单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-03	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2025-Jan-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01432-w PMID:39825401	meta-analysis	通过小鼠和人类前列腺单细胞转录组的元分析，揭示了组织退化、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性	利用随机矩阵理论去噪数据集，建立了正常小鼠和人类前列腺的参考细胞类型分类，并使用最优输运方法比较了跨物种上皮细胞群体的转录组相似性	研究主要基于单细胞转录组数据，可能忽略了蛋白质水平或其他分子层面的变化	研究前列腺上皮细胞状态在组织稳态、肿瘤起始和进展中的动态变化	小鼠和人类前列腺组织	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	新的和先前发表的小鼠和人类前列腺组织的scRNA-seq数据集
122	2025-05-03	Single-cell analysis reveals Mycobacterium tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of permissive macrophages in infected mouse lungs 2025-Jan-17, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq8158 PMID:39813329	研究论文	通过单细胞分析揭示了结核分枝杆菌ESX-1在感染小鼠肺部促进许可性巨噬细胞积累的作用	首次使用多种单细胞RNA测序技术研究了ESX-1在MNP异质性和反应中的作用，并发现ESX-1依赖的免疫逃逸转录特征	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究结核分枝杆菌ESX-1分泌系统对肺部单核吞噬细胞招募和分化的影响	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞(BMDM)	感染免疫学	结核病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录数据	小鼠肺部组织和骨髓来源巨噬细胞
123	2025-05-03	Integrative genetics and multiomics analysis reveal mechanisms and therapeutic targets in vitiligo highlighting JAK STAT pathway regulation of CTSS 2025-Jan-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86134-4 PMID:39824912	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了白癜风发病机制及潜在治疗靶点，特别是JAK/STAT通路对CTSS的调控作用	整合GWAS、pQTL、eQTL、微阵列和单细胞RNA-seq等多组学数据，首次提出JAK/STAT通路通过调控CTSS参与黑素细胞抗原加工的新机制，并鉴定出ERBB3等5个可成药基因靶点	需进一步实验验证CTSS及相关基因的治疗潜力，结果尚未进行临床转化评估	阐明白癜风的遗传和分子机制，寻找潜在治疗靶点	白癜风患者的血液和皮肤病变组织	多组学整合分析	白癜风	GWAS-meta分析、分子对接、SMR分析、微阵列、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据	未明确样本量（包含GWAS、微阵列和单细胞RNA-seq数据集）
124	2025-05-03	Herpesviruses mimic zygotic genome activation to promote viral replication 2025-Jan-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55928-5 PMID:39814710	研究论文	该研究发现疱疹病毒通过模仿合子基因组激活（ZGA）来促进病毒转录和复制	揭示了疱疹病毒通过激活DUX4表达来模拟合子基因组激活，从而促进病毒转录和复制的新机制	研究主要基于HSV-1病毒，其他疱疹病毒亚科的验证可能不足	探究DNA病毒如何利用宿主细胞机制促进自身复制	疱疹病毒、乳头瘤病毒和Merkel细胞多瘤病毒	病毒学	病毒感染	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、纳米抗体构建	NA	单细胞测序数据	患者单细胞测序数据集
125	2025-05-03	Inhibition of Interleukin-40 prevents multi-organ damage during sepsis by blocking NETosis 2025-Jan-16, Critical care (London, England) DOI:10.1186/s13054-025-05257-2 PMID:39819454	研究论文	研究发现白细胞介素40（IL-40）在脓毒症中作为新的生物标志物和治疗靶点，通过阻断NETosis防止多器官损伤	首次揭示IL-40在脓毒症中的关键作用，并证明其通过调控中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）形成影响疾病进展	研究主要基于小鼠模型和有限的患者队列，需要更大规模的临床验证	探索脓毒症的新型生物标志物和治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）	基因敲除小鼠模型	临床数据、实验数据	两个独立的脓毒症患者队列和实验小鼠
126	2025-05-03	Enhancing single-cell transcriptomics using interposed anchor oligonucleotide sequences 2025-Jan-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07474-5 PMID:39819888	research paper	该文章提出了一种改进的单细胞转录组学方法，通过在条形码和UMI之间插入锚定寡核苷酸序列来减少合成错误的影响	引入了锚定寡核苷酸序列的设计，显著减少了因合成不准确而需要丢弃的读数	NA	提高单细胞转录组学的准确性和效率	单细胞转录组学中的寡核苷酸捕获设计	单细胞测序	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
127	2025-05-03	The Human Microglia Atlas (HuMicA) unravels changes in disease-associated microglia subsets across neurodegenerative conditions 2025-Jan-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56124-1 PMID:39820004	research paper	构建了一个人类大脑免疫细胞图谱（HuMicA），揭示了神经退行性疾病中与疾病相关的小胶质细胞亚群的变化	首次整合了多种神经退行性疾病的单核RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，揭示了人类组织中疾病相关小胶质细胞的四种亚型	样本来源多样，可能影响数据一致性；未深入探讨GPNMB高表达亚群在其他病理中的具体作用	研究神经退行性疾病中小胶质细胞的异质性和功能变化	阿尔茨海默病、自闭症谱系障碍、癫痫、多发性硬化症、路易体病、COVID-19患者及健康对照的脑组织样本	digital pathology	neurodegenerative disease	single-nucleus RNA-seq, single-cell RNA-seq, in situ hybridization	NA	RNA-seq data	241个样本（包含90,716个细胞核/细胞）
128	2025-05-03	The High-Affinity IL-2 Receptor Affects White Matter Damage after Cerebral Ischemia by Regulating CD8 + T Lymphocyte Differentiation 2025-Jan-16, Journal of neuroimmune pharmacology : the official journal of the Society on NeuroImmune Pharmacology IF:5.2Q1 DOI:10.1007/s11481-025-10169-7 PMID:39821696	研究论文	该研究探讨了高亲和力IL-2受体通过调节CD8+T淋巴细胞分化影响脑缺血后白质损伤的机制	揭示了高亲和力IL-2R在CD8+T细胞中的特异性表达及其在脑缺血后白质损伤中的作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明IL-2/IL-2R信号通路在缺血性卒中后免疫调节中的作用	CD8+T细胞亚群及其高亲和力IL-2受体	神经免疫学	缺血性脑卒中	单细胞RNA测序、RNA-seq、qPCR、免疫荧光、多重检测	IL-2Rα基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像学数据、电生理数据	未明确说明具体样本量，使用基因敲除小鼠模型进行研究
129	2025-05-03	Inhibition of aortic CX3CR1+ macrophages mitigates thoracic aortic aneurysm progression in Marfan syndrome in mice 2025-Jan-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178198 PMID:39817456	research paper	研究探讨了CX3CR1+巨噬细胞在Marfan综合征（MFS）相关胸主动脉瘤（TAA）中的作用及其潜在治疗策略	首次发现并验证了CX3CR1+巨噬细胞在MFS相关TAA形成中的关键作用，并提出了针对这些细胞的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探究免疫细胞介导的炎症在MFS相关TAA发病机制中的作用	小鼠模型和MFS患者的主动脉组织	心血管疾病研究	Marfan综合征和胸主动脉瘤	单细胞RNA测序、BM移植、抗体中和、shRNA慢病毒转导	Fbn1C1041G/+小鼠模型	基因表达数据和细胞培养数据	小鼠模型和MFS患者的主动脉组织样本
130	2025-05-03	Elucidating the role of pyrimidine metabolism in prostate cancer and its therapeutic implications 2025-Jan-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86052-5 PMID:39814835	研究论文	本研究探讨了嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其与免疫微环境、药物敏感性和肿瘤突变负荷的关联	首次揭示了嘧啶代谢与前列腺癌免疫细胞调节的强相关性，并识别了RRM2等关键基因作为肿瘤进展的潜在驱动因素	研究主要基于转录组和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	阐明嘧啶代谢在前列腺癌中的生物学作用及其治疗意义	前列腺癌样本	癌症代谢研究	前列腺癌	转录组测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	前列腺癌样本（未明确具体数量）
131	2025-05-03	Integrated bioinformatics analysis identified cuproptosis-related hub gene Mpeg1 as potential biomarker in spinal cord injury 2025-Jan-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86170-0 PMID:39814871	研究论文	通过整合生物信息学分析，鉴定出铜死亡相关枢纽基因Mpeg1作为脊髓损伤的潜在生物标志物	首次揭示了铜死亡在脊髓损伤中的作用，并鉴定出Mpeg1作为关键基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	探索铜死亡在脊髓损伤中的分子机制及潜在治疗靶点	脊髓损伤样本中的铜死亡相关基因	生物信息学	脊髓损伤	RNA测序、ssGSEA、WGCNA、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1、3、7天脊髓损伤样本（来自GEO数据库）
132	2025-05-03	Integrating single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq data to explore the key role of fatty acid metabolism in hepatocellular carcinoma 2025-Jan-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85506-0 PMID:39814999	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索脂肪酸代谢在肝细胞癌中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，揭示了PTGES3在肝细胞癌脂质代谢中的核心作用及其与免疫微环境的相互作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验验证	探索脂质代谢相关基因在肝细胞癌预后中的作用机制	肝细胞癌患者样本数据	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 分子对接	NA	转录组数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌患者数据
133	2025-05-03	Mapping the spatial atlas of the human bone tissue integrating spatial and single-cell transcriptomics 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1298 PMID:39817519	研究论文	本研究通过整合空间和单细胞转录组学，绘制了人类骨组织的空间图谱，揭示了骨组织中细胞的复杂结构和相互作用	首次整合高分辨率空间和单细胞转录组学数据，发现了骨形成特化的微环境以及骨细胞与其他细胞的关键通讯和共定位模式	研究仅基于股骨组织，可能无法完全代表其他骨骼部位的情况	揭示骨组织中细胞的空间组织和相互作用，以推动精准医学的发展	人类骨组织和骨髓	单细胞转录组学	骨相关疾病	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	股骨组织样本
