单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-19	Clonal sharing of CD8+ T-cells links skin and joint inflammation in psoriatic arthritis 2025-Jun-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43286 PMID:40528683	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了银屑病关节炎（PsA）患者皮肤和关节炎症中CD8+ T细胞的表型和克隆性联系	首次揭示了皮肤和关节炎症中CD8+ T细胞的克隆共享现象，并发现这些细胞在两个部位具有相似的细胞毒性和组织驻留表型	样本量较小（仅6例皮肤样本和5例配对滑膜组织/滑液样本），且空间转录组学数据仅来自1例配对样本	验证银屑病关节炎患者皮肤和关节炎症在CD8+ T细胞表型和克隆性方面存在联系的假设	银屑病关节炎患者的皮肤和关节组织中的CD8+ T细胞	免疫学	银屑病关节炎	scRNAseq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	6例皮肤样本，5例配对滑膜组织/滑液样本，1例配对皮肤和滑膜活检样本，4例非配对活检样本
122	2025-06-19	Targeting the cholinergic-astrocyte axis: A novel strategy for brain metastasis prevention in lung adenocarcinoma 2025-Jun-16, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217870 PMID:40516905	研究论文	本研究探讨了胆碱能代谢在肺腺癌脑转移中的作用，并提出了针对胆碱能-星形胶质细胞轴的新预防策略	首次揭示了胆碱能代谢通过双重促转移机制（免疫抑制和血脑屏障破坏）促进脑转移，并发现AChE抑制剂多奈哌齐具有显著的预防效果	研究样本量相对有限（875例RNA测序数据和280例组织微阵列验证），且机制研究主要基于体外实验	探索肺腺癌脑转移的发病机制并开发预防策略	肺腺癌患者及其脑转移病灶	肿瘤学	肺腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、组织微阵列	NA	基因表达数据、组织样本	875例RNA测序病例和280例组织微阵列验证病例，以及26个脑转移灶和8个正常脑样本的单细胞RNA测序
123	2025-06-19	Single-cell multi-omics reveals that FABP1 + renal cell carcinoma drive tumor angiogenesis through the PLG-PLAT axis under fatty acid reprogramming 2025-Jun-16, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02377-9 PMID:40518526	research paper	该研究通过单细胞多组学分析揭示了FABP1+肾细胞癌通过PLG-PLAT轴在脂肪酸重编程下驱动肿瘤血管生成的机制	发现了FABP1+肿瘤亚群通过PLG-PLAT功能轴促进血管生成的新机制，并提出了靶向该轴可能增强酪氨酸激酶抑制剂治疗敏感性的潜在策略	研究结果主要基于单细胞和空间转录组学分析，需要更多体内外实验验证	探究肾细胞癌中脂肪酸代谢重编程与肿瘤血管生成的关系	FABP1+肾细胞癌亚群及其与内皮细胞的相互作用	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞多组学分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，涉及肾细胞癌患者样本和临床前模型
124	2025-06-19	Role of local complement activation in kidney fibrosis and repair 2025-Jun-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI188345 PMID:40519169	review	本文综述了局部补体激活在肾脏纤维化和修复中的作用	强调了局部补体激活在肾脏疾病中的致病作用及其作为治疗靶点的潜力	主要基于动物模型研究，人类临床数据有限	探讨局部补体激活在肾脏纤维化和修复中的作用	肾脏疾病（肾小球和肾小管间质疾病）	NA	慢性肾脏病（CKD）	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学	NA	NA	动物模型和人类肾脏活检样本
125	2025-06-19	From inserts to chips: microfluidic culture and 3D astrocyte co-culture drive functional and transcriptomic changes in hiPSC-derived endothelial cells 2025-Jun-16, Fluids and barriers of the CNS IF:5.9Q1 DOI:10.1186/s12987-025-00672-7 PMID:40524169	research paper	该研究探讨了不同培养平台如何改变hiPSC衍生的内皮细胞（ECs）的功能和转录组表型	使用微流控BBB芯片平台（AKITA plate）和hiPSC衍生的星形胶质细胞共培养系统，研究了其对ECs功能和转录组的影响	需要进一步研究这些复杂细胞培养系统的特性	改进疾病模型和药物开发平台	hiPSC衍生的内皮细胞（ECs）和星形胶质细胞	生物医学工程	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	微流控BBB芯片平台（AKITA plate）	转录组数据	NA
126	2025-06-19	Exploring T-cell metabolism in tuberculosis: development of a diagnostic model using metabolic genes 2025-Jun-16, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02768-0 PMID:40524207	研究论文	通过单细胞RNA测序分析结核病患者外周血单个核细胞，开发基于代谢基因的诊断模型	首次利用T细胞相关代谢差异表达基因构建结核病诊断模型，并揭示免疫代谢重编程在结核病进展中的关键作用	样本量较小（仅7人），需要更大规模验证	阐明活动性结核与潜伏感染免疫调控机制，开发新型诊断方法	结核病患者外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理	结核病	scRNA-seq	XGBoost, SVM-RFE, Boruta	RNA测序数据	7人（2健康对照+2潜伏感染+3活动性结核）
127	2025-06-19	Cancer-associated fibroblasts promote drug resistance in ALK-driven lung adenocarcinoma cells by upregulating lipid biosynthesis 2025-Jun-16, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00400-7 PMID:40524253	research paper	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过上调脂质生物合成促进ALK驱动的肺腺癌细胞对药物产生耐药的机制	揭示了CAFs通过重编程脂质代谢促进ALK-TKIs耐药的分子网络，并提出通过靶向脂质代谢或诱导铁死亡来克服耐药的新治疗策略	研究主要基于3D球体共培养模型，尚未在体内模型或临床样本中验证	探究CAFs驱动的分子网络如何影响ALK驱动肺腺癌细胞的治疗敏感性	ALK重排肺腺癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境	肺腺癌	单细胞RNA测序，3D球体共培养	3D球体共培养模型	基因表达数据	NA
128	2025-06-19	Macrophages Atp6v0d2 regulates XBP1-mediated cholesterol metabolism to suppress metabolic dysfunction-associated steatohepatitis progression 2025-Jun-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115088 PMID:40526981	research paper	本研究揭示了巨噬细胞中Atp6v0d2通过调节XBP1介导的胆固醇代谢抑制代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的关键作用	首次发现巨噬细胞特异性基因Atp6v0d2通过XBP1/内质网应激通路调控胆固醇代谢和巨噬细胞表型转换，并阐明了其通过Trem2+巨噬细胞胞葬作用影响MASH进展的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明Atp6v0d2在MASH发病中的功能机制并探索其作为治疗靶点的潜力	骨髓源性巨噬细胞和MASH肝脏组织	分子病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型	Atp6v0d2基因敲除小鼠模型	基因表达数据、病理学数据	多种基因工程小鼠模型（Atp6v0d2fl/fl;Lyz2-cre、Atp6v0d2-/-等）在两种饮食诱导肥胖模型（GAN和CDAHFD）中的研究
129	2025-06-19	Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery 2025-Jun-16, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534 PMID:40527241	研究论文	该研究通过将单细胞RNA测序数据转换为语义上有意义的图像表示（称为“基因组图谱”），揭示了与衰老相关的基因互作模式变化，并构建了高精度的组织特异性炎症衰老时钟	提出了一种新的方法，通过空间编码转录组互作将scRNA-seq数据转换为图像表示，从而揭示衰老相关的基因互作模式变化，而非仅关注基因表达谱的变化	NA	识别精确的免疫遗传衰老标志物，并构建高精度的组织特异性炎症衰老时钟	衰老过程中的基因互作模式	生物信息学	衰老相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
130	2025-06-19	Elevated CD14 in B cells associates with reduced ovarian cancer risk via CD80 + dendritic cell interaction: a multi-omics study 2025-Jun-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02956-8 PMID:40517355	研究论文	通过多组学研究探讨B细胞中CD14升高通过CD80+树突状细胞相互作用降低卵巢癌风险的机制	首次揭示了CD14在B细胞中的表达与卵巢癌风险降低的关联，并发现CD80在髓系树突状细胞中作为中介分子	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	探究B细胞及免疫分子对卵巢癌风险的影响机制	卵巢癌患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞(PBMCs)	多组学分析	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析、中介分析	NA	单细胞转录组数据、eQTL和pQTL数据库数据	NA
131	2025-06-19	Identification of lactylation-related hub genes as novel therapeutic and diagnostic targets for thoracic aortic dissection 2025-Jun-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111944 PMID:40527360	研究论文	本研究通过整合分析鉴定出与乳酸化相关的关键基因，揭示了它们在胸主动脉夹层中的重要作用，并提出了潜在的治疗靶点和诊断标志物	首次系统研究了乳酸化在胸主动脉夹层中的作用，并鉴定出12个乳酸化相关枢纽基因，其中LDHA抑制剂在小鼠模型中显示出显著的治疗效果	研究主要基于小鼠模型和有限的人类组织样本，需要更大规模的临床验证	探索乳酸化在胸主动脉夹层发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	胸主动脉夹层患者组织样本和BAPN诱导的小鼠模型	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	scRNA-seq, WGCNA, ROC分析	BAPN诱导的小鼠模型	基因表达数据	人类主动脉组织和两个GEO数据库中的scRNA-seq数据集
132	2025-06-19	A Prognostic Lysine Crotonylation Signature Shapes the Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jun-13, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673381518250529110617 PMID:40525440	研究论文	本研究通过分析赖氨酸巴豆酰化相关基因（CRGs）在肝细胞癌（HCC）中的表达，建立了一个8基因风险评分模型，用于预测HCC患者的预后和免疫微环境特征	首次揭示了CRGs在HCC中的预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联，并开发了一个结合风险评分和列线图的预测模型	需要开发标准化的巴豆酰化测量方法，并在不同病因的HCC中进行验证，同时需要进一步研究巴豆酰化调节剂的功能影响	探索CRGs在HCC中的预后和治疗相关性	肝细胞癌（HCC）患者	肿瘤学	肝细胞癌	转录组分析、单细胞测序、CIBERSORT、OncoPredict	Cox和LASSO回归分析	转录组和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的HCC患者数据
133	2025-06-19	Systematic Pan-Cancer Analysis of the Oncogenic and Immunological Function of Stanniocalcin-1 (STC1) 2025-Jun-13, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673358794250531003706 PMID:40525442	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，系统性分析了STC1在泛癌中的致癌和免疫学功能	首次系统性揭示了STC1作为新型泛癌因子的双重作用：既通过EMT和干性调控促进肿瘤进展，又参与免疫微环境重塑	实验验证部分仅针对胃腺癌(STAD)进行了组织芯片和细胞系验证，其他癌症类型的实验证据不足	确立STC1的泛癌预后意义并阐明其与免疫特征的关联	33种癌症类型(TCGA泛癌数据集)和胃腺癌(STAD)组织样本	癌症基因组学	泛癌研究(重点关注胃腺癌)	多组学分析(UALCAN/cBioPortal/HPA/GTA)、多重荧光染色、Western blot、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质组数据、组织芯片图像数据	TCGA泛癌数据集+30例STAD组织芯片+STAD细胞系
134	2025-06-19	DNA damage repair (DDR) related prognostic risk model in multiple myeloma based on single-cell and bulk sequencing 2025-Jun-13, DNA repair IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.dnarep.2025.103857 PMID:40527059	研究论文	基于单细胞和批量测序数据，构建了多发性骨髓瘤中DNA损伤修复相关基因的预后风险模型	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据筛选DDR基因，并构建了多发性骨髓瘤的预后模型，发现了关键的DDR相关基因	研究结果需要进一步实验验证，样本量可能有限	研究多发性骨髓瘤中DNA损伤修复基因的作用及其对疾病预后的影响	多发性骨髓瘤患者	基因组学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 差异表达分析	预后风险模型	RNA测序数据	训练和验证队列中的多发性骨髓瘤患者样本
135	2025-06-19	Multi-omics characterization of prognostic signature and novel molecular subtypes associated with anoikis and in vitro validation of CDKN2A in thyroid carcinoma 2025-Jun-08, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156956 PMID:40527061	研究论文	本研究通过多组学方法分析了甲状腺癌中与失巢凋亡相关的基因，并验证了CDKN2A在其中的关键作用	首次建立了甲状腺癌的多组学分子亚型，并提供了失巢凋亡在甲状腺癌中的全面调控框架	研究主要基于TCGA数据库，需要进一步实验验证	探索甲状腺癌中失巢凋亡相关基因的调控机制及其在分子分型和治疗中的应用	甲状腺癌患者	生物信息学	甲状腺癌	多组学分析（转录组、甲基化、miRNA）、单细胞测序	风险评分模型	多组学数据	TCGA数据库中的甲状腺癌患者样本
