单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-07-25	Macrophages in cardiovascular diseases: molecular mechanisms and therapeutic targets 2024-05-31, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01840-1 PMID:38816371	综述	本文系统总结了巨噬细胞在心血管疾病调控机制中的多样表型和功能可塑性，以及单细胞测序技术带来的新视角	利用单细胞测序技术揭示了巨噬细胞的异质性、细胞间相互作用及治疗靶点的下游机制，为心血管疾病的治疗提供了新的视角	未具体提及样本量或实验设计的详细限制	探讨巨噬细胞在心血管疾病中的分子机制及治疗靶点	巨噬细胞在心血管疾病（如冠心病、瓣膜病、心肌炎、心肌病、心力衰竭、动脉粥样硬化和动脉瘤）中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
122	2025-07-25	Targeting BCL9/BCL9L enhances antigen presentation by promoting conventional type 1 dendritic cell (cDC1) activation and tumor infiltration 2024-05-29, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01838-9 PMID:38811552	研究论文	本研究探讨了靶向BCL9/BCL9L如何通过促进常规1型树突状细胞（cDC1）的激活和肿瘤浸润来增强抗原呈递	揭示了靶向BCL9/BCL9L通过XCL1-XCR1轴和NF-κB/IRF1信号通路增强cDC1激活和抗原呈递的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索BCL9/BCL9L在肿瘤抗原呈递中的作用及其对免疫治疗的潜在影响	常规1型树突状细胞（cDC1）、BCL9/BCL9L蛋白、CD8 T细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞转录组分析、基因敲除小鼠模型	Bcl9/Bcl9l敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠和野生型小鼠进行对比
123	2025-07-25	Progression from ductal carcinoma in situ to invasive breast cancer: molecular features and clinical significance 2024-04-03, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01779-3 PMID:38570490	综述	本文综述了导管原位癌（DCIS）向浸润性乳腺癌（IDC）进展的分子特征及其临床意义	系统总结了DCIS向IDC转变的关键信号通路、分子特征及肿瘤微环境变化，并探讨了单细胞测序、空间转录组学和人工智能等新技术在研究中的应用	NA	深入理解DCIS的生物学特性及其向IDC转变的分子机制，以促进更有效的临床管理	导管原位癌（DCIS）和浸润性导管癌（IDC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组学、人工智能	NA	分子数据、临床数据	NA
124	2025-07-25	Characterization of Immunosuppressive Myeloid Cells in Merkel Cell Carcinoma: Correlation with Resistance to PD-1 Pathway Blockade 2024-03-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1957 PMID:37851052	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多重免疫组化染色技术，探讨了默克尔细胞癌（MCC）中免疫抑制性髓系细胞的特征及其与PD-1通路阻断抵抗的相关性	首次在MCC中详细描述了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的免疫抑制特性及其与PD-1阻断治疗抵抗的关联	样本量相对较小（单细胞转录组学9例，免疫组化54例），且未明确验证TAMs与CD8 T细胞空间相互作用的临床意义	探究MCC中髓系细胞的免疫抑制特性及其对免疫治疗响应的影响	默克尔细胞癌患者肿瘤组织中的髓系细胞和CD8 T细胞	肿瘤免疫学	默克尔细胞癌	单细胞转录组学，多重免疫组化染色（multiplex IHC）	NA	转录组数据，免疫组织化学图像数据	单细胞转录组学分析9例患者，免疫组化分析54例患者治疗前肿瘤样本
125	2024-08-07	Partners in Crime: Inferring Cell-to-cell Interactions in Kidney Allograft Rejection From Single-cell RNA Sequencing 2024-02-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004763 PMID:37638872	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
126	2025-07-25	Exploring the Immune-related Molecular Mechanisms Underlying the Comorbidity of Temporal Lobe Epilepsy and Major Depressive Disorder through Integrated Data Set Analysis 2024, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0118761429380394250217093030 PMID:39976098	研究论文	通过整合数据集分析探索颞叶癫痫和重度抑郁症共病的免疫相关分子机制	识别了TLE和MDD共有的关键基因及其免疫相关分子机制，并预测了潜在治疗药物	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	探索TLE和MDD共病的分子机制及其在诊断和治疗中的应用	颞叶癫痫(TLE)和重度抑郁症(MDD)患者	生物信息学	神经系统疾病	基因表达分析、WGCNA、PPI网络构建、LASSO、随机森林、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞测序	LASSO、随机森林(RF)	基因表达数据	来自GEO数据库的脑组织基因表达数据
127	2025-07-25	Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype 2023-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008 PMID:36931600	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类鼻黏膜IgE抗体分泌细胞，揭示了一种新发现的表型	首次在过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉中，通过单细胞RNA测序鉴定了IgE抗体分泌细胞（ASCs）的独特表型和转录特征	样本量较小（n=3），可能限制结果的普遍性	探究IgE抗体分泌细胞在过敏性真菌性鼻窦炎中的表型和功能	过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉中的CD19和CD19 ASCs	免疫学	过敏性真菌性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	3例过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉样本
