单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1381 - 1400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1381 | 2025-10-05 |
Reg2ST: recognizing potential patterns from gene expression for spatial transcriptomics prediction
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf425
PMID:40825238
|
研究论文 | 开发了一种名为Reg2ST的深度学习模型，用于从基因表达中识别潜在模式并进行空间转录组学预测 | 提出了一种新颖的方法来捕获spots之间的关系，而不是使用K-最近邻方法；采用对比学习最小化空间转录组学和病理图像之间的距离 | NA | 解决现有空间转录组学预测方法存在的问题，提高预测性能 | 人类乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌,皮肤鳞状细胞癌 | 空间转录组学,深度学习 | 对比学习 | 基因表达数据,病理图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1382 | 2025-10-05 |
Advances in Collateral Neuroimaging for Acute Ischemic Stroke: Redefining Time and Tissue Windows in the Reperfusion Era
2025 Jul-Aug, Journal of neuroimaging : official journal of the American Society of Neuroimaging
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jon.70079
PMID:40820581
|
综述 | 本文系统综述了急性缺血性卒中侧支循环神经影像学评估技术的最新进展及其在精准医疗中的应用 | 提出基于侧支循环状态重新定义缺血半暗带时间窗，整合多模态影像与分子影像技术实现精准评估 | 存在技术异质性、验证数据有限且缺乏标准化评估体系 | 探讨神经影像学技术在卒中侧支循环评估中的临床应用价值 | 急性缺血性卒中患者 | 医学影像 | 脑血管疾病 | CT血管成像、灌注成像、磁共振成像、PET成像、空间转录组学 | NA | 医学影像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1383 | 2025-10-05 |
Diabetes-Kidney-Heart Continuum and Its Implication on Therapeutic Management
2025-Jul, Cureus
DOI:10.7759/cureus.88561
PMID:40861717
|
综述 | 本文系统阐述了2型糖尿病-肾脏-心脏连续体的病理机制、分期管理策略及新型诊疗方法 | 首次整合糖尿病-肾脏-心脏连续体的多阶段管理框架，并系统评估新型生物标志物与单细胞技术的临床应用价值 | 作为叙述性综述缺乏原始数据支持，未对纳入研究进行系统性质量评价 | 探讨糖尿病相关心肾并发症的连续发展机制及优化治疗策略 | 2型糖尿病患者的血管并发症（心血管疾病与慢性肾脏病） | 医学研究 | 糖尿病并发症 | 单细胞转录组测序，生物标志物检测 | NA | 临床研究数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1384 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue
2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.27.661935
PMID:40631318
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现老年小鼠白色脂肪组织中积累具有细胞毒性和炎症潜能的Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞 | 首次识别出老年小鼠脂肪组织中特定的Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞亚群，并揭示其具有细胞毒性和炎症潜能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 比较衰老和高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织免疫细胞组成的差异影响 | 年轻小鼠（正常饮食和高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织基质血管组分 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻正常饮食小鼠、年轻高脂饮食小鼠和老年正常饮食小鼠的脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1385 | 2025-10-05 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
|
研究论文 | 开发了一个专门用于单细胞测序数据质量控制的Python命令行工具QCatch | 为alevin-fry和simpleaf输出提供标准化的QC报告，生成交互式HTML报告并输出H5AD格式文件 | NA | 开发单细胞测序数据的质量控制评估框架 | 单细胞测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序数据分析 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1386 | 2025-10-05 |
Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.658673
PMID:40747415
|
研究论文 | 提出HistoTME-v2弱监督深度学习框架，直接从H&E染色病理全切片图像预测肿瘤微环境中细胞类型特异性转录组特征活性 | 将HistoTME框架扩展到25种实体肿瘤类型，无需单细胞或斑块级注释即可从H&E图像预测细胞类型特异性转录组特征 | 依赖于弱监督学习，可能在某些细胞类型预测精度上存在限制 | 开发从数字病理图像分析肿瘤微环境的可解释方法 | 肿瘤微环境中的免疫和基质细胞类型 | 数字病理 | 多种实体肿瘤 | 深度学习，空间转录组学，多重成像 | 弱监督深度学习框架 | H&E染色病理全切片图像 | 内部验证：7,586个WSI，6,901名患者，24种癌症类型；外部验证：5,657个WSI，1,775名患者，9种癌症类型；空间验证：259个WSI，154名患者，7种癌症类型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 1387 | 2025-10-05 |
Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.656791
PMID:40661354
|
研究论文 | 本研究通过整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌早期肿瘤发生过程中癌基因与抑癌基因在祖细胞样状态上的汇聚机制 | 发现KRAS突变祖细胞样群体同时激活致癌和抑癌程序，构建了模拟侵袭性PDAC的微环境生态位 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 解析良性向恶性生长转变过程中的分子和细胞机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 谱系追踪, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 小鼠PDAC模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1388 | 2025-10-05 |
WNT signaling in human pluripotent stem cells promotes HDAC2-dependent epigenetic programs and development of retinoic acid-responsive mesoderm
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.06.657928
PMID:40661576
|
研究论文 | 本研究揭示了WNT信号通过HDAC2依赖性表观遗传程序促进人类多能干细胞向视黄酸响应性中胚层分化的机制 | 首次发现WNT信号通过HDAC2依赖性表观遗传调控促进视黄酸响应性中胚层发育，为改善hPSCs向淋巴细胞分化提供了新策略 | E-box转录因子调控作用未观察到明显效果，具体机制仍需进一步研究 | 探索WNT信号在人类多能干细胞向中胚层分化过程中的分子机制 | 人类多能干细胞(hPSCs)及其分化的中胚层祖细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 基因调控网络建模, 基因敲除, 过表达, 化学筛选 | 基因调控网络模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1389 | 2025-10-05 |
Single-cell dynamics of breakthrough toxicities after anakinra prophylaxis for axicabtagene ciloleucel in lymphoma
2025-May-13, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024015161
PMID:39928957
|
研究论文 | 本研究评估阿那白滞素预防性用药对淋巴瘤患者接受CAR-T细胞治疗后突破性毒性的效果，并通过单细胞RNA测序分析毒性发生的分子机制 | 首次结合阿那白滞素预防性用药与单细胞RNA测序技术，揭示CAR-T治疗相关突破性毒性的分子机制，特别是IFN-γ通路的关键作用 | 每日一次预防性阿那白滞素对大多数患者不足以预防需要住院治疗的毒性反应 | 评估阿那白滞素预防CAR-T细胞治疗相关毒性的效果，并探索突破性毒性的分子机制 | 接受axicabtagene ciloleucel治疗的大细胞淋巴瘤患者 | 单细胞测序分析 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据，细胞因子数据 | 临床试验患者群体（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1390 | 2025-10-05 |
Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.652066
PMID:40654880
|
研究论文 | 本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据，表征了新生小鼠高氧诱导的衰老肺巨噬细胞特征 | 首次系统性地表征了高氧诱导的衰老肺巨噬细胞的异质性、组织分布和代谢失调特征 | 研究基于小鼠模型，结果向人类早产儿支气管肺发育不良的转化需要进一步验证 | 研究高氧暴露对新生小鼠肺巨噬细胞衰老的影响及其特征 | 新生小鼠的肺组织细胞 | 单细胞转录组学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | GSE207866数据集中的小鼠肺组织细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1391 | 2025-10-05 |
Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651528
PMID:40654992
|
研究论文 | 本研究探讨老年人对流感疫苗的免疫反应差异，发现其CD4+T细胞和髓系细胞抗病毒反应减弱 | 首次结合单细胞转录组学揭示老年人髓系细胞干扰素转录特征减弱导致抗病毒T细胞反应下降 | 研究样本量有限，未涉及其他年龄组或不同疫苗类型的比较 | 研究老年人对流感疫苗的免疫反应特征及其与年龄相关的差异 | 老年人和年轻成年人的免疫细胞样本 | 免疫学 | 老年疾病 | 单细胞转录组学，体外实验，离体实验 | NA | 转录组数据，实验数据 | 未明确样本数量的人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1392 | 2025-10-05 |
Pan-cancer landscape of basement membrane: multi-omics research and single-cell sequencing validation
2025 May-Jun, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2025.2539645
PMID:40799172
|
研究论文 | 通过多组学分析和单细胞测序验证，研究基底膜在泛癌中的调控机制及其与肿瘤免疫的关系 | 首次系统描绘基底膜在33种癌症中的全景特征，结合多组学数据与单细胞测序验证基底膜重塑在免疫调节中的主动作用 | 研究主要基于TCGA数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证机制 | 探索基底膜调控基因与肿瘤免疫功能障碍的关系 | 33种癌症的基因表达数据和肿瘤微环境 | 生物信息学 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序,免疫组化,基因集富集分析 | 单样本基因集富集分析 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 33种癌症的TCGA数据集 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 1393 | 2025-10-05 |
Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634791
PMID:39975330
|
研究论文 | 开发了一种整合bulk DNA-seq和单细胞RNA-seq数据进行反卷积和系统发育推断的新方法 | 首次将bulk DNA-seq与scRNA-seq数据整合，同时处理SNV、CNA和SV多种变异类型，使用整数线性规划进行反卷积和克隆谱系树重建 | 依赖于scRNA-seq数据的可用性，scDNA-seq数据仍然成本较高且技术挑战大 | 解决癌症基因组学中克隆谱系重建的分辨率限制问题 | 乳腺癌数据集 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 整数线性规划(ILP) | ILP | DNA-seq, RNA-seq | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk DNA-seq | NA | NA |
| 1394 | 2025-10-05 |
Analysis and validation of characteristic genes in RNA sequencing datasets from heart failure patients based on multiple algorithms
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1559429
PMID:40933310
|
研究论文 | 通过整合多算法分析心力衰竭患者的转录组数据，识别关键基因并验证其在心肌细胞脂肪酸代谢中的作用 | 首次结合RRA和WGCNA算法识别心力衰竭关键基因，并通过单细胞RNA测序发现SMCO4和CSDC2在心肌细胞中的特异性表达及代谢调控功能 | 研究样本量有限，验证仅在心肌肥厚模型中进行，需要更多临床样本验证 | 识别心力衰竭心肌组织的核心致病机制 | 心力衰竭患者心肌组织样本和肥大心肌细胞模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序, RT-qPCR, 单细胞RNA测序 | Robust Rank Aggregation, WGCNA, PCA, UMAP | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 5个研究的转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1395 | 2025-10-05 |
Integrative Analysis Reveals a Key Role for CDKN1A in Impaired Wound Healing in Diabetic Patients
2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S534876
PMID:40933395
|
研究论文 | 本研究通过整合分析揭示了CDKN1A在糖尿病足溃疡伤口愈合障碍中的关键作用 | 首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法系统阐明CDKN1A在糖尿病伤口愈合中的分子机制 | NA | 研究CDKN1A在糖尿病伤口愈合中的作用机制 | 糖尿病足溃疡组织 | 生物医学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 转录因子分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1396 | 2025-10-05 |
Decoding the hypoxic tumor microenvironment in colorectal cancer for prognostic modeling and therapeutic target discovery
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1651749
PMID:40933995
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据解码结直肠癌缺氧肿瘤微环境，构建预后模型并发现治疗靶点 | 首次在单细胞水平系统解析结直肠癌缺氧微环境的细胞异质性，构建八基因预后特征模型，并鉴定GIPC2作为新的潜在治疗靶点 | 样本量相对有限（15个单细胞样本），需要更多独立队列验证预后模型的普适性 | 解析结直肠癌缺氧肿瘤微环境的细胞异质性及其对预后的影响，发现新的治疗靶点 | 结直肠癌患者肿瘤样本和细胞系 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，WGCNA，CellChat，SCENIC，GRNBoost2，Cox回归，Lasso回归，体外功能验证 | 预后风险模型，基因共表达网络 | 单细胞RNA测序数据，批量RNA测序数据 | 单细胞数据15个样本，TCGA队列606例，验证队列579例，体外实验2个细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 1397 | 2025-10-05 |
Integration of single-cell and bulk RNA sequencing to identify unique tumor stem cells and construct novel prognostic markers for assessing ESCA prognosis and drug sensitivity
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1649877
PMID:40936684
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，识别食管癌肿瘤干细胞特征并构建预后标志物模型 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序构建食管癌肿瘤干细胞标志物特征模型，并鉴定TSPO作为潜在治疗靶点 | 未明确说明样本来源和数量，功能验证主要基于细胞系和小鼠模型 | 识别食管癌肿瘤干细胞特征基因，构建预后评估模型并探索药物敏感性 | 食管癌(ESCA)肿瘤干细胞 | 生物信息学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, qRT-PCR, Western blotting, 免疫组化, 细胞增殖实验 | Lasso-Cox回归模型, Kaplan-Meier生存分析, ROC曲线分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1398 | 2025-10-05 |
Integrative analyses of single-cell and bulk RNA sequencing to construct the tumor-associated macrophage-related prognostic signature in lung adenocarcinoma
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19920
PMID:40936758
|
研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据构建肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的预后特征模型 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据构建TAM相关预后特征，并建立了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发肿瘤相关巨噬细胞相关的预后特征以预测肺腺癌患者生存结果 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, qPCR | 预后特征模型, 调控网络 | 转录组数据, 临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1399 | 2025-10-05 |
Tubular epithelial cell-derived extracellular vesicles carrying serum amyloid A1 exacerbate sepsis-associated acute kidney injury by promoting NETs formation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1654295
PMID:40936924
|
研究论文 | 本研究揭示了肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡通过携带血清淀粉样蛋白A1促进中性粒细胞胞外诱捕网形成，从而加剧脓毒症相关急性肾损伤的新机制 | 首次发现肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡通过传递SAA1蛋白激活TLR4/p38 MAPK信号通路促进NETs形成，阐明了SA-AKI的新发病机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床验证样本量有限，需要更大规模的临床研究进一步验证 | 探讨肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡在脓毒症相关急性肾损伤中的作用机制 | C57BL/6J野生型小鼠、肾小管上皮细胞、中性粒细胞、脓毒症患者 | 分子病理学 | 急性肾损伤 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、腺相关病毒技术 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、临床数据 | 小鼠模型和有限数量脓毒症患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1400 | 2025-10-05 |
Targeted and personalized immunotherapy in lung adenocarcinoma: single-cell RNA sequencing of MAFF+ tumor cells and the therapeutic potential of FOS
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1649147
PMID:40936936
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肺腺癌肿瘤微环境，发现MAFF+肿瘤细胞亚型并通过FOS调控机制探索个性化免疫治疗策略 | 首次发现肺腺癌中C0 MAFF+肿瘤细胞亚型的主导作用，揭示FOS通过MIF信号通路调控肿瘤相关巨噬细胞极化和脂质代谢重编程的新机制 | 研究主要基于公共数据库和细胞系实验，缺乏体内动物模型验证和更大规模的临床样本验证 | 探索肺腺癌肿瘤微环境的异质性，识别治疗脆弱性和FOS驱动的分子机制 | 肺腺癌患者样本和A549、NCI-H1975肺癌细胞系 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | MTRS预后模型 | 单细胞转录组数据 | GSE164789数据库中的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |