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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1381 - 1400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1381 | 2025-10-05 |
Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634791
PMID:39975330
|
研究论文 | 开发了一种整合bulk DNA-seq和单细胞RNA-seq数据进行反卷积和系统发育推断的新方法 | 首次将bulk DNA-seq与scRNA-seq数据整合，同时处理SNV、CNA和SV多种变异类型，使用整数线性规划进行反卷积和克隆谱系树重建 | 依赖于scRNA-seq数据的可用性，scDNA-seq数据仍然成本较高且技术挑战大 | 解决癌症基因组学中克隆谱系重建的分辨率限制问题 | 乳腺癌数据集 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 整数线性规划(ILP) | ILP | DNA-seq, RNA-seq | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk DNA-seq | NA | NA |
| 1382 | 2025-10-05 |
Analysis and validation of characteristic genes in RNA sequencing datasets from heart failure patients based on multiple algorithms
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1559429
PMID:40933310
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研究论文 | 通过整合多算法分析心力衰竭患者的转录组数据，识别关键基因并验证其在心肌细胞脂肪酸代谢中的作用 | 首次结合RRA和WGCNA算法识别心力衰竭关键基因，并通过单细胞RNA测序发现SMCO4和CSDC2在心肌细胞中的特异性表达及代谢调控功能 | 研究样本量有限，验证仅在心肌肥厚模型中进行，需要更多临床样本验证 | 识别心力衰竭心肌组织的核心致病机制 | 心力衰竭患者心肌组织样本和肥大心肌细胞模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序, RT-qPCR, 单细胞RNA测序 | Robust Rank Aggregation, WGCNA, PCA, UMAP | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 5个研究的转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1383 | 2025-10-05 |
Integrative Analysis Reveals a Key Role for CDKN1A in Impaired Wound Healing in Diabetic Patients
2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S534876
PMID:40933395
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研究论文 | 本研究通过整合分析揭示了CDKN1A在糖尿病足溃疡伤口愈合障碍中的关键作用 | 首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法系统阐明CDKN1A在糖尿病伤口愈合中的分子机制 | NA | 研究CDKN1A在糖尿病伤口愈合中的作用机制 | 糖尿病足溃疡组织 | 生物医学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 转录因子分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1384 | 2025-10-05 |
Decoding the hypoxic tumor microenvironment in colorectal cancer for prognostic modeling and therapeutic target discovery
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1651749
PMID:40933995
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据解码结直肠癌缺氧肿瘤微环境，构建预后模型并发现治疗靶点 | 首次在单细胞水平系统解析结直肠癌缺氧微环境的细胞异质性，构建八基因预后特征模型，并鉴定GIPC2作为新的潜在治疗靶点 | 样本量相对有限（15个单细胞样本），需要更多独立队列验证预后模型的普适性 | 解析结直肠癌缺氧肿瘤微环境的细胞异质性及其对预后的影响，发现新的治疗靶点 | 结直肠癌患者肿瘤样本和细胞系 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，WGCNA，CellChat，SCENIC，GRNBoost2，Cox回归，Lasso回归，体外功能验证 | 预后风险模型，基因共表达网络 | 单细胞RNA测序数据，批量RNA测序数据 | 单细胞数据15个样本，TCGA队列606例，验证队列579例，体外实验2个细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 1385 | 2025-10-05 |
Integration of single-cell and bulk RNA sequencing to identify unique tumor stem cells and construct novel prognostic markers for assessing ESCA prognosis and drug sensitivity
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1649877
PMID:40936684
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，识别食管癌肿瘤干细胞特征并构建预后标志物模型 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序构建食管癌肿瘤干细胞标志物特征模型，并鉴定TSPO作为潜在治疗靶点 | 未明确说明样本来源和数量，功能验证主要基于细胞系和小鼠模型 | 识别食管癌肿瘤干细胞特征基因，构建预后评估模型并探索药物敏感性 | 食管癌(ESCA)肿瘤干细胞 | 生物信息学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, qRT-PCR, Western blotting, 免疫组化, 细胞增殖实验 | Lasso-Cox回归模型, Kaplan-Meier生存分析, ROC曲线分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1386 | 2025-10-05 |
Integrative analyses of single-cell and bulk RNA sequencing to construct the tumor-associated macrophage-related prognostic signature in lung adenocarcinoma
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19920
PMID:40936758
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据构建肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的预后特征模型 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据构建TAM相关预后特征，并建立了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发肿瘤相关巨噬细胞相关的预后特征以预测肺腺癌患者生存结果 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, qPCR | 预后特征模型, 调控网络 | 转录组数据, 临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1387 | 2025-10-05 |
Tubular epithelial cell-derived extracellular vesicles carrying serum amyloid A1 exacerbate sepsis-associated acute kidney injury by promoting NETs formation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1654295
PMID:40936924
|
研究论文 | 本研究揭示了肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡通过携带血清淀粉样蛋白A1促进中性粒细胞胞外诱捕网形成，从而加剧脓毒症相关急性肾损伤的新机制 | 首次发现肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡通过传递SAA1蛋白激活TLR4/p38 MAPK信号通路促进NETs形成，阐明了SA-AKI的新发病机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床验证样本量有限，需要更大规模的临床研究进一步验证 | 探讨肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡在脓毒症相关急性肾损伤中的作用机制 | C57BL/6J野生型小鼠、肾小管上皮细胞、中性粒细胞、脓毒症患者 | 分子病理学 | 急性肾损伤 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、腺相关病毒技术 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、临床数据 | 小鼠模型和有限数量脓毒症患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1388 | 2025-10-05 |
Targeted and personalized immunotherapy in lung adenocarcinoma: single-cell RNA sequencing of MAFF+ tumor cells and the therapeutic potential of FOS
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1649147
PMID:40936936
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肺腺癌肿瘤微环境，发现MAFF+肿瘤细胞亚型并通过FOS调控机制探索个性化免疫治疗策略 | 首次发现肺腺癌中C0 MAFF+肿瘤细胞亚型的主导作用，揭示FOS通过MIF信号通路调控肿瘤相关巨噬细胞极化和脂质代谢重编程的新机制 | 研究主要基于公共数据库和细胞系实验，缺乏体内动物模型验证和更大规模的临床样本验证 | 探索肺腺癌肿瘤微环境的异质性，识别治疗脆弱性和FOS驱动的分子机制 | 肺腺癌患者样本和A549、NCI-H1975肺癌细胞系 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | MTRS预后模型 | 单细胞转录组数据 | GSE164789数据库中的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1389 | 2025-10-05 |
Multi-omics profiling reveals PLEKHA6 as a modulator of β-catenin signaling and therapeutic vulnerability in lung adenocarcinoma
2025, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
DOI:10.62347/NVVF8441
PMID:40814363
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示PLEKHA6作为肺腺癌中β-catenin信号通路调节因子和治疗靶点 | 首次发现PLEKHA6在肺腺癌中特异性过表达，并系统阐明其通过调控Wnt/β-catenin信号通路、细胞粘附和免疫微环境促进肿瘤进展的机制 | 研究主要基于A549细胞系，需要在更多细胞系和体内模型中验证；临床转化潜力需进一步评估 | 探索PLEKHA家族基因在肺腺癌中的作用机制和治疗潜力 | 肺腺癌组织和A549肺腺癌细胞系 | 癌症生物学 | 肺腺癌 | 多组学分析，包括RNA测序、单细胞RNA测序、DNA甲基化分析和药物基因组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、药敏数据 | 未明确样本数量，但涉及肺腺癌组织和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 1390 | 2025-10-05 |
Lactylation-driven molecular taxonomy of melanoma: linking epigenetic modifications to immune evasion and clinical outcomes
2025, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
DOI:10.62347/WJNA8774
PMID:40814376
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量转录组分析建立了黑色素瘤的乳酸化驱动分子分类系统，揭示了乳酸化在肿瘤免疫逃逸和临床预后中的作用 | 首次将乳酸化修饰与黑色素瘤分子分型联系起来，建立了基于六基因乳酸化特征的预后模型，并揭示了其在免疫调节中的新机制 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步实验验证乳酸化修饰的具体分子机制 | 探索乳酸化修饰在黑色素瘤进展和免疫逃逸中的作用，建立预后预测模型 | 皮肤黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量转录组分析, 假时间轨迹分析 | 预后预测模型 | 基因表达数据 | 训练、测试和外部验证队列的黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1391 | 2025-10-05 |
Constructing a ferroptosis-related prognostic model for osteosarcoma based on scRNA-seq dataset and WGCNA analysis
2025, International journal of clinical and experimental pathology
IF:1.1Q4
DOI:10.62347/QVON7675
PMID:40814559
|
研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据和WGCNA分析构建了骨肉瘤铁死亡相关预后模型 | 首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析构建骨肉瘤铁死亡相关预后模型 | NA | 探索铁死亡相关基因在骨肉瘤进展中的作用机制 | 骨肉瘤 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, WGCNA分析 | 预后模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1392 | 2025-10-05 |
Estimating the effect of tissue- and blood-derived cell reference matrices on deconvolving bulk transcriptomic datasets
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.07.058
PMID:40821716
|
研究论文 | 本研究系统评估了组织和血液来源的细胞参考矩阵对解卷积批量转录组数据的影响 | 首次系统比较组织和血液来源细胞参考矩阵在解卷积性能上的差异，并开发了用于构建用户自定义参考矩阵的R包 | 研究主要基于炎症性肠病和肺腺癌数据，在其他疾病中的适用性需要进一步验证 | 评估不同来源细胞参考矩阵对批量转录组数据解卷积准确性的影响 | 炎症性肠病和肺腺癌的转录组数据 | 生物信息学 | 炎症性肠病, 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | 细胞解卷积算法 | 基因表达数据 | 多个公共数据集和模拟伪批量样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1393 | 2025-10-05 |
Identification of key ferroptosis-related genes and therapeutic target in nasopharyngeal carcinoma
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1595456
PMID:40822284
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析鉴定了鼻咽癌中四个关键的铁死亡相关枢纽基因 | 首次系统性地识别了鼻咽癌中铁死亡相关的枢纽基因，并探索了其作为诊断和治疗靶点的潜力 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 识别鼻咽癌中铁死亡相关的治疗靶点并探索其作用机制 | 鼻咽癌患者基因表达数据 | 生物信息学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 机器学习算法, WGCNA | 基因表达数据 | 基于GEO数据库的鼻咽癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1394 | 2025-10-05 |
Effect of time-weighted average 25(OH)D on the occurrence of major adverse kidney events in IgA nephropathy-from a 10-year population-based cohort study
2025, Frontiers in nutrition
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fnut.2025.1576488
PMID:40823027
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研究论文 | 本研究探讨时间加权平均25(OH)D水平对IgA肾病患者主要不良肾脏事件的影响 | 首次在IgA肾病中评估时间加权平均25(OH)D水平与肾脏预后的关联，并建立基于TWA 25(OH)D的风险预测模型 | 观察性研究设计无法确定因果关系，样本量相对有限 | 评估维生素D水平与IgA肾病进展的关系及补充治疗的疗效 | 866例IgA肾病患者 | 肾脏病学 | IgA肾病 | Kaplan-Meier生存分析, ROC曲线, 多元逻辑回归分析, 单细胞RNA测序, 分子对接分析 | Cox回归模型, 风险预测模型 | 临床数据, 基因组数据, 单细胞测序数据 | 866例患者，中位随访4.3年 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1395 | 2025-10-05 |
Host Circulating Immunometabolism-Associated Biomarkers for Early Diagnosis of Active Tuberculosis: Multi-Omics Screening with Experimental Validation
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S533116
PMID:40823357
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研究论文 | 通过多组学筛选和实验验证发现免疫代谢相关基因作为活动性结核病的早期诊断生物标志物 | 首次通过多组学方法识别出四个代谢相关枢纽基因(GCH1, GK, MTHFD2, SLC7A6)用于活动性结核病诊断，并在单细胞水平验证其在巨噬细胞中的表达特征 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步临床验证 | 开发活动性结核病的早期诊断生物标志物 | 活动性结核病患者和健康对照者的基因表达数据 | 生物信息学 | 结核病 | 转录组分析，单细胞RNA-seq，机器学习 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的活动性结核病患者和健康对照者数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1396 | 2025-10-05 |
Mechanistic Perspectives on Radiation-Induced Skin Injury and the Protective Effects of Berberine
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S523616
PMID:40823361
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研究论文 | 本研究探讨辐射性皮肤损伤的分子机制及小檗碱的保护作用 | 首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析揭示辐射性皮肤损伤的核心衰老标志物及小檗碱的治疗机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验，尚未进行大规模临床试验验证 | 阐明辐射性皮肤损伤的发病机制并评估小檗碱的治疗潜力 | 患者样本、大鼠、小鼠模型及皮肤细胞 | 分子生物学 | 辐射性皮肤损伤 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析, 分子对接, 体外实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 未明确具体样本数量，涉及患者、大鼠、小鼠和细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1397 | 2025-10-05 |
TYK2 rs34536443 (P1104A) Variant Suppresses ICAM1-Mediated Inflammation: Insights From Mendelian Randomization and Functional Analyses
2025, Psoriasis (Auckland, N.Z.)
DOI:10.2147/PTT.S535434
PMID:40823507
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和功能分析揭示TYK2 rs34536443变异通过抑制ICAM1介导的炎症反应在银屑病中的作用机制 | 首次通过整合pQTL数据的SMR分析确定ICAM1是银屑病的致病蛋白，并发现TYK2 SNP rs34536443调控ICAM1表达 | 研究主要基于细胞模型和小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证 | 探索TYK2基因在银屑病中的具体作用和调控机制 | THP-1细胞、IMQ诱导的银屑病小鼠模型 | 遗传学与免疫学 | 银屑病 | 孟德尔随机化分析、pQTL分析、单细胞RNA测序、细胞功能实验 | NA | 基因组数据、蛋白质表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1398 | 2025-10-05 |
Topology-aware pathway analysis of spatial transcriptomics
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19729
PMID:40827204
|
研究论文 | 本研究开发了一种考虑拓扑结构的通路分析方法PSF，用于空间转录组数据分析 | 将基因表达转化为通路水平活性，整合表达数据与交互网络计算生物通路各分支的数值活性得分 | 仅使用了两个公共数据集进行验证，需要更多数据验证方法的普适性 | 开发能够捕捉生物通路连通性和拓扑结构的空间转录组分析方法 | 人类黑色素瘤和小鼠脑组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学 | PSF算法 | 空间基因表达数据 | 两个公共数据集（人类黑色素瘤和小鼠脑组织） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 1399 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Pericytes Acquire a Fibrotic Phenotype and Promote Mesenteric Adipose Tissue Fibrosis in Crohn's Disease
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S528171
PMID:40831515
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了克罗恩病中周细胞获得纤维化表型并促进肠系膜脂肪组织纤维化的机制 | 首次在克罗恩病中发现周细胞向纤维化表型转化并驱动肠系膜脂肪组织纤维化的关键作用 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序分析，需要进一步在体验证 | 阐明克罗恩病爬行脂肪纤维化的细胞起源和周细胞的参与机制 | 克罗恩病患者的肠系膜脂肪组织样本和原代周细胞 | 单细胞组学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 细胞培养 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 克罗恩病患者肠系膜脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1400 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomics reveals Inhba/Smad2/E2f4 axis in Lrp2high thecal cell proliferation in androgen-induced PCOS mice
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1633254
PMID:40831751
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了多囊卵巢综合征小鼠模型中Lrp2高表达卵泡膜细胞增殖的Inhba/Smad2/E2f4信号轴机制 | 首次利用空间转录组学在细胞分辨率水平识别出PCOS小鼠卵巢中Lrp2高表达卵泡膜细胞亚群，并发现Inhba/Smad2/E2f4信号轴调控其异常增殖 | 研究基于DHEA诱导的小鼠模型，与人类PCOS病理生理存在差异；体外功能验证仅限于细胞培养系统 | 阐明多囊卵巢综合征中卵泡膜细胞异常增殖的分子机制 | DHEA诱导的PCOS小鼠模型及体外培养的卵泡膜细胞 | 空间转录组学 | 多囊卵巢综合征 | 空间转录组学, siRNA敲低, EdU掺入, 流式细胞术 | NA | 空间基因表达数据, 细胞增殖数据 | PCOS小鼠卵巢组织及体外培养的卵泡膜细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |