单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-17	Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity 2025-May-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009 PMID:40328255	综述	探讨小胶质细胞在不同环境下的转录状态多样性及其功能意义	综述了单细胞测序技术揭示的小胶质细胞转录状态多样性，并评估非稳态条件如何诱导特定环境下的转录特征	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结	理解小胶质细胞转录状态与功能的关系，并推动针对小胶质细胞的治疗策略	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
122	2025-05-17	Combining spatial transcriptomics with tissue morphology 2025-May-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58989-8 PMID:40360467	review	本文介绍了一种将空间转录组学与组织形态学相结合的框架，重点讨论了将形态学特征转化为或整合到空间转录组学中的方法	提出了一个分类框架，用于结合空间转录组学和组织形态学，包括转化和整合两种方法	NA	探索空间转录组学与组织形态学相结合的方法及其应用	空间转录组学数据和组织形态学特征	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, imaging AI	NA	gene expression data, morphological features	NA
123	2025-05-17	Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer 2025-May-13, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00366-8 PMID:40360503	research paper	该研究利用单细胞转录组学和空间转录组学揭示了微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌中抗肿瘤中性粒细胞亚群的作用机制	发现了MTC治疗后具有抗肿瘤活性的MNDA TANs亚群(N1表型)，并构建了与预后正相关的N1-TANs标记物MX2，开发了基于深度学习的H&E图像预测MX2表达的方法	研究样本量未明确说明，临床转化应用仍需进一步验证	探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的分子机制和免疫微环境变化	唇鳞状细胞癌(LSCC)患者样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	digital pathology	lip cancer	scRNA-seq, ST, deep learning	deep learning	single-cell transcriptomics data, spatial transcriptomics data, H&E-stained images	NA
124	2025-05-17	Smooth muscle cells and fibroblasts in the ascending aorta exhibit minor differences between embryonic origins in angiotensin II-driven transcriptional alterations 2025-May-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99862-4 PMID:40360730	research paper	该研究探讨了升主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞在血管紧张素II（AngII）驱动下的转录变化，发现不同胚胎来源的细胞间差异较小	研究发现了一个新的成纤维细胞亚群，其中SHF来源的成纤维细胞与nSHF来源的相比，细胞外基质相关基因如Eln和Col3a1下调	研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变的病理前期阶段，未涉及更长期的病变发展	探究AngII对不同胚胎来源的升主动脉平滑肌细胞和成纤维细胞的转录影响	升主动脉中的平滑肌细胞（SMCs）和成纤维细胞	心血管疾病	胸主动脉病变	单细胞RNA测序	Mef2c-Cre R26RmT/mG小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了Mef2c-Cre R26RmT/mG小鼠模型
125	2025-05-17	TAT-CRE inhalation enables tumor induction corresponding to adenoviral Cre-recombinase in a lung cancer mouse model 2025-May-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08146-0 PMID:40360735	research paper	该研究比较了TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导小鼠肺癌模型中的效果，发现TAT-CRE是一种安全且有效的替代方法	提出TAT-CRE作为一种生物安全级别S1的替代方法，用于诱导肺癌，并可能应用于其他癌症模型	研究中发现的TAT-CRE诱导的肺肿瘤在微血管和巨噬细胞方面存在差异，可能影响某些研究结果	比较TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导肺癌模型中的效果，寻找更安全的基因工程方法	小鼠肺癌模型	癌症研究	肺癌	计算机断层扫描、单细胞RNA测序、免疫组织化学和流式细胞术	NA	图像、RNA序列数据	NA
126	2025-05-17	Arginine methylation modulates tumor fate and prognosis in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02505-3 PMID:40360844	research paper	该研究探讨了精氨酸甲基化相关基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的预后价值，并开发了一个基于精氨酸甲基化的预后模型	首次系统地评估了精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后意义，并构建了一个具有临床指导价值的预后特征模型	需要进一步的临床验证来确认模型的预测准确性，并且未涉及实验验证	评估精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后价值并开发预后模型	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者	digital pathology	肾癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Cox回归模型	转录组数据	来自TCGA、E-MTAB-1980和ICGC数据库的公共数据集