128	2025-07-25	T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma 2022-02, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01623-z PMID:35027754	研究论文	本研究探讨了与黑色素瘤患者接受免疫检查点抑制剂治疗后出现严重免疫相关不良事件相关的T细胞特征	首次发现循环中激活的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性两种预处理因素与严重irAE发展相关	样本量相对较小(n=27, 26和18)，且仅针对黑色素瘤患者	探索与免疫检查点抑制剂治疗毒性相关的T细胞特征	接受抗PD-1单药或抗PD-1与抗CTLA-4联合治疗的黑色素瘤患者	免疫治疗	黑色素瘤	飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序、批量RNA测序和批量T细胞受体(TCR)测序	NA	血液样本	93份治疗前和早期治疗血液样本，3个患者队列(n=27, 26和18)
129	2025-07-25	Differential gene expression analysis in single-cell RNA sequencing data 2017-Nov, Proceedings. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine DOI:10.1109/bibm.2017.8217650 PMID:40693108	研究论文	本文提出了一种名为SigEMD的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中精确高效地识别差异表达基因	结合逻辑回归模型和基于Earth Mover's Distance的非参数方法，并利用基因互作网络信息减少假阳性	未提及具体样本量或数据集的多样性限制	开发新方法以提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的检测精度	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	逻辑回归模型, 非参数方法(Earth Mover's Distance)	基因表达数据	NA
130	2025-07-24	Exploring the comorbidity mechanisms of ITGB2 in rheumatoid arthritis and membranous nephropathy through integrated bioinformatics analysis 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2536730 PMID:40697036	研究论文	通过整合生物信息学分析探索ITGB2在类风湿性关节炎和膜性肾病中的共病机制	首次识别ITGB2作为RA和MN的共同致病基因，并揭示其在M1巨噬细胞极化和B细胞成熟中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索类风湿性关节炎和膜性肾病的共同发病机制	类风湿性关节炎和膜性肾病患者	生物信息学	类风湿性关节炎和膜性肾病	RNA测序（bulk和单细胞）、随机森林算法、单样本基因集富集分析、分子对接	随机森林	RNA测序数据	NA
131	2025-07-22	Bulk RNA sequencing combined with single-cell RNA sequencing analysis revealed the ferroptosis immune target of osteoarthritis synovial fibroblasts 2025-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101587 PMID:40687616	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
132	2025-07-24	Identification and validation of the pivotal role of MANF gene in pancreatic β-cell aging using bioinformatics 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102106 PMID:40688493	研究论文	通过生物信息学分析鉴定并验证MANF基因在胰腺β细胞衰老中的关键作用	首次确立MANF作为β细胞蛋白质稳态的守护者，为糖尿病治疗提供了新的靶点	研究主要基于动物模型和细胞实验，尚未在人体中进行验证	探索胰腺β细胞衰老的分子机制及其与糖尿病的关系	胰腺β细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA-seq、微阵列分析	d-半乳糖诱导的衰老小鼠模型、HO处理的MIN6细胞	RNA-seq数据、微阵列数据	年轻和年老的食蟹猴及小鼠的胰腺β细胞数据，D-gal诱导的小鼠模型和HO处理的MIN6细胞
133	2025-07-24	Induction of host genes by nested genes during C. elegans development 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113021 PMID:40686608	研究论文	本研究分析了在胚胎发育过程中，相反嵌套配置的基因组拓扑结构对转录的影响	揭示了嵌套基因如何影响其宿主基因的表达，特别是在神经元中诱导宿主基因的短版本转录	研究仅关注了线虫的胚胎发育，未涉及其他生物或发育阶段	探究相反嵌套配置的基因对宿主基因转录的影响	线虫（C. elegans）的胚胎发育	基因组学	NA	CRISPR基因组工程、单分子FISH、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	数百个蛋白质编码基因的相反嵌套配置，覆盖线虫胚胎发育的单细胞RNA-seq数据
134	2025-07-24	Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms 2025-Aug, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2025.2472358 PMID:40014380	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理及其在哮喘研究中的应用，旨在增进对哮喘病理生理学的理解并指导未来研究方向	利用scRNA-seq技术揭示了哮喘中免疫细胞亚型的多样性及其在疾病发病机制中的特定作用，为靶向治疗策略的开发提供了理论基础	数据整合方法需要进一步优化，当前发现的临床适用性有限，未来研究应关注这些限制的克服、细胞类型注释的改进以及纵向和临床数据的纳入	阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用，以增进对哮喘病理生理学的理解	哮喘的细胞类型异质性及其功能状态，特别是免疫细胞和气道重塑	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
