合分析 | MSCsDB数据库提供了一个一站式交互查询平台，支持调控子活动、基因本体富集、特征基因可视化和转录因子调控子分析，并开发了专门模块评估MSC质量 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术深入研究间充质干细胞的异质性，并提供一个系统分析已发表数据集的平台 | 人类间充质干细胞的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 包括来自26个受试者的5个组织中的470,000个细胞 |
| 14040 | 2024-08-07 |
Diacylglycerols and Lysophosphatidic Acid, Enriched on Lipoprotein(a), Contribute to Monocyte Inflammation
2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319937
PMID:38269588
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研究论文 | 研究探讨了脂蛋白(a)（Lp[a]）中富含的二酰甘油（DGs）和溶血磷脂酸（LPA）对单核细胞炎症的贡献 | 首次揭示了Lp(a)中DGs和LPA对单核细胞炎症的影响，并发现这种炎症部分依赖于NLRP3炎症小体 | 研究主要集中在体外实验和部分临床样本分析，需要进一步的临床研究来验证这些发现 | 探讨Lp(a)中其他促炎介质对动脉粥样硬化的影响 | 脂蛋白(a)（Lp[a]）及其相关脂质对单核细胞炎症的影响 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 脂质组学、RNA测序、ELISA、Western blot、免疫荧光染色、单细胞RNA测序 | NA | 血液样本、细胞样本 | 健康个体13人，高Lp(a)水平个体12人，心血管疾病患者若干 |