单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-22	Single-cell transcriptomic atlas reveals the underlying mechanism of indole-3-acetic acid in protecting against acute cholestatic liver injury 2025-Aug, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156942 PMID:40513326	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱揭示了吲哚-3-乙酸（3-IAA）在预防急性胆汁淤积性肝损伤中的潜在机制	首次通过单细胞RNA测序全面绘制了3-IAA缓解急性胆汁淤积性肝损伤的单细胞图谱，并揭示了其通过调节GZMAGZMK效应NK细胞和扩增肝脏抗炎CD59巨噬细胞的免疫机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究3-IAA在急性胆汁淤积性肝损伤中的治疗潜力及其作用机制	急性胆汁淤积性肝损伤大鼠模型	生物医学	肝病	单细胞RNA测序、转录组学、代谢组学	NA	单细胞转录组数据	NA
122	2025-06-22	TMEM55A-mediated PI5P signalling regulates alpha cell actin depolymerisation and glucagon secretion 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06411-9 PMID:40140059	研究论文	本文揭示了TMEM55A通过调控细胞内PI5P和F-actin网络来调节α细胞胞吐作用和胰高血糖素分泌的新途径	发现TMEM55A通过PI5P信号通路调控α细胞肌动蛋白解聚和胰高血糖素分泌的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证	验证TMEM55A及其潜在信号分子在α细胞功能和胰高血糖素分泌中的作用	人和小鼠的胰岛α细胞	细胞生物学	糖尿病	膜片钳电生理学、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	NA	电生理数据、RNA测序数据、显微镜图像	人类和小鼠胰岛α细胞
123	2025-06-22	RFX3 is essential for the generation of functional human pancreatic islets from stem cells 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06424-4 PMID:40263183	研究论文	本研究探讨了调控因子X3（RFX3）在人类胰岛发育中的功能，使用诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官进行研究	首次揭示了RFX3在人类胰岛细胞分化中的关键作用及其对肠嗜铬细胞（ECs）分化的抑制作用	研究主要基于体外类器官模型，未涉及体内验证	探究RFX3在人类胰岛发育中的功能及其机制	人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官	干细胞生物学	糖尿病	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、批量RNA测序	基因敲除（KO）和过表达模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用了iPSC衍生的胰岛类器官
124	2025-06-22	Abundance of a metabolically active subpopulation in dedifferentiated adipocytes inversely correlates with body mass index 2025-Jul, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102161 PMID:40348015	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术鉴定了人类脂肪细胞中一个具有高代谢活性的亚群，并发现其丰度与体重指数呈负相关	首次在人类去分化脂肪细胞中发现具有肌肉细胞基因特征的高代谢活性亚群，并揭示其与体重指数的负相关性	研究样本量相对有限（11名供体），且机制研究有待深入	探究脂肪组织中不同亚群的细胞组成和功能特性与代谢疾病的关系	人类去分化脂肪细胞（DFAT）和皮下脂肪组织	代谢组学	肥胖症	单细胞RNA测序（10x Genomics）、流式细胞分选（FACS）、批量RNA测序	NA	基因表达数据	11名人类供体的脂肪细胞样本+1759名供体的皮下脂肪组织基因表达数据
125	2025-06-22	The co-location of MARCO+ tumor-associated macrophages and CTSE+ tumor cells determined the poor prognosis in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001138 PMID:39471066	研究论文	本研究通过空间转录组和单细胞转录组数据，详细分析了肝内胆管癌（ICC）中的免疫浸润模式，并发现MARCO+肿瘤相关巨噬细胞与CTSE+肿瘤细胞的共定位与患者不良预后相关	首次在ICC中鉴定了两种肿瘤内免疫浸润模式（巨噬细胞+和浆细胞+），并揭示了MARCO+ TAMs与CTSE+肿瘤细胞的共定位如何促进免疫抵抗性微环境的形成	样本量相对较小（6个空间转录组样本和35个单细胞样本），且仅在20个ICC样本中通过多重免疫荧光验证了共定位结果	探究肝内胆管癌中免疫细胞的具体表型及其在肿瘤微环境中的空间分布	肝内胆管癌（ICC）患者	数字病理	肝内胆管癌	空间转录组学、单细胞转录组学、多重免疫荧光	NA	转录组数据、图像数据	6个空间转录组样本（29,632个点）、35个单细胞样本（21,158个细胞）、20个ICC验证样本
126	2025-06-22	Integrated spatial omics of metabolic reprogramming and the tumor microenvironment in pancreatic cancer 2025-Jun-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112681 PMID:40538442	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组学、空间转录组学和空间代谢组学，揭示了胰腺癌中代谢重编程与肿瘤微环境的空间共定位关系	首次在胰腺癌中实现了多组学空间整合分析，揭示了代谢异质性与细胞间相互作用的动态特征	样本量有限，未进行功能性验证实验	探究胰腺癌代谢重编程与肿瘤微环境的相互作用机制	胰腺癌肿瘤样本	空间多组学	胰腺癌	单细胞转录组测序(scRNA-seq)、空间转录组学、空间代谢组学成像	伪时间轨迹分析(pseudotime trajectory)、scMetabolism分析	单细胞基因表达数据、空间基因表达数据、代谢物成像数据	未明确说明具体样本数量（人类胰腺癌组织样本）
127	2025-06-22	Loss of BAP1 defines a unique subtype of TP53-mutated de novo AML and confers sensitivity to BCL-xL inhibitors 2025-Jun-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026417 PMID:40540751	研究论文	该研究确定了BAP1缺失在TP53突变型急性髓系白血病（AML）中的独特亚型，并揭示了其对BCL-xL抑制剂的敏感性	发现BAP1缺失与TP53突变共同存在于AML患者中，且与不良预后相关，揭示了BAP1在AML中的新作用机制及其对BCL-xL抑制剂的敏感性	研究样本量有限，且BAP1缺失在AML中的具体作用机制仍需进一步验证	探究TP53突变型AML中BAP1缺失的作用及其治疗潜力	TP53突变型AML患者及小鼠模型	肿瘤学	急性髓系白血病（AML）	RNA-seq, ChIP-seq	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	TP53突变型AML患者及Bap1KO小鼠
128	2025-06-22	A deep generative model for deciphering cellular dynamics and in silico drug discovery in complex diseases 2025-Jun-20, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-025-01423-7 PMID:40542107	研究论文	介绍了一种名为UNAGI的深度生成神经网络，用于分析时间序列单细胞转录组数据，以揭示疾病进展的复杂细胞动态并促进药物干预的计算机模拟	开发了UNAGI这一深度生成模型，能够捕捉疾病进展中的复杂细胞动态，增强药物扰动建模和筛选能力	虽然展示了在特发性肺纤维化和COVID等疾病中的应用，但未提及对其他类型疾病的适用性验证	开发计算工具以详细分析疾病进展并进行靶向计算机模拟药物干预	特发性肺纤维化患者和COVID患者的单细胞转录组数据	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞转录组学	深度生成神经网络	时间序列单细胞转录组数据	NA
129	2025-06-22	Comparison of spatial transcriptomics technologies using tumor cryosections 2025-Jun-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03624-4 PMID:40542418	研究论文	比较四种基于成像的空间转录组学技术和一种基于测序的方法在肿瘤冷冻切片上的应用	首次系统比较不同空间转录组学技术在特定肿瘤类型（MBEN）中的应用，并提出改进细胞分割和整合多组学数据的策略	研究仅针对一种特定肿瘤类型（MBEN），结果可能不适用于其他肿瘤类型	评估不同空间转录组学技术的性能并指导方法选择	髓母细胞瘤广泛结节型（MBEN）的冷冻切片	空间转录组学	髓母细胞瘤	RNAscope HiPlex, Molecular Cartography, Merscope, Xenium, Visium	NA	空间转录组数据	MBEN肿瘤冷冻切片（具体数量未明确说明）
130	2025-06-22	Glial cell crosstalk in the local microenvironment following spinal cord injury 2025-Jun-19, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111436 PMID:40540843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了脊髓损伤后局部微环境中胶质细胞的相互作用及其在病理过程中的作用	首次在单细胞水平上鉴定了脊髓损伤后三种胶质细胞类型（小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞）的亚群及其相互作用网络，并发现了与铁死亡相关的少突胶质细胞损失	研究主要基于动物模型，人类脊髓损伤的适用性需要进一步验证	阐明脊髓损伤后胶质细胞在局部微环境中的相互作用机制	脊髓损伤后的小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
131	2025-06-22	Transcriptomic bioinformatics analysis proposes a novel BCL2-MAPK14-TXN oxidative stress diagnostic model of sepsis and identifies TXN as an oxidative stress-related signature gene in sepsis 2025-Jun-19, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115016 PMID:40540896	research paper	该研究通过生物信息学分析提出了一种新型的BCL2-MAPK14-TXN氧化应激诊断模型，用于脓毒症诊断，并确认TXN作为脓毒症中氧化应激相关的标志基因	提出了一种基于BCL2-MAPK14-TXN基因的新型诊断模型，并首次探索了TXN在脓毒症氧化应激中的调控作用	需要进一步实验验证以促进模型的实际应用	筛选氧化应激相关基因并验证其诊断效用	脓毒症患者和对照组的基因表达数据	生物信息学	脓毒症	微阵列数据分析、机器学习算法、免疫浸润分析、单细胞RNA测序	诊断nomogram模型	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE65682、GSE95233、GSE131761、GSE33118）和单细胞RNA测序数据集（GSE175453）
132	2025-06-22	The impact of de novo lipogenesis on predicting survival and clinical therapy: an exploration based on a multigene prognostic model in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06704-y PMID:40533802	研究论文	基于新生脂肪生成途径构建了一个六基因预后模型，用于预测肝细胞癌患者的生存和临床治疗效果	首次基于新生脂肪生成(DNL)途径构建了一个六基因预后模型，并揭示了其与免疫微环境及治疗反应的关联	样本量相对有限，需要更大规模的外部验证	探索新生脂肪生成在肝细胞癌预后预测和治疗反应中的作用	肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	LASSO-Cox回归分析、免疫组化、Western blotting、多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后风险模型	基因表达数据、临床数据	TCGA、GEO、ICGC-LIRI数据集和106例湘雅HCC队列
133	2025-06-22	A prognostic gene signature and subtype-specific drug sensitivity in TNBC revealed by single-cell and bulk RNA sequencing: Insights into stemness and tumor heterogeneity 2025-Jun-18, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2025.06.007 PMID:40541706	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示TNBC的预后基因特征和亚型特异性药物敏感性，深入探讨干性和肿瘤异质性	整合多组学方法，结合单细胞RNA测序与批量转录组、表观基因组和突变分析，识别出与TNBC化疗耐药相关的220个差异表达基因，并从中推导出一个四基因预后特征	研究主要基于公开数据集（GSE176078和TCGA-BRCA），可能受限于样本来源和数据质量	探索TNBC的细胞异质性和化疗耐药机制，为个性化治疗策略提供基础	三阴性乳腺癌（TNBC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、表观基因组分析、突变分析	无监督聚类	RNA测序数据	基于公开数据集GSE176078和TCGA-BRCA，具体样本数量未明确说明
134	2025-06-22	Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions 2025-Jun-17, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538 PMID:40541174	research paper	研究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞（hiPSC）从原始态向初始态转变过程中对集落形态的影响	揭示了整合素β1在调控多能干细胞状态中的新作用，并展示了整合素抑制剂如何帮助在体外微调hiPSC的功能和特性	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的影响	探讨整合素β1在调控人类诱导多能干细胞状态转变中的作用	人类诱导多能干细胞（hiPSC）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组分析、功能分析	NA	基因表达数据、形态学数据	NA
135	2025-06-22	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Jun-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	该研究揭示了中脑胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤生长的机制	首次发现中脑胆碱能神经元远程投射通过M1/M3受体依赖的方式促进DMG生长，并揭示了与健康OPCs相似的增殖效应	研究主要基于小鼠模型，人类DMG中的胆碱能调控机制需要进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的影响机制	弥漫性中线胶质瘤(DMG)和少突胶质前体细胞(OPCs)	神经肿瘤学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断	小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	DMG小鼠模型和原代DMG样本
