单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 14001 - 14020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14001 | 2024-08-07 |
Population snapshots predict early haematopoietic and erythroid hierarchies
2018-03-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature25741
PMID:29466336
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学、命运分析和一种从群体快照预测细胞命运的理论，展示了小鼠造血祖细胞通过连续的层次结构分化为七个血系的早期造血和红细胞层次结构 | 揭示了红细胞和嗜碱/肥大细胞命运之间的耦合，以及对红细胞应激的全球造血反应，并发现了调节红细胞生成的新型生长因子受体 | NA | 重建干细胞生物学中红细胞分化的步骤 | 小鼠造血祖细胞的分化过程 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | 预测性命运模型 | 转录组数据 | NA |
| 14002 | 2024-08-04 |
Exploration of immune cell heterogeneity by single-cell RNA sequencing and identification of secretory leukocyte protease inhibitor as an oncogene in pancreatic cancer
2024-Mar-13, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24200
PMID:38476085
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索胰腺癌的免疫细胞异质性，并确定分泌性白细胞蛋白酶抑制因子作为一种癌基因。 | 本研究通过发现胰腺癌微环境中八种细胞亚群及其异质性，并识别SLPI为潜在的治疗靶点，具有创新性。 | 研究中未提及样本的临床特征及长期随访数据的相关性。 | 本研究旨在理解胰腺癌的肿瘤微环境及其细胞异质性。 | 研究对象为胰腺癌患者的肿瘤微环境中的细胞亚群。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 14003 | 2024-08-07 |
Prediction of potential targets and toxicological insights of Astragalus in liver cancer based on network pharmacology: Integrating systems biology, drug interaction networks, and toxicological perspectives
2024-Mar-13, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24189
PMID:38476113
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研究论文 | 本研究利用网络药理学方法探讨黄芪在肝癌治疗中的潜在靶点和毒理学见解 | 本研究通过网络药理学、单细胞RNA测序和分子对接等先进技术，深入分析了黄芪在肝癌治疗中的分子和细胞机制 | NA | 探索黄芪作为肝癌治疗新疗法的潜在靶点和毒理学见解 | 黄芪在肝癌治疗中的作用及其分子和细胞机制 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-seq | UMAP, tSNE | 基因表达数据 | 涉及20个上调基因和20个下调基因的样本 |
| 14004 | 2024-08-07 |
Analyzing Single Cell RNA Sequencing with Topological Nonnegative Matrix Factorization
2024-Aug-01, Journal of computational and applied mathematics
IF:2.1Q1
DOI:10.1016/j.cam.2024.115842
PMID:38464901
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研究论文 | 本文通过拓扑非负矩阵分解方法分析单细胞RNA测序数据 | 引入了两种持久拉普拉斯正则化的非负矩阵分解方法，即拓扑NMF（TNMF）和鲁棒拓扑NMF（rTNMF），并展示了它们在多个数据集上优于其他基于NMF的方法 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | 12个数据集 |
| 14005 | 2024-08-07 |
Deciphering the molecular and clinical characteristics of TREM2, HCST, and TYROBP in cancer immunity: A comprehensive pan-cancer study
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26993
PMID:38468942
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研究论文 | 本研究全面分析了TREM2、HCST和TYROBP在多种癌症中的分子和临床特征，探讨了它们在肿瘤免疫治疗中的作用 | 首次进行了TREM2、HCST和TYROBP的泛癌分析，揭示了它们在免疫相关通路和巨噬细胞分化中的关键作用，并探讨了它们作为免疫治疗标志物的潜力 | NA | 探讨TREM2、HCST和TYROBP在肿瘤免疫治疗中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | TREM2、HCST和TYROBP在多种癌症中的分子和临床特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | mRNA表达数据 | 多种癌症类型 |
| 14006 | 2024-08-07 |
A gene signature linked to fibroblast differentiation for prognostic prediction of mesothelioma
2024-Mar-10, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01180-7
PMID:38462627
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研究论文 | 本研究旨在通过分析与成纤维细胞分化相关的基因集，开发一种新的恶性间皮瘤分类和预后预测模型 | 本研究首次识别了六种成纤维细胞亚型和三种分化状态，并基于这些发现提出了新的分类和预后模型 | 研究结果需要在更多的临床样本中进行验证 | 开发一种新的恶性间皮瘤分类和预后预测模型 | 恶性间皮瘤的成纤维细胞分化相关基因 | 数字病理学 | 间皮瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用了来自NCBI-GEO, TCGA和MET-500数据库的数据，包括单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据和骨转移肿瘤的RNA测序信息 |
| 14007 | 2024-08-07 |
Knocking down of Xkr8 enhances chemotherapy efficacy through modulating tumor immune microenvironment
2024-Mar-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2024.03.011
PMID:38471639
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研究论文 | 本研究评估了通过调节肿瘤免疫微环境来增强化疗效果的策略，特别是通过敲低Xkr8与化疗联合治疗的效果。 | 本研究首次通过深度单细胞RNA测序揭示了Xkr8敲低如何影响肿瘤免疫微环境，并展示了其在增强化疗疗效中的应用。 | NA | 探讨Xkr8敲低与化疗联合治疗在增强抗肿瘤免疫反应和克服化疗免疫抵抗中的作用。 | Xkr8基因、化疗药物与肿瘤免疫微环境。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 14008 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals diverse B cell phenotypes in patients with anti-NMDAR encephalitis
2024-Mar, Psychiatry and clinical neurosciences
IF:5.0Q1
DOI:10.1111/pcn.13627
PMID:38063052
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、单细胞B细胞受体测序等技术，分析了抗NMDAR脑炎患者与对照组的B细胞表型差异 | 首次详细描述了抗NMDAR脑炎患者脑脊液和外周血中B细胞亚群的组成和转录组特征，并发现非DN细胞在体外能分化为DN细胞和抗体分泌细胞 | 需要进一步研究DN细胞亚群对抗NMDAR脑炎中NR1-IgG抗体产生的潜在贡献 | 探讨抗NMDAR脑炎患者B细胞亚群的表型特征 | 抗NMDAR脑炎患者和对照组的B细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞B细胞受体测序, 流式细胞术, 酶联免疫吸附测定 | NA | RNA, B细胞受体序列, 细胞 | 抗NMDAR脑炎患者和对照组的样本 |
| 14009 | 2024-08-07 |
Ultrahigh frequencies of peripherally matured LGI1- and CASPR2-reactive B cells characterize the cerebrospinal fluid in autoimmune encephalitis
2024-Feb-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2311049121
PMID:38319973
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研究论文 | 研究利用LGI1和CASPR2抗体介导的自身免疫性脑炎作为人类模型，全面重建和分析脑脊液（CSF）B细胞受体（BCR）特征 | 发现脑脊液中克隆扩增的自体抗原反应性抗体分泌细胞（ASCs）频率极高，且BCR成熟主要在外周获得 | 研究样本量较小，仅包括三名患者 | 探究脑脊液中B细胞受体的特征及其在自身免疫性脑炎中的作用 | LGI1和CASPR2抗体介导的自身免疫性脑炎患者的脑脊液B细胞 | NA | 自身免疫性脑炎 | 细胞分选和单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 三名患者 |
| 14010 | 2024-08-04 |
Quantifying the clusterness and trajectoriness of single-cell RNA-seq data
2024-Feb, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011866
PMID:38416795