127	2025-05-17	Profiling triple-negative breast cancer-specific super-enhancers identifies high-risk mesenchymal development subtype and BETi-Targetable vulnerabilities 2025-May-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02342-6 PMID:40361105	研究论文	该研究通过分析三阴性乳腺癌（TNBC）中的超级增强子（SEs）异质性，识别出一个高风险间充质发育亚型，并发现其对BET抑制剂（BETi）具有更高的敏感性	发现了由SE-VAX2核心转录调控回路驱动的高风险间充质发育亚型，并验证了其对BETi的敏感性	临床样本和实验模型的多样性可能影响结果的广泛适用性	研究TNBC中SEs的异质性及其对BETi疗效的影响，以推进BETi的精准治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系和临床样本	肿瘤生物学	三阴性乳腺癌	H3K27ac ChIP-Seq, bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, stRNA-Seq, CERES评分	NA	测序数据	TNBC细胞系和临床样本
128	2025-05-17	The immunological age prediction of monocytes indicates that gestational diabetes mellitus accelerates the aging of monocytes in offspring 2025-May-13, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-025-00513-z PMID:40361109	research paper	该研究通过单细胞测序技术探索了妊娠期糖尿病（GDM）对子代单核细胞衰老的影响	首次在单细胞水平上揭示了GDM加速子代单核细胞衰老的转录组特征，并建立了预测单核细胞免疫年龄的随机森林模型	样本量相对有限，且部分数据来自公开数据库	探究GDM对子代免疫细胞衰老的影响	56名健康个体（0-100岁）的单核细胞，包括GDM母亲子代的单核细胞	生物医学	妊娠期糖尿病	单细胞测序，随机森林模型	随机森林	单细胞转录组数据	56个样本（6个自测样本+50个GEO公开数据）
129	2025-05-17	Targeting mesenchymal monocyte-derived macrophages to enhance the sensitivity of glioblastoma to temozolomide by inhibiting TNF/CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1 axis 2025-May-13, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.032 PMID:40373963	研究论文	本研究通过靶向MES-MDM亚型，揭示了其通过TNF/CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1轴促进胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药性的机制，并提出了增强TMZ敏感性的潜在治疗策略	首次鉴定出MES-MDM亚型，并阐明其通过组蛋白去乙酰化酶1（HDAC1）Kla修饰促进肿瘤细胞亚型转换和TMZ耐药性的分子机制	研究主要基于体外模型和小鼠颅内原位模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索胶质母细胞瘤微环境中单核细胞来源巨噬细胞亚型对TMZ耐药性的影响机制	胶质母细胞瘤微环境中的MES-MDM亚型及其介导的TMZ耐药机制	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、患者来源GBM类器官模型	GBM细胞亚型模型、颅内原位GBM小鼠模型	基因表达数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及患者来源GBM类器官和小鼠模型
130	2025-05-17	Immune-endothelial cell crosstalk in hepatic endothelial injury of liver fibrotic mice 2025-May-13, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177730 PMID:40374060	研究论文	本研究探讨了肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的潜在调控途径	揭示了肝内皮细胞与免疫细胞之间的细胞通讯机制，并鉴定了Ptprc-Mrc1和Sell-Podxl信号通路在肝纤维化过程中的重要作用	研究仅使用了CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型，未涉及其他病因导致的肝纤维化	探索肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的调控途径	C57BL/6雄性小鼠的肝内皮细胞和免疫细胞	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、扫描电子显微镜(SEM)、PCR技术	CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型	单细胞转录组数据、组织学图像	24,534个细胞被聚类为10个主要细胞亚群
131	2025-05-17	Recent advances in multimodal approaches for investigating placental development and related diseases 2025-May-09, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.05.004 PMID:40374418	综述	本文总结了多模态方法在研究胎盘发育及相关疾病中的最新进展	整合了先进成像、单细胞和空间组学以及人工智能（AI）的多模态方法，提供了对胎盘发育和疾病的全面分析	数据标准化、AI模型的可解释性以及伦理问题	推进对胎盘相关疾病的科学理解和临床管理	胎盘发育及相关疾病	数字病理学	妊娠相关疾病	超声、MRI、单细胞转录组学、空间分析、AI预测模型	AI	图像、分子数据	NA
132	2025-05-17	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-May-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	本文通过空间免疫分析和多组学技术，研究了人类和小鼠肺腺癌前体的免疫微环境变化，提出了TIM-3作为干预靶点的潜在价值	揭示了TIM-3在肺腺癌前体阶段的高表达特征及其作为干预靶点的潜力，并通过小鼠模型验证了TIM-3阻断在癌前阶段的效果	研究样本量相对有限，人类样本114例，小鼠模型仅5个，且未涉及其他可能的免疫检查点	探究肺腺癌前体阶段的肿瘤微环境变化及潜在干预靶点	人类和小鼠的肺腺癌及癌前病变组织	肿瘤免疫学	肺腺癌	空间免疫分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	小鼠模型	空间多组学数据、单细胞转录组数据	人类样本114例，小鼠模型5个
133	2025-05-17	Piezo1 regulates fibrocartilage stem cell in cartilage growth and osteoarthritis 2025-May-08, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.04.013 PMID:40345612	research paper	本研究探讨了机械敏感离子通道Piezo1在颞下颌关节（TMJ）软骨生长和骨关节炎中的作用	首次揭示了Piezo1在调节纤维软骨干细胞（FCSC）分化和维持颞下颌关节稳态中的关键作用，并发现其在骨关节炎病理条件下的保护性作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究Piezo1在颞下颌关节发育和骨关节炎中的作用机制	人类TMJ样本和小鼠模型	骨科学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）、组织学和免疫组化分析	Gli1-CreERT2; Piezo1fl/fl 条件敲除小鼠	基因表达数据、组织学图像	人类TMJ样本和小鼠模型（具体数量未提及）