134	2025-05-03	Aligned membranes regulate wound healing via MMP12 secreted by macrophages 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317194 PMID:39813228	research paper	该研究揭示了排列电纺膜通过调节巨噬细胞分泌的MMP12促进伤口愈合的机制	首次发现排列电纺膜通过上调MMP12表达同时抑制成纤维细胞迁移来促进伤口无疤痕愈合	未探讨其他可能参与该过程的分子机制	阐明排列电纺纤维膜促进伤口愈合的分子机制	排列电纺膜对伤口愈合的影响	生物医学工程	皮肤创伤	bulk RNA测序和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
135	2025-05-03	A Risk Model Based on Ferroptosis-Related Genes OSMR, G0S2, IGFBP6, IGHG2, and FMOD Predicts Prognosis in Glioblastoma Multiforme 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70161 PMID:39815665	研究论文	本研究基于铁死亡相关基因构建了一个风险模型，用于预测多形性胶质母细胞瘤（GBM）的预后	首次利用铁死亡相关基因（OSMR、G0S2、IGFBP6、IGHG2和FMOD）构建GBM预后风险模型，并通过多组学方法验证其预测价值	研究依赖于公开数据库数据，缺乏独立临床队列验证	探索铁死亡分类及其风险模型在GBM中的意义，评估其在预后评估中的潜力	多形性胶质母细胞瘤（GBM）患者	生物信息学	多形性胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归分析、Meta分析	风险预测模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA-GBM和CGGA-GBM数据集作为训练和测试队列
136	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Exercise-Induced Transcriptional Dynamics in Half-Marathon Runners 2025-Jan, Scandinavian journal of medicine & science in sports IF:3.5Q1 DOI:10.1111/sms.70018 PMID:39817606	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了业余半程马拉松运动员在耐力运动后外周血单个核细胞的转录动态变化	首次在单细胞水平上研究了耐力运动对免疫细胞转录组的影响，并采用了伪批量分析方法以获取更多生物学见解	样本量较小（仅4名参与者），且研究对象为业余运动员，可能无法代表所有人群	探究耐力运动对免疫细胞转录动态的影响及其潜在机制	业余半程马拉松运动员的外周血单个核细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	4名参与者的运动前后血液样本
137	2025-05-03	Integration of unpaired single cell omics data by deep transfer graph convolutional network 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012625 PMID:39821189	研究论文	本文提出了一种基于图卷积网络的深度迁移模型scTGCN，用于整合未配对的单细胞组学数据	scTGCN模型在保持生物变异的同时，能够快速整合数十万个细胞，且内存消耗低	当前标签迁移方法在保留细粒度细胞群和数据集间内在或外在异质性方面能力有限	提升单细胞组学数据的标签迁移和整合能力	单细胞RNA序列和单细胞染色质可及性数据	机器学习	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, APSA-seq, CITE-seq	图卷积网络(GCN)	单细胞组学数据	数十万个细胞
138	2025-05-03	Single-cell transcriptome analysis reveals cellular reprogramming and changes of immune cell subsets following tetramethylpyrazine treatment in LPS-induced acute lung injury 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18772 PMID:39822976	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究四甲基吡嗪（TMP）在LPS诱导的急性肺损伤（ALI）中对细胞重编程和免疫细胞亚群的影响	首次使用单细胞RNA测序技术揭示TMP在ALI治疗中对肺组织微环境的动态变化及免疫细胞亚群的调节作用	研究仅基于小鼠模型，未在人体中进行验证	探究TMP在ALI治疗中的潜在机制及其对肺组织微环境的影响	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 生物信息学分析, 免疫组织化学, 酶联免疫吸附试验	小鼠ALI模型	单细胞转录组数据	NA
139	2025-05-03	Cellular Senescence Genes as Cutting-Edge Signatures for Abdominal Aortic Aneurysm Diagnosis: Potential for Innovative Therapeutic Interventions 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70323 PMID:39823264	研究论文	本研究旨在识别与腹主动脉瘤（AAA）发展相关的细胞衰老相关基因（SRGs），并评估它们作为治疗靶点的潜力	通过机器学习算法识别了与AAA相关的关键基因ETS1和ITPR3，并验证了它们在诊断中的潜在应用	研究主要基于基因表达数据，需要进一步的实验验证这些基因在AAA中的具体作用机制	探索细胞衰老在AAA进展中的作用，并寻找潜在的诊断标志物	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物信息学	腹主动脉瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、WB、IF、RT-qPCR	LASSO、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	GSE57691训练集及两个独立验证数据集，人血清样本和小鼠模型
140	2025-05-03	BuDDI: Bulk Deconvolution with Domain Invariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012742 PMID:39823522	研究论文	提出BuDDI方法，通过域适应技术整合批量数据和单细胞RNA测序数据，预测细胞类型特异性扰动效应	利用变分自编码器(VAE)学习独立的潜在空间，涵盖细胞类型比例、扰动效应、结构化实验变异和其他变异，从而模拟细胞类型特异性扰动响应	未明确提及具体局限性	开发一种方法，将批量数据和单细胞数据结合，以研究细胞类型特异性扰动效应	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 域适应技术	VAE (变分自编码器)	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量