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research paper | 本文提出了多个分数来量化单细胞RNA-seq数据的“聚类性”和“轨迹性”，即数据是呈现为独立的聚类还是连续的进程轨迹 | 引入了基于成对距离分布、持久同源性、向量大小、Ripley's K和连接度的多个新分数来评估数据的特性 | 研究可能受到模拟数据和真实数据领域的局限性影响 | 研究单细胞RNA-seq数据的聚类和轨迹推断的可视化差异 | 单细胞RNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 数据集 | 使用模拟数据集和真实单细胞RNA-seq数据集 |
| 14011 | 2024-08-07 |
Tracking early mammalian organogenesis - prediction and validation of differentiation trajectories at whole organism scale
2024-Feb-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201867
PMID:37982461
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研究论文 | 本研究通过采集小鼠胚胎在E8.5至E9.5期间的30万个单细胞转录组数据，结合先前的数据集，构建了一个密集采样的时间序列，用于追踪早期器官发生过程中的细胞分化轨迹。 | 研究首次在小鼠早期器官发生过程中，通过计算方法重建了血液和内皮细胞的复杂发育波，并发现了由体节衍生的内皮细胞的新程序。 | NA | 旨在预测和验证早期哺乳动物器官发生过程中的细胞分化轨迹。 | 小鼠胚胎在E8.5至E9.5期间的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过40万个细胞 |
| 14012 | 2024-08-04 |
Transcriptomics and Spatial Proteomics for Discovery and Validation of Missing Proteins in the Human Ovary
2024-01-05, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.3c00545
PMID:38085962
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研究论文 | 该研究通过转录组学和空间蛋白组学发现并验证了人类卵巢中缺失的蛋白质 | 首次识别并验证了14种在人类卵巢中缺失的蛋白质，提供了新的研究方向 | 样本数量有限，仅包含7到32岁之间的卵巢皮层样本 | 探索人类卵巢中缺失蛋白质的功能和角色 | 卵巢皮层中的卵母细胞和颗粒细胞 | 数字病理学 | NA | RNA-seq，高分辨率抗体基于蛋白质分析，单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 四个新RNA-seq样本 |
| 14013 | 2024-08-04 |
Research progress and application of single-cell sequencing in head and neck malignant tumors
2024-01, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-023-00691-2
PMID:37968342
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研究论文 | 本文系统介绍了单细胞测序在头颈部恶性肿瘤中的最新进展和应用 | 本文提出了单细胞测序在研究头颈部恶性肿瘤发病机制中的应用，提供了新视角 | 由于篇幅限制，可能未能详细覆盖所有相关研究进展 | 探讨单细胞测序在头颈部恶性肿瘤临床诊断和治疗中的应用 | 头颈部恶性肿瘤的单细胞基因组和转录组 | 数字病理学 | 头颈部恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 数千个细胞 |
| 14014 | 2024-08-07 |
CILP is a potential pan-cancer marker: combined silico study and in vitro analyses
2024-01, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-023-00688-x
PMID:37968343
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研究论文 | 本研究主要探讨了CILP在肿瘤发生发展中的作用及其作为潜在泛癌标志物的可能性 | 首次系统研究了CILP在多种肿瘤中的表达及其对肿瘤发生和患者生存预后的影响，并通过细胞实验验证了CILP的功能 | 研究主要基于公共数据库和细胞系实验，未来需要更多临床样本验证CILP的泛癌标志物作用 | 探索CILP在肿瘤中的作用及其作为泛癌标志物的潜力 | CILP在不同肿瘤类型中的表达及其对肿瘤发生和患者生存预后的影响 | NA | 肿瘤 | RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 使用了来自UCSC Xena的泛癌数据和GSE152938的单细胞数据，以及人肾细胞癌ACHN和786-O细胞系进行实验验证 |
| 14015 | 2024-08-07 |
Single-cell isolation from full-thickness human intestinal tissue resections for single-cell RNA sequencing
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102686
PMID:37925636
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研究论文 | 本文介绍了一种从全层人肠组织切除标本中进行单细胞分离的方法，用于后续的单细胞RNA测序 | 该研究提供了一种从全层肠组织中分离单细胞的详细协议 | NA | 研究单细胞水平上细胞间的物理和功能关系 | 全层人肠组织中的单个细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未提及 |