136	2025-06-19	Macrophage polarization, inflammatory monocytes, and impaired MDSCs are associated with murine and human immune aplastic anemia 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf073 PMID:40411822	research paper	该研究探讨了骨髓衰竭（BMF）中髓系细胞的作用，特别是巨噬细胞极化、炎症性单核细胞和功能受损的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的关联	研究发现CSF-1R抑制加剧BMF，促进M1巨噬细胞极化，而JAK抑制剂baricitinib则减轻BMF，促进M2极化，揭示了髓系细胞在BMF中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	探索髓系细胞在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的作用及潜在治疗策略	小鼠模型和人类免疫性再生障碍性贫血（AA）样本	免疫学	再生障碍性贫血	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞RNA测序	小鼠BMF模型	基因表达数据、细胞群体数据	小鼠模型和人类AA样本（具体数量未提及）
137	2025-06-19	Adulthood outcomes of thymic transplantation in a case of congenital athymia due to FOXN1 mutation 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.02.006 PMID:39956280	research paper	本文报告了一例因FOXN1突变导致先天性无胸腺症患者接受胸腺移植后的长期临床和免疫学结果	首次报道了同种异体胸腺移植后19年的长期随访结果，揭示了移植胸腺中T细胞的独特生物学特性	仅为一例个案研究，样本量有限	评估先天性无胸腺症患者胸腺移植后的长期免疫重建效果	一名R255X纯合FOXN1突变导致的先天性无胸腺症成年患者	免疫学	先天性免疫缺陷	高维光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	临床数据、免疫学数据、测序数据	1例患者+年龄匹配对照
138	2025-06-19	Machine learning approach to single cell transcriptomic analysis of Sjogren's disease reveals altered activation states of B and T lymphocytes 2025-Jun, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103419 PMID:40318561	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示Sjögren病患者B和T淋巴细胞的异常激活状态	首次在Sjögren病患者外周血单核细胞中发现B和T淋巴细胞的独特基因表达模式，特别是Th1细胞的激活状态	研究样本仅限于外周血单核细胞，未涉及唾液腺等直接受累组织	探究Sjögren病的发病机制	Sjögren病患者和对照组的B和T淋巴细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞转录组分析	非负矩阵分解(NMF)	基因表达数据	Sjögren病患者和对照组的外周血单核细胞样本
139	2025-06-19	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage-Endothelial Cell Crosstalk in Viral Myocarditis 2025-Jun, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70440 PMID:40525609	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了病毒性心肌炎中巨噬细胞与内皮细胞的相互作用	首次使用单细胞RNA测序技术系统分析了病毒性心肌炎中免疫细胞与基质细胞的相互作用，特别是发现了巨噬细胞通过VEGFA信号通路促进血管生成的心脏保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	阐明病毒性心肌炎中免疫细胞与基质细胞的相互作用机制	CVB3诱导的病毒性心肌炎小鼠模型	单细胞组学	心肌炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据	不同时间点的病毒感染小鼠心脏组织和外周血单个核细胞(PBMCs)
140	2025-06-19	Single-Cell Analysis Reveals Fibroblast-Derived Migrasomes as CXCL12 Carriers Promoting Skin Wound Repair 2025-Jun, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70112 PMID:40527746	research paper	该研究揭示了成纤维细胞来源的迁移体作为CXCL12载体促进皮肤伤口修复的机制	首次报道了迁移体在组织修复中的作用，并发现其通过传递CXCL12促进伤口愈合	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究迁移体在皮肤伤口修复中的作用及其机制	人类和大鼠皮肤、口腔黏膜中的成纤维细胞及迁移体	细胞生物学	皮肤创伤	超分辨率共聚焦显微镜、聚焦离子束扫描电子显微镜、多重免疫荧光染色、活细胞成像、单细胞测序	NA	显微镜图像、测序数据	人类和大鼠皮肤及口腔黏膜样本