单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-13	NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance 2025-Jun-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027020 PMID:40009499	research paper	该研究揭示了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）发生和维持中的关键作用	发现了NOTCH1二聚体信号依赖的基因特征，包括HES4转录因子，并揭示了其在T-ALL细胞中的抗凋亡机制	研究主要基于合成模型和患者来源的异种移植模型，临床样本的直接验证有限	探究NOTCH1二聚体信号在T-ALL发生和维持中的作用机制	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL细胞	肿瘤生物学	T细胞急性淋巴细胞白血病	RNA/染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、测序数据	脐带血来源的HSPCs和患者来源的T-ALL异种移植模型
122	2025-06-13	Triggering Mechanisms of Hepatocyte Repopulation during liver Regeneration 2025-Jun-12, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.035 PMID:40500106	review	本文综述了肝再生过程中肝细胞再生的触发机制及其分子和细胞机制	总结了利用谱系追踪和空间转录组学等先进技术研究肝细胞再生来源的最新发现	再生肝细胞的确切来源仍存在争议	阐明肝再生过程中肝细胞增殖的触发机制及新生肝细胞的来源	肝细胞再生过程	NA	NA	谱系追踪, 空间转录组学	NA	NA	NA
123	2025-06-13	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2025-Jun-12, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	研究论文	介绍了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于从单细胞RNA测序数据推断ECM组分之间以及不同细胞群与ECM之间的通讯系统	开发了MatriCom工具，利用独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过筛选的相互作用，从表达数据中推断相互作用，并考虑了ECM蛋白相互作用的特定规则	NA	推断ECM组分之间以及细胞与ECM之间的通讯系统，以揭示ECM组装和细胞/ECM相互作用的保守和多样化机制	ECM组分和细胞群	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集
124	2025-06-13	Disruption of Morrbid alleviates autoinflammatory osteomyelitis in Pstpip2-deficient mice 2025-Jun-12, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.052176 PMID:40503910	研究论文	本研究探讨了Morrbid基因在Pstpip2缺陷小鼠中缓解自身炎症性骨髓炎的作用	发现Morrbid与Pstpip2在成熟髓系细胞中共表达，并证实Morrbid缺失能显著抑制CRMO症状的起始和进展	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究Morrbid基因在慢性复发性多灶性骨髓炎(CRMO)中的致病机制及潜在治疗靶点	Pstpip2缺陷小鼠模型	免疫学	骨髓炎	单细胞转录组分析	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	Pstpip2-/-和Pstpip2-/-Morrbid-/-复合突变小鼠
125	2025-06-13	Exploring the molecular mechanisms of lactylation-related biological functions and immune regulation in sepsis-associated acute kidney injury 2025-Jun-12, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01745-5 PMID:40504273	研究论文	本研究探讨了乳酸化修饰在脓毒症相关急性肾损伤（SA-AKI）中的分子机制及其与免疫调控的关系	首次系统分析了乳酸化相关基因（LRGs）在SA-AKI中的表达模式及功能作用，并鉴定了关键基因PECR和TP53I3	研究基于公共数据集GSE232404的转录组数据，缺乏实验验证	阐明乳酸化修饰在SA-AKI发病机制中的作用	脓毒症相关急性肾损伤（SA-AKI）患者样本	生物信息学	急性肾损伤	转录组测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Lasso回归、随机森林算法	基因表达数据	GSE232404数据集中的SA-AKI样本（具体数量未明确说明）
126	2025-06-13	Comprehensive analysis of SELPLG as a potential immunotherapy target and prognostic biomarker in oncology 2025-Jun-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02934-0 PMID:40504320	研究论文	本文通过生物信息学分析，全面评估了SELPLG作为潜在免疫治疗靶点和预后生物标志物在肿瘤学中的作用	首次全面分析SELPLG在多种癌症类型和阶段的表达模式，揭示其预后、治疗和免疫学作用	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	评估SELPLG作为癌症预后生物标志物和免疫治疗靶点的潜力	多种癌症类型中的SELPLG表达模式	生物信息学	多种癌症	生物信息学分析，包括TIMER2、Sangerbox 3.0、单细胞测序、GSEA	Cox比例风险回归模型	mRNA表达数据、单细胞测序数据、突变数据	多种癌症类型的肿瘤和正常组织样本
127	2025-06-13	How single-cell transcriptomics of Hydractinia is informing the evolution of cnidarian sensory systems 2025-Jun-12, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf090 PMID:40504553	研究论文	本文探讨了利用单细胞转录组学技术研究水螅（Hydractinia）感觉系统的进化	更新了水螅成虫的单细胞转录组图谱，探索了细胞生物学和细胞类型表达谱，并验证了细胞类型特异性标记的空间表达模式	NA	深入了解水螅感觉系统的进化及其细胞生物学	水螅（Hydractinia）的细胞类型和感觉系统	生物信息学	NA	单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA敲低、合成RNA过表达	NA	转录组数据	两种水螅物种（H. symbiolongicarpus和H. echinata）的实验室克隆系
128	2025-06-13	Machine learning-driven construction and validation of an intra-tumoral heterogeneity-associated prognostic model for bladder urothelial carcinoma 2025-Jun-11, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2516767 PMID:40500142	研究论文	本研究基于肿瘤内异质性相关基因构建了膀胱尿路上皮癌的预后模型	结合LASSO和随机生存森林算法开发了14基因预后特征，并在多个独立验证队列中表现出强预测性能	研究主要依赖公共队列数据，缺乏前瞻性临床验证	构建膀胱尿路上皮癌的预后预测模型	膀胱尿路上皮癌患者	机器学习	膀胱癌	转录组测序、单细胞RNA测序	LASSO、随机生存森林	转录组数据、临床数据	多个公共队列数据集
129	2025-06-13	CD73 inhibitor AB680 suppresses glioblastoma in mice by inhibiting purine metabolism and promoting P2RY12+ microglia transformation 2025-Jun-11, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-025-01585-9 PMID:40500344	研究论文	本研究探讨了CD73抑制剂AB680在胶质母细胞瘤(GBM)中的抗肿瘤效果及其机制	发现AB680通过抑制嘌呤代谢和促进P2RY12+小胶质细胞转化来抑制GBM	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索AB680在GBM治疗中的潜在应用	胶质母细胞瘤(GBM)小鼠模型和人类GBM样本	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	代谢组学分析、scRNA-seq、snRNA-seq	小鼠GBM模型	代谢组数据、单细胞RNA测序数据	G422-GBM小鼠模型和人类GBM样本
130	2025-06-13	Single-cell transcriptome reveals the reprogramming of immune microenvironment during the transition from MASH to HCC 2025-Jun-11, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02370-2 PMID:40500691	research paper	该研究通过单细胞转录组测序揭示了从代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）向肝细胞癌（HCC）转变过程中免疫微环境的重新编程	首次详细描绘了MASH向HCC转变过程中的免疫景观变化，并确定了ApoE在MASH相关HCC发病机制中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明MASH向HCC转变过程中的免疫景观变化并识别关键致病基因	小鼠模型中的CD45+细胞	digital pathology	liver cancer	scRNA-seq, flow cytometry, multiplexed immunohistochemistry	STAM mouse model	single-cell RNA sequencing data	31,822个细胞
131	2025-06-13	OTUD1 exacerbates sepsis-associated encephalopathy by promoting HK2 mitochondrial release to drive microglia pyroptosis 2025-Jun-11, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03480-w PMID:40500776	research paper	该研究揭示了OTUD1通过促进HK2从线粒体释放来驱动小胶质细胞焦亡，从而加剧脓毒症相关脑病的机制	首次阐明了OTUD1-HK2轴作为SAE的新型调控通路，为脓毒症认知障碍提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	探究脓毒症相关脑病(SAE)的发病机制及潜在治疗靶点	小胶质细胞、HK2蛋白、OTUD1去泛素化酶	神经免疫学	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序、分子对接、共免疫沉淀、3D共聚焦显微镜	OTUD1基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、行为学数据	实验小鼠模型及临床样本（数量未明确说明）
132	2025-06-13	Stem cell fate decisions: Substates and attractors 2025-Jun-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102532 PMID:40499510	review	本文综述了人类多能干细胞在基因表达异质性方面的研究，强调了它们占据不同亚稳态的能力及其对分化结果的影响	提出了一种新的方法来模拟荧光标记分布随时间变化的序列，认为亚稳态之间的转变可能由确定性混沌和基因表达的随机波动共同调控	NA	探讨干细胞命运决定的机制，特别是基因表达异质性和亚稳态的作用	人类多能干细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组学、荧光标记动态分析	NA	基因表达数据	NA
133	2025-06-13	Differentiation of lung tissue-resident c-Kit+ cells into microvascular endothelial cells alleviates pulmonary vascular remodeling 2025-Jun-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.01.010 PMID:39909047	研究论文	本研究探讨了肺部组织驻留的c-Kit+细胞分化为微血管内皮细胞对缓解肺血管重塑的作用	揭示了肺部c-Kit+细胞通过分化为成熟内皮细胞在肺血管重塑中的保护作用，并发现通过AAV增强Nr2f2表达可促进这一分化过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证	探究肺部c-Kit+细胞分化在肺血管重塑中的作用及其潜在治疗策略	肺部组织驻留的c-Kit+细胞及其分化的内皮细胞	细胞生物学	肺高血压	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SU5416/低氧（SuHx）诱导的肺血管重塑小鼠模型	基因表达数据	SuHx诱导的小鼠模型及肺高血压患者样本
134	2025-06-13	Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011 PMID:40185093	research paper	该研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢在肝细胞癌中限制肿瘤内三级淋巴结构成熟的机制	首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境会导致三级淋巴结构成熟偏离，并证明抑制色氨酸代谢可促进肿瘤内三级淋巴结构成熟	研究仅针对肝细胞癌，其他癌症类型中的情况尚不明确	探究三级淋巴结构成熟的影响因素及其与免疫治疗的关系	肝细胞癌(HCC)中的三级淋巴结构(TLSs)	digital pathology	liver cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomic data	NA
135	2025-06-13	Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031 PMID:40215978	research paper	该研究揭示了放疗通过上调铜转运蛋白1（CTR1）和消耗线粒体谷胱甘肽来诱导线粒体铜水平升高，从而触发铜死亡（cuproptosis），并提出通过靶向铜死亡来克服肿瘤放射抗性的治疗策略	首次揭示了放疗与铜死亡之间的联系，并发现通过铜离子载体治疗可以增强铜死亡，从而克服肿瘤的放射抗性	研究主要基于食管癌模型，其他类型癌症的适用性尚待验证	探索放疗如何诱导铜死亡以及如何利用这一机制克服肿瘤放射抗性	食管癌细胞和患者来源的异种移植模型	肿瘤学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	患者肿瘤样本和细胞系模型
136	2025-06-13	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	该研究通过空间免疫分析和多组学技术，探讨了人类和小鼠肺腺癌前体中的肿瘤微环境变化，并提出了TIM-3作为干预靶点的潜力	揭示了TIM-3在肺腺癌前体中的高表达特征及其在肿瘤进展中的变化，提出了TIM-3作为早期干预靶点的可能性	研究样本量有限，特别是小鼠模型仅使用了5个，且人类样本数量为114例	探究肺腺癌前体演变过程中肿瘤微环境的作用及其免疫逃逸机制	人类和小鼠的肺腺癌及肺腺癌前体组织	肿瘤免疫学	肺腺癌	空间免疫分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	空间多组学数据、单细胞RNA测序数据	114例人类肺腺癌及前体样本，5个小鼠模型
137	2025-06-13	eIF5A maintains intestinal epithelial homeostasis by sustaining intestinal stem cells 2025-Jun-09, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00243-z PMID:40488929	研究论文	本文探讨了真核翻译起始因子5A（eIF5A）在维持肠道上皮稳态中的作用，特别是在肠道干细胞（ISCs）的维持方面	揭示了eIF5A通过调控线粒体翻译维持肠道干细胞的新机制	研究主要基于小鼠模型和肠道类器官，人类相关性的验证尚不充分	阐明eIF5A在肠道上皮稳态维持中的分子机制	小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官	细胞生物学	肠道疾病	条件性基因敲除、质谱分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官
138	2025-06-13	Prognostic and immune modulatory effects of ammonia-induced cell death in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Jun-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02508-0 PMID:40490575	research paper	本研究探讨了氨诱导的细胞死亡（ACD）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预后意义及免疫调节作用	首次将氨死亡特征（ADS）确立为HNSC的新型预后生物标志物，并揭示了其与肿瘤进展和免疫抑制的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究ACD在HNSC中的预后价值和免疫调节机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	随机生存森林（RSF）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、肿瘤免疫表型追踪（TIP）分析、单细胞RNA测序	RSF	转录组数据	NA
139	2025-06-13	Single-cell chromatin accessibility profiling reveals regulatory mechanisms and evolution in pig brains 2025-Jun-09, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02263-2 PMID:40490756	研究论文	通过单细胞染色质可及性分析，揭示了猪脑的调控机制及其进化特征	首次在猪脑中进行大规模单细胞染色质可及性分析，并比较了家猪与野猪的细胞类型特异性调控景观	研究仅聚焦于大脑皮层和小脑，未涵盖其他脑区	探索猪脑的调控机制及其在进化过程中的变化	家猪和野猪的大脑皮层及小脑细胞	生物医学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病）	单细胞染色质可及性分析、单细胞RNA测序	NA	单细胞测序数据	71,798个细胞（来自家猪和野猪的大脑皮层及小脑）
140	2025-06-13	Comprehensive analysis of immunoglobulin expression in the mouse brain from embryonic to adult stages 2025-Jun-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03457-9 PMID:40490799	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据和Ig库分析，揭示了从小鼠胚胎到成年阶段大脑中免疫球蛋白（Ig）的表达谱	首次全面描述了Ig在大脑中从胚胎到成年阶段的表达谱，并发现小胶质细胞和第六层皮质丘脑神经元中Ig的表达模式及其对脂多糖的反应与B细胞不同	研究仅基于小鼠模型，尚未验证在人类大脑中的表达情况	阐明Ig在小鼠大脑中从胚胎到成年阶段的表达情况及其可能的非经典免疫功能	小鼠大脑中的免疫球蛋白（Ig）表达	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、Ig库分析	NA	RNA测序数据	从小鼠胚胎到成年阶段的多个发育时期的大脑样本