单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-08-10	CD38+ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation 2025-Aug-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.29.667333 PMID:40766487	研究论文	该研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学技术，揭示了口腔炎症疾病中血管病变的空间多样性及其与疾病快速进展的关系	首次发现CD38+内皮细胞重塑在快速进展的口腔炎症中具有空间特异性，并提出了可靶向治疗的血管病变模式	样本量相对有限（36个peri-implantitis样本和8个periodontitis样本），且仅关注了两种特定类型的口腔炎症	阐明快速进展型口腔炎症疾病的细胞机制和空间结构特征	peri-implantitis和高级别periodontitis患者的组织样本	数字病理学	口腔炎症疾病	scRNA-seq, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 微生物组数据	36个peri-implantitis样本（121395个细胞），8个periodontitis样本（225137个细胞），15个空间蛋白质组学样本（337260个细胞）
122	2025-08-10	Integrating Single-Cell Transcriptomics and Machine Learning to Define an ac4C Gene Signature in Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70140 PMID:40767620	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和机器学习，定义了肺腺癌中的ac4C基因特征	首次将单细胞转录组学与机器学习结合，开发了ac4C相关基因特征(ARGSig)模型，用于肺腺癌预后预测和个性化治疗指导	研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究ac4C修饰在肺腺癌中的作用并开发预后预测模型	肺腺癌患者	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	机器学习(10种算法)	转录组数据	多个独立队列的公共数据库数据
123	2025-08-10	Tumor-resident probiotic Clostridium butyricum improves aPD-1 efficacy in colorectal cancer models by inhibiting IL-6-mediated immunosuppression 2025-Jul-29, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.07.012 PMID:40780216	研究论文	研究发现益生菌Clostridium butyricum通过抑制IL-6介导的免疫抑制增强抗PD-1疗法在结直肠癌模型中的疗效	首次发现C. butyricum通过结合GRP78受体并抑制PI3K-AKT-NF-κB通路来减少IL-6分泌，从而增强抗PD-1疗法的效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索增强结直肠癌免疫检查点阻断疗法效果的策略	结直肠癌模型（包括MSI-H和MSS亚型）和免疫细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序、人源化小鼠模型、患者来源类器官-CTLs共培养系统	NA	基因表达数据、细胞功能数据	多种结直肠癌小鼠模型（包括AOM/DSS诱导模型和无菌小鼠）和患者来源类器官
124	2025-08-10	Amlodipine as an immunomodulator to enhance dendritic cell activation in cancer therapy with tumor-associated antigens 2025-Jul-23, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.07.030 PMID:40702728	研究论文	本研究探讨了氨氯地平作为免疫调节剂在增强树突状细胞活化和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了氨氯地平通过促进树突状细胞成熟和增强CD8 T细胞活化来增强抗肿瘤免疫的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	探索氨氯地平在癌症免疫治疗中的潜在应用	树突状细胞和肿瘤相关抗原	癌症免疫治疗	乳腺癌和结肠癌	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序	小鼠模型（4T1乳腺癌和CT26结肠癌）	细胞和分子数据	NA
125	2025-08-10	Single-Cell Sequencing Reveals Circadian Sensitivity of Noise-Induced Hearing Loss Mediated by Macrophage-Driven NLRP3 Inflammasome Activation 2025-Jul-20, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-025-01440-1 PMID:40684422	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了噪声性听力损失的昼夜节律敏感性，主要由巨噬细胞驱动的NLRP3炎症小体激活介导	首次在单细胞水平上揭示了巨噬细胞在噪声性听力损失中的昼夜节律敏感性及其通过NLRP3炎症小体激活的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究噪声性听力损失的昼夜节律敏感性机制	小鼠耳蜗细胞	生物医学	听力损失	单细胞RNA测序，多重免疫组化	小鼠模型	RNA测序数据，免疫荧光数据	97,043个耳蜗细胞
126	2025-08-10	Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion 2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004 PMID:40685048	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，结合机器学习方法，鉴定了与复发性自然流产(RSA)相关的蛋白质乳酸化生物标志物及其潜在致病机制	首次揭示了乳酸化修饰在RSA中的调控作用，并鉴定了四个乳酸化相关枢纽基因，阐明了S100A11通过p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路调控免疫和滋养细胞功能的机制	研究样本量有限，且未在独立队列中进行验证	探索蛋白质乳酸化修饰在复发性自然流产中的分子机制	复发性自然流产患者	生物信息学	复发性自然流产	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	NA	RNA测序数据	三个公共数据集(GSE214607, GSE26787, GSE165004)
127	2025-08-10	Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML 2025-Jul-16, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009 PMID:40781032	研究论文	该研究通过整合scATAC-seq和mtDNA突变分析，揭示了急性髓系白血病(AML)中疾病驱动的调控异常	开发了线粒体单细胞ATAC-seq(mtscATAC-seq)方法，结合单细胞RNA-seq，全面表征AML细胞，并发现WT1锌指结构域突变与染色质可及性降低及靶基因下调相关	NA	理解AML的进展机制并识别预后生物标志物以改善治疗结果	急性髓系白血病(AML)细胞	数字病理学	急性髓系白血病	mtscATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 线粒体DNA追踪, 机器学习建模	机器学习模型	单细胞测序数据	NA
128	2025-08-10	Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma 2025-Jul-14, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034 PMID:40695287	research paper	通过多组学分析研究巴雷特食管向腺癌发展的多尺度变化	整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学，揭示了巴雷特食管向腺癌发展过程中的共享和患者特异性特征	样本量相对较小（107个样本来自26名患者），且仅基于两个独立队列	研究巴雷特食管向食管腺癌发展的多尺度变化机制	巴雷特食管患者样本（从鳞状上皮到化生、不典型增生至腺癌的进展路径）	digital pathology	esophageal adenocarcinoma	single-cell transcriptomics, extracellular matrix proteomics, spatial proteomics	NA	multi-omics data	107个样本来自26名患者
129	2025-08-10	Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells 2025-Jul, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70021 PMID:40120139	研究论文	本研究探讨了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）免疫抑制微环境中的作用及其机制	揭示了JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进效应调节性T细胞（eTregs）分化，从而导致免疫逃逸和抗PD-1治疗抵抗的新机制	研究主要基于HGSOC样本，结果在其他类型癌症中的普适性需要进一步验证	阐明JAG2+ TANs在HGSOC肿瘤免疫抑制微环境中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本和肿瘤模型	肿瘤免疫学	卵巢癌	多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	患者来源肿瘤类器官（PDTOs）模型和异种移植小鼠模型	组织样本、流式数据、测序数据	304个HGSOC样本（274个构成两个独立队列，30个用于建立PDTOs）
130	2025-08-10	Spatial transcriptomic applications in orthopedics 2025-Jul, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2025.2501703 PMID:40347072	综述	本文综述了空间转录组学在骨科研究中的变革性影响，重点介绍了其在解析肌肉骨骼组织中复杂基因表达模式的应用	空间转录组学方法用于识别新的细胞群体和细胞信号通路，调控发育和疾病	NA	探讨空间转录组学在骨科研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜）	数字病理学	骨科疾病	空间转录组学方法（10X Visium, 10X Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	29篇已发表的论文涉及软骨、骨、肌腱、滑膜和椎间盘
131	2025-08-10	Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06733-7 PMID:40598539	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习算法，识别与基质硬度相关的HCC分子亚型	构建了一个包含57个基因的基质硬度相关特征，并通过多种机器学习算法验证了PPARG在HCC中的关键作用	研究依赖于公开的多组学数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究基质硬度在肝细胞癌（HCC）中的分子机制及其对预后和治疗反应的影响	肝细胞癌（HCC）患者的多组学数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	肝癌	多组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	多种机器学习算法组合	多组学数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开的LIHC数据集
132	2025-08-10	Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia 2025-Jul, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01489-y PMID:40610752	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了近视中视网膜神经节细胞的凋亡信号激活及视觉皮层突触重塑	首次发现近视可加剧视网膜神经节细胞凋亡，诱导顺行性跨突触变性并加重突触重塑	未明确说明样本量及具体实验模型	探究跨突触变性在近视发病机制中的作用	视网膜神经节细胞(RGCs)和视觉皮层	digital pathology	myopia	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	NA
133	2025-08-10	Bile acids engage the SIPR-STAT3 signaling axis to modulate regulatory T cell responses in fibrosing cholangiopathies 2025-Jun-20, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.05.032 PMID:40545044	研究论文	该研究探讨了胆汁酸如何通过SIPR-STAT3信号轴调节调节性T细胞（Tregs）在纤维化胆管病中的反应	揭示了胆汁酸通过促进Th17样表型抑制Tregs的调节功能，并提出了恢复Treg功能和amphiregulin表达作为新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类临床试验中验证	研究胆汁酸在纤维化胆管病中对调节性T细胞反应的影响及其潜在治疗策略	调节性T细胞（Tregs）、胆汁酸、纤维化胆管病（如胆道闭锁和原发性硬化性胆管炎）	免疫学	胆管疾病	单细胞RNA测序、ATAC-seq、功能验证实验	小鼠模型（Abcb4-/-等）	基因表达数据、转录组数据	130名胆道闭锁婴儿的肝组织样本及多个小鼠模型
134	2025-08-10	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究通过多组学方法分析B细胞激活状态，揭示了免疫介导疾病的遗传机制	首次全面表征了多种B细胞激活状态下的基因调控动态，并发现与免疫介导疾病相关的遗传风险变异	样本量相对较小（26名健康女性捐赠者），且仅关注B细胞而未考虑其他免疫细胞类型	阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的遗传机制	来自26名健康女性捐赠者的B细胞	免疫基因组学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	26名健康女性捐赠者的B细胞，在6种激活条件下分析24种B细胞激活状态和5种对照条件
135	2025-08-10	Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue 2025-Jun-11, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022 PMID:40513557	研究论文	介绍Perturb-Multimodal（Perturb-Multi）平台，用于在完整哺乳动物组织中进行成像和测序的集合遗传筛选	开发了一种配对成像和测序方法，用于构建大规模、多模态的基因型-表型图谱	NA	解析遗传控制对多样细胞和组织表型的基础	小鼠肝脏中的数百种遗传扰动	数字病理学	NA	成像和单细胞测序	NA	图像和转录组数据	数百种遗传扰动的小鼠肝脏样本
136	2025-08-10	Evidence for Transcriptomic Conservation Between the Main Cells of the Drosophila Prostate-Like Accessory Gland and Basal Cells of the Mammalian Prostate 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.05.658085 PMID:40501690	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺基底细胞的转录组相似性	提供了果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺基底细胞转录组相似性的新证据	无法确定这些相似性是源于共同的进化同源性还是由于组织功能相似而独立衍生的特征	探索果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺之间的转录组保守性	果蝇前列腺样附腺和哺乳动物前列腺的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自Fly Cell Atlas和哺乳动物成人前列腺单细胞数据集的数据
137	2025-08-10	MFAP4 Deficiency Attenuates Liver Fibrosis by Regulating Hepatic Stellate Cell Fate Through Inhibition of the FAK/PI3K/NFκB Signaling Pathway 2025-May-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101548 PMID:40449846	研究论文	本研究探讨了MFAP4在肝纤维化中的作用机制，发现其通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞的活化和凋亡抵抗	首次揭示了MFAP4通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞活化和凋亡抵抗的具体机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	阐明MFAP4在肝纤维化发生发展中的分子机制	肝星状细胞(HSCs)和肝纤维化小鼠模型	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞RNA测序、双免疫荧光、流式细胞术、Transwell共培养系统、Western blot、定量PCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	野生型和Mfpa4敲除小鼠，LX-2细胞系
138	2025-08-10	miR-190 is a Key Regulator in Establishing Cell Polarity and Specification in the Drosophila Nervous System 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656688 PMID:40501908	研究论文	本文发现miR-190在果蝇神经系统细胞极性和分化中起关键调控作用	首次揭示miR-190通过调控Par复合体和基底决定因子的定位来建立神经母细胞极性	研究仅限于果蝇胚胎神经母细胞，未在哺乳动物系统中验证	探究神经母细胞不对称分裂的分子调控机制	果蝇胚胎神经母细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、转录组分析、qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	NA
139	2025-08-10	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.13.638196 PMID:40027653	研究论文	研究探讨了Yap和Taz缺失对Schwann细胞和嗅觉鞘细胞（OECs）发育的不同影响，以及对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OEC和Schwann细胞发育中的不同作用，以及Hippo通路在OEC发育中的重要性	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究Yap和Taz在神经嵴衍生细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、Schwann细胞、GnRH-1神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠胚胎鼻组织
140	2025-08-10	Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16412 PMID:39589186	研究论文	比较CD30L和OX40L在特应性皮炎治疗中的潜力，发现CD30L是一个有前景的治疗靶点	首次提出CD30-CD30L轴作为特应性皮炎的治疗靶点，并与已知的OX40-OX40L轴进行比较	研究主要基于小鼠模型，人类临床效果尚需进一步验证	探索CD30L作为特应性皮炎新治疗靶点的潜力	特应性皮炎患者和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个特应性皮炎患者皮肤病变的scRNA-seq数据集和小鼠模型