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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1381 - 1400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1381 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomic profiling uncovers the molecular effects of the neurotoxicant polychlorinated biphenyls (PCBs) in the brains of adult mice
2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.24.665575
PMID:40777386
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组技术揭示了多氯联苯暴露对成年小鼠大脑功能和认知的分子影响 | 首次结合空间转录组学分析PCB暴露对多个脑区基因表达的影响，并发现其对血脑屏障完整性的破坏机制 | 研究仅使用成年雄性C57BL/6J小鼠，结果可能不适用于其他性别或年龄的动物 | 评估PCB暴露对大脑功能和认知的影响机制 | 成年雄性C57BL/6J小鼠 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 多只成年雄性C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1382 | 2025-10-05 |
Impact of Cattle Breed in scRNA-Seq Reference on Muscle Fiber Type Deconvolution from Bulk RNA-Seq: A Comparison of Software Tools
2025-Jul-25, Biotech (Basel (Switzerland))
DOI:10.3390/biotech14030056
PMID:40843779
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研究论文 | 比较不同软件工具在使用不同牛品种scRNA-seq参考数据对肌肉纤维类型反卷积分析的影响 | 首次证明参考scRNA-seq数据中使用的牛品种会显著影响反卷积结果 | 仅研究晚期妊娠荷斯坦奶牛，未涵盖其他品种或生理状态 | 评估不同牛品种scRNA-seq参考数据对肌肉纤维类型反卷积分析的影响 | 晚期妊娠荷斯坦多产奶牛的肌肉组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | CIBERSORTx, Cellanneal, DeconvR-NNLS, DeconvR-RLM | RNA测序数据 | 使用Brahman和Wagyu牛品种的scRNA-seq参考数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1383 | 2025-10-05 |
Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation
2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.21.665156
PMID:40777431
|
研究论文 | 通过整合单核RNA测序和空间转录组技术分析人类骶尾部畸胎瘤，揭示细胞组成异质性和X染色体失活状态 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学分析SCTs，发现X染色体双等位基因表达与细胞身份特征的关联 | 样本量较小（仅8个肿瘤样本），未检测到预期的多能细胞群体 | 探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层和性别偏好的分子机制 | 人类骶尾部畸胎瘤组织样本（6个产后和2个产前样本） | 单细胞组学 | 畸胎瘤 | 单核RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间基因表达数据 | 8个骶尾部畸胎瘤样本（1例男性，7例女性） | NA | 单核RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 1384 | 2025-10-05 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2025-Jul-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03682-8
PMID:40702544
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研究论文 | 介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征异常细胞状态轨迹并整合单细胞基因组学数据 | 开发了能够联合建模和可视化正常与扰动条件下单细胞RNA-seq数据的深度生成模型，揭示共享和破坏的动力学过程 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征从正常到异常细胞状态的转变 | 单细胞RNA测序数据，包括胰腺炎伴癌基因突变、急性髓系白血病和胃癌 | 机器学习 | 胰腺炎, 急性髓系白血病, 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1385 | 2025-10-05 |
Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids
2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.22.665939
PMID:40777494
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研究论文 | 构建人类小肠发育过程中间充质细胞多样性的空间图谱并用于评估肠道类器官 | 首次创建了覆盖人类肠道细胞类型多样性的定制Xenium空间转录组基因panel，揭示了发育过程中成纤维细胞群体的动态空间重塑 | 研究主要聚焦于发育中的间充质群体，其他细胞类型分析相对有限 | 解析人类肠道发育过程中间充质细胞的空间组织与多样性 | 发育中的人类小肠组织及多能干细胞衍生的肠道类器官 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据，空间定位数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | Xenium | 定制Xenium空间转录组基因panel |
| 1386 | 2025-10-05 |
Activation of IL-17+ ILC subsets in IL-18R-deficient mice during fungal allergen exposure
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665289
PMID:40777291
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研究论文 | 本研究探讨IL-18受体缺陷小鼠在真菌过敏原暴露下ILC亚群中IL-17的激活机制 | 首次揭示IL-18信号通过抑制ILC2s产生IL-17A来调控肺部嗜酸性粒细胞增多 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究IL-18/IL-18R信号通路在肺部ILC2应答中的作用机制 | IL-18受体敲除小鼠和野生型对照小鼠的肺组织免疫细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序，细胞因子检测 | NA | 基因表达数据，细胞因子数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1387 | 2025-10-05 |
ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving in vivo Metastasis and Immune Evasion
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665404
PMID:40777467
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了转录因子ETS1在上呼吸道鳞状细胞癌中协调混合上皮间质转化程序，驱动体内转移和免疫逃逸的双重作用 | 首次发现ETS1作为混合上皮间质转化程序的主调控因子，同时驱动肿瘤转移和免疫抑制，并鉴定出HSP90抑制剂作为针对ETS1高表达肿瘤的靶向治疗策略 | 研究主要聚焦于上呼吸道鳞状细胞癌，其他癌症类型的普适性需要进一步验证 | 探索上呼吸道鳞状细胞癌中转录异质性程序如何驱动肿瘤转移和免疫逃逸 | 上呼吸道鳞状细胞癌细胞和患者肿瘤组织 | 癌症生物学 | 上呼吸道鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个患者队列的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1388 | 2025-10-05 |
GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662625
PMID:40672304
|
研究论文 | 提出了一种名为GatorST的空间转录组数据分析框架，通过图建模和对比元学习整合空间信息与转录组数据 | 结合图建模与对比元学习，同时捕获局部和全局空间上下文，采用伪标签弱监督和分集训练策略增强泛化能力 | 未明确说明框架的计算复杂度以及对不同空间分辨率的适应性 | 开发空间转录组数据分析框架以改善下游任务性能 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 图神经网络,对比学习,元学习 | 空间基因表达数据 | 14个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1389 | 2025-10-05 |
Motor learning drives region-specific transcriptomic remodeling in the motor cortex and dorsal striatum
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664268
PMID:40791319
|
研究论文 | 本研究通过结合活动依赖性遗传标记和单细胞RNA测序，揭示了运动学习过程中运动皮层和背侧纹状体细胞类型特异性转录组重塑 | 首次构建了行为参与细胞的无偏倚、细胞类型分辨的转录组图谱，发现了Htr3a中间神经元在运动学习中的特异性招募 | 研究主要关注前肢够取任务，可能不适用于其他类型的运动学习 | 阐明运动学习相关的分子机制和突触回路重塑 | 小鼠运动皮层和背侧纹状体的神经元和胶质细胞 | 神经科学 | NA | 活动依赖性遗传标记(TRAP), 单细胞RNA测序, 双光子钙成像 | NA | 基因表达数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1390 | 2025-10-05 |
Single-cell profiling of EZH2-mediated immune signaling perturbations in NSCLC
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.12.663845
PMID:40791397
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析EZH2抑制对非小细胞肺癌免疫信号的影响 | 首次在单细胞水平揭示EZH2抑制通过非甲基转移酶功能调节T细胞分化的新机制 | 研究主要基于计算分析，需要实验验证 | 探索EZH2抑制对肺癌肿瘤微环境免疫信号的影响 | 非小细胞肺癌肿瘤微环境中的免疫细胞 | 单细胞分析 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1391 | 2025-10-05 |
Cell type-specific master metabolic regulators of Alzheimer's disease
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664443
PMID:40791427
|
研究论文 | 本研究开发了scFUMES算法，系统识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主要代谢调控因子 | 开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次系统揭示AD中细胞类型特异性代谢调控网络 | 研究仅限于两个AD易感脑区，需要更广泛区域验证 | 识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主要代谢调控因子 | 人类大脑组织中的神经元和小胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,相互作用组学,基因组学,转录组学,代谢组学 | scFUMES算法 | 多组学数据 | 来自人类大脑生物样本库的样本 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学整合分析 | NA | NA |
| 1392 | 2025-10-05 |
Gastruloid patterning reflects division of labor among biased stem cell clones
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.12.664536
PMID:40791385
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和空间转录组学揭示了胚胎发育中细胞异质性通过干细胞克隆分工促进轴向模式形成的机制 | 发现预先存在的细胞异质性通过克隆分工促进发育精确性，而非传统认为需要最小化异质性 | 研究基于胃胚样体模型，可能不完全反映体内真实发育过程 | 探究细胞异质性在胚胎发育模式形成中的作用机制 | 胃胚样体模型中的干细胞克隆 | 发育生物学 | NA | 荧光谱系追踪, 空间转录组学, RNA-seq, ATAC-seq | NA | 空间基因表达数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 空间转录组学, RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 1393 | 2025-10-05 |
Cellular basis for cortical network aging in primates
2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.08.663725
PMID:40672262
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研究论文 | 本研究通过整合皮层相似性网络与全脑空间转录组学，揭示了灵长类动物大脑皮层网络老化的细胞基础 | 首次将皮层相似性网络与全脑空间转录组学整合，在跨物种水平上揭示了大脑网络老化的细胞机制 | 样本数量相对有限（N=64），且研究主要聚焦于猕猴模型 | 探索灵长类动物大脑皮层网络老化的细胞基础 | 猕猴寿命队列（1-26岁，N=64） | 空间转录组学 | 老年疾病 | 空间转录组学，成像-转录组整合分析 | NA | 转录组数据，网络数据 | 64只猕猴（年龄1-26岁） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1394 | 2025-10-05 |
Reg2ST: recognizing potential patterns from gene expression for spatial transcriptomics prediction
