单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-08-06	Identification and validation of ANXA3 and SOCS3 as biomarkers for acute myocardial infarction related to sphingolipid metabolism 2025-Aug-04, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00515-3 PMID:40760666	研究论文	本研究通过分析基因表达数据，识别并验证了ANXA3和SOCS3作为与鞘脂代谢相关的急性心肌梗死生物标志物	首次将ANXA3和SOCS3识别为与鞘脂代谢相关的急性心肌梗死生物标志物，并通过多种分析方法验证其诊断价值	研究仅基于两个基因表达数据集，样本来源和数量可能有限	探索与鞘脂代谢相关的基因在急性心肌梗死中的作用，以支持临床诊断	急性心肌梗死患者的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 分子对接	ANN (人工神经网络)	基因表达数据	两个基因表达数据集(GSE48060和GSE123342)
122	2025-08-06	Allele-specific expression analysis: pipelines, applications, challenges, and unmet needs 2025-Aug-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110890 PMID:40759060	综述	本文综述了等位基因特异性表达分析的流程、应用、挑战及未满足的需求	对26种前沿的等位基因特异性表达分析流程进行了批判性评估，并提出了未来发展方向	现有流程缺乏端到端解决方案、多组学整合选项有限、对单细胞测序技术支持不足	理解等位基因特异性表达的调控机制及其生物学和临床意义	等位基因特异性表达分析流程	基因组学	NA	单细胞测序、多组学整合	NA	基因组数据	NA
123	2025-08-06	Spatial mutual nearest neighbors for spatial transcriptomics data 2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf403 PMID:40713795	research paper	提出了一种名为spatialMNN的算法，用于整合多个空间转录组样本并识别空间域	该算法首次将空间坐标信息整合到互近邻（MNN）方法中，改进了传统MNN在空间转录组学中的应用	NA	开发一种能够整合空间转录组数据并识别空间域的计算方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	k-nearest neighbors (kNN), Louvain算法	空间转录组数据	31个10x Genomics Visium样本
124	2025-08-06	Emerging Molecular Therapeutic Targets in Breast Cancer: Pathologic Identification and Clinical Implications 2025-Aug-02, Human pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1016/j.humpath.2025.105881 PMID:40759284	综述	本文总结了乳腺癌的当前和新兴分子生物标志物，强调它们在推进精准肿瘤学中的作用	介绍了新兴生物标志物如cyclin E过表达、BRCA1/2突变和错配修复缺陷，以及液体活检技术和高通量技术在生物标志物发现中的应用	标准化、可重复性和临床验证方面仍存在挑战	推进乳腺癌的精准肿瘤学研究和临床实践	乳腺癌及其分子生物标志物	数字病理学	乳腺癌	下一代测序（NGS）、液体活检、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	分子数据、液体活检数据	NA
125	2025-08-06	Effects of β-catenin deficiency on adipose tissue physiology 2025-Aug-02, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102226 PMID:40759324	研究论文	研究β-catenin缺乏对脂肪组织生理学的影响	揭示了β-catenin在脂肪细胞中缺乏如何影响基因表达及脂肪组织内细胞间的相互作用，特别是发现雄性小鼠中脂肪细胞特异性β-catenin敲除导致脂肪增加和胰岛素抵抗	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索脂肪细胞Wnt/β-catenin信号通路在脂肪组织生理和代谢稳态中的作用	脂肪组织中的脂肪细胞和基质血管细胞（包括脂肪干细胞、巨噬细胞和其他免疫细胞）	代谢生理学	代谢疾病	RNA测序（bulk和单细胞）、流式细胞术、细胞外囊泡分离	小鼠模型（Ctnnb1AdKO）	基因表达数据、代谢表型数据	雄性及雌性脂肪细胞特异性β-catenin敲除小鼠
126	2025-08-06	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-02, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	探讨在胰腺导管腺癌(PDAC)中，化疗如何通过TP53功能获得性突变增加uPAR表达，从而促进癌细胞侵袭和转移	揭示了TP53功能获得性突变通过上调PLAUR/uPAR表达促进PDAC化疗抵抗和癌细胞侵袭的新机制	研究主要基于细胞系和TCGA数据分析，缺乏体内实验验证	阐明PDAC化疗抵抗和癌细胞侵袭性增加的分子机制	胰腺导管腺癌细胞(PANC1和MIA PaCa-2)和TCGA数据库中的PDAC样本	肿瘤生物学	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA数据库中的PDAC样本和两种PDAC细胞系
127	2025-08-06	Upregulation of YY1/EZH2 and MLH1 as Therapeutic Targets for Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma 2025-Aug, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70095 PMID:40355804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了YY1/EZH2和MLH1在成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）中的调控作用及其作为治疗靶点的潜力	首次在单细胞水平上鉴定了ATLL的表观遗传调控轴，并发现YY1/EZH2过表达与疾病侵袭性相关，同时揭示了MLH1通过YY1/EZH2抑制下调可能是治疗侵袭性ATLL的有效策略	研究样本量有限，且机制研究主要在细胞系中进行，需要进一步在更大规模的临床样本和动物模型中验证	探索ATLL的表观遗传调控机制并寻找新的治疗靶点	成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）患者原代细胞和细胞系	肿瘤生物学	白血病/淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、计算机启动子分析（in silico promoter analysis）	NA	单细胞转录组数据	原代ATLL细胞和细胞系（具体数量未明确说明）
128	2025-08-06	Local inflammation at the salmon louse (Lepeophtheirus salmonis) attachment site contributes to copepodid rejection in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) 2025-Aug, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-025-03976-0 PMID:40464919	研究论文	本研究调查了大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼对寄生鲑鱼虱的易感性，并比较了不同鲑鱼种在鲑鱼虱附着部位的细胞反应	揭示了银鲑鱼在鲑鱼虱附着部位通过中性粒细胞驱动的快速大规模炎症反应来抵抗寄生	研究仅基于三次连续的挑战试验，样本量和实验条件可能限制结果的普遍性	探究不同鲑鱼种对鲑鱼虱的易感性及抵抗机制	大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼（粉鲑、银鲑和狗鲑）	水产病理学	寄生虫感染	组织学、蛋白质组学和空间转录组学分析	NA	组织样本、蛋白质组数据和转录组数据	四种鲑鱼种在三次挑战试验中的皮肤和鳍样本
129	2025-08-06	Integrated single-cell RNA and ATAC sequencing of B-cell lymphoma-3(Bcl3) and endothelin-2(Edn2) proteins as targets to prevent glaucoma progression 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145455 PMID:40562139	研究论文	通过单细胞RNA测序和ATAC测序分析，识别Bcl3和Edn2作为青光眼进展的关键蛋白，并通过实验验证其在青光眼中的作用	首次整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据，识别Bcl3和Edn2作为青光眼的关键蛋白，并验证其在NF-κB和Hippo信号通路中的作用	研究主要基于生物信息学分析和动物模型，临床样本数量有限，需要进一步的大规模临床验证	探索原发性开角型青光眼(POAG)的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	青光眼患者样本、动物模型(R28细胞、视网膜缺血再灌注和NMDA诱导的青光眼大鼠模型)	数字病理学	青光眼	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ATAC-seq, ELISA, RT-qPCR	NA	测序数据、实验数据	多个数据集(GSE203499, GSE212186, GSE241782, GSE212188)中的青光眼和对照样本，以及人类房水和血清样本、动物模型
130	2025-08-06	Microglial landscape and signaling in spinal cord injury 2025-Aug, Spinal cord IF:2.1Q1 DOI:10.1038/s41393-025-01103-y PMID:40624302	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了脊髓损伤后小胶质细胞的动态变化及其关键信号通路	发现了TGFβ信号通路对小胶质细胞迁移的关键调控作用，以及Trem2介导的神经炎症反应	研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证	揭示脊髓损伤后小胶质细胞的分子机制，促进功能恢复	小胶质细胞及其在脊髓损伤中的动态变化	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
131	2025-08-06	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Aug, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	研究论文	本文研究了贾第虫感染如何通过诱导2型黏膜免疫反应减轻小鼠肠道炎症	揭示了贾第虫通过诱导IL-10产生的Th2细胞扩增，促进寄生虫持续存在并保护免受炎症性肠病侵害的新机制	研究仅基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究贾第虫感染对肠道炎症的调节作用及其免疫机制	尼日利亚学龄儿童和小鼠模型	免疫学	肠道炎症性疾病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	小鼠感染模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本量，涉及人类流行病学数据和小鼠实验
132	2025-08-06	Temporal control of progenitor competence shapes maturation in GABAergic neuron development in mice 2025-Aug, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01999-y PMID:40629142	研究论文	本研究探讨了小鼠GABA能神经元发育中祖细胞能力的时间控制如何影响其成熟和分化	揭示了转录程序和染色质可及性如何调控GABA能神经元亚型在神经发育中的成熟和多样化	研究仅限于小鼠胚胎，未涉及其他物种或人类	探究祖细胞能力如何影响GABA能神经元的成熟和分化	小鼠胚胎中的GABA能投射神经元和中间神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、谱系追踪、出生日期标记、跨发育阶段移植和扰动测序	NA	转录组数据、染色质可及性数据	小鼠胚胎样本
133	2025-08-06	Epiblast-derived CX3CR1+ progenitors generate cardiovascular cells during cardiogenesis 2025-Aug, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00488-z PMID:40551012	research paper	本研究揭示了CX3CR1+细胞在小鼠心脏发育过程中的起源和命运，证明其来源于外胚层细胞，并在心脏生成过程中分化为心肌细胞和内皮细胞	首次发现CX3CR1+细胞不仅生成组织巨噬细胞，还能分化为心肌细胞和内皮细胞，揭示了其在心脏发育中的多能祖细胞特性	研究仅限于小鼠模型，人类心脏发育中CX3CR1+细胞的作用尚不清楚	阐明CX3CR1+细胞在心脏发育过程中的起源和分化命运	小鼠胚胎CX3CR1+细胞及其后代细胞	发育生物学	心血管疾病	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序	小鼠模型、胚胎干细胞模型	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠胚胎E6.5至成年阶段的心脏组织
