单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-07-20	A Single-Cell Transcriptome Atlas of Epithelial Subpopulations in HPV-Positive and HPV-Negative Head and Neck Cancers 2025-03-24, Viruses DOI:10.3390/v17040461 PMID:40284904	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了HPV阳性和阴性头颈癌中的上皮亚群转录组图谱	首次在HPV阳性和阴性头颈癌中区分上皮肿瘤细胞亚群，并鉴定其转录组特征和候选生物标志物	研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，未进行新的实验验证	优化头颈鳞状细胞癌的治疗方案，特别是针对HPV阳性和阴性肿瘤的治疗差异	HPV阳性和阴性头颈鳞状细胞癌的上皮细胞亚群	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	已发表的HPV+和HPV-头颈鳞状细胞癌单细胞RNA测序数据集
122	2025-07-20	Islet single-cell transcriptomic profiling during obesity-induced beta cell expansion in female mice 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112031 PMID:40104055	研究论文	该研究通过单细胞转录组学分析了肥胖雌性小鼠中胰岛β细胞扩增的转录机制	发现了Xbp1和Myc在缓解未折叠蛋白反应和刺激β细胞增殖中的协同转录机制	研究仅针对雌性小鼠，结果可能不适用于雄性或其他物种	探索肥胖诱导的β细胞增殖的分子机制	雌性小鼠的胰岛β细胞	单细胞转录组学	糖尿病	单细胞转录组测序	基因敲除小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量，使用KO雌性小鼠胰岛
123	2025-07-20	Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases 2025-Mar-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025598 PMID:39791596	研究论文	通过群体动力学建模揭示髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖偏倚	研究发现髓系偏倚不仅由造血干细胞分化偏倚引起，还包括早期髓系祖细胞的增殖增加，这一发现在不同髓系偏倚模型中均得到验证	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类样本中进一步验证	探究髓系偏倚的细胞机制	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	细胞生物学	髓系肿瘤	scRNA-seq, 微分方程建模	微分方程模型	单细胞RNA测序数据	IκB-小鼠模型、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者的HSPCs
124	2025-07-20	DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Mar-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026085 PMID:39791601	研究论文	本文探讨了DNTT介导的DNA损伤反应在B细胞急性淋巴细胞白血病中对inotuzumab ozogamicin（InO）耐药性的驱动作用	通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT缺失是InO耐药的主要驱动因素，并揭示了DNTT在白血病细胞中对InO反应的调控机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本量有限，需要进一步验证	探索B细胞急性淋巴细胞白血病患者对InO治疗反应差异的遗传基础	B细胞急性淋巴细胞白血病细胞	肿瘤学	B细胞急性淋巴细胞白血病	全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序	患者来源异种移植模型	基因表达数据	参与儿童肿瘤学组试验AALL1621的B-ALL患者样本
125	2025-07-20	Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model 2025-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57368-7 PMID:40044684	研究论文	本文介绍了一种名为HILT的系统，用于在人类化小鼠模型中追踪HIV-1感染早期ART治疗期间病毒在不同T细胞谱系中的持久性	开发了HIV-1诱导的谱系追踪（HILT）系统，能够不可逆地标记感染细胞，检测罕见的潜伏感染细胞	研究基于人类化小鼠模型，可能无法完全反映人类免疫系统的复杂性	研究HIV-1在ART治疗期间在不同T细胞谱系中的持久性机制	HIV-1感染的人类化小鼠模型中的CD4 T细胞	病毒学	HIV感染	单细胞RNA测序	人类化小鼠模型	基因表达数据	免疫缺陷小鼠移植基因修饰造血干细胞后形成的人类免疫系统
126	2025-07-20	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2025-Mar-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016 PMID:39814010	研究论文	该研究开发了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	利用CRISPRi筛选技术在iAssembloids系统中揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-ε4对神经元存活的影响	研究基于体外培养系统，可能与体内环境存在差异	阐明神经元与胶质细胞相互作用的分子机制	iPSC衍生的神经元和胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学	iAssembloids 3D共培养系统	基因表达数据	NA
127	2025-07-20	A single-cell atlas of circulating immune cells over the first 2 months of age in extremely premature infants 2025-Mar-05, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr0942 PMID:40043141	研究论文	该研究通过单细胞多组学分析，描绘了极早产婴儿出生后头两个月循环免疫细胞的动态变化	首次对极早产婴儿外周免疫细胞进行纵向单细胞多组学分析，揭示了与足月婴儿不同的免疫发育轨迹	样本量较小(仅10例极早产婴儿)，且未评估临床感染结局与免疫特征的关联	阐明极早产婴儿早期外周免疫系统的发育特征	极早产婴儿(孕周<30周)的外周血免疫细胞	免疫学	早产儿疾病	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、磷酸化蛋白质质谱流式技术	NA	单细胞多组学数据(转录组、蛋白质组、免疫组库)	10例极早产婴儿+健康成人对照+早产/足月脐带血样本
128	2025-07-20	Molecular and cellular neurocardiology in heart disease 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP284739 PMID:38778747	研究论文	本文更新并扩展了先前关于心脏神经生物学分子和细胞基础的白皮书，重点关注心脏自主神经发育、新的细胞内通路和神经可塑性的最新发现	讨论了利用患者特异性干细胞研究交感神经功能障碍的新方法，以及新型成像技术和空间转录组学在治疗心脏自主神经功能障碍中的潜在应用	文中提到了未解决的问题和争议领域，表明研究仍存在局限性	探讨心脏疾病的分子和细胞神经心脏病学基础	心脏自主神经系统、细胞内通路和神经可塑性	心脏病学	心血管疾病	患者特异性干细胞、新型成像技术、空间转录组学	NA	分子和细胞数据	NA
129	2025-07-20	Mixed exposure to PFOA and PFOS induces oocyte apoptosis and subfertility in mice by activating the Hippo signaling pathway 2025-Mar, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.) DOI:10.1016/j.reprotox.2024.108829 PMID:39746460	研究论文	研究PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路诱导小鼠卵母细胞凋亡和生育力下降的机制	首次揭示了PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路导致卵母细胞凋亡和生育力下降的具体机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究PFOA和PFOS混合物对卵母细胞质量和雌性生育力的影响机制	雌性小鼠及其卵母细胞	生殖毒理学	生育障碍	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
130	2025-07-20	A single-cell sequencing-based analysis of a 13-year-old with maxillary sinus NUT carcinoma 2025-Mar, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107185 PMID:39862476	研究论文	通过对一名13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织进行单细胞RNA测序，揭示了肿瘤微环境中的细胞异质性和潜在治疗靶点	首次在NUT癌中应用单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤上皮细胞的亚群特征和免疫微环境特点	仅分析了一例患者样本，结果可能不具备广泛代表性	探索NUT癌的肿瘤生物学特性和潜在治疗靶点	13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织	数字病理	NUT癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例患者肿瘤组织样本
131	2025-07-20	Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02080-x PMID:39901013	研究论文	利用图像空间转录组学分析肺纤维化远端肺的分子生态失调	采用图像空间转录组学技术，结合基于细胞和无细胞分析方法，揭示了肺纤维化中远端肺重塑的分子生态失调	样本量相对有限（35个肺组织），且研究结果可能受空间转录组学技术分辨率的限制	探究肺纤维化远端肺重塑的分子机制和空间特征	肺纤维化患者的远端肺组织	空间转录组学	肺纤维化	图像空间转录组学	机器学习	空间转录组数据	35个肺组织的160万个细胞
132	2025-07-20	Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287595 PMID:40077928	研究论文	基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元电生理的计算模型库	首次基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元的电生理计算模型库，填补了分子水平基因表达与细胞水平电生理功能之间的研究空白	模型依赖于转录组数据的阈值选择，可能影响离子通道组合的准确性	研究心脏内在神经系统在心脏调节和病理中的功能作用	心脏内在神经系统神经元	计算生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	神经元电生理计算模型	转录组数据	NA
133	2025-07-20	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	研究代谢应激和年龄如何驱动小鼠和人类的炎症及认知衰退	揭示了代谢应激通过微胶质细胞介导的炎症机制促进认知障碍，并发现SPP1基因在代谢驱动的认知障碍中的潜在作用	机制尚未完全明确，且研究主要基于小鼠模型和有限的死后人类组织样本	探讨代谢应激和年龄对炎症及认知衰退的影响	小鼠和人类（AD和T2D患者）	神经科学	阿尔茨海默病和2型糖尿病	高脂饮食模型、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类死后组织样本（具体数量未提及）
134	2025-07-20	MAIT cells protect against sterile lung injury 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275 PMID:39918959	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在无菌性肺损伤中的保护作用	首次揭示了MAIT细胞通过促进cDC1驱动的抗纤维化途径增强对无菌性肺损伤的防御	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证尚不充分	探究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能和机制	小鼠和人类的MAIT细胞	免疫学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱分析、过继转移	NA	基因表达数据	小鼠模型和特发性肺纤维化患者的scRNA-seq数据
135	2025-07-20	Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177084 PMID:39998887	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了肺炎期间肺间充质细胞的转录组反应	首次全面描述了肺炎期间不同类型肺间充质细胞的转录组反应，揭示了细胞类型特异性和保守性反应模式	研究仅基于小鼠模型，人类肺间充质细胞反应可能有所不同	阐明肺炎期间肺间充质细胞的免疫活动特性	小鼠肺间充质细胞	单细胞转录组学	肺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	三组小鼠(初始组、肺炎组和恢复组)的肺间充质细胞
136	2025-07-20	HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200 PMID:39680021	研究论文	本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌(PDAC)基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗的生物标志物的用途	发现HMGA2表达而非先前描述的基底标志物细胞角蛋白5或17能预测患者总体生存期，结合HMGA2和GATA6状态可识别两个关键研究组	研究样本量相对有限，且需要进一步验证HMGA2作为生物标志物的普适性	探索HMGA2在PDAC中的预后和治疗抵抗作用	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(RNA-seq)，多重免疫组化(IHC)	NA	RNA-seq数据，免疫组化数据	初始队列580例PDAC样本，补充30例多样本患者样本，多个独立单细胞RNA-seq数据库
137	2025-07-20	SELP+ TEC:CD8+ T cell crosstalk associates with improved radiotherapy efficacy in cervical cancer 2025-Feb-03, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02244-7 PMID:39901166	研究论文	本研究探讨了P-选择素（SELP）在宫颈癌（CC）内皮细胞中的表达及其通过ACKR1-CCL5轴与CD8 T细胞的相互作用如何增强放疗效果	首次揭示了SELP在肿瘤内皮细胞（TECs）中的表达与放疗疗效的关联，并发现了SELP TECs通过ACKR1-CCL5轴与CD8 T细胞进行交互的新机制	研究样本量有限，且机制研究仍需进一步实验验证	探究SELP在宫颈癌抗肿瘤免疫及放疗反应中的作用机制	宫颈癌患者肿瘤组织样本及单细胞RNA测序数据	肿瘤免疫学	宫颈癌	scRNA-seq, bulk RNA-sequencing	NA	RNA测序数据	205例宫颈癌患者肿瘤组织样本，42,159个细胞的scRNA-seq数据（来自8例患者），187例接受放疗患者的bulk RNA测序数据
138	2025-07-20	Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02186-3 PMID:38580861	研究论文	本文提出了一种名为GeneTrajectory的新方法，通过最优传输度量从单细胞数据中推断基因轨迹	GeneTrajectory方法通过计算基因分布在细胞-细胞图上的最优传输距离，提取基因程序并定义其基因伪时间顺序，而非传统的细胞轨迹推断	未明确提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据中基因动态顺序推断的挑战	单细胞RNA测序数据中的基因动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	最优传输度量	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
139	2025-07-20	Cell-specific transcriptional signatures of vascular cells in Alzheimer's disease: perspectives, pathways, and therapeutic directions 2025-Jan-29, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00798-0 PMID:39876020	综述	本文综述了阿尔茨海默病中血管细胞的细胞特异性转录特征及其潜在治疗方向	利用高通量单细胞转录组技术深入研究人脑血管细胞在阿尔茨海默病中的转录异质性	主要基于已发表的单细胞转录组研究，可能未涵盖所有相关研究	探讨阿尔茨海默病中血管细胞的转录特征及其治疗潜力	人脑血管细胞（内皮细胞、壁细胞等）及其亚型	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组测序、空间转录组技术、神经影像学、神经病理学	NA	转录组数据、影像数据、病理数据	基于已发表的人死后脑组织研究
140	2025-07-20	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100938 PMID:39814026	研究论文	本文介绍了一种名为MMoCHi的多模态分类器层次结构，用于跨多种单细胞模态的精确细胞类型分类	MMoCHi是一种基于标记的方法，不依赖于参考图谱，能够整合多模态数据进行细胞类型注释，并在识别不易分辨的免疫细胞亚群方面优于现有方法	NA	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以更准确地进行细胞类型注释	免疫细胞亚群	生物信息学	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	分类的T淋巴细胞亚群和跨组织人类免疫细胞数据集