单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-31	Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC 2025-Feb-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86950-8 PMID:39894886	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境的动态变化并开发预后标志物	定义了新的Treg和耗竭T细胞特征基因TNFRSF4，开发了基于14个基因的新型预后模型，并鉴定了三种潜在治疗药物	研究样本量相对有限(31例)，且为回顾性分析	阐明PDAC进展过程中肿瘤微环境的动态变化并开发预后模型	胰腺导管腺癌(PDAC)患者的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后风险评分模型	单细胞转录组数据	31例PDAC样本(包括I期8例，II期9例，III期6例，IV期8例)
122	2025-05-31	Spatial Transcriptomics of the Respiratory System 2025-Feb, Annual review of physiology IF:15.7Q1 DOI:10.1146/annurev-physiol-022724-105144 PMID:39353142	review	本文综述了呼吸系统中空间转录组学的最常用工作流程及其优势和局限性，并概述了机器学习和人工智能在解释空间数据方面的最新进展	结合空间解析基因表达技术和计算工具，利用机器学习和深度学习来理解肺部细胞类型在三维空间中的相互作用	虽然技术发展迅速，但仍存在一些工作流程的局限性需要克服	通过空间转录组学技术提升对呼吸系统在健康和疾病状态下的理解	呼吸系统中的细胞类型及其在三维空间中的相互作用	digital pathology	lung cancer, COVID-19, fibrosis	spatially resolved gene expression technologies	machine learning, deep learning	spatial transcriptomics data	NA
123	2025-05-31	Dynamic analysis of intrahepatic T cells reveals a unique group of restorative Cxcr3+ tissue-resident CD4 T cells in acute liver injury 2025-02, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154058 PMID:39828240	research paper	该研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序数据，揭示了急性肝损伤中Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞的独特修复作用	发现了一群具有修复功能的Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞，并揭示了其在APAP诱导的急性肝损伤中的保护机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究急性肝损伤中T细胞动态变化及其在肝脏修复中的作用	APAP诱导的急性肝损伤小鼠模型中的肝内T细胞	免疫学	急性肝损伤	流式细胞术, scRNA-seq	NA	流式细胞数据, 单细胞RNA测序数据	APAP中毒小鼠肝脏组织的时间序列数据
124	2025-05-31	Interaction of the endogenous antibody response with activating FcγRs enhance control of Mayaro virus through monocytes 2025-Feb, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012944 PMID:39993025	研究论文	研究揭示了内源性抗体反应与激活型FcγRs的相互作用如何通过单核细胞增强对Mayaro病毒的控制	首次评估了FcγRs在自然感染中对Mayaro病毒保护的必要性，并揭示了抗体Fc与FcγRs的相互作用在促进保护性反应中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索抗体Fc效应功能及FcγRs在Mayaro病毒感染中的保护机制	Mayaro病毒（MAYV）及小鼠模型	病毒学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA序列数据	NA
125	2025-05-31	Polyamine metabolism dysregulation contributes to muscle fiber vulnerability in ALS 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115123 PMID:39932195	研究论文	该研究探讨了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中肌肉纤维易损性与多胺代谢失调的关系	首次通过空间转录组学数据识别出多胺代谢是ALS受影响肌肉纤维中的主要改变通路，并证明恢复多胺稳态可以挽救SOD1小鼠的肌肉表型	研究仅基于SOD1小鼠模型，未在人类ALS患者中验证	理解ALS疾病进展中神经支配改变如何干扰肌肉稳态	SOD1小鼠模型的骨骼肌	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	空间转录组学	SOD1小鼠模型	转录组数据	NA
126	2025-05-31	Gut bacterial L-lysine alters metabolism and histone methylation to drive dendritic cell tolerance 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115125 PMID:39932193	research paper	该研究揭示了肠道细菌代谢物L-赖氨酸通过调控树突状细胞的代谢和组蛋白甲基化，促进免疫耐受的机制	首次发现L-赖氨酸通过AMPK/AcCoA-mTOR轴激活SGOC代谢，增加SAM和DOT1L表达，从而增强H3K79me2富集，促进免疫耐受	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究肠道细菌代谢物如何诱导树突状细胞免疫耐受的分子机制	树突状细胞(DCs)和肠道共生细菌	免疫学	免疫炎症性疾病	scRNA-seq, 条件性基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据	使用免疫炎症性疾病小鼠模型和Phgdh条件敲除小鼠
127	2025-05-31	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	research paper	该研究是一项I期临床试验，旨在评估sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和有效性	首次探索sitravatinib与nivolumab和ipilimumab的三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌中的剂量优化和疗效	样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未经治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	临床医学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	临床数据和基因表达数据	22例患者（其中12例进行了肿瘤活检的scRNA-seq分析）
128	2025-05-31	Spatial integration of multi-omics data from serial sections using the novel Multi-Omics Imaging Integration Toolset 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf035 PMID:40366868	研究论文	介绍了一种名为MIIT的Python框架，用于整合空间分辨的多组学数据	开发了非刚性配准算法GreedyFHist，用于整合来自连续切片的多种组学数据	未提及具体的技术限制或应用范围的局限性	解决异质性肿瘤在精准医学中的多组学数据整合问题	前列腺组织样本的空间转录组学(ST)和质谱成像(MSI)数据	数字病理学	前列腺癌	质谱成像(MSI)、空间转录组学(ST)	GreedyFHist	图像、代谢物数据、RNA数据	244张新鲜冷冻连续切片的图像
129	2025-05-31	Lifting the curse from high-dimensional data: automated projection pursuit clustering for a variety of biological data modalities 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf052 PMID:40440093	研究论文	本文提出了一种名为自动投影追踪（APP）的无监督聚类方法，用于处理高维生物数据	通过顺序将高维数据投影到低维表示中，缓解了维度灾难问题	NA	开发一种新的聚类方法来分析高维生物数据	高维生物数据，包括转录组学、蛋白质组学和单细胞组学数据	机器学习	NA	scRNA-seq, 流式细胞术, 质谱流式细胞术, 多重成像数据, T细胞受体库数据	自动投影追踪（APP）	高维生物数据	NA
130	2025-05-31	Loss of PI5P4Kα Slows the Progression of a Pten Mutant Basal Cell Model of Prostate Cancer 2025-01-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0290 PMID:39382632	研究论文	研究发现PI5P4Kα在前列腺基底细胞中富集，其缺失减缓了Pten突变小鼠前列腺上皮内瘤变的进展	首次开发了基底细胞特异性基因工程小鼠模型，研究了PI5P4Kα在前列腺癌进展中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类前列腺癌中验证	探究PI5P4Kα在前列腺基底细胞癌变中的作用	前列腺基底细胞和Pten突变小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序、基因工程小鼠模型	基因工程小鼠模型	基因表达数据	基因工程小鼠模型和LNCaP前列腺癌细胞
131	2025-05-31	Whole-exome sequencing association study reveals genetic effects on tumor microenvironment components in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182768 PMID:39744943	研究论文	通过全外显子组测序关联研究揭示鼻咽癌肿瘤微环境成分的遗传影响	发现了三个与鼻咽癌易感性相关的遗传变异，提出了改进的复合多基因风险评分（rcPRS），并揭示了多基因风险通过EBV感染状态介导的机制	NA	探索鼻咽癌的遗传基础及其与肿瘤微环境成分的相互作用	鼻咽癌患者和对照组的遗传变异	基因组学	鼻咽癌	全外显子组测序，单细胞RNA测序	复合多基因风险评分（rcPRS）	基因组数据，转录组数据	6,969例鼻咽癌患者和7,100例对照，356例批量转录组数据，56例单细胞RNA测序数据
132	2025-05-31	Further evidence of biallelic NAV3 variants associated with recessive neurodevelopmental disorder with dysmorphism, developmental delay, intellectual disability, and behavioral abnormalities 2025-Jan, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02718-6 PMID:39708122	research paper	本研究进一步验证了NAV3基因的双等位蛋白截断变异与隐性神经发育障碍（NDD）的关联，扩展了该新发现NDD基因的致病变异谱	首次在三个无血缘关系的近亲家族中发现了NAV3基因的双等位蛋白截断变异与NDD的关联	样本量较小（仅5名患者），且仅通过外显子测序（ES）进行了分析	探究NAV3基因在人类疾病中的作用，特别是与神经发育障碍（NDD）的关联	三名无血缘关系的近亲家族中的五名NDD患者	遗传学	神经发育障碍	外显子测序（ES）和单细胞测序	NA	基因序列数据	5名患者（来自三个家族）
133	2025-05-31	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025-Jan, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	research paper	本研究通过多重免疫荧光染色、高级图像分析和单细胞RNA测序技术，对健康和小鼠疾病肝脏中的巨噬细胞进行了表征	识别了坏死病变相关巨噬细胞，并揭示了它们在坏死病变清除中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	研究肝脏巨噬细胞的异质性、空间分布及其在肝脏损伤和修复中的作用	健康和小鼠疾病肝脏中的巨噬细胞	digital pathology	liver disease	sequential multiplex immunofluorescence staining, advanced image analysis, scRNA-seq	NA	image, RNA sequencing data	小鼠肝脏样本（具体数量未提及）
134	2025-05-31	Potential Role of CD99 Signaling Pathway in Schwann Cell Dysfunction in Diabetic Foot Ulcers Based on Single-Cell Transcriptome Analysis 2025, Journal of diabetes research IF:3.6Q2 DOI:10.1155/jdr/9935400 PMID:40420926	研究论文	通过单细胞转录组分析探讨CD99信号通路在糖尿病足溃疡中雪旺细胞功能障碍中的潜在作用	首次揭示了CD99信号通路在糖尿病足溃疡非愈合组中的上调及其在雪旺细胞功能障碍中的关键作用	研究主要基于单细胞转录组数据和小鼠伤口模型，尚未在人体中进行功能验证	探究糖尿病足溃疡中雪旺细胞功能障碍的分子机制	糖尿病足溃疡患者的足部皮肤样本和小鼠伤口模型	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠伤口模型	基因表达数据	涵盖非糖尿病患者、无糖尿病足溃疡的糖尿病患者、糖尿病足溃疡愈合者和非愈合者的足部皮肤样本
135	2025-05-31	Exploring shared pathogenic mechanisms and biomarkers in hepatic fibrosis and inflammatory bowel disease through bioinformatics and machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1533246 PMID:40421012	研究论文	通过生物信息学和机器学习探索肝纤维化和炎症性肠病的共同致病机制和生物标志物	首次鉴定了MMP2、COL1A2、CXCL1和STAT1作为IBD和HF的共同生物标志物，并揭示了两种疾病在免疫、代谢和纤维化方面的相似性	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索肝纤维化和炎症性肠病的共同致病机制和生物标志物	肝纤维化和炎症性肠病患者	生物信息学	肝纤维化和炎症性肠病	WGCNA、PPI网络、机器学习算法、CIBERSORT算法、单细胞测序分析	逻辑回归模型	基因表达数据	NA
136	2025-05-31	Single-cell atlas of endothelial cells in atherosclerosis: identifying C1 CXCL12+ ECs as key proliferative drivers for immunological precision therapeutics in atherosclerosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569988 PMID:40421026	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的图谱，并确定了C1 CXCL12+ ECs作为疾病进展的关键增殖驱动因素	首次在单细胞水平上全面绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性图谱，并鉴定出C1 CXCL12+ ECs这一关键亚群及其在疾病进展中的作用	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的功能实验验证这些发现	探索动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	动脉粥样硬化患者的内皮细胞	单细胞组学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
137	2025-05-31	Investigation of the Significance of Blood Signatures on Sepsis-Induced Acute Lung Injury in Sepsis Within 24 Hours 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5684300 PMID:40421173	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，探讨了脓毒症患者外周全血中生物标志物对脓毒症诱导的急性肺损伤（ALI）的影响	利用多种机器学习算法和单细胞RNA测序技术，识别了C3AR1和SLPI作为关键生物标志物，并验证了SLPI在脓毒症早期阶段的表达及其在ALI中的作用	研究主要基于GEO数据集和动物实验，临床样本的验证可能不足	探讨脓毒症诱导的急性肺损伤的生物标志物及其机制	脓毒症患者的外周全血样本和脓毒症诱导的ALI模型	生物信息学	脓毒症和急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CIBERSORT、机器学习	多种机器学习算法	基因表达数据	GSE54514数据集中的611个差异表达基因和GSE95233数据集中的1150个差异表达基因
138	2025-05-31	Single-cell transcriptomics and machine learning unveil ferroptosis features in tumor-associated macrophages: Prognostic model and therapeutic strategies for lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1598756 PMID:40421217	research paper	该研究通过单细胞转录组学和机器学习揭示了肿瘤相关巨噬细胞中铁死亡的特性，并构建了肺腺癌的预后风险模型	首次基于巨噬细胞铁死亡相关基因（HLF、HPCAL1、NUPR1）构建了肺腺癌预后模型，揭示了高风险组的免疫微环境特征和药物敏感性差异	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	筛选与巨噬细胞铁死亡相关的关键基因，并基于这些基因构建肺腺癌的预后风险模型	肺腺癌（LUAD）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	machine learning	lung cancer	单细胞转录组学、Western blot分析	LASSO、SVM、XGBoost等8种机器学习算法	基因表达数据	整合了TCGA-LUAD、GSE131907和GSE13213数据集
139	2025-05-31	Deciphering Intercellular Communication of the Immune Landscape within Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Microenvironment at Single-Cell Resolution 2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland) DOI:10.1159/000545663 PMID:40421435	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据解析了常染色体显性多囊肾病（ADPKD）微环境中免疫细胞间的复杂通讯网络	首次在单细胞分辨率下揭示了ADPKD微环境中单核吞噬细胞、T细胞和成纤维细胞的相互作用网络，并发现特定巨噬细胞亚群通过IL-10信号促进囊肿细胞增殖	样本量较小（7例ADPKD和3例健康肾脏样本），且仅基于转录组数据	解析ADPKD微环境中关键细胞类型及其相互作用机制	ADPKD患者肾脏微环境中的免疫细胞和结构细胞	单细胞组学	常染色体显性多囊肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合CellChat、VISION、pySCENIC和Monocle V3分析	NA	单细胞转录组数据	7例ADPKD患者和3例健康人的肾脏样本
140	2025-05-31	Ligand-receptor dynamics in heterophily-aware graph neural networks for enhanced cell type prediction from single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1547231 PMID:40421418	研究论文	本文探讨了图神经网络（GNNs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的应用，特别关注异质性感知的GNNs在细胞类型预测中的表现	通过从LIANA提取配体-受体（L-R）关联并构建基于L-R信息的细胞-细胞关联网络，增强了细胞通讯通路的生物相关性和准确性，同时探索了专门设计用于处理异质性数据的先进图神经网络方法	研究仅涵盖了六个不同的数据集，可能无法代表所有生物网络的异质性情况	提高从单细胞RNA测序数据中预测细胞类型的准确性和生物相关性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Graph Convolutional Networks (GCN), GraphSAGE, Graph Attention Networks (GAT), MixHop, Gated Bi-Kernel GNNs (GBK-GNN)	基因表达谱和配体-受体相互作用数据	六个不同的数据集