134	2025-08-06	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Aug-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00191.2025 PMID:40748676	research paper	该研究通过基于成像的空间转录组学技术，分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	研究首次创建了一个涵盖不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织的空间转录组图谱，并提出了一个基于胎龄和寿命的简化分类方案，以识别传统二元比较中可能被忽视的细胞类型模式	研究样本量相对较小（17个婴儿肺组织），且分类方案可能无法涵盖所有临床情况	揭示肺器官发育过程中的细胞转变时间和调控机制，以及疾病状态下这些过程的破坏	人类婴儿肺组织	digital pathology	lung cancer	imaging-based spatial transcriptomics	computational clustering	spatial transcriptomic data	17个人类婴儿肺组织，约120万个细胞
135	2025-08-06	BACH2 drives the development and function of group 2 innate lymphoid cells 2025-Aug, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads4323 PMID:40749046	研究论文	本文揭示了转录因子BACH2在调控2型先天淋巴细胞（ILC2s）的发育和功能中的关键作用	首次发现BACH2在ILC2s及其前体细胞中高表达并表观遗传激活，揭示了BACH2通过调控转录和表观遗传景观影响ILC2s的分化和功能	未探讨BACH2在其他免疫细胞类型中的潜在作用，以及BACH2调控的具体下游靶基因网络	阐明ILC2s发育和功能的调控机制及其在过敏性炎症中的作用	2型先天淋巴细胞（ILC2s）及其前体细胞	免疫学	哮喘	scRNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag-seq	NA	基因组学数据	NA
136	2025-08-06	The bone marrow immune ecosystem shapes daratumumab acquired resistance in plasma cell myeloma 2025-Aug-01, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02712-5 PMID:40750676	研究论文	本研究探讨了骨髓免疫生态系统在多发性骨髓瘤中对达雷妥尤单抗获得性耐药的影响	通过单细胞RNA测序和数字空间分析，揭示了获得性耐药与CD8阳性T细胞耗竭表型、IFN-γ信号以及MYC调控的关联	研究样本量有限，且主要依赖于外部队列数据进行验证	探究多发性骨髓瘤患者对达雷妥尤单抗产生获得性耐药的机制	多发性骨髓瘤患者及其骨髓免疫生态系统	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、数字空间分析(DSP)	NA	单细胞RNA测序数据、空间分析数据	配对样本（治疗前与获得性耐药后），以及4个外部队列数据（GSE24080, GSE136337, GSE57317, coMMpass）
137	2025-08-03	Correction: Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA 2025-Aug-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11923-0 PMID:40750841	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
138	2025-08-06	Dihydroartemisinin enhances remyelination by switching microglia to the reparative phenotype 2025-Aug-01, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03510-7 PMID:40750890	研究论文	该研究探讨了双氢青蒿素（DHA）通过调控小胶质细胞表型促进髓鞘再生的机制	首次证明DHA能够通过促进小胶质细胞向修复型表型转变，增强髓鞘再生和神经功能恢复	研究主要基于动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索DHA在促进髓鞘再生中的作用机制	小胶质细胞和少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	多发性硬化症	单细胞测序、小胶质细胞清除技术（PLX3397）	EAE模型和CPZ模型	实验数据	动物模型（具体数量未明确说明）
139	2025-08-06	Co-Expression of MHC-II and ANXA1: Mediators of PD-1/PD-L1 Therapy Resistance in Breast Cancer 2025-Aug, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70291 PMID:40744683	研究论文	本研究探讨了MHC-II和ANXA1在三阴性乳腺癌中对PD-1/PD-L1治疗抵抗的潜在作用	揭示了ANXA1作为PD-1/PD-L1治疗抵抗的潜在介导者，并提出了其作为治疗靶点的可能性	ANXA1表达与总生存率无直接相关性	研究MHC-II在乳腺癌免疫逃逸、肿瘤转移和免疫治疗疗效中的作用，以改进三阴性乳腺癌的治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	差异表达分析（Limma）、GO和KEGG通路富集分析（clusterProfiler）、孟德尔随机化分析、单细胞测序数据分析（Scanpy和CellTypist）	UMAP、PCA、Leiden算法	基因表达数据、单细胞测序数据	来自UK Biobank和GEO数据集的样本
140	2025-08-06	Causal Association Between Immune Cell Traits and Risk of Multiple Malignant and Nonmalignant CNS Diseases: A Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomic Analysis 2025-Aug, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70632 PMID:40760788	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞转录组分析，探讨免疫细胞特征与多种中枢神经系统疾病风险的因果关系	结合孟德尔随机化和单细胞转录组分析，首次系统地评估了免疫细胞特征对多种脑部疾病的因果影响，并建立了胶质母细胞瘤风险特征	样本量可能仍有限，且结果可能存在异质性	阐明免疫细胞特征与多种脑部疾病的因果关系，并探索胶质母细胞瘤的生物标志物	731种免疫细胞特征和13种脑部疾病	生物信息学	胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症、重度抑郁症	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析、非负矩阵分解(NMF)	NMF	基因组数据、单细胞转录组数据	731种免疫细胞特征和13种脑部疾病的数据