| 14016 | 2024-08-04 |
Avoiding false discoveries in single-cell RNA-seq by revisiting the first Alzheimer's disease dataset
2023-Dec-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.90214
PMID:38047913
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研究论文 | 本研究修正了首个阿尔茨海默病单细胞RNA测序的数据处理和分析问题 | 首次使用单细胞技术揭示阿尔茨海默病中细胞类型特异性差异表达基因的潜力 | 此前的数据处理和质量控制方法存在局限性 | 旨在提高阿尔茨海默病相关基因的可靠发现 | 集中于阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 14017 | 2024-08-07 |
Charting the tumor microenvironment with spatial profiling technologies
2023-12, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2023.08.004
PMID:37673713
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综述 | 本文综述了空间分析技术在肿瘤微环境（TME）表征中的应用及其在临床上改善癌症患者诊断和预后的潜力 | 空间分析技术能够捕捉细胞在肿瘤微环境中的复杂空间背景及其密集的相互作用网络 | 传统的单细胞RNA测序（scRNA-seq）由于需要样本解离步骤，无法捕捉细胞的空间信息 | 探讨空间分析技术在肿瘤微环境表征中的应用及其在临床上的潜在价值 | 肿瘤微环境中的细胞组织和相互作用 | NA | NA | 空间分析技术 | NA | 细胞 | NA |
| 14018 | 2024-08-07 |
Integrative single-cell transcriptome analysis reveals immune suppressive landscape in the anaplastic thyroid cancer
2023-12, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-023-00663-6
PMID:37679527
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研究论文 | 本研究通过综合单细胞转录组分析，揭示了间变性甲状腺癌中的免疫抑制微环境 | 首次在单细胞水平上揭示了间变性甲状腺癌与甲状腺乳头状癌的肿瘤免疫微环境及其动态变化 | NA | 深入理解间变性甲状腺癌的肿瘤免疫微环境，以改善癌症治疗和预后 | 间变性甲状腺癌和甲状腺乳头状癌的肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 间变性甲状腺癌和甲状腺乳头状癌的原发性肿瘤样本 |
| 14019 | 2024-08-07 |
Characterization of the long noncoding RNA transcriptome in human preimplantation embryo development
2023-Dec, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-023-02951-4
PMID:37770818
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研究论文 | 本研究通过scRNA-seq和SUPeR-seq数据分析了人类植入前胚胎发育过程中的长非编码RNA（lncRNA）表达谱 | 研究揭示了不同发育阶段特异性和共享的高表达lncRNA，并发现这些lncRNA及其相关的超级增强子和RNA结合蛋白在胚胎发育调控中的重要作用 | NA | 旨在深入了解发育事件的转录基础 | 人类植入前胚胎发育过程中的lncRNA | NA | 不孕症 | scRNA-seq, SUPeR-seq | NA | RNA | 涉及多个发育阶段的人类植入前胚胎样本 |
| 14020 | 2024-08-07 |
Exploration of a screening model for intrahepatic cholangiocarcinoma patients prone to cuproptosis and mechanisms of the susceptibility of CD274-knockdown intrahepatic cholangiocarcinoma cells to cuproptosis
2023-12, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-023-00673-4
PMID:37828105
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研究论文 | 本研究旨在探索易发生铜死亡的肝内胆管癌患者的筛查模型及CD274敲低肝内胆管癌细胞对铜死亡的易感性机制 | 首次系统全面地探索了肝内胆管癌中的铜死亡现象，构建了针对易发生铜死亡的肝内胆管癌患者的精确诊断和治疗策略 | 需要在大规模前瞻性队列中进一步验证这些结论 | 识别易发生铜死亡的肝内胆管癌患者的新诊断和治疗策略，并探索相关的细胞内和细胞外机制 | 肝内胆管癌患者及细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单样本基因集富集分析、机器学习算法 | nomogram模型 | 转录组数据 | 训练数据集255例，验证数据集包括65例、104例、78例和14例 |