136	2025-06-22	Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data 2025-Jun-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98469 PMID:40511682	研究论文	介绍了一种名为SCellBOW的单细胞RNA测序分析框架，用于识别和可视化肿瘤中的细胞亚群，并评估其临床风险	SCellBOW是一种受自然语言处理领域文档嵌入技术启发的新型计算方法，能够有效识别和高质量可视化单细胞亚群，并评估其与疾病预后的关联	缺乏与肿瘤单细胞RNA测序研究相关的临床注释	开发一种能够识别肿瘤细胞亚群并评估其临床风险的计算方法	单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞亚群	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq	NLP-inspired embedding techniques	单细胞转录组数据	包括内部生成的人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞(PBMC)数据集在内的多个scRNA-seq数据集
137	2025-06-22	A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657841 PMID:40502063	研究论文	开发了一种多步骤免疫活性遗传小鼠模型，用于研究葡萄膜黑色素瘤的表型可塑性	该模型首次结合了人类葡萄膜黑色素瘤进展中的逐步遗传改变，能够模拟肿瘤免疫微环境并具有转移潜力	模型虽然模拟了人类疾病特征，但仍需进一步验证其在药物测试中的适用性	建立一个更接近人类疾病特征的葡萄膜黑色素瘤小鼠模型，以研究其生物学特性和免疫治疗策略	葡萄膜黑色素瘤的遗传小鼠模型	癌症研究	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型	基因表达数据	NA
138	2025-06-22	Human microglia in brain assembloids display region-specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids 2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657874 PMID:40501840	研究论文	本研究通过构建包含人类小胶质细胞的区域特异性脑类器官，揭示了小胶质细胞在人类大脑不同区域的多样性及其对神经元活动的响应	首次在区域特异性脑类器官中整合人类小胶质细胞，发现六种具有区域特征的小胶质细胞亚型，并揭示了其在自闭症相关神经元过度活跃中的病理作用	研究主要基于体外类器官模型，可能与体内实际情况存在差异	探究人类大脑不同区域小胶质细胞的特性及其在神经环路中的作用	人类小胶质细胞和区域特异性脑类器官（皮质、纹状体和中脑）	神经科学	自闭症	单细胞RNA测序、化学遗传学、钙成像	脑类器官组装体模型	基因表达数据、钙信号数据	多种区域特异性脑类器官（具体数量未明确说明）
139	2025-06-22	Cholinergic neuron-to-glioblastoma synapses in a human iPSC-derived co-culture model 2025-Jun-04, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102534 PMID:40541171	research paper	该研究开发了一种使用人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的胆碱能神经元与患者来源的胶质母细胞瘤（GBM）类器官共培养的系统，以研究胆碱能神经元与GBM之间的突触相互作用	首次在人类细胞系统中研究了胆碱能神经元与GBM之间的突触相互作用，并揭示了胆碱能输入在促进GBM进展中的作用	研究仅使用了体外共培养模型，未在体内验证胆碱能神经元对GBM的影响	研究胆碱能神经元与胶质母细胞瘤之间的相互作用及其对肿瘤生物学的影响	人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的胆碱能神经元和患者来源的胶质母细胞瘤（GBM）类器官	cancer neuroscience	glioblastoma	trans-monosynaptic tracing, electron microscopy, calcium imaging, deep single-cell RNA sequencing	co-culture model	RNA sequencing data, imaging data	NA
140	2025-06-22	Spatial Transcriptomics Reveals Cancer and Stromal Cell Heterogeneity Between Center and Invasive Front of Pancreatic Cancer 2025-Jun, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100726 PMID:39889965	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）的转录异质性	首次在PDAC中系统地比较了肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和CAFs的转录组差异，揭示了空间异质性	样本量较小（仅4例PDAC进行空间转录组分析），且均为高分化PDAC，可能无法代表所有PDAC亚型	探究PDAC肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和CAFs的转录组空间异质性	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤组织和其中的癌细胞及癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学（GeoMx系统），免疫组织化学	NA	转录组数据，图像数据	4例高分化PDAC进行空间转录组分析，17例不同分化程度的PDAC进行免疫组化验证