135	2025-07-24	A robust diagnostic model for high-risk MASH: integrating clinical parameters and circulating biomarkers through a multi-omics approach 2025-Aug, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10792-9 PMID:40205303	研究论文	本研究通过多组学方法开发了一个用于高风险MASH的稳健诊断模型	整合了循环生物标志物和临床参数，开发了ABD-LTyG预测模型，并在独立队列中验证了其效能	样本量相对较小，且仅在特定队列中验证	开发一个用于高风险MASH的诊断模型	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)患者	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	蛋白质组学分析、转录组分析、scRNA-seq、免疫荧光双标记、LASSO回归	ABD-LTyG模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据、临床数据	发现队列144人，验证队列171人
136	2025-07-24	Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B 2025-Aug, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10846-y PMID:40489024	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了慢性乙型肝炎患者B细胞亚群功能的失调	首次在慢性乙型肝炎患者中鉴定了肝脏组织中富集的非典型B细胞(ABC)和FCRL1+ B细胞亚群，并揭示了它们在免疫耐受和免疫激活阶段的不同基因表达特征	样本量相对较小，特别是慢性恢复期患者仅有3例	研究乙型肝炎病毒(HBV)感染不同阶段B细胞亚群的免疫学特征及其临床意义	25名个体的46份肝脏和血液样本中的23,967个B细胞(包括1,677个浆细胞)	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	25名个体(6名健康对照，6名免疫耐受期，6名免疫激活期，4名急性恢复期，3名慢性恢复期)，另有验证队列38名个体
137	2025-07-24	Bone marrow tumor microenvironment profiling predicts distinct immunosuppressive phenotypes and immunotherapy potential in AML patients 2025-Aug, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118287 PMID:40555045	研究论文	该研究通过分析急性髓性白血病（AML）的骨髓微环境，预测了不同的免疫抑制表型及其免疫治疗潜力	提出了基于13基因和16基因的多基因标记物来区分AML的不同免疫表型，并通过单细胞RNA测序和共培养实验验证了这些标记物	研究结果需要在大规模临床样本中进一步验证	探索AML的免疫微环境特征及其对免疫治疗的影响	成人及儿童AML患者样本和AML细胞系	肿瘤免疫学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序、xCell算法、TIDE分析、共培养实验	NA	RNA测序数据、单细胞数据	成人及儿童AML患者队列和AML细胞系
138	2025-07-24	Bioinspired 3D hydrogel scaffold to mimic tumor microenvironment for investigating into the anoikis resistance mechanisms in colorectal cancer 2025-Aug, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102061 PMID:40697318	研究论文	开发了一种仿生复合水凝胶支架，用于模拟肿瘤微环境，研究结直肠癌中的失巢凋亡抵抗机制	开发了一种新型仿生复合水凝胶（GHP），能够更好地模拟肿瘤微环境的复杂性，促进细胞增殖和分化，并揭示了失巢凋亡抵抗的新机制	研究主要基于Caco-2细胞系，可能无法完全反映所有结直肠癌细胞的特性	研究结直肠癌中失巢凋亡抵抗的机制	结直肠癌细胞（Caco-2细胞）	生物医学工程	结直肠癌	单细胞RNA测序、放射组学分析	3D细胞培养模型	基因表达数据、影像数据	使用Caco-2细胞进行实验
139	2025-07-24	Melanocytes and photosensory organs share a common ancestry that illuminates the origins of the neural crest 2025-Jul-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08502-0 PMID:40696183	研究论文	探讨脊椎动物中黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞的共同祖先及其在神经嵴起源中的作用	通过单细胞转录组学、染色质可及性和空间转录组学数据，揭示了黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞共同的调控基因表达模块，支持它们同源性的假说	研究主要基于转录组学和生物信息学分析，缺乏实验验证	探索黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞的进化关系及其共同祖先	脊椎动物的黑色素细胞、视网膜色素上皮细胞以及被囊动物Ciona的感觉囊中的色素细胞	进化生物学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、空间转录组学、系统转录组学	NA	转录组数据	NA
140	2025-07-24	Multi-omic profiling reveals age-specific blood biomarkers and aging-driven B Cell remodeling in osteoarthritis 2025-Jul-23, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003076 PMID:40696927	研究论文	通过多组学分析揭示了骨关节炎中年龄特异性的血液生物标志物及衰老驱动的B细胞重塑	发现了五个外周血生物标志物用于区分骨关节炎患者与对照组，并揭示了这些标志物在老年与年轻患者中的年龄特异性表达模式，以及衰老驱动的B细胞重塑在老年骨关节炎发病机制中的关键作用	研究样本量虽大，但未明确提及是否覆盖不同种族或地理区域的多样性	探索骨关节炎的非侵入性诊断工具及其发病机制	骨关节炎患者的外周血和关节组织	数字病理学	骨关节炎	转录组分析、WGCNA、scRNA-seq、流式细胞术	机器学习	转录组数据、单细胞RNA测序数据	217,983个关节细胞