134	2025-05-17	Transcriptomic Plasticity of Human Alveolar Macrophages Revealed by Single-Cell RNA Sequencing Following Drug Exposure: Implications for Therapeutic Development 2025-May-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094439 PMID:40362676	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究药物暴露后人类肺泡巨噬细胞的转录组可塑性，为治疗开发提供新见解	揭示了肺泡巨噬细胞转录程序的可塑性，并证实药物可以重编程这些细胞的表型	研究仅基于体外实验，未在体内模型中验证	探讨肺泡巨噬细胞的转录可塑性及其在肺纤维化治疗中的潜在应用	人类肺泡巨噬细胞	单细胞转录组学	肺纤维化	scRNA-seq, qPCR	NA	RNA测序数据	NA
135	2025-05-17	Single-Cell Transcriptomics Reveals Stem Cell-Derived Exosomes Attenuate Inflammatory Gene Expression in Pulmonary Oxygen Toxicity 2025-May-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094462 PMID:40362698	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了干细胞来源的外泌体在减轻肺氧毒性炎症基因表达中的作用	首次报道了外泌体在肺氧毒性中的作用及机制，并整合了单细胞RNA测序和批量分析技术	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究干细胞外泌体保护肺组织的机制及潜在分子调控网络	小鼠肺氧毒性模型	单细胞转录组学	肺氧毒性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小鼠模型
136	2025-05-17	A Transfer Learning Framework for Predicting and Interpreting Drug Responses via Single-Cell RNA-Seq Data 2025-May-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094365 PMID:40362602	research paper	提出一个基于迁移学习的框架，通过单细胞RNA测序数据预测和解释药物反应	设计了一个共享编码器将批量和单细胞测序数据投影到统一的潜在空间进行药物反应预测，并通过先验生物知识引导的稀疏解码器增强可解释性	临床样本获取有限，且单细胞RNA测序药物反应数据的系统收集和利用仍有限	提高药物反应预测的性能和可解释性，理解药物反应的分子机制	单细胞RNA测序药物反应数据集	machine learning	cancer	scRNA-seq	transfer learning	RNA sequencing data	五个精选的单细胞RNA测序数据集
137	2025-05-17	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal transcriptional cell lineage heterogeneity in extracranial arteriovenous malformation 2025-May, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.005 PMID:40118698	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示颅外动静脉畸形中转录细胞谱系的异质性	首次在单细胞水平上描绘了颅外动静脉畸形（eAVMs）的分子图谱，鉴定了MAFB+ nidus内皮细胞的存在，并揭示了血管周围细胞和免疫细胞之间的转录变异和失调的细胞间相互作用	样本量较小（9例eAVMs样本和2例非病变组织对照），且空间转录组分析仅在一个eAVM样本上进行	在单细胞水平上生成eAVMs的分子信息概览	颅外动静脉畸形（eAVMs）的组织样本	单细胞转录组学	血管畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq），10x Visium空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	9例eAVMs样本和2例非病变组织对照
138	2025-05-17	Neuronal activity modulates the expression of secretagogin, a Ca2+ sensor protein, during mammalian forebrain development 2025-May, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.70031 PMID:40165367	研究论文	研究揭示了分泌钙蛋白（secretagogin）在哺乳动物前脑发育过程中受神经元活动调节的表达模式	首次系统揭示了分泌钙蛋白表达受神经元活动动态调控的特性，并发现其在唐氏综合征胎儿中的表达延迟现象	研究主要集中于前脑区域，其他脑区的调控机制尚未完全阐明	阐明分泌钙蛋白作为神经元标记物的表达调控机制及其与神经元活动的关系	人类胎儿前脑、小鼠皮层神经元、SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞	神经科学	唐氏综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、体外神经元培养	Scgn-iCre::Ai9转基因小鼠模型	基因表达数据、组织切片图像	人类胎儿样本（含唐氏综合征病例）、转基因小鼠、体外培养细胞
139	2025-05-17	Epigenetic reprogramming of the host immune system during acute HIV 2025-May-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000935 PMID:40178436	review	探讨急性HIV感染期间表观遗传机制如何驱动免疫失调，重点关注HIV如何利用宿主表观遗传机制建立病毒持久性和逃避免疫清除	利用全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学和染色质可及性测定等新技术，揭示了HIV如何利用宿主表观基因组逃避免疫监视和促进病毒持久性的关键机制	NA	研究急性HIV感染期间表观遗传重编程对病毒持久性和免疫功能障碍的影响	宿主免疫系统在急性HIV感染期间的表观遗传变化	表观遗传学	HIV感染	全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学、染色质可及性测定	NA	表观遗传数据、转录组数据	NA
140	2025-05-17	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02148-8 PMID:40195561	研究论文	本文提出了一种名为CHOIR的新方法，用于改进单细胞数据中细胞类型和状态的显著性检测	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树上进行统计推断，显著提高了细胞群识别的准确性和可靠性	NA	改进单细胞数据聚类方法，提高细胞类型和状态识别的准确性	单细胞数据中的细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)、空间转录组学和多组学数据	随机森林	单细胞数据	230个模拟数据集和5个真实数据集