单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-15	Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer 2024-02, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.7053 PMID:38426622	review	本文综述了乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在正常发育和癌症进展中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示乳腺和乳腺癌中巨噬细胞亚群的异质性及其功能差异	NA	探讨乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	乳腺组织中的组织驻留巨噬细胞和乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	NA	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	NA
122	2025-06-15	Type 1 immunity enables neonatal thymic ILC1 production 2024-01-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh5520 PMID:38232171	研究论文	该研究探讨了1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞（ILCs）的影响，特别是1型ILCs（ILC1s）的扩增和外周归巢	揭示了新生儿胸腺内1型ILCs的独特性和未成熟性，以及1型免疫如何促进这些细胞的扩增和外周归巢	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	研究1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞的影响	新生儿胸腺内的1型固有淋巴细胞（ILC1s）	免疫学	NA	单细胞RNA测序，活体成像	NA	RNA测序数据，成像数据	小鼠新生儿胸腺组织
123	2025-06-15	Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages 2024-01-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adi5791 PMID:38241368	研究论文	本研究探讨了触觉圆顶（TD）角质形成细胞的特性及其在皮肤稳态中的作用	发现TD角质形成细胞具有多种表皮谱系的分子特征，并能在损伤后产生Merkel细胞	未明确TD角质形成细胞维持稳态的具体分子机制	研究TD角质形成细胞在皮肤稳态中的维持机制及其多谱系特性	触觉圆顶（TD）角质形成细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq, 谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	NA
124	2025-06-14	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-Sep-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析局部消融免疫疗法（LAIT）和免疫检查点抑制剂（ICI）对肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）的影响，并评估其临床相关性	揭示了LAIT和ICI通过不同但互补的机制增强NK细胞介导的抗肿瘤反应，并构建了基于基因特征的预后模型	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证	探究LAIT和ICI对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制及其临床意义	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNAseq, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的患者数据
125	2025-06-14	New insights into cancer immune checkpoints landscape from single-cell RNA sequencing 2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189298 PMID:40088992	review	本文通过单细胞RNA测序技术深入探讨了癌症免疫检查点的异质性及其在免疫检查点阻断疗法中的作用	利用单细胞RNA测序技术高分辨率地描绘了免疫检查点之间以前未被认识的功能性相互作用，并识别了新的免疫检查点作为癌症免疫治疗的潜在靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探讨免疫检查点阻断疗法中肿瘤微环境的异质性及其对治疗效果的影响	肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
126	2025-06-14	Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors 2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316 PMID:40222423	综述	本文总结了乳腺癌患者样本和小鼠模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最新研究发现，重点关注通过单细胞RNA测序鉴定的CAF亚型及其对癌症预后的预测价值	揭示了Snail1在CAFs中的表达与恶性肿瘤的关联，并发现了一个新的与Snail1相关的基因特征，具有乳腺癌和其他实体瘤的预后潜力	主要基于现有研究的总结，缺乏新的实验数据验证	探讨CAFs在肿瘤进展中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	乳腺癌患者样本和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
127	2025-06-14	Patient phenotyping for molecular profiling of neck and low back pain - Study protocol 2025 Jul-Dec, Neurobiology of pain (Cambridge, Mass.) DOI:10.1016/j.ynpai.2025.100186 PMID:40501484	研究论文	本文概述了用于分子剖析颈部和腰部疼痛的患者表型研究的方案	应用批量、单细胞和空间转录组学技术研究颈部和腰部疼痛的分子神经生物学和神经免疫学机制	研究依赖于手术获取的组织样本，可能限制了样本的多样性和数量	通过分子剖析揭示颈部和腰部疼痛的机制，以发现治疗靶点	颈部和腰部疼痛患者的手术组织样本及器官捐赠者的对照组织	分子神经生物学	颈部和腰部疼痛	批量、单细胞和空间转录组学	NA	组织样本	颈部和腰部疼痛患者的手术组织样本及器官捐赠者的对照组织
128	2025-06-14	Single-cell RNA sequencing reveals altered placental microenvironment due to maternal high-fat diet 2025-Jun-26, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.04.011 PMID:40381453	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了母体高脂饮食对胎盘微环境的改变	首次使用单细胞RNA测序技术详细分析了母体高脂饮食对胎盘细胞组成和功能的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究母体高脂饮食对胎盘微环境的影响及其与子代代谢疾病的关联	C57BL/6J小鼠的胎盘组织	基因组学	代谢疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	高脂饮食组和对照组小鼠的胎盘组织
129	2025-06-14	New insights into the pharmacological mechanisms of Jinqi Jiangtang Tablets in the treatment of type 2 diabetes mellitus: A multi-omics approach combined with experimental validation 2025-Jun-26, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120020 PMID:40449695	research paper	本研究采用多组学方法结合实验验证，探讨了金芪降糖片治疗2型糖尿病的药理机制	首次结合多组学方法和实验验证，全面解析金芪降糖片的药理活性成分及其在2型糖尿病中的多靶点、多通路作用机制	研究虽然发现了多个潜在靶点和通路，但具体分子机制仍需进一步实验验证	阐明金芪降糖片在2型糖尿病治疗中的药理活性成分和作用机制	金芪降糖片及其在2型糖尿病治疗中的作用	药理学	2型糖尿病	LC-MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, 代谢组学, 16S rDNA测序	NA	化学分析数据, 基因表达数据, 代谢组数据, 微生物组数据	161种化合物被鉴定, 56种差异代谢物被发现
130	2025-06-14	The Dynamically Evolving Cell States and Ecosystem from Benign Nevi to Melanoma 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2971 PMID:40094420	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了从良性痣到黑色素瘤的动态演变过程中黑色素细胞亚群的四种不同状态及其功能和调控通路的动态变化	首次在单细胞水平上描绘了从痣到黑色素瘤的恶性转化图谱，并识别了关键调控因子和免疫逃逸机制	样本量较小（仅5例患者），且仅针对先天性黑色素细胞痣来源的黑色素瘤	探究从良性痣到黑色素瘤恶性转化的动态变化机制	先天性黑色素细胞痣发展为黑色素瘤的患者组织样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞转录组测序	恶性进展预测模型	RNA测序数据	5例患者的多个配对组织位点
131	2025-06-14	Cambridge Neoadjuvant Cancer of the Prostate (CANCAP03): A Window Study into the Effects of Olaparib ± Degarelix in Primary Prostate Cancer 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1304 PMID:40358364	研究论文	本研究探讨了PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	在缺乏同源重组修复通路突变的情况下，研究了PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗的临床效果及其生物学机制	样本量较小，且仅针对原发性前列腺癌患者	研究PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	原发性前列腺癌患者	肿瘤学	前列腺癌	IHC、肿瘤基因测序、突变分析、RNA-seq（包括bulk和single-cell RNA-seq）	NA	组织样本、基因测序数据	参与者接受奥拉帕尼治疗2周后进行前列腺切除术，随机分配或不分配地加瑞克（1:1）
132	2025-06-14	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jun-13, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	研究论文	本研究通过单细胞测序技术识别了果蝇中调控睡眠与代谢状态整合的神经元及其转录响应	首次在单神经元水平解析了饥饿状态下调控睡眠的转录变化，并鉴定出多个功能验证的新基因	研究仅针对果蝇的LHLK神经元，哺乳动物系统的普适性有待验证	探究神经元如何整合睡眠与代谢状态的分子机制	果蝇(Drosophila melanogaster)的Lateral Horn Leucokinin (LHLK)神经元	神经生物学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	单细胞转录组数据	比较喂食与24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
133	2025-06-14	Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy 2025-Jun-13, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924 PMID:40509996	research paper	通过血浆蛋白质组学研究揭示了LMNA心肌病发展过程中的失调通路	发现了与LMNA DCM相关的多个新蛋白质，并揭示了这些蛋白质在心肌细胞中的差异基因表达	样本量相对较小，且研究结果需要在更大规模的队列中验证	探索LMNA DCM的发病机制和进展过程	LMNA DCM患者、肌节蛋白DCM患者及表型阴性个体	蛋白质组学	心血管疾病	OLINK平台蛋白质组学分析、单细胞测序	NA	血浆蛋白质组数据、RNA表达数据	LMNA DCM患者41例、肌节蛋白DCM患者18例、表型阴性个体55例
134	2025-06-14	Differentiable Graph Clustering with Structural Grouping for Single-cell RNA-seq Data 2025-Jun-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf347 PMID:40511990	研究论文	提出一种名为DGCSG的新型可微分图聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，通过结合图聚类信息优化细胞特征表示	设计了可微分聚类机制，将K-way归一化切割从离散优化问题转化为可微分学习目标，并通过谱松弛联合优化图注意力自编码器	未明确提及具体局限性	优化单细胞RNA测序数据的聚类分析，以支持细胞水平的生物学研究	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图注意力自编码器(GATE), 自编码器(AE)	基因表达数据	14个scRNA-seq基准数据集
135	2025-06-14	Gene Spatial Integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本文提出了一种名为Gene Spatial Integration (GSI)的深度学习方法，用于整合和分析空间转录组学数据，特别关注基因的空间分布特征	利用表示学习方法将基因的空间分布特征与基因表达特征整合到同一特征空间，并采用Autoencoder网络提取空间嵌入，有效解决了批次效应问题	目前仅在人类DLPFC数据集上进行了验证，需要更多样本来验证方法的普适性	提升空间转录组学数据分析的准确性和整合能力	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	Autoencoder	基因表达数据和空间分布数据	人类DLPFC数据集(具体样本包括151673和151672)
136	2025-06-14	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-Jun-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	本文介绍了一种名为WISpR的机器学习算法，用于在空间转录组学中准确预测细胞类型分布	WISpR算法整合了spot-specific超参数和稀疏驱动建模，克服了现有方法忽略生物学基础约束的局限性	NA	提高空间转录组学中细胞类型分布的预测准确性	空间转录组学数据中的细胞类型分布	空间转录组学	癌症	空间转录组学	WISpR	空间转录组数据	十个数据集
137	2025-06-14	A review of spatial transcriptomics in psoriasis: new insights into cellular contributions 2025-Jun-11, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2025.102585 PMID:40505496	综述	本文综述了空间转录组学在银屑病研究中的应用及其对理解细胞类型和相互作用的贡献	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了银屑病皮肤中特定细胞群和失调通路的新见解	NA	总结空间转录组学在银屑病研究中的应用及其对理解细胞类型和相互作用的影响	银屑病皮肤组织	数字病理学	银屑病	空间转录组学(ST), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
138	2025-06-14	Sex-specific neurotoxicity induced by long-term bisphenol A exposure: Single-cell sequencing reveals dual mechanisms involving hippocampal gliosis and neuronal apoptosis 2025-Jun-11, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.179810 PMID:40505511	研究论文	本研究探讨了长期暴露于双酚A（BPA）对成年小鼠行为记忆和神经系统的影响，揭示了性别特异性的神经毒性机制	首次结合行为学、形态学分析和单细胞测序技术，揭示了BPA暴露导致的性别特异性神经毒性机制，包括雌性小鼠海马胶质增生和雄性小鼠海马齿状回颗粒神经元凋亡	研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类外推需谨慎	探究长期BPA暴露对神经系统的影响及其性别特异性机制	成年小鼠	神经毒理学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	行为学数据、形态学数据、单细胞测序数据	未明确说明小鼠数量
139	2025-06-14	ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability 2025-Jun-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877 PMID:40505628	研究论文	通过建立包含63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系的生物资源，研究自闭症谱系障碍(ASD)的细胞类型特异性共同特征	建立了首个包含63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系的ASD遗传模型资源库，并发现神经元中翻译终止和NMD核心成员Upf3b表达减少的共同表型	研究主要基于小鼠模型，与人类ASD可能存在差异	理解ASD的细胞类型特异性病理机制	63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	小鼠胚胎干细胞模型	基因表达数据	63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系，其中12个代表性细胞系进行神经分化分析
140	2025-06-14	Two types of regenerative cell populations appear in acute liver injury 2025-Jun-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102503 PMID:40345206	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究发现急性肝损伤中同时出现两种不同的再生细胞群	揭示了在急性肝损伤中同时出现两种形态、分化、定位、增殖速率和信号响应显著不同的再生细胞群，其中一种群体与坏死组织接触后诱导产生，具有更高的增殖能力和去分化特征	研究基于公开的小鼠数据，可能无法完全反映人类临床情况	探究急性肝损伤中的肝再生机制	对乙酰氨基酚处理的小鼠肝脏再生过程	生物医学	肝病	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	公开可用的对乙酰氨基酚处理小鼠数据