单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14001	2024-08-07	Assessing characteristics of RNA amplification methods for single cell RNA sequencing 2016-11-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3300-3 PMID:27881084	研究论文	本文通过大规模对照实验评估了三种单细胞RNA测序方法的传递函数及其调控因素	首次系统评估了不同单细胞RNA测序方法的性能和可靠性	实验中检测到的基因数量和表达水平存在一定偏差	评估单细胞RNA测序方法的性能和可靠性	三种单细胞RNA测序方法及其性能	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大规模对照实验
14002	2024-08-07	ICOS costimulation in combination with CTLA-4 blockade remodels tumor-associated macrophages toward an antitumor phenotype 2024-Apr-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231263 PMID:38517331	研究论文	研究探讨了ICOS共刺激与CTLA-4阻断联合治疗对肿瘤相关巨噬细胞表型的重塑作用	发现ICOS共刺激与CTLA-4阻断联合治疗能显著重塑淋巴和髓系细胞，增强Th1 CD4 T细胞、效应CD8 T细胞和M1样抗肿瘤促炎巨噬细胞的富集	NA	研究ICOS共刺激与CTLA-4阻断联合治疗在抗肿瘤治疗中的协同作用及其机制	肿瘤相关巨噬细胞和效应T细胞	免疫学	肿瘤	CyTOF和单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及B16-F10细胞疫苗和多种免疫细胞
14003	2024-08-07	Single cell deciphering of progression trajectories of the tumor ecosystem in head and neck cancer 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46912-6 PMID:38519500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了头颈部鳞状细胞癌在不同阶段的肿瘤生态系统进展轨迹	首次揭示了恶性上皮细胞的转录发育轨迹及由TFDP1调控的肿瘤生成上皮亚群，并发现了POSTN纤维母细胞和SPP1巨噬细胞在肿瘤进展中的浸润增加及其与恶性细胞的相互作用增强	NA	旨在更好地表征头颈部鳞状细胞癌的肿瘤进展轨迹	头颈部鳞状细胞癌的正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织样本	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种组织样本，包括正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织
14004	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis identifies a tumor immune microenvironment-related lncRNA signature in lung adenocarcinoma 2024-Mar-22, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01866-5 PMID:38519942	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与肺腺癌肿瘤免疫微环境相关的长非编码RNA（lncRNA）特征	首次开发了一种基于肿瘤免疫微环境相关lncRNA的特征（TRLS），该特征在预测肺腺癌患者总体生存方面表现出色，并显示出对免疫治疗的敏感性	NA	开发一种新的工具，用于肺腺癌患者的个性化治疗和预后管理	肺腺癌患者的肿瘤免疫微环境相关的lncRNA	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	机器学习框架	RNA测序数据	1368名肺腺癌患者
14005	2024-08-07	Involvement of TGFBI-TAGLN axis in cancer stem cell property of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57478-0 PMID:38514830	研究论文	本研究探讨了TGFBI在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用及其通过TAGLN轴促进癌症干细胞特性的机制	首次揭示了TGFBI通过上调TAGLN促进HNSCC中癌症干细胞特性的新机制	NA	阐明TGFBI对HNSCC细胞恶性行为的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	使用TCGA数据库中的RNA测序数据进行验证
14006	2024-08-04	Transcriptomic changes associated with oral immunotherapy for food allergy 2024-Mar, Pediatric allergy and immunology : official publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology IF:4.3Q1 DOI:10.1111/pai.14106 PMID:38520061	综述	这篇综述总结了与口服免疫疗法相关的转录通路的最新进展	采用单细胞测序等技术，提供了对口服免疫疗法后基因表达变化的新见解	对长期和明确临床结果相关的免疫特征的研究仍然不足	研究口服免疫疗法后免疫机制的转录变化	关注过敏性食物患者在接受口服免疫疗法后的基因表达变化	数字病理学	食物过敏	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
14007	2024-08-04	Comparable CD8+ T-cell responses to SARS-CoV-2 vaccination in single-cell transcriptomics of recently allogeneic transplanted patients and healthy individuals 2024-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29539 PMID:38516755	研究论文	本研究评估了SARS-CoV-2疫苗接种后近期异基因移植患者与健康个体的CD8+ T细胞反应的比较	该研究首次通过单细胞转录组学分析比较了异基因移植患者与健康个体对疫苗接种的CD8+ T细胞反应	研究中保护性抗体浓度仅在40%的患者中检测到，且样本数量可能影响结论	研究目的在于模拟分析异基因造血干细胞移植患者的免疫反应和疫苗效应	研究对象为近期接受异基因移植的患者及健康疫苗接种者	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，T细胞受体/B细胞受体分析	NA	基因表达数据，免疫学数据	NA
14008	2024-08-07	Single-cell analysis reveals landscape of endometrial cancer response to estrogen and identification of early diagnostic markers 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0301128 PMID:38517922	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了子宫内膜癌对雌激素反应的景观，并识别了早期诊断标志物	本研究首次在单细胞分辨率下阐明了子宫内膜癌对雌激素反应的潜在生物学机制，并识别了24个早期诊断标志物	NA	探讨子宫内膜癌对雌激素的反应机制，并寻找早期诊断标志物	子宫内膜癌细胞及其对雌激素的反应	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（ST）	逻辑回归（LR）、高斯朴素贝叶斯（GaussianNB）、k-最近邻（KNN）、支持向量机（SVM）、极端梯度提升（XGB）和神经网络（NK）	转录组数据	NA
14009	2024-08-04	Modulating inflammation with interleukin 37 treatment ameliorates murine Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease 2024-Apr, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.12.006 PMID:38158181	研究论文	本研究探讨了抗炎细胞因子IL37b作为治疗常染色体显性多囊肾病（ADPKD）的潜力。	发现IL37b通过促进干扰素信号通路抑制囊肿的形成，提出了其作为ADPKD潜在治疗的可能性。	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需验证。	探讨IL37b在治疗常染色体显性多囊肾病中的作用。	使用遗传小鼠模型研究IL37b对ADPKD的影响。	数字病理学	常染色体显性多囊肾病	RNA-seq	转基因小鼠	基因组数据	多个ADPKD小鼠模型
14010	2024-08-07	CYBB-Mediated Ferroptosis Associated with Immunosuppression in Mycobacterium leprae-Infected Monocyte-Derived Macrophages 2024-Apr, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.012 PMID:37925067	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康个体中由单核细胞衍生的巨噬细胞对麻风分枝杆菌感染的初始反应，并发现了一种主要类型的替代激活巨噬细胞，该巨噬细胞过度表达NEAT1、CCL2和CD163。进一步的功能分析显示，铁死亡与巨噬细胞的M2极化呈正相关，且体外实验表明抑制铁死亡有助于麻风分枝杆菌在巨噬细胞内的存活。	本研究首次揭示了CYBB作为关键分子在麻风分枝杆菌感染的巨噬细胞中促进铁死亡，进而导致M2极化和免疫逃逸的机制。	本研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，未来需要更多的体内实验和临床数据来验证这些发现。	探讨麻风分枝杆菌感染的巨噬细胞中铁死亡与M2极化的关系及其分子机制。	健康个体中由单核细胞衍生的巨噬细胞对麻风分枝杆菌感染的反应。	NA	麻风病	单细胞RNA测序	NA	RNA	4名健康个体
14011	2024-08-04	Characterization of macrophages in ischemia-reperfusion injury-induced acute kidney injury based on single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq analysis 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111754 PMID:38428147	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和总体RNA测序分析来表征缺血再灌注损伤引起的急性肾损伤中的巨噬细胞	识别了在缺血再灌注肾损伤中参与的巨噬细胞亚型及相关的中心基因，提出了四个新的生物标志物和潜在的治疗靶点	本研究的局限性在于对巨噬细胞功能机制的理解仍不清晰，针对巨噬细胞的策略在急性肾损伤中的效果存在争议	探讨缺血再灌注损伤中巨噬细胞的作用及其相关基因	本研究的研究对象为参与缺血再灌注引起的急性肾损伤的巨噬细胞亚型及其相关基因	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA-seq和总体RNA-seq	NA	基因表达数据	包含正常样本和缺血再灌注后3天的样本
14012	2024-08-07	Prognostic implication of UBE2C + CD8 + T cell in neoadjuvant immune checkpoint blockade plus chemotherapy for locally advanced esophageal cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111696 PMID:38412672	研究论文	本研究旨在探讨免疫检查点抑制剂（ICBs）联合化疗作为新辅助治疗在局部晚期食管癌患者中的早期和中期疗效，并发现与主要病理反应（MPR）相关的免疫预测因子。	本研究首次揭示了UBE2C+CD8+T细胞作为局部晚期食管癌患者接受新辅助ICBs联合化疗后的不良预后因子。	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定时间段内的患者。	研究新辅助ICBs联合化疗在局部晚期食管癌中的疗效及免疫预测因子。	局部晚期食管癌患者。	免疫学	食管癌	Bulk-RNA seq, scRNA seq, 多重免疫荧光	NA	RNA序列数据, 免疫荧光图像	76名患者
14013	2024-08-04	eSVD-DE: cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05724-7 PMID:38486150	研究论文	本文介绍了eSVD-DE，一种针对单细胞RNA测序数据的大规模人群差异表达检测的新方法	提出了一种新的矩阵分解方法，能够在去除混杂变量影响的同时进行差异基因测试	在较大的数据集中，可能仍然存在一些人类变异的影响	旨在更准确地识别单细胞RNA测序数据中群体级的差异表达基因	对大量案例和对照个体的单细胞RNA测序数据进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	使用了多个生物系统的已发布数据集
