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当前共找到 33948 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-12-12 |
MCRS1 is associated with immunosuppressive microenvironments in pan-cancer and promotes hepatocellular carcinoma malignant phenotypes
2025-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1463
PMID:41378029
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研究论文 | 本研究通过泛癌分析揭示了微球蛋白1（MCRS1）在肿瘤免疫抑制微环境中的关键作用，并重点阐明了其在肝细胞癌（HCC）进展中的表观遗传驱动机制 | 首次在泛癌层面系统性地揭示了MCRS1的免疫学意义和治疗潜力，并发现其启动子低甲基化驱动的过表达与M2巨噬细胞极化的免疫抑制微环境相关 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，部分机制仍需进一步的体内实验验证 | 阐明MCRS1在泛癌中的免疫学意义和治疗潜力，并深入探究其在肝细胞癌进展中的表观遗传调控机制 | 多种癌症类型（泛癌分析），重点关注肝细胞癌（HCC） | 生物信息学，癌症生物学 | 肝细胞癌，泛癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量转录组学，表观遗传学分析 | NA | 转录组数据，单细胞RNA测序数据，表观遗传数据 | 基于TCGA、GTEx、HPA等公共数据库的多种癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 122 | 2025-12-12 |
Integrating Functional Genomic Screens and Multi-Omics Data to Construct a Prognostic Model for Lung Adenocarcinoma and Validating SPC25
2025-Nov-29, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17233844
PMID:41375045
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研究论文 | 本研究整合功能基因组筛选和多组学数据，构建了一个用于肺腺癌预后预测的7基因风险评分模型，并验证了核心基因SPC25的致癌作用 | 首次将CRISPR-Cas9功能基因组筛选数据与患者多组学数据整合，构建肺腺癌预后模型，并通过体内外实验和单细胞测序全面验证核心基因SPC25的功能 | 模型验证主要依赖公共数据集，需要更多前瞻性临床队列验证；单细胞测序分析样本量有限 | 开发可靠的肺腺癌预后生物标志物和发现新的治疗靶点 | 肺腺癌细胞系和患者样本 | 生物信息学 | 肺癌 | CRISPR-Cas9筛选，RNA-seq，单细胞RNA-seq | LASSO回归，多变量Cox回归 | 基因组数据，转录组数据，单细胞数据 | TCGA-LUAD队列和独立GEO数据集，具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2025-12-12 |
Single-Cell Omics in Legumes: Research Trends and Applications
2025-Nov-27, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14233615
PMID:41375325
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在豆科植物研究中的应用进展与趋势 | 系统总结了单细胞转录组学、空间转录组学及表观基因组学在豆科植物研究中的应用，并展望了构建整合性豆科植物细胞图谱的未来方向 | 当前技术仍存在局限性，需要进一步发展以实现更全面的细胞图谱构建 | 探讨单细胞组学技术在豆科植物发育、抗病、胁迫响应及根瘤共生等研究中的应用 | 豆科植物（包括大豆、豌豆、苜蓿等） | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 单细胞表观基因组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 124 | 2025-12-12 |
A spatially informed matrix normal model for gene co-expression analysis in spatial transcriptomics studies
2025-Nov-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1264
PMID:41370198
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研究论文 | 本文提出了一种名为spMOCA的统计框架，用于在空间转录组学研究中推断基因共表达网络，并显式地建模空间依赖性 | 引入了首个利用矩阵正态模型来联合考虑基因-基因协方差和空间协方差的统计框架，从而将内在的共表达关系与空间诱导效应区分开 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种能更准确、无偏地估计基因-基因相关性并提高生物学可解释性的方法，用于空间转录组学数据的基因共表达分析 | 基因共表达网络 | 空间转录组学 | 肿瘤、神经退行性疾病 | 空间转录组学 | 矩阵正态模型 | 空间转录组学数据 | 九个SRT数据集，涵盖不同技术、组织和物种 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 125 | 2025-12-12 |
Single-Cell Sequencing Reveals Novel Tumor Populations and Their Interplay with the Immune Microenvironment in a Pleomorphic Rhabdomyosarcoma
2025-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311420
PMID:41373578
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了多形性横纹肌肉瘤的肿瘤异质性及其与免疫微环境的相互作用 | 首次通过单细胞测序技术系统解析了pRMS肿瘤细胞群的异质性，并识别出肌源性与非肌源性肿瘤亚群在免疫调控中的不同作用模式 | 本研究为单病例分析，缺乏多患者队列验证、蛋白质水平验证以及体外/体内功能实验支持 | 探究多形性横纹肌肉瘤的肿瘤异质性及其与免疫微环境的相互作用机制 | 多形性横纹肌肉瘤肿瘤组织样本 | 单细胞组学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 单病例样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2025-12-12 |
De Novo Detection of Clonal Structure and Evolution in Single-Cell and Spatial Transcriptomes
2025-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311428
PMID:41373592
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scClone的计算工具包，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中检测克隆结构和演化 | 开发了scClone工具包，整合变异检测和基因型推断，解决了scRNA-seq中的表达丢失和等位基因不平衡问题，并支持空间转录组数据的克隆结构分析 | 未明确提及具体局限性，但可能受限于scRNA-seq数据的成本和技术挑战 | 揭示肿瘤的克隆结构和动态演化，建立单细胞水平的基因型-表型关联 | 多发性骨髓瘤、肝细胞癌、胰腺癌、卵巢癌和皮肤鳞状细胞癌的肿瘤样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤,肝细胞癌,胰腺癌,卵巢癌,皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 多个数据集，具体样本数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 127 | 2025-12-12 |
Single-cell transcriptome atlas of adult male and female human hookworm Ancylostoma ceylanicum
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113846
PMID:41362773
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研究论文 | 本研究构建了成年雄性和雌性锡兰钩虫的单细胞转录组图谱，揭示了性别特异性基因表达和细胞多样性 | 首次提供了钩虫的单细胞转录组图谱，发现了新的分子通路和标记物，为理解钩虫生物学提供了全面的细胞框架 | 未明确说明样本数量和技术重复，且仅针对锡兰钩虫，其他钩虫物种可能有所不同 | 推进对钩虫基本生物学的理解，为开发新的治疗或疫苗靶点提供基础 | 成年雄性和雌性锡兰钩虫 | 单细胞转录组学 | 钩虫病 | 单细胞RNA测序，共聚焦显微镜，RNA荧光原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 128 | 2025-12-12 |
A Comprehensive Analysis of Novel Variations Associated with Bile Duct Cancer: Insights into Expression, Methylation, and 3D Protein Structure
2025-Nov-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311244
PMID:41373405
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研究论文 | 本研究通过整合基因组、转录组、单细胞、甲基化和分子动力学数据，全面分析了胆管癌相关的新变异，揭示了其在表达、甲基化和3D蛋白结构中的作用 | 首次将多组学数据与分子动力学模拟结合，系统识别了胆管癌的致病性变异，并揭示了MAP2K1基因中特定错义变异通过破坏氢键/盐桥簇导致蛋白不稳定的机制 | 研究主要基于公开数据集，样本量有限（如23个肿瘤样本用于体细胞变异分析），且缺乏实验验证 | 识别胆管癌的致病性变异，理解其分子机制，为精准医疗提供潜在靶点 | 胆管癌（胆管上皮细胞癌） | 生物信息学 | 胆管癌 | 基因组学、转录组学、单细胞RNA-seq、甲基化分析、分子动力学模拟 | DESeq2、limma、DMRcate、AlphaFold3、GROMACS、FoldX5 | 基因组数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、甲基化阵列数据、蛋白质结构数据 | 23个肿瘤样本（TCGA）、23,782个单细胞（来自一个肝内胆管癌样本）、52个肿瘤和12个正常肝脏样本（甲基化分析） | Illumina | 单细胞RNA-seq、甲基化分析 | Illumina 450 K甲基化阵列 | Illumina 450 K甲基化阵列用于甲基化分析，单细胞RNA-seq数据集来自公开资源 |
| 129 | 2025-12-12 |
Single-cell transcriptomics identifies altered neutrophil dynamics and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638715
PMID:40027777
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠在急性鼻吸入不同口味电子烟后肺部免疫细胞的转录组变化 | 首次在单细胞分辨率上揭示了不同口味电子烟暴露对肺部免疫细胞功能的特异性影响，特别是发现了烟草口味电子烟会改变中性粒细胞动力学并增强T细胞毒性 | 研究仅采用急性暴露模型（n=2/性别/组），样本量较小，且未评估长期暴露效应 | 探究不同口味电子烟急性暴露对小鼠肺部免疫景观的影响 | C57BL/6J小鼠肺部细胞 | 单细胞转录组学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 71,725个细胞（来自对照组和处理组，每组每性别2只小鼠） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 130 | 2025-12-12 |
Clonal expansion of alveolar fibroblast progeny drives pulmonary fibrosis in mouse models
2025-Nov-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI191826
PMID:40875468
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，揭示了肺泡成纤维细胞后代的克隆扩增是驱动小鼠肺纤维化的关键机制 | 首次系统性地证明了成纤维细胞增殖在肺纤维化中的关键驱动作用，并提出了靶向成纤维细胞增殖作为纤维化疾病治疗新策略 | 主要基于小鼠模型，人类样本验证仅限于离体肺切片，需要更多临床研究验证 | 探究成纤维细胞增殖在肺纤维化发病机制中的功能重要性 | 小鼠肺泡成纤维细胞及其后代、人类纤维化肺组织 | 单细胞组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、EdU标记 | NA | 单细胞转录组数据、谱系追踪数据 | 2种独立的小鼠肺纤维化模型、人类纤维化与非病变肺切片 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 131 | 2025-12-12 |
The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.658716
PMID:40611896
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研究论文 | 本文介绍了首个跨多器官系统的健康成人组织多模态亚细胞分辨率参考图谱——人体解剖空间图谱（SAHA） | 首次构建了跨多器官系统的健康成人组织多模态亚细胞分辨率参考图谱，整合了空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征 | NA | 为空间诊断和下一代精准医学提供基础框架，开发能够模拟组织行为、解码复杂病理学的上下文感知模型 | 健康成人胃肠道和免疫组织，以及结直肠癌和炎症性肠病的比较分析 | 空间转录组学 | 结直肠癌, 炎症性肠病 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单核RNA-seq | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据, 组织学图像 | 超过100名捐赠者的1500多万个细胞 | NanoString, 10x Genomics, Advanced Cell Diagnostics, NanoString | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单核RNA-seq | CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP | CosMx空间分子成像仪, 10x Xenium原位分析平台, RNAscope多重荧光原位杂交, GeoMx数字空间分析仪 |
| 132 | 2025-12-12 |
SMURF: soft-segmentation for single-cell reconstruction and topological analysis of spatial transcriptomic data
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656357
PMID:40502153
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法，用于高分辨率空间转录组学数据中mRNA到单个细胞的准确分配及组织结构的拓扑分析 | 开发了跨平台的软分割算法SMURF，能够将捕获点中的mRNA映射到附近细胞核，并通过投影到笛卡尔坐标“展开”复杂组织结构，实现细胞类型组织和基因表达梯度的分析 | NA | 开发一种新计算方法，用于准确分配空间转录组学数据中的转录本到单个细胞，并分析细胞在原生组织环境中的基因表达 | 空间转录组学数据中的mRNA和细胞核 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 软分割算法 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 133 | 2025-12-12 |
scSPAF: Cell Similarity Purified Adaptive Fusion Network for Single-Cell Multi-Omics Clustering
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3608251
PMID:40928916
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scSPAF的单细胞多组学聚类网络，通过多层次融合方法探索组学数据的一致性和互补性 | 设计了细胞相似性纯化模块以整合细胞间的邻域信息，并采用自适应融合机制整合组学特异性表示和跨组学一致表示 | NA | 提升单细胞多组学聚类分析的性能 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 自适应融合网络 | 单细胞多组学数据 | 六个真实世界数据集 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 134 | 2025-12-12 |
Effect of the mitophagy inducer urolithin A on age-related immune decline: a randomized, placebo-controlled trial
2025-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00996-x
PMID:41174221
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研究论文 | 一项随机、双盲、安慰剂对照试验，评估了线粒体自噬诱导剂尿石素A对健康中年成年人免疫系统的影响 | 首次在人体临床试验中证明尿石素A能够调节免疫细胞组成和功能，特别是扩增naive样CD8 T细胞并增强其脂肪酸氧化能力 | 样本量较小（50名参与者），干预时间较短（4周），且仅针对健康中年人群，未包括老年人或免疫功能低下个体 | 评估尿石素A作为干预措施，对抗与年龄相关的免疫衰退和炎症老化 | 50名健康中年成年人 | NA | 老年性疾病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 临床数据，流式细胞数据，单细胞RNA测序数据 | 50名健康中年成年人 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 135 | 2025-12-12 |
scGCRC: Graph and Contrastive-Based Representation Learning for Single-Cell RNA-Seq Data Clustering
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3629161
PMID:41191468
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研究论文 | 提出了一种基于局部自注意力网络和对比学习的单细胞RNA测序数据聚类新方法 | 通过局部自注意力网络自动聚合细胞关系图中的潜在信息，并采用双对比学习模块同时在细胞层面和聚类层面优化细胞表征，无需预训练自编码器-解码器模块 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的聚类分析，以更准确地识别细胞类型 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 局部自注意力网络，对比学习，Leiden社区发现算法 | 基因表达数据 | 160个子样本数据集（含不同细胞类型数量）、3个不同协议数据集、9个真实公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 136 | 2025-12-12 |
Single-cell transcriptomics of the myeloid milieu reveals an angiogenic niche in triple-negative breast cancer
2025-Nov, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01571-5
PMID:41203997
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序数据，揭示了三阴性乳腺癌中髓系细胞的异质性，特别是VEGFA中性粒细胞和SPP1巨噬细胞亚型在血管生成微环境中的作用 | 首次通过整合单细胞转录组学数据，系统描绘了三阴性乳腺癌髓系微环境，并发现VEGFA中性粒细胞和SPP1巨噬细胞亚型在缺氧区域共定位形成血管生成微环境，揭示了它们与患者不良预后的关联 | 研究主要基于转录组数据，功能验证和机制探索仍需进一步实验支持 | 阐明三阴性乳腺癌中髓系细胞的异质性、发育轨迹及其在肿瘤微环境中的作用 | 三阴性乳腺癌患者和多个小鼠模型的髓系细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 整合了内部和公共单细胞RNA测序数据，涉及多个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 137 | 2025-12-12 |
Img2ST-Net: efficient high-resolution spatial omics prediction from whole-slide histology images via fully convolutional image-to-image learning
2025-Nov, Journal of medical imaging (Bellingham, Wash.)
DOI:10.1117/1.JMI.12.6.061410
PMID:41210922
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研究论文 | 本文提出了一种名为Img2ST-Net的高效框架，用于从全切片组织学图像预测高分辨率空间转录组数据 | 提出了首个完全卷积的图像到图像学习框架，将高分辨率ST预测重新定义为具有数百或数千个输出通道的超内容图像生成问题，并引入了针对高分辨率ST分析的SSIM-ST评估指标 | 仅在两个公开的Visium HD数据集上进行了评估，需要更多样化的数据集验证泛化能力 | 开发一种高效且准确的方法，从常规组织学图像预测高分辨率空间转录组数据，以降低ST数据获取的成本和时间 | 乳腺癌和结直肠癌组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌, 结直肠癌 | 空间转录组学 | 完全卷积网络 | 图像, 空间转录组数据 | 两个公开数据集（乳腺癌和结直肠癌） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD平台，分辨率为8μm和16μm |
| 138 | 2025-12-12 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals liver fibrosis in colorectal cancer liver metastasis
2025-Nov, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01573-3
PMID:41258075
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了结直肠癌肝转移中肿瘤纤维化的临床意义及其分子特征 | 首次构建了肝转移肿瘤纤维化的单细胞图谱，揭示了VCAN_eCAF在纤维化重塑中的关键作用，并识别出FGF23/FGF3-FGFR1等潜在靶向互作 | 研究样本量有限，且为观察性研究，需进一步功能实验验证机制 | 探究结直肠癌肝转移中肿瘤纤维化的临床重要性、分子特征及其对肿瘤微环境的影响 | 结直肠癌肝转移患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，多重免疫组化/免疫荧光，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据，免疫组化图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 139 | 2025-12-12 |
SpaTM: topic models for inferring spatially informed transcriptional programs
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf657
PMID:41359801
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaTM的空间主题模型框架，用于从空间转录组数据中推断具有空间信息的转录程序 | SpaTM能够同时进行注释引导和无注释分析，提供统一的、高可解释性的框架，并支持大规模单核RNA-seq图谱的扩展分析 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个统一的、可解释的分析框架，用于空间转录组数据的多任务分析，包括空间标签预测和聚类 | 空间转录组数据，具体涉及背外侧前额叶皮层和导管癌样本，以及人类大脑中重度抑郁症的大规模单核RNA-seq图谱 | 空间转录组学 | 重度抑郁症 | 空间转录组学 | 主题模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 140 | 2025-12-12 |
scDVAE:Single-Cell Data Clustering Based on Variational Autoencoder With Disentangled Latent Representations
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3599194
PMID:40811173
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研究论文 | 本文提出了一种基于解耦潜在表示变分自编码器的新型深度生成模型scDVAE，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 提出了一种将潜在表示解耦为聚类特征和生成特征的新方法，并采用学生t混合模型作为聚类特征的先验分布以增强对dropout事件的鲁棒性，同时引入混合数据增强策略以提高数据集多样性并减少噪声 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 10个真实世界数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |