单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-04	Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system 2025-Jan-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04432-y PMID:39856121	研究论文	通过单细胞ATAC-seq技术，对大鼠神经系统中的染色质可及性进行景观分析，揭示了表观遗传调控的多样性	首次在大鼠16个脑区生成了174,593个高质量核的单细胞染色质可及性数据集，并鉴定了神经元和非神经元细胞的亚型及其特异性分布的基因调控元件	研究仅针对大鼠神经系统，结果可能不完全适用于其他物种	解析哺乳动物神经系统的分子结构及其表观遗传调控机制	成年大鼠的16个脑区细胞	表观遗传学	NA	单细胞ATAC-seq, 单核RNA-seq	NA	单细胞测序数据	174,593个高质量核来自16个成年大鼠脑区
122	2025-05-04	Identification of cold tumor induction-related markers in pancreatic cancer and the clinical implication of PCDH7 2025-Jan-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06095-z PMID:39856454	研究论文	本研究旨在识别与胰腺导管腺癌（PDAC）中冷肿瘤免疫微环境（TIME）诱导相关的标记基因，并探讨PCDH7的临床意义	首次鉴定了与PDAC冷TIME诱导相关的六个基因，并验证了PCDH7作为预后标记物与CD8+ T细胞浸润的负相关性	研究样本量较小（10个原代培养物），且主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	识别与PDAC冷TIME诱导相关的标记基因并评估其临床意义	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞及肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学（IHC）	KrasG12D/+; Trp53R172H/+; Pdx-1-Cre (KPC)小鼠模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	10个小鼠PDAC原代培养物及人类PDAC样本
123	2025-05-04	Insights from the single-cell level: lineage trajectory and somatic-germline interactions during spermatogenesis in dwarf surfclam Mulinia lateralis 2025-Jan-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11266-w PMID:39856558	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了矮蛤精子发生过程中的细胞异质性、发育轨迹及体细胞-生殖细胞间的相互作用	首次在矮蛤中构建了精子发生的单细胞转录组图谱，鉴定了生殖细胞发育轨迹和关键调控因子，揭示了体细胞-生殖细胞间的双向通讯机制	研究仅聚焦于矮蛤这一特定物种，结论在其他软体动物中的普适性有待验证	解析无脊椎动物精子发生的分子机制和关键驱动基因	矮蛤（Mulinia lateralis）睾丸细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据	4,600个睾丸细胞
124	2025-05-04	Inhibition of vascular smooth muscle cell PERK/ATF4 ER stress signaling protects against abdominal aortic aneurysms 2025-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183959 PMID:39846252	研究论文	该研究探讨了通过抑制血管平滑肌细胞中的PERK/ATF4 ER应激信号来预防腹主动脉瘤（AAA）的机制	首次揭示了PERK/eIF2α/ATF4通路在血管平滑肌细胞凋亡中的作用，并提出了针对该通路的细胞特异性药物治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索预防腹主动脉瘤扩张的有效治疗方法	血管平滑肌细胞（VSMCs）和腹主动脉瘤	心血管疾病研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	弹性酶和血管紧张素II诱导的AAA小鼠模型	基因表达数据	人类AAA组织样本和小鼠模型
125	2025-05-04	CD34hi subset of synovial fibroblasts contributes to fibrotic phenotype of human knee osteoarthritis 2025-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183690 PMID:39846253	研究论文	通过单细胞分辨率分析人类滑膜样本，识别与骨关节炎病理生理学相关的滑膜细胞亚群	首次在单细胞水平上鉴定出与骨关节炎炎症和纤维化表型相关的滑膜细胞亚群，特别是CD34hi成纤维细胞亚群	研究样本量未明确说明，且仅限于膝关节骨关节炎	探究骨关节炎病理生理学中滑膜细胞亚群的作用	人类滑膜样本	单细胞组学	骨关节炎	RNA-Seq, 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	NA
126	2025-05-04	SUMOylation of TRIM28 is positively modulated by the BTB/POZ domain of Kaiso 2025-Jan-23, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10257-0 PMID:39847191	研究论文	研究Kaiso蛋白的BTB/POZ结构域如何促进TRIM28的SUMO化修饰	发现Kaiso的BTB/POZ结构域而非SIMs或ZBTB4同源物能有效促进TRIM28的超SUMO化	未在单个TRIM28结构域中观察到SUMO化现象，暗示TRIM28结构完整性的重要性	探究Kaiso蛋白中哪些结构元件对TRIM28的超SUMO化是必需的	TRIM28蛋白和Kaiso蛋白的相互作用	分子生物学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	小鼠胚胎单细胞测序数据
127	2025-05-04	Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis 2025-Jan-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81110-w PMID:39848950	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征的分子特征	整合多个数据集进行生物信息学分析，揭示了PCOS的复杂分子网络，包括差异表达基因、信号通路和细胞亚群的潜在发育轨迹	未提及样本量的具体数量或实验设计的局限性	揭示多囊卵巢综合征的潜在分子机制	多囊卵巢综合征患者的基因表达数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	多囊卵巢综合征	scRNA-seq, RT-qPCR, 生物信息学分析	加权基因共表达网络分析, 伪时间轨迹分析	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	NA
128	2025-05-04	Heterogeneity analysis and prognostic model construction of HPV negative oral squamous cell carcinoma T cells using ScRNA-seq and bulk-RNA analysis 2025-Jan-23, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01525-6 PMID:39849233	研究论文	本研究通过ScRNA-seq和bulk-RNA分析，评估HPV阴性口腔鳞状细胞癌中T细胞的异质性并构建预后风险模型	首次整合ScRNA-seq和bulk-RNA数据构建HPV阴性口腔鳞状细胞癌的T细胞相关基因预后模型，并揭示其与免疫治疗反应的相关性	样本量相对较小（14例癌症样本和6例正常样本），且仅针对HPV阴性患者	评估T细胞标记基因表达谱，构建HPV阴性口腔鳞状细胞癌的预后风险模型，并分析风险评分与免疫治疗反应的关系	HPV阴性口腔鳞状细胞癌患者的T细胞	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	ScRNA-seq, bulk-RNA分析, qRT-PCR	预后风险模型	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	28,000个细胞（来自14例HPV阴性OSCC样本和6例正常样本）
129	2025-05-04	Consensus representation of multiple cell-cell graphs from gene signaling pathways for cell type annotation 2025-Jan-23, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02128-8 PMID:39849579	research paper	提出了一种名为scMCGraph的计算框架，通过整合基因表达和通路活性来准确注释单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	利用多种通路数据库构建通路特异性视图，并将其整合为共识图，显著提高了细胞类型预测的准确性和鲁棒性	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	scMCGraph	基因表达数据	未提及具体样本数量
130	2025-05-04	Single-cell RNA sequencing highlights the role of distinct natural killer subsets in sporadic amyotrophic lateral sclerosis 2025-Jan-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03347-0 PMID:39849490	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了散发性肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者外周血免疫细胞的变化，特别是自然杀伤（NK）细胞亚群的作用	首次使用单细胞RNA测序技术研究ALS患者外周血免疫细胞的病理生理作用，发现CD56dim NK细胞亚群（NK_2）的扩增及其基因表达变化	样本量较小（14名ALS患者和14名健康对照），且未探讨这些免疫细胞变化与ALS发病机制的直接因果关系	探究ALS患者外周血免疫细胞的改变及其与神经退行性变的关系	14名ALS患者和14名健康对照的外周血单个核细胞（PBMC）	digital pathology	amyotrophic lateral sclerosis	scRNAseq, flow cytometry	NA	RNA sequencing data	14名ALS患者和14名健康对照
131	2025-05-04	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2025-Jan-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04381-6 PMID:39843468	research paper	该研究整合了来自九种癌症类型的八个单细胞RNA测序数据集，旨在研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个独特的资源库，并设计了用户友好的界面以便于探索	样本量虽然较大，但仍可能不足以覆盖所有癌症类型和患者反应	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	223名患者、90,270个癌细胞和265,671个其他细胞类型	digital pathology	various cancers	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	223名患者、90,270个癌细胞和265,671个其他细胞类型
132	2025-05-04	Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks 2025-Jan-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78502-3 PMID:39843498	研究论文	该研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了与脓毒症预后相关的生物标志物，并构建了ceRNA调控网络	发现了GSPT1和NPRL3作为脓毒症预后的新型生物标志物，并构建了由4个circRNA、26个miRNA和2个mRNA组成的ceRNA调控网络	样本量较小，非存活组仅6例，可能影响结果的统计效力	探索脓毒症的发病机制，寻找早期识别和治疗的新靶点	脓毒症患者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序（mRNA/circRNA），10×单细胞RNA测序	ceRNA调控网络	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据	存活组26例，非存活组6例
133	2025-05-04	Single-cell RNA-seq data augmentation using generative Fourier transformer 2025-Jan-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07552-8 PMID:39843603	research paper	本文介绍了一种名为scGFT的无训练生成模型，用于增强单细胞RNA测序数据，以解决数据稀缺问题	提出了一种无需训练的生成模型scGFT，能够合成具有真实基因表达谱的单细胞数据，优于现有的基于神经网络的生成模型	未提及具体的数据集大小或实验条件的限制	解决单细胞RNA测序数据稀缺问题，提高统计可靠性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Generative Fourier Transformer (scGFT)	基因表达数据	NA
134	2025-05-04	Neutrophil extracellular traps (NETs) are increased in rheumatoid arthritis-associated interstitial lung disease 2025-Jan-22, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03111-1 PMID:39844268	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）在类风湿关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）中的作用及其形成机制	揭示了NR4A3干扰对NET形成的促进作用及其对MRC-5细胞向肌成纤维细胞转化的影响，并提出了血浆MPO-DNA和Cit-H3作为RA-ILD亚型诊断的生物标志物组合	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，临床样本量有限，需要更大规模的临床验证	阐明NETs在RA-ILD发病机制中的作用并探索潜在治疗靶点	ZYM诱导的间质性肺炎关节炎模型小鼠、HL-60细胞、MRC-5细胞及RA-ILD患者	风湿免疫学	类风湿关节炎相关间质性肺病	单细胞测序、ELISA、ROC曲线分析	SKG小鼠模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	RA-ILD患者（未明确数量）及健康对照
135	2025-05-04	Identification of glutamine as a potential therapeutic target in dry eye disease 2025-Jan-22, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02119-1 PMID:39837870	研究论文	本研究提出通过代谢重塑调节炎症的新方法，促进干眼症恢复，并发现谷氨酰胺在干眼症治疗中的关键作用	首次提出谷氨酰胺代谢在干眼症中的关键作用，并发现通过抑制GLS1酶增强谷氨酰胺代谢可缓解炎症驱动的干眼症进展	研究主要基于临床病例和啮齿动物模型，尚未在更广泛的人群中进行验证	探索干眼症的新型药物治疗靶点	干眼症患者及啮齿动物模型	代谢组学	干眼症	MALDI-MSI（基质辅助激光解吸/电离质谱成像）、单细胞测序	啮齿动物模型	代谢组数据、单细胞测序数据	临床病例及啮齿动物模型（具体数量未提及）
136	2025-05-04	Sexual dimorphism in the mouse bone marrow niche regulates hematopoietic engraftment via sex-specific Kdm5c/Cxcl12 signaling 2025-Jan-21, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182125 PMID:39836478	研究论文	本研究揭示了小鼠骨髓微环境中的性别二态性通过性别特异的Kdm5c/Cxcl12信号调控造血植入的机制	首次发现雄性小鼠骨髓微环境中的LepR-MSCs数量更多，且通过Kdm5c/Cxcl12信号通路调控造血植入效率	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中验证	探究骨髓微环境中的性别二态性及其对造血植入的影响	小鼠骨髓中的LepR-MSCs和造血植入过程	造血生物学	造血系统疾病	单细胞RNA测序、骨髓移植实验、基因敲除模型	Kdm5c敲除小鼠模型	基因表达数据、移植实验数据	未明确说明具体样本数量，但涉及雄性和雌性小鼠的比较研究
137	2025-05-04	Multiomic analysis reveals cellular, transcriptomic and epigenetic changes in intestinal pouches of ulcerative colitis patients 2025-Jan-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56212-2 PMID:39837850	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，构建了溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞类型分辨转录和表观遗传图谱	发现了回肠袋中特有的吸收性和分泌性上皮细胞群，这些细胞表达部分结肠特异性基因，同时维持一些回肠特异性基因的表达	样本量较小（患者6人，健康对照6人），可能影响结果的普遍性	研究溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞、转录组和表观遗传变化	溃疡性结肠炎患者的回肠袋组织及健康对照的末端回肠和升结肠组织	单细胞组学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 单细胞表观遗传数据	6名患者（4男2女）和6名健康对照（3男3女）的配对活检样本
138	2025-05-04	TGF-β signaling orchestrates cancer-associated fibroblasts in the tumor microenvironment of human hepatocellular carcinoma: unveiling insights and clinical significance 2025-Jan-21, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13435-2 PMID:39838288	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号在肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中对癌症相关成纤维细胞（CAFs）的调控作用及其临床意义	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）鉴定了HCC中的两种成纤维细胞亚型，并研究了TGF-β及其受体在HCC TME中的表达和分布，以及TGF-β高表达和低表达的肿瘤细胞与CAFs亚型之间的相互作用	研究主要基于GEO数据库和体外实验，可能无法完全反映体内复杂环境	探索TGF-β信号在HCC肿瘤微环境中的作用及其对癌症进展的影响	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和TGF-β信号通路	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色免疫组化（mIHC）	NA	基因表达数据、组织微阵列图像	NA
139	2025-05-04	Transcriptomic dynamics and cell-to-cell communication during the transition of prospermatogonia to spermatogonia revealed at single-cell resolution 2025-Jan-21, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11244-2 PMID:39838296	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了从原精原细胞到精原细胞转变过程中的转录动态和细胞间通讯	首次在单细胞分辨率下揭示了原精原细胞到精原细胞转变过程中的基因表达模式和细胞间信号传递机制，并发现了bHLH转录因子在此过程中的关键作用	研究仅关注了小鼠胚胎期和新生期的特定时间点，可能无法完全反映整个发育过程的动态变化	解析哺乳动物睾丸中从原精原细胞到精原细胞转变的分子调控机制	小鼠睾丸中的原精原细胞、精原细胞和睾丸体细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	4个不同发育阶段(胚胎12.5天、17.5天和出生后1天、6天)的小鼠睾丸样本
140	2025-05-04	Single-cell atlas reveals multi-faced responses of losartan on tubular mitochondria in diabetic kidney disease 2025-Jan-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06074-5 PMID:39838394	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示氯沙坦对糖尿病肾病肾小管线粒体的多方面影响	利用单细胞RNA测序技术全面分析氯沙坦对糖尿病肾病肾小管线粒体的影响，发现新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	探究氯沙坦对糖尿病肾病肾小管线粒体的治疗作用机制	糖尿病肾病小鼠模型和HK-2细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单核RNA测序(snRNA-seq), 基因本体论(GO)富集分析, GSEA/GSVA评分	NA	RNA测序数据, 图像数据	小鼠肾组织样本和HK-2细胞