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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1381 | 2026-05-05 |
Unraveling the role of non-coding RNAs in Parkinson's disease: Molecular mechanisms and therapeutic insights
2026-Apr-30, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2026.106963
PMID:42067182
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综述 | 本文系统总结了非编码RNA(miRNA、lncRNA和circRNA)在帕金森病发病机制中的分子调控作用,并探讨其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 | 整合了从单细胞测序和多组学数据中发现的非编码RNA细胞特异性失调模式,并提出了基于ncRNA的分子分层和靶向治疗策略 | 未涉及非编码RNA在帕金森病中直接用于临床治疗的验证数据,也缺乏跨病理阶段的纵向研究支持 | 阐明非编码RNA在帕金森病中的分子机制及其作为早期诊断和治疗靶点的潜力 | 帕金森病患者脑组织中的非编码RNA(miRNA、lncRNA和circRNA)及其调控网络 | 机器学习 | 帕金森病 | 单细胞测序、多组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学 | NA | NA |
| 1382 | 2026-05-05 |
Kidney Hematopoietic Stem and Progenitor Cells Contribute to Myeloid Development and Pathology in Lupus Nephritis
2026-Apr-28, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70201
PMID:42047318
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研究论文 | 探讨肾脏驻留造血干细胞和祖细胞在狼疮性肾炎中对髓系发育和病理的贡献 | 首次证明肾脏中的造血干细胞和祖细胞参与髓外造血,并通过局部髓系细胞扩增促进狼疮性肾炎进展 | 主要基于小鼠模型,人源样本分析有限,可能需要进一步验证临床相关性 | 研究髓外造血和肾脏驻留造血干细胞和祖细胞在狼疮性肾炎发病机制中的作用 | 狼疮性肾炎小鼠模型(MRL/lpr和TLR7激动剂诱导)及患者尿液样本 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序、免疫染色、过继转移实验 | NA | 序列数据、图像数据 | 两种小鼠模型及狼疮性肾炎患者尿液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于肾脏和骨髓祖细胞分析 |
| 1383 | 2026-05-05 |
SIV infection disrupts the spatial cellular and communication networks of pulmonary granulomas during SIV/Mtb co-infection
2026-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.24.720743
PMID:42079194
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研究论文 | 利用空间转录组学比较SIV/Mtb共感染猕猴肺部肉芽肿的细胞和通讯网络,探究HIV如何破坏肉芽肿的空间免疫功能 | 首次在SIV/Mtb共感染模型中,通过空间转录组学揭示HIV干扰了肺部肉芽肿内部髓系和T细胞区域的空间分化模式,并指出抗逆转录病毒治疗无法完全恢复这些免疫网络 | 未提供具体限制信息 | 研究HIV/Mtb共感染中肺部肉芽肿的免疫相互作用,以及抗逆转录病毒治疗的影响 | SIV/Mtb共感染猕猴的肺部肉芽肿 | 数字病理学 | 肺结核、HIV共感染 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 猕猴样本,具体数量未提及 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1384 | 2026-05-05 |
scSketch: Interactive Sketch-based Trajectory Exploration and Pathway-Aware Analysis of Single-Cell Data
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.16.718997
PMID:42079097
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研究论文 | scSketch是一个交互式工具,允许用户通过草图轨迹探索单细胞数据中的基因表达梯度并进行通路感知分析 | 首次允许用户通过绘制轨迹交互式探索单细胞数据,并在迭代探索中保持统计有效性和生物学可解释性,同时自动计算基因-轨迹相关性并应用在线错误发现率控制 | NA | 开发一个能够交互式探索单细胞数据中轨迹假设并保持统计有效性和生物学可解释性的工具 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达梯度及细胞状态转变过程 | 机器学习 | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1385 | 2026-05-05 |
Interpreting and Validating a Deep Learning Model Predictive of Spatial Morphologic-Molecular Patterns in Lung Adenocarcinoma, Using Ground Truth Immunohistochemistry Images
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.20.719723
PMID:42079136
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研究论文 | 开发并验证了深度学习模型XpressO-Lung,该模型利用常规H&E染色的全切片图像预测肺腺癌中空间形态-分子模式,并通过免疫组化在外部临床样本中验证 | 首次实现通过常规病理切片预测肿瘤及其微环境的基因表达空间异质性,无需空间转录组学技术,且模型具有可解释性 | 训练样本仅来自TCGA的200例肺腺癌病例,可能存在选择偏倚;预测基因数量有限;AUC范围0.64-0.92,部分基因预测性能中等 | 开发可解释的深度学习模型,通过学习组织形态与批量转录组数据的关联,在常规病理切片上预测肿瘤及其微环境的基因表达空间异质性 | 肺腺癌肿瘤组织及其微环境中的空间基因表达模式 | 数字病理学 | 肺癌 | 深度学习 | 可解释深度学习模型 | 图像 | 200例TCGA肺腺癌病例用于训练,外部验证集来自Dartmouth Health的临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1386 | 2026-05-05 |
Atypical memory B cell clonal expansion and inflammatory programs associate with platelet-activating antibody development in COVID-19
2026-Apr-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.201033
PMID:41746733
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序、单B细胞V(D)J测序及血浆细胞因子分析,揭示了COVID-19患者中血小板激活抗体发展与免疫特征的关系 | 首次通过单细胞多组学方法系统描绘了与血小板激活抗体产生相关的非典型记忆B细胞克隆扩增和炎症程序 | NA | 阐明COVID-19患者血小板激活抗体发展的免疫特征 | COVID-19患者的B细胞、T细胞及血浆 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序、血浆细胞因子分析 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞B细胞V(D)J-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1387 | 2026-05-05 |
TNF-α blockade mitigates immune checkpoint-related nephritis in a humanized mouse model
2026-Apr-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.199694
PMID:41785046
|
研究论文 | 使用人源化小鼠模型研究TNF-α阻断对免疫检查点抑制剂相关肾炎的缓解作用 | 首次在人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型中评估TNF-α阻断对免疫检查点抑制剂所致急性间质性肾炎的预防效果,并利用单细胞RNA-seq揭示免疫细胞群和关键基因变化 | 未提及具体局限性 | 探讨TNF-α阻断能否预防免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎 | 人源化PD-1/PD-L1嵌合小鼠 | 机器学习和数字病理学 | 肾炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量,但分为4组:对照组、ICI-only组、ICI-细胞因子组、ICI-阻断组 | 未指定 | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1388 | 2026-05-05 |
Single-cell profiling reveals epithelial and immune responses in BK polyomavirus-infected human kidney biopsies
2026-Apr-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198227
PMID:41818285
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析BK多瘤病毒感染人肾活检组织中的上皮和免疫反应 | 首次在单细胞分辨率下揭示BK病毒感染不同阶段(病毒滴度上升期和消退期)中肾小管上皮细胞和免疫细胞的动态分子变化 | 横断面研究设计无法观察纵向动态变化,且体外细胞培养模型未能完全模拟体内代谢适应和免疫反应 | 阐明BK多瘤病毒感染导致肾损伤的分子机制,为临床管理提供新见解 | 肾移植活检组织中的上皮细胞和免疫细胞 | 机器学, 数字病理学 | BK病毒性肾病,肾移植并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未感染者对照和BK病毒感染两个阶段(病毒滴度上升期和消退期)的肾移植活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1389 | 2026-05-05 |
Spatial proteomic mapping of the human and mouse retina using IBEX
2026-Apr-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.204535
PMID:42018650
|
研究论文 | 使用IBEX技术生成人和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱 | 将抗体解离选项与化学漂白相结合,实现同一宿主物种抗体的灵活使用,并将其与超分辨率成像耦合,揭示了视网膜细胞群体和外界膜的超微结构特征 | NA | 绘制人和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱,并探究外界膜的结构组成 | 人和小鼠视网膜组织 | 数字病理学 | NA | 多重免疫组织化学 IBEX | NA | 图像 | 健康人和野生型小鼠视网膜,以及Crb1rd8小鼠模型 | NA | 空间蛋白质组学 | NA | IBEX 超分辨率成像 |
| 1390 | 2026-05-05 |
FOSL2 regulates endothelial cell state and chromatin accessibility in systemic sclerosis pulmonary vascular remodeling
2026-Apr-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189107
PMID:42018656
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研究论文 | 探究FOSL2在系统性硬化症肺部血管重塑中调控内皮细胞状态和染色质可及性的作用 | 首次通过多组学数据、转基因小鼠模型和深度学习模型ChromBPNet,揭示FOSL2在系统性硬化症相关肺动脉高压中调控内皮细胞表型的关键机制 | 未明确说明研究限制 | 阐明FOSL2在系统性硬化症肺部血管病变中对内皮细胞表型和染色质可及性的调控机制 | 系统性硬化症合并间质性肺病和肺动脉高压患者肺部组织、Fosl2转基因小鼠、Sugen/缺氧及缺氧处理小鼠、原代血管内皮细胞 | 数字病理学 | 血管疾病, 肺病, 自身免疫病 | 多组学分析、单细胞RNA测序、深度学习模型 | ChromBPNet | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 系统性硬化症患者肺部样本及多种小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1391 | 2026-05-05 |
scVIP: personalized modeling of single-cell transcriptomes for developmental and disease phenotypes
2026-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.20.717759
PMID:42079230
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研究论文 | 提出scVIP生成框架,整合单细胞转录组与表型标记预测个体化特征 | 首次通过细胞类型感知的多实例学习将单细胞转录组与个体表型(发育年龄、疾病进展、神经病理)直接关联,并实现跨数据集表型定义统一 | 基于抽象信息无法评估具体方法学缺陷或验证范围限制 | 建立单细胞转录组与个体水平表型(发育和疾病)的关联预测模型 | 单细胞转录组数据及对应的个体发育年龄、疾病进展、神经病理表型 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 生成模型(含细胞类型感知多实例学习) | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1392 | 2026-05-05 |
Ancestry-specific rewiring of BCR-MAPK signaling in sarcoidosis B cells
2026-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.20.718985
PMID:42079256
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示结节病B细胞中BCR-MAPK信号通路的祖先特异性重构 | 首次在单细胞水平上揭示结节病B细胞中MAPK信号重编程及BCR的祖先特异性扩增,并发现与非裔和欧裔人群疾病差异相关的基因表达模式 | 未提及 | 探究B细胞在结节病发病机制中的作用及其在不同祖先人群中的差异 | 外周血单核细胞(PBMCs)来自非洲裔和欧洲裔个体,包括健康对照、结节病患者和系统性红斑狼疮(SLE)患者 | 单细胞转录组学 | 结节病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 48名健康对照、59名结节病患者、28名SLE患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1393 | 2026-05-05 |
Generative AI-assisted Bayesian-frequentist Hybrid Inference in Single-cell RNA Sequencing Analysis for Genes Associated with Alzheimer's Disease
2026-Apr-20, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.04.17.26351142
PMID:42078386
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research paper | 提出了一种生成式AI辅助的贝叶斯-频率学派混合推断框架,用于单细胞RNA测序分析中与阿尔茨海默病相关的基因 | 首次将基于大语言模型的先验知识获取与混合推断理论相结合,在基因组范围贝叶斯分析中实现了计算高效和统计效能提升 | 依赖于ChatGPT-4o的标准化提示输出,可能受限于先验校准的准确性;仅在线性模型下推导了闭式混合估计量,尚未扩展到非线性模型 | 开发一种计算可扩展的贝叶斯-频率学派混合推断方法,用于高维组学数据的全基因组关联分析 | ROSMAP队列中阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据 | machine learning | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 大语言模型(ChatGPT-4o)、线性模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1394 | 2026-05-05 |
Plectin promotes an aggressive phenotype and represses cytotoxic T cell activity in pancreatic cancer
2026-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.16.718901
PMID:42079239
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研究论文 | 揭示网蛋白(plectin)在胰腺癌中促进侵袭性表型并抑制细胞毒性T细胞活性的作用机制 | 首次发现网蛋白作为调节PDAC中T细胞抑制性肿瘤微环境的新因子,并验证抗CSP单克隆抗体可恢复抗肿瘤免疫 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量限制、小鼠模型与人类疾病的差异等 | 探究网蛋白在胰腺癌中调节T细胞抑制性肿瘤微环境的分子机制 | 胰腺腺癌(PDAC)患者的肿瘤样本及两种小鼠PDAC模型 | 计算机视觉 | 胰腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 229例PDAC患者(scRNA-seq分析)及TCGA-PAAD数据集(未明确具体样本数) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1395 | 2026-05-05 |
PALINCODE: Recording cell lineage with ternary palindromic CRISPR bits
2026-Apr-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.16.718941
PMID:42039399
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研究论文 | 介绍PALINCODE系统,利用三元CRISPR位点随机写入细胞谱系信息,实现高密度谱系记录 | 首次提出使用三元CRISPR位点(cBits)实现更高信息密度的细胞谱系记录,通过截断的Cas9引导序列提高三元编辑效率,理论编码能力达10^25比特 | 未明确提及局限性,但可能受限于CRISPR编辑的随机性及体内应用时的脱靶效应 | 开发高密度、高精度的细胞谱系记录平台,克服传统CRISPR谱系追踪方法的局限性 | 细胞谱系记录系统及体内黑色素瘤模型中的克隆进化 | 机器学习 | 黑色素瘤 | CRISPR | NA | 单细胞测序数据 | 293T细胞及黑色素瘤体内模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1396 | 2026-05-05 |
Dynamic regulation of long non-coding RNAs across asexual and gametocyte development in Plasmodium falciparum
2026-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.15.718799
PMID:42039573
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研究论文 | 利用长读长Oxford Nanopore直接RNA测序、核糖体图谱分析和单细胞转录组学,对恶性疟原虫无性期和配子体发育过程中的长链非编码RNA进行动态调控研究 | 首次整合长读长纳米孔直接RNA测序、核糖体分析和单细胞转录组学,对恶性疟原虫lncRNA进行稳健的阶段特异性表征,揭示了其在配子体发生和传播中的潜在作用 | 研究中可能受到短读长Illumina测序、逆转录酶伪迹以及链特异性cDNA文库中第二链不完全降解的影响,这些因素阻碍了全基因组lncRNA的鉴定 | 全面鉴定恶性疟原虫无性期和配子体阶段的lncRNA,并探讨其基因表达调控中的作用 | 恶性疟原虫的无性期和配子体阶段样本 | 机器学习 | 疟疾 | 纳米孔直接RNA测序、核糖体图谱分析、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、单细胞转录组数据 | 多个无性期和配子体阶段样本,具体数量未说明 | Oxford Nanopore Technologies | 直接RNA测序、单细胞RNA测序 | Oxford Nanopore直接RNA测序平台 | NA |
| 1397 | 2026-05-05 |
Nanoparticle-delivered resiquimod induces brain tumor regression in medulloblastoma and diffuse midline glioma models by interrupting paracrine growth support and activating myeloid immune signaling and phagocytosis
2026-Apr-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.714454
PMID:41993485
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研究论文 | 使用纳米颗粒递送的瑞西莫德通过激活髓系免疫信号和吞噬作用诱导髓母细胞瘤和弥漫性中线胶质瘤模型中的脑肿瘤消退 | 本研究首次使用聚恶唑啉纳米颗粒包裹TLR7/8激动剂瑞西莫德(ResiPOx),证明其能有效穿透血脑屏障,并在两种儿童脑肿瘤模型中诱导抗肿瘤免疫反应,包括髓母细胞瘤和弥漫性中线胶质瘤 | 主要限制是研究仅限于小鼠和非人灵长类动物模型,尚未在人类患者中进行验证 | 研究使用聚恶唑啉纳米颗粒递送的TLR7/8激动剂瑞西莫德(ResiPOx)对髓母细胞瘤和弥漫性中线胶质瘤中肿瘤相关髓系细胞的先天免疫功能的影响 | 髓母细胞瘤和弥漫性中线胶质瘤肿瘤模型中的肿瘤相关髓系细胞 | 机器学习 | 髓母细胞瘤, 弥漫性中线胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 免疫组化, 质谱成像, 免疫印迹 | NA | 基因表达数据 | 免疫活性小鼠(MB和DMG模型)和恒河猴(非人灵长类模型) | Illumina | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | Illumina NovaSeq | 用于单细胞RNA-seq和批量RNA-seq的Illumina NovaSeq测序平台 |
| 1398 | 2026-05-05 |
Transcriptomics and single cell sequencing revealed the important role of PPAR signaling pathway in zebrafish liver fibrosis induced by thioacetamide
2026-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2026.128145
PMID:41997351
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研究论文 | 利用转录组学和单细胞测序揭示PPAR信号通路在硫代乙酰胺诱导的斑马鱼肝纤维化中的重要作用 | 首次通过转录组和单细胞测序联合分析,发现PPAR信号通路在TAA诱导的斑马鱼肝纤维化中起关键作用,并通过干预实验验证 | 未明确提及具体局限性,可能缺乏人类样本验证或临床相关性分析 | 探究硫代乙酰胺诱导斑马鱼肝纤维化的分子机制,特别是PPAR信号通路的作用 | 斑马鱼肝纤维化模型 | 转录组学, 单细胞测序 | 肝纤维化 | 转录组测序, 单细胞测序 | NA | 转录组数据, 单细胞数据 | 斑马鱼肝纤维化模型样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1399 | 2026-05-05 |
Whole-organism spatial transcriptomics at single-cell resolution in C. elegans
2026-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.09.717568
PMID:41993495
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研究论文 | 展示了一种在秀丽隐杆线虫完整个体中实现单细胞分辨率空间转录组学的工作流程 | 首次在完整生物体上实现单细胞分辨率的多重空间转录成像,通过最多40个基因的连续成像保留空间背景,并结合标记基因面板实现神经元可重复识别 | 目前仅适用于线虫紧凑透明的体型,可能难以直接扩展到更大或更复杂的生物体 | 开发一种可扩展的空间转录组学框架,用于分析完整生物体中的基因表达和细胞身份 | 秀丽隐杆线虫 | 数字病理学 | NA | 单分子荧光原位杂交(smFISH),多重成像 | NA | 图像 | 整个秀丽隐杆线虫个体 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1400 | 2026-05-05 |
Dysregulation of Hippo Signaling Pathway as a Convergent Mechanism Underlying Choroid Plexus Defects in Bipolar Disorder
2026-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.10.717745
PMID:41993308
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研究论文 | 发现Hippo信号通路失调是双相情感障碍中脉络丛缺陷的汇聚机制 | 首次通过人类大脑类器官和脉络丛类器官揭示Hippo通路激活驱动脉络丛过度生长,并整合遗传学证据表明该通路在双相情感障碍病理中的关键作用 | 未提及具体局限性 | 探究双相情感障碍中脉络丛异常的分子机制 | 双相情感障碍患者与健康对照者来源的人类皮层类器官和脉络丛类器官 | 数字病理学 | 双相情感障碍 | 单细胞转录组学,全基因组关联研究,结构磁共振成像 | NA | 基因表达数据,影像数据 | 双相情感障碍患者和健康对照者来源的类器官及结构磁共振成像扫描 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒进行单细胞转录组测序,Illumina NovaSeq平台进行全基因组测序 |