14014	2024-08-07	Profiling Cell Heterogeneity and Fructose Transporter Expression in the Rat Nephron by Integrating Single-Cell and Microdissected Tubule Segment Transcriptomes 2024-Mar-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25053071 PMID:38474316	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和微切割管状段转录组数据，研究了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	首次揭示了大鼠近端小管各亚段中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式，并发现S3段是果糖重吸收的主要部位	研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证	探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式	大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了公开数据库中的大鼠肾脏转录组和蛋白质组数据
14015	2024-08-04	eSVD-DE: Cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568369 PMID:38045428	研究论文	本文提出了一种新方法eSVD-DE，用于在单细胞RNA-seq数据中分析 cohort-wide 差异表达基因	eSVD-DE通过矩阵分解汇集基因信息，并引入层次模型以准确测试病例和对照个体的后验均值分布差异	本研究在处理人类变异带来的混杂协变量时可能仍然面临一些挑战	旨在开发一套新方法，分析大规模聚类中单细胞RNA-seq数据的差异表达基因	研究对象为大量病例和对照个体的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	多个生物系统的已发布数据集
14016	2024-08-04	Adipose tissue macrophage heterogeneity in the single-cell genomics era 2024-Feb, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2024.100031 PMID:38354858	研究论文	文章讨论了在单细胞基因组学时代脂肪组织巨噬细胞的异质性	提出了单细胞转录组技术能够揭示脂肪组织巨噬细胞的高度异质性	需要进一步研究以更好地理解ATMs和肥胖对其影响的复杂性	探讨肥胖及其引发的炎症如何影响脂肪组织巨噬细胞	主要研究脂肪组织巨噬细胞(ATMs)的异质性及其特征	数字病理	2型糖尿病	单细胞转录组技术	NA	基因组数据	NA
14017	2024-08-04	Long-read single-cell sequencing reveals expressions of hypermutation clusters of isoforms in human liver cancer cells 2024-Jan-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87607 PMID:38206124	研究论文	本研究开发了一种基于LOOPSeq技术的合成长读取单细胞测序技术，以分析人类肝癌细胞中的超突变亚型表达	本研究的创新点在于应用LOOPSeq技术实现精确的长读取单细胞转录组测序，并识别出特定于肝癌细胞的突变mRNA亚型	本研究的局限性未具体提到，故为NA	本研究旨在揭示人类肝癌细胞中蛋白表达谱的复杂性	本研究对象为来自个体的447个肝细胞癌和良性肝脏转录组	数字病理学	肝癌	长读取测序	NA	转录组	447个转录组样本
14018	2024-08-07	Stiffness-dependent MSC homing and differentiation into CAFs - implications for breast cancer invasion 2024-01-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.261145 PMID:38108421	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中癌细胞与间充质干细胞（MSCs）在不同硬度基质下的相互作用如何影响三阴性乳腺癌（TNBC）的侵袭性	首次展示了在预转移阶段，MSCs向癌症相关成纤维细胞（CAFs）的分化如何促进TNBC的侵袭和转移	NA	研究肿瘤微环境中细胞异质性和细胞外基质（ECM）硬化对乳腺癌侵袭性的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）中的间充质干细胞（MSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及高侵袭性三阴性乳腺癌（TNBC）的原发肿瘤、次级部位和循环肿瘤细胞簇中的亚群细胞
14019	2024-08-07	Profiling cellular heterogeneity and fructose transporter expression in the rat nephron by integrating single-cell and microdissected tubule segment transcriptomes 2023-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.20.572656 PMID:38187558	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和微切割的肾小管片段转录组数据，分析了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达。	首次揭示了肾小管近端不同亚段细胞中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式，并发现S3段是果糖重吸收的主要部位。	研究主要基于公开数据库的数据，未进行实验验证。	探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式。	大鼠肾单位中的细胞和果糖转运蛋白。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了公开数据库中的大鼠和人类肾脏转录组和蛋白质组数据。
14020	2024-08-07	Single-cell analysis of Rohon-Beard neurons implicates Fgf signaling in axon maintenance and cell survival 2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.26.554953 PMID:37693470	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元，揭示了其分子特征及Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细定义了斑马鱼Rohon-Beard神经元的亚型，并发现Fgf信号通路在其轴突维持和细胞存活中的关键作用	研究主要集中在斑马鱼模型，未来研究需进一步验证在哺乳动物中的适用性	探究Rohon-Beard神经元的分子特征及其在轴突维持和细胞存活中的调控机制	斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元样本