单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-20	Protocol for isolating and characterizing human vitreous immune cell infiltrates by flow cytometry and single-cell transcriptomic studies 2025-May-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103830 PMID:40382772	研究论文	本文介绍了一种用于通过流式细胞术和单细胞转录组学研究分离和表征人类玻璃体免疫细胞浸润的定制方案	提出了针对人类玻璃体样本的免疫细胞分离和表征的定制方案，包括手术修改和其他措施以最大化免疫细胞产量	未提及具体样本量或实验结果的局限性	开发一种用于研究眼内免疫反应的玻璃体免疫细胞分离和表征方法	人类玻璃体中的免疫细胞浸润	生物医学研究	NA	流式细胞术, 单细胞转录组学	NA	细胞样本, 转录组数据	NA
122	2025-05-20	Integrating multi-omics data to identify the role of Aggrephagy-related genes in tumor microenvironment and key tumorigenesis factors of GB from the perspective of single-cell sequencing 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02431-4 PMID:40377747	research paper	本研究通过整合多组学数据，从单细胞测序的角度探讨了聚集自噬相关基因（ARGs）在胶质母细胞瘤（GB）肿瘤微环境（TME）和肿瘤发生中的关键作用	首次利用单细胞测序技术分析ARGs对GB的TME和肿瘤发生的影响，并通过分子对接分析确定了TUBA1C和UBB作为潜在的治疗靶点	未提及样本量大小，可能影响结果的普遍性	探索ARGs在GB的TME和肿瘤发生中的作用，并验证其预后意义及免疫治疗预测潜力	胶质母细胞瘤（GB）及其肿瘤微环境（TME）	digital pathology	glioblastoma	single-cell sequencing, non-negative matrix factorization, molecular docking	NA	single-cell sequencing data	NA
123	2025-05-20	Deciphering the interaction between the expression of LRP2 served as a mitochondrial metabolism-related gene and prognosis in colon cancer integrating multi-omics analysis 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02568-2 PMID:40377809	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了LRP2基因在结肠癌中的表达及其预后价值	首次将LRP2基因作为线粒体代谢相关基因与结肠癌预后联系起来，并通过多组学数据验证其临床意义	研究样本量有限，且主要依赖公共数据库数据，需要更多独立队列验证	探索LRP2基因在结肠癌中的表达特征及其临床预后价值	结肠腺癌(COAD)患者和结肠癌细胞系	癌症基因组学	结肠癌	单细胞测序、转录组学分析、免疫组化(IHC)、CCK-8检测、流式细胞术	Cox回归分析、基因集富集分析(GSEA)	基因组数据、转录组数据、临床病理数据、细胞实验数据	TCGA数据库中的结肠癌样本、GEO数据库中的验证数据集、HCT116和SW480细胞系
124	2025-05-20	Sialyltransferase gene signature as a predictor of prognosis and therapeutic response in kidney renal clear cell carcinoma 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02566-4 PMID:40377806	研究论文	本研究基于唾液酸转移酶相关基因（SRGs）构建了一个预测模型，用于评估肾透明细胞癌（KIRC）患者的预后和治疗反应	首次基于SRGs构建KIRC预后模型，揭示了唾液酸化在KIRC中的关键作用，并识别了两种分子亚型及其对不同药物的敏感性差异	研究主要依赖公共数据库数据，缺乏独立的前瞻性临床队列验证	开发KIRC预后预测模型并探索唾液酸化在肿瘤生物学中的作用机制	肾透明细胞癌（KIRC）患者	肿瘤基因组学	肾癌	RNA-Seq, scRNA-seq, 生物信息学分析	Cox回归风险模型	基因表达数据	TCGA和ICGC数据库中的KIRC样本
125	2025-05-20	The critical role of BMP signaling in gastric epithelial cell differentiation revealed by organoids 2025-May-16, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00237-x PMID:40377813	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和信号通路操作，揭示了BMP信号在胃上皮细胞分化中的关键作用	揭示了BMP4信号在刺激胃小凹细胞和壁细胞分化中的作用，并发现BMP4与EGF信号协同增强小凹细胞分化，同时抑制TGF-β和BMP4信号促进主细胞分化	研究主要基于小鼠和人类胃类器官，可能不完全反映体内复杂环境	探究胃上皮细胞分化的分子机制及其在小鼠和人类中的异同	小鼠和人类胃类器官	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类胃类器官
126	2025-05-20	SARS-CoV-2 induced immune perturbations in infants vary with disease severity and differ from adults' responses 2025-May-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59411-z PMID:40379618	research paper	该研究通过多维方法解析了SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应，并与成人反应进行了比较	首次系统地研究了因严重COVID-19住院婴儿的免疫反应，并揭示了婴儿与成人在免疫反应上的显著差异	样本量相对较小（n=26），且仅针对住院婴儿进行研究	解析SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应特征及其与成人的差异	SARS-CoV-2感染的婴儿（n=26）和匹配的对照组（n=14）	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	40名婴儿（26名感染，14名对照）
127	2025-05-20	Advances in spatial transcriptomics and its application in the musculoskeletal system 2025-May-16, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00429-w PMID:40379648	综述	本文总结了空间转录组学的最新进展及其在肌肉骨骼系统中的应用	空间转录组学通过同时捕获基因表达谱和组织原位空间信息，革新了生物学研究，并逐渐应用于肌肉骨骼研究	NA	探讨空间转录组学在肌肉骨骼系统研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼系统的生理和病理状态	生物信息学	肌肉骨骼系统疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据和空间信息	NA
128	2025-05-20	USP2 inhibition unleashes CD47-restrained phagocytosis and enhances anti-tumor immunity 2025-May-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59621-5 PMID:40379682	研究论文	本文揭示了USP2通过去泛素化稳定CD47的机制，抑制USP2可促进CD47降解并重塑肿瘤微环境，从而增强抗PD-1免疫治疗的疗效	首次发现USP2通过去泛素化稳定CD47的调控机制，并证明抑制USP2可增强抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，临床数据有限	探索CD47的调控机制以开发更有效的联合免疫疗法	CD47/SIRPα轴和肿瘤微环境	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	基因表达数据和临床数据	小鼠模型和临床样本（数量未明确说明）
129	2025-05-20	A novel LncRNA risk model for disulfidptosis-related prognosis prediction and response to chemotherapy in acute myeloid leukemia 2025-May-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01730-8 PMID:40379722	研究论文	本研究开发了一种基于与双硫死亡相关的长链非编码RNA（DRLs）的风险模型，用于预测急性髓系白血病（AML）患者的预后和化疗反应	首次构建了基于6种特定DRLs的预测模型，并验证了其在AML预后预测中的效用，同时探索了双硫死亡与AML的潜在联系	研究依赖于公开数据库数据，需要进一步实验验证模型的临床适用性	探索双硫死亡与AML的关系，开发预后预测模型和寻找新的治疗靶点	急性髓系白血病（AML）患者	生物信息学	急性髓系白血病	scRNA-seq, RT-qPCR, Cox比例风险模型, LASSO回归分析	风险预测模型	基因表达数据	来自GEO数据库的AML患者scRNA-seq数据
130	2025-05-20	M2-ApoBDs as a therapeutic strategy for systemic lupus erythematosus: targeted macrophage reprogramming and treg differentiation 2025-May-16, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03437-4 PMID:40380199	research paper	该研究探讨了M2巨噬细胞衍生的凋亡小体（M2-ApoBDs）作为系统性红斑狼疮（SLE）治疗新策略的潜力，通过靶向重编程巨噬细胞和促进Treg细胞分化	首次提出M2-ApoBDs能够选择性靶向脾脏并重编程巨噬细胞，进而促进Treg细胞分化，为SLE提供了一种新的治疗策略	研究仅在SLE小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索通过巨噬细胞重编程和Treg细胞分化治疗系统性红斑狼疮的有效靶向治疗方法	系统性红斑狼疮（SLE）小鼠模型	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	NA	SLE小鼠模型
131	2025-05-20	Spatiotemporal dynamic changes of meningeal microenvironment influence meningeal lymphatic function following subarachnoid hemorrhage: from inflammatory response to tissue remodeling 2025-May-16, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03460-0 PMID:40380229	研究论文	该研究探讨了蛛网膜下腔出血后脑膜微环境的时空动态变化如何影响脑膜淋巴功能，从炎症反应到组织重塑的过程	揭示了脑膜微环境从炎症反应到组织重塑的时空转变，并发现胎盘生长因子（PGF）可能是促进炎症反应后脑膜淋巴功能早期修复的关键因素	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究蛛网膜下腔出血后脑膜淋巴功能的动态变化及其调控机制	小鼠模型中的脑膜淋巴管和脑膜微环境	神经科学	蛛网膜下腔出血	单细胞RNA测序和空间转录组学	小鼠SAH模型	基因表达数据	NA
132	2025-05-20	Single-cell transcriptomic analysis deciphers the inflammatory microenvironment characterized by CXCL9+ fibroblasts and ACKR1+ endothelial cells in immune-related myocarditis 2025-May-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06551-x PMID:40380233	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了免疫相关心肌炎中由CXCL9+成纤维细胞和ACKR1+内皮细胞主导的炎症微环境	首次在单细胞水平上解析了免疫相关心肌炎的炎症微环境，并识别了CXCL9+成纤维细胞和ACKR1+内皮细胞等关键细胞亚群	研究样本量较小，仅基于一例患者的活检样本和小鼠数据	阐明免疫相关心肌炎的病理机制并寻找潜在治疗靶点	免疫检查点抑制剂引发的免疫相关心肌炎患者心脏组织	单细胞转录组学	心肌炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	1例患者活检样本+小鼠模型数据
133	2025-05-20	Single-cell transcriptomics reveals metabolic remodeling and functional specialization in the immune microenvironment of bone tumors 2025-May-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06346-0 PMID:40380260	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究骨肿瘤免疫微环境中的代谢重塑和功能特化	揭示了骨肿瘤微环境中免疫细胞的代谢和功能可塑性，发现了FN1作为免疫协调的中心调节因子	样本量较小（13个骨肿瘤样本），可能影响结果的普遍性	研究骨肿瘤微环境中免疫细胞的代谢重塑和功能特化	骨肿瘤（包括尤文肉瘤、骨肉瘤和骨巨细胞瘤）的免疫微环境	数字病理学	骨肿瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	RNA测序数据	13个骨肿瘤样本
134	2025-05-20	Novel exosome-associated LncRNA model predicts colorectal cancer prognosis and drug response 2025-May-16, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00445-0 PMID:40380258	研究论文	本研究首次基于外泌体相关lncRNA构建了预测结直肠癌预后和药物反应的模型，并深入分析了MIR4713HG在结直肠癌中的生物学作用	首次构建了基于外泌体相关lncRNA的预后模型EALncRI，并发现MIR4713HG可能成为结直肠癌的重要治疗靶点	研究依赖于TCGA数据库的数据，未进行独立队列验证	预测结直肠癌预后和药物反应，探索外泌体相关lncRNA的生物学功能	结直肠癌患者和相关的lncRNA	生物信息学	结直肠癌	scRNA-seq, LASSO, 多变量Cox回归分析	SVM-REF, EALncRI风险评分模型	基因表达数据和临床数据	TCGA-CRC队列数据
135	2025-05-20	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-May-16, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	research paper	该研究探讨了星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用	首次揭示了AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫易感性的机制	研究主要基于小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞，人类相关性尚需进一步验证	探究AEG-1在神经炎症和癫痫发病中的作用机制	小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序	小鼠炎症模型	基因表达数据	NA
136	2025-05-20	Kinesin family member 4 a drives Cancer stem cell characteristics in breast Cancer: Insights from scRNA-Seq and experimental validation 2025-May-16, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144308 PMID:40383330	研究论文	本研究通过整合分析单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，识别了乳腺癌中的癌症干细胞标记基因	发现了19个癌症干细胞标记基因，特别是驱动蛋白家族成员4A（KIF4A）被证实为乳腺癌癌症干细胞特性的关键调控因子	研究主要基于特定数据集（GSE180286和TCGA），可能无法完全代表所有乳腺癌亚型	识别乳腺癌中癌症干细胞的标记基因并验证其功能	乳腺癌细胞系和裸鼠模型	癌症生物学	乳腺癌	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, WGCNA	NA	RNA测序数据	单细胞RNA测序数据集GSE180286和TCGA乳腺癌数据集
137	2025-05-20	Single-cell and spatial transcriptome analysis revealed cellular heterogeneity of glycosyltransferases in cervical cancer, and identified GALNT3-negative epithelial cells as a protective factor: a retrospective cohort study based on public database 2025-May-16, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002520 PMID:40387729	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示了宫颈癌中糖基转移酶的细胞异质性，并发现GALNT3阴性上皮细胞作为保护因素	首次结合scRNA-seq和stRNA-seq技术研究糖基转移酶在宫颈癌中的作用，并发现GALNT3阴性上皮细胞的保护作用	基于公共数据库的回顾性研究，可能受限于原始数据的质量和样本量	探索糖基转移酶在宫颈癌发展中的作用机制	宫颈癌患者样本中的上皮细胞	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, stRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	公共数据库中的宫颈癌患者样本
138	2025-05-20	Engineering sonogenetic EchoBack-CAR T cells 2025-May-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.035 PMID:40179881	研究论文	本文介绍了一种新型的声遗传学EchoBack-CAR T细胞，用于治疗实体瘤	利用从库中筛选的超敏感热休克启动子与CAR信号的正反馈回路结合，实现了在聚焦超声刺激下持久的CAR表达	NA	开发一种高效、安全的CAR T细胞疗法以治疗实体瘤	EchoBack-CAR T细胞	生物医学工程	胶质母细胞瘤、前列腺癌	单细胞RNA测序、聚焦超声(FUS)	NA	NA	3D胶质母细胞瘤模型和小鼠模型
139	2025-05-20	Rorγt-positive dendritic cells are required for the induction of peripheral regulatory T cells in response to oral antigens 2025-May-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.020 PMID:40185101	研究论文	该研究探讨了RORγt阳性树突状细胞在口服抗原诱导外周调节性T细胞中的作用	通过删除Rorc基因的特定顺式调控元件，开发了一种RORγt抗原呈递细胞减少的小鼠模型，揭示了RORγt DCs在维持肠道免疫平衡中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究RORγt阳性抗原呈递细胞在外周调节性T细胞诱导中的作用机制	RORγt阳性树突状细胞和3型先天淋巴细胞	免疫学	炎症性肠病和食物过敏	单细胞RNA测序和流式细胞术分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	基因修饰小鼠模型
140	2025-05-20	Macrophage sensitivity to bexmarilimab-induced reprogramming is shaped by the tumor microenvironment 2025-May-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011292 PMID:40379271	研究论文	本研究探讨了肿瘤微环境（TME）对bexmarilimab（一种巨噬细胞重编程疗法）的响应性，揭示了TAM靶向治疗的复杂性	利用乳腺癌患者来源的外植体培养模型（PDEC）和单细胞RNA测序技术，揭示了TME的炎症状态是bexmarilimab响应的主要决定因素	研究主要基于PDEC模型，可能无法完全反映体内肿瘤微环境的复杂性	探索肿瘤微环境对bexmarilimab治疗的响应机制，以优化患者选择和治疗效果	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和肿瘤微环境（TME）	肿瘤免疫学	乳腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、多重细胞因子分析	PDEC模型	基因表达数据、细胞因子数据	乳腺癌患者来源的外植体培养模型