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf425
PMID:40825238
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研究论文 | 开发了一种名为Reg2ST的深度学习模型，用于从基因表达中识别潜在模式并进行空间转录组学预测 | 提出了一种新颖的方法来捕获spots之间的关系，而不是使用K-最近邻方法；采用对比学习最小化空间转录组学和病理图像之间的距离 | NA | 解决现有空间转录组学预测方法存在的问题，提高预测性能 | 人类乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌,皮肤鳞状细胞癌 | 空间转录组学,深度学习 | 对比学习 | 基因表达数据,病理图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1395 | 2025-10-05 |
Advances in Collateral Neuroimaging for Acute Ischemic Stroke: Redefining Time and Tissue Windows in the Reperfusion Era
2025 Jul-Aug, Journal of neuroimaging : official journal of the American Society of Neuroimaging
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jon.70079
PMID:40820581
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综述 | 本文系统综述了急性缺血性卒中侧支循环神经影像学评估技术的最新进展及其在精准医疗中的应用 | 提出基于侧支循环状态重新定义缺血半暗带时间窗，整合多模态影像与分子影像技术实现精准评估 | 存在技术异质性、验证数据有限且缺乏标准化评估体系 | 探讨神经影像学技术在卒中侧支循环评估中的临床应用价值 | 急性缺血性卒中患者 | 医学影像 | 脑血管疾病 | CT血管成像、灌注成像、磁共振成像、PET成像、空间转录组学 | NA | 医学影像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1396 | 2025-10-05 |
Diabetes-Kidney-Heart Continuum and Its Implication on Therapeutic Management
2025-Jul, Cureus
DOI:10.7759/cureus.88561
PMID:40861717
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综述 | 本文系统阐述了2型糖尿病-肾脏-心脏连续体的病理机制、分期管理策略及新型诊疗方法 | 首次整合糖尿病-肾脏-心脏连续体的多阶段管理框架，并系统评估新型生物标志物与单细胞技术的临床应用价值 | 作为叙述性综述缺乏原始数据支持，未对纳入研究进行系统性质量评价 | 探讨糖尿病相关心肾并发症的连续发展机制及优化治疗策略 | 2型糖尿病患者的血管并发症（心血管疾病与慢性肾脏病） | 医学研究 | 糖尿病并发症 | 单细胞转录组测序，生物标志物检测 | NA | 临床研究数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1397 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue
2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.27.661935
PMID:40631318
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现老年小鼠白色脂肪组织中积累具有细胞毒性和炎症潜能的Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞 | 首次识别出老年小鼠脂肪组织中特定的Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞亚群，并揭示其具有细胞毒性和炎症潜能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 比较衰老和高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织免疫细胞组成的差异影响 | 年轻小鼠（正常饮食和高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织基质血管组分 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻正常饮食小鼠、年轻高脂饮食小鼠和老年正常饮食小鼠的脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1398 | 2025-10-05 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
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研究论文 | 开发了一个专门用于单细胞测序数据质量控制的Python命令行工具QCatch | 为alevin-fry和simpleaf输出提供标准化的QC报告，生成交互式HTML报告并输出H5AD格式文件 | NA | 开发单细胞测序数据的质量控制评估框架 | 单细胞测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序数据分析 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1399 | 2025-10-05 |
Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.658673
PMID:40747415
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研究论文 | 提出HistoTME-v2弱监督深度学习框架，直接从H&E染色病理全切片图像预测肿瘤微环境中细胞类型特异性转录组特征活性 | 将HistoTME框架扩展到25种实体肿瘤类型，无需单细胞或斑块级注释即可从H&E图像预测细胞类型特异性转录组特征 | 依赖于弱监督学习，可能在某些细胞类型预测精度上存在限制 | 开发从数字病理图像分析肿瘤微环境的可解释方法 | 肿瘤微环境中的免疫和基质细胞类型 | 数字病理 | 多种实体肿瘤 | 深度学习，空间转录组学，多重成像 | 弱监督深度学习框架 | H&E染色病理全切片图像 | 内部验证：7,586个WSI，6,901名患者，24种癌症类型；外部验证：5,657个WSI，1,775名患者，9种癌症类型；空间验证：259个WSI，154名患者，7种癌症类型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 1400 | 2025-10-05 |
Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.656791
PMID:40661354
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研究论文 | 本研究通过整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌早期肿瘤发生过程中癌基因与抑癌基因在祖细胞样状态上的汇聚机制 | 发现KRAS突变祖细胞样群体同时激活致癌和抑癌程序，构建了模拟侵袭性PDAC的微环境生态位 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 解析良性向恶性生长转变过程中的分子和细胞机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 谱系追踪, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 小鼠PDAC模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |