单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-09-16	Staphylococcus aureus transcriptomics and single-cell sequencing approaches 2025-Sep-15, Infection and immunity IF:2.9Q2 DOI:10.1128/iai.00411-25 PMID:40952388	综述	本文回顾了用于研究金黄色葡萄球菌的基因组学和转录组学方法，特别关注转录组学和单细胞测序技术	重点强调了单细胞测序等新技术在金黄色葡萄球菌研究中的应用和未来潜力	NA	探讨基因组学和转录组学方法在金黄色葡萄球菌研究中的应用进展	金黄色葡萄球菌	基因组学	细菌感染	转录组学，单细胞测序，基因组学	NA	基因组数据，转录组数据	NA
122	2025-09-16	Uncovering essential lncRNAs through transcriptome-scale CRISPR-Cas13 screening 2025-Sep-15, Advanced biotechnology DOI:10.1007/s44307-025-00082-8 PMID:40952596	研究论文	开发了一种基于CRISPR-Cas13的转录组规模筛选平台CaRPool-seq，用于系统性鉴定必需长链非编码RNA（lncRNA）	首次实现转录组规模的CRISPR-Cas13筛选，直接靶向RNA而非DNA，克服了传统方法的效率、特异性和可扩展性限制	NA	系统性鉴定人类细胞中功能必需的lncRNA并解析其生物学功能	人类多种细胞系中的长链非编码RNA	功能基因组学	癌症	CRISPR-Cas13筛选、单细胞转录组测序	NA	RNA测序数据	多种人类细胞系，鉴定出778个必需lncRNA（其中46个为普适必需）
123	2025-09-16	Integrative Multiomics Identifies CD64⁺ Monocytes as Potential Contributors to Age-Related Macular Degeneration 2025-Sep-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.12.32 PMID:40952055	研究论文	通过整合多组学方法识别CD64⁺单核细胞作为年龄相关性黄斑变性的潜在致病免疫亚群	首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和流式细胞术验证，揭示CD14⁻CD16⁻单核细胞中CD64表达与AMD风险的因果关系及细胞互作机制	研究依赖小鼠模型验证，人类组织样本来源有限，需进一步扩大临床样本验证	鉴定AMD进展中致病的免疫细胞群体并阐明其功能作用	AMD患者与健康对照的RPE/脉络膜组织、碘酸钠诱导的干性AMD小鼠模型	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术(FCM)	NA	基因组关联数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	人类组织scRNA-seq数据集(GSE230348)及AMD小鼠模型
124	2025-09-15	The multifaceted role of SQSTM1/p62 in disc degeneration: A master regulator of cellular stress responses 2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102222 PMID:40933658	综述	本文综述SQSTM1/p62在椎间盘退变中通过调控自噬、氧化应激、炎症和程序性细胞死亡等多方面的作用	系统总结SQSTM1作为细胞应激反应核心调控因子在椎间盘退变中的多重功能，并提出其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	精确调控SQSTM1活性及将研究发现转化为临床疗法仍面临挑战	阐明SQSTM1在椎间盘退变病理机制中的多功能作用	SQSTM1/p62蛋白及其在椎间盘退变中的分子机制	分子病理学	椎间盘退行性疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、类器官模型	NA	文献证据	NA
125	2025-09-15	Structural and temporal dynamics analysis of PD-1/PD-L1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma: History, research hotspots, and emerging trends 2025-Dec, Human vaccines & immunotherapeutics IF:4.1Q2 DOI:10.1080/21645515.2025.2540143 PMID:40820303	综述	通过文献计量学方法分析过去二十年PD-1/PD-L1免疫疗法在肝细胞癌领域的研究演进、热点及新兴趋势	首次运用CiteSpace和HistCite工具对该领域进行结构性与时序动态分析，识别出五个新兴子领域和经典/新兴主题演变	数据仅来源于Web of Science核心合集，可能存在文献覆盖不全的偏差	探索PD-1/PD-L1免疫疗法在肝细胞癌研究中的历史发展、核心热点与前沿趋势	2804篇相关学术论文及其作者、机构、关键词等文献计量特征	文献计量学	肝细胞癌	文献计量分析（CiteSpace, HistCite）	NA	文本元数据	2804篇论文（含541篇综述），13,796位作者，2,659个机构
126	2025-09-15	Biomaterial-mediated Cell Atlas: an insight from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.07.047 PMID:40821937	综述	本文介绍‘生物材料介导的细胞图谱’概念，并总结单细胞与空间转录组学在生物材料研究中的最新进展	提出将人类细胞图谱框架扩展至生物材料介导的细胞响应，整合单细胞和空间技术解析材料-细胞互作机制	当前方法存在技术挑战，跨学科领域仍处于新兴阶段	解析生物材料与细胞相互作用的分子机制并指导材料设计	生物材料介导的细胞响应与通信通路	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、空间分布数据	NA
127	2025-09-15	CRCs-CAFs crosstalk-targeted nano-delivery system reprograms tumor microenvironment for oxaliplatin resistance reversing and liver metastasis inhibition in colorectal cancer 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.002 PMID:40837498	研究论文	开发了一种靶向CRCs-CAFs串扰的纳米递送系统，用于逆转结直肠癌奥沙利铂耐药并抑制肝转移	创新性构建了透明质酸修饰的MIL-100纳米颗粒共载OXA和EGCG，通过CD44受体靶向CRCs-CAFs串扰，实现代谢和微环境双重重编程	NA	突破结直肠癌肝转移的治疗瓶颈，逆转化疗耐药并抑制转移	结直肠癌细胞（CRCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	纳米医学	结直肠癌	RNA测序、单细胞测序、纳米技术	NA	测序数据、实验数据	临床样本和小鼠模型
128	2025-09-15	Tanshinone IIA suppresses fibro-adipogenic progenitor differentiation and attenuates fat infiltration in rotator cuff injury via Wnt/β-catenin pathway 2025-Dec, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.08.004 PMID:40837862	研究论文	本研究探讨丹参酮IIA通过激活Wnt/β-catenin通路抑制纤维脂肪祖细胞分化，减轻肩袖损伤后的脂肪浸润	首次揭示丹参酮IIA通过Wnt/β-catenin通路特异性抑制FAPs脂肪生成，并证实其在体内外改善肩袖损伤的功能恢复	研究主要基于细胞和动物模型，尚未进行临床验证	探究丹参酮IIA对肩袖损伤后脂肪浸润的抑制作用及分子机制	人源纤维脂肪祖细胞（FAPs）和肩袖损伤大鼠模型	分子病理学	肌肉骨骼疾病	FACS、RT-qPCR、单细胞RNA测序、Western blot、组织染色	NA	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	人源FAP细胞及大鼠肩袖损伤模型
129	2025-09-15	RAB26 promotes prostate cancer progression via the MAPK/ERK-TWIST1 signaling axis 2025-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101689 PMID:40821113	研究论文	本文探讨了RAB26通过MAPK/ERK-TWIST1信号轴促进前列腺癌进展的机制	首次揭示RAB26在前列腺癌中通过激活MAPK/ERK通路和TWIST1表达促进上皮-间质转化和肿瘤干细胞特性	NA	阐明RAB26在前列腺癌中的功能作用及其分子机制	前列腺癌细胞	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于GSE141445数据集的前列腺癌细胞
130	2025-09-15	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and ATAC-seq in lens epithelial cells: Unveiling the role of ATF6 as a key transcription factor 2025-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101610 PMID:40837408	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和ATAC测序分析，揭示ATF6作为关键转录因子在晶状体上皮细胞稳态维持和上皮间质转化中的作用	首次在单细胞分辨率下整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，发现ATF6通过调节STAT3磷酸化影响晶状体上皮细胞的EMT过程	研究基于9-23周胎儿眼组织数据，结果在成人组织中的普适性需要进一步验证	探究晶状体上皮细胞上皮间质转化的分子机制	晶状体上皮细胞	单细胞组学	白内障	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	9-23周胎儿眼组织（具体样本数量未明确说明）
131	2025-09-03	Corrigendum to "Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning" [Translational Oncology 2025 Jun 26;59:102457] 2025-Oct, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102474 PMID:40818872	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
132	2025-09-15	NR4A3high mast cells promote ovarian cancer metastasis by reprogramming tumor-associated macrophages via JAK2/STAT6 signaling 2025-Oct, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102494 PMID:40789260	研究论文	本研究揭示NR4A3高表达的肥大细胞通过JAK2/STAT6信号通路重编程肿瘤相关巨噬细胞，促进卵巢癌转移	首次发现NR4A3high肥大细胞亚型在卵巢癌转移组织中特异性富集，并阐明其通过CXCL16/IL-8-STAT6轴介导巨噬细胞M2极化的新机制	样本量较小（6例临床样本），机制研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究肥大细胞在卵巢癌转移微环境中的关键调控分子及作用机制	上皮性卵巢癌组织、骨髓源性肥大细胞、小鼠卵巢癌模型	肿瘤免疫学	卵巢癌	scRNA-seq、细胞过继转移、体内外功能实验	NA	单细胞转录组数据、体外功能实验数据、体内动物模型数据	6例人卵巢癌组织（3原发/3转移）+ 小鼠模型
133	2025-09-15	Neuroactive network tissue based on dual-factor neuroregenerative bioactive coating scaffolds and neural stem cells for spinal cord injury repair 2025-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102172 PMID:40822932	研究论文	开发一种基于双因子神经再生生物活性涂层支架和神经干细胞的神经活性网络组织用于修复脊髓损伤	利用仿生贻贝粘附单元固定双重组生长因子于定向电纺纳米纤维支架上，并接种神经干细胞，形成持续刺激增强旁分泌功能的双因子系统	NA	修复脊髓损伤，改善感觉和运动功能障碍	脊髓损伤模型	组织工程	脊髓损伤	单细胞RNA测序，电纺纳米纤维技术	NA	基因表达数据，体外和体内实验数据	NA
134	2025-09-15	Single-cell transcriptomic analysis of interactions of peritoneal mesenchymal stem cells with macrophages in prevention of peritoneal membrane injury 2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152491 PMID:40829206	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨腹膜间充质干细胞与巨噬细胞相互作用在预防腹膜损伤中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示pMSCs通过调控巨噬细胞亚群（促进抗炎型、抑制细胞毒型）来保护腹膜结构与功能	研究基于大鼠模型，临床转化需进一步验证；单细胞测序样本量有限	探究pMSCs与巨噬细胞相互作用机制以预防腹膜透析诱导的腹膜损伤	Sprague-Dawley大鼠的腹膜组织及巨噬细胞	单细胞组学	腹膜透析相关并发症	单细胞RNA测序（HiSeq × 10平台）、流式细胞术、STRING数据库分析	NA	单细胞转录组数据	大鼠模型（具体数量未明确），包含多个巨噬细胞亚群分析
135	2025-09-15	Rutaecarpine alleviates liver fibrosis by modulating the TRPV1/Connexin 43 axis: A study based on transcriptome data, single-cell sequencing data, and cell experiments 2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152506 PMID:40848544	研究论文	本研究基于转录组数据、单细胞测序和细胞实验，探讨吴茱萸碱通过调节TRPV1/Cx43轴缓解肝纤维化的机制	首次揭示TRPV1与Cx43在肝纤维化中的负相关关系，并证明吴茱萸碱通过调控该轴发挥治疗作用	研究主要基于体外细胞模型和生物信息学分析，缺乏体内动物实验验证	探索吴茱萸碱缓解肝纤维化的潜在分子机制	肝纤维化病理过程及相关分子靶点	生物医学研究	肝纤维化	转录组分析、单细胞测序、分子对接、细胞模型	逻辑回归模型、ROC曲线分析	基因表达数据、单细胞数据、分子对接数据	基于GSE84044数据集，具体样本量未明确说明
136	2025-09-15	Chronic kidney disease facilitates TNF-α + neutrophils dysfunction and progression in oral squamous cell carcinoma 2025-Sep-23, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115184 PMID:40644859	研究论文	本研究探讨慢性肾脏病（CKD）通过TNF-α+中性粒细胞功能障碍促进口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展的机制	首次揭示CKD通过降低TNF-α+中性粒细胞比例并调控Tregs和CTLs功能促进OSCC进展，提出'肾-口腔'轴新概念	样本量较小（52例患者），动物模型与人类疾病存在差异，机制研究仍需进一步验证	探究CKD在OSCC进展中的作用及免疫机制	OSCC患者（含CKD与非CKD群体）和CKD条件小鼠模型	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌和慢性肾脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色免疫荧光、体外共培养实验	NA	临床数据、测序数据、图像数据	52例OSCC患者（23例伴CKD）及小鼠模型肿瘤样本
137	2025-09-15	Single-cell transcriptomics of neuroinflammation and cerebrovascular endothelial cells in the aged rat hippocampus 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113332 PMID:40933643	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了老年大鼠海马体神经炎症的细胞景观，特别关注脑血管内皮细胞的作用	首次在老年海马体中通过scRNA-seq揭示神经炎症微环境，并发现内皮细胞REDD1基因在氧化应激中的关键作用	研究仅基于LPS诱导的炎症模型，样本来源于老年大鼠，可能无法完全代表人类病理状况	阐明围手术期神经认知障碍中神经炎症的细胞机制和内皮细胞功能异常的作用	老年大鼠海马体细胞，包括小胶质细胞、浸润免疫细胞和脑血管内皮细胞	单细胞组学	神经认知障碍	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	老年大鼠海马体细胞（具体数量未明确说明）
138	2025-09-15	Decoding the gut microbiota metabolite-matrix metalloproteinase-3 axis in breast cancer: a multi-omics and network pharmacology study 2025-Sep-14, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-025-11351-y PMID:40946247	研究论文	通过多组学和网络药理学方法研究肠道微生物代谢物与基质金属蛋白酶-3在乳腺癌中的相互作用机制	首次系统揭示肠道微生物代谢物-MMP3轴在乳腺癌中的作用，并发现8种具有强结合亲和力的无毒代谢物	需要后续体外和体内实验验证	探究肠道微生物代谢物与乳腺癌发展的分子机制	乳腺癌相关的肠道微生物代谢物及其靶点	多组学分析	乳腺癌	网络药理学、机器学习、SHAP、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接	机器学习模型	多组学数据	NA
139	2025-09-15	Single-cell RNA sequencing analysis reveals a novel porcine alveolar macrophage subtype with high SLAMF7 expression promoting PRRSV infection 2025-Sep-13, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2025.2560894 PMID:40944943	研究论文	通过单细胞RNA测序分析发现猪肺泡巨噬细胞中高表达SLAMF7的新型亚型促进PRRSV感染	鉴定出表达SLAMF7的新型猪肺泡巨噬细胞亚型，并证明其调控PRRSV感染和炎症反应	体外培养与体内分离的PAMs转录谱存在差异，可能无法完全模拟体内疾病过程	探究PRRSV感染机制及宿主细胞响应	猪肺泡巨噬细胞(PAMs)、T细胞、B细胞	单细胞组学	猪繁殖与呼吸综合征	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量，但包含体外培养和体内分离的PAMs以及感染PRRSV的细胞亚群
140	2025-09-15	Efficacy and safety of adjuvant TTFields plus pembrolizumab and temozolomide in newly diagnosed glioblastoma: A phase 2 study 2025-Sep-12, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2025.100708 PMID:40466642	研究论文	评估TTFields联合pembrolizumab和替莫唑胺在新诊断胶质母细胞瘤中的疗效与安全性的II期临床研究	首次在临床试验中证明TTFields通过激活I型干扰素通路增强免疫检查点抑制剂疗效，并揭示T细胞克隆扩增与替代的协同机制	样本量较小（n=31），单中心II期研究，需要更大规模试验验证	探索TTFields与免疫疗法在胶质母细胞瘤中的协同治疗效果	新诊断胶质母细胞瘤患者	临床医学	胶质母细胞瘤	单细胞转录组测序，T细胞克隆分型	NA	临床数据，分子生物学数据	31例新诊断胶质母细胞瘤患者