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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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121 | 2025-07-17 |
Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model
2025-Apr-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026
PMID:40220759
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研究论文 | 提出了一种基于超图变分自编码器(HyperG-VAE)的贝叶斯深度生成模型,用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的分析和基因调控网络(GRN)的构建 | 利用超图表示和结构方程模型处理细胞异质性,通过超图自注意力机制识别基因模块,协同优化编码器以提高GRN推断、单细胞聚类和数据可视化的性能 | 未明确提及具体限制,但可能包括对特定数据类型的依赖或计算复杂度 | 改进单细胞RNA测序数据的分析和基因调控网络的构建 | 单细胞RNA测序数据和基因调控网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | HyperG-VAE(超图变分自编码器) | 单细胞RNA测序数据 | 骨髓B细胞发育数据 |
122 | 2025-07-17 |
A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds
2025-Apr-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023
PMID:40262526
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research paper | 介绍了一种高效、低成本的高通量冷冻处理和组织分析方法,使用多路复用组织模具(MTMs) | 首次提出多路复用组织模具(MTMs),显著降低冷冻处理的成本和工作量,同时支持不同大小和来源组织的处理 | 未提及该方法在临床应用中的具体效果或长期稳定性 | 开发一种高效、低成本的组织处理方法,以促进常规和诊断使用 | 19种不同成年小鼠组织和约110个不同年龄和大小的神经类器官 | 数字病理 | NA | 冷冻切片技术 | NA | 组织样本 | 19种成年小鼠组织和约110个神经类器官 |
123 | 2025-07-17 |
Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways
2025-Apr-16, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010
PMID:40293382
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研究论文 | 本研究探讨了急性肺移植功能障碍(ALAD)与细支气管细胞组成及转录变化之间的关系 | 首次将ALAD的进展与细支气管细胞组成及转录变化联系起来,并提出了分子表型分析作为潜在诊断工具 | 样本量较小(总样本数20例),属于初步研究 | 开发新的诊断工具以识别可能进展为慢性肺移植功能障碍(CLAD)的ALAD患者 | 肺移植受者(包括ALAD患者和功能稳定的对照组) | 数字病理学 | 肺移植相关并发症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 20例肺移植受者(8例对照组,4例恢复组,5例持续组,3例进展组),共68,140个细胞 |
124 | 2025-07-17 |
CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.06.535943
PMID:37383947
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研究论文 | 提出了一种名为CellCover的新方法,用于在单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性标记基因面板 | 将标记基因面板选择视为组合优化中的'最小集合覆盖问题',克服了传统差异表达方法的局限性 | 方法依赖于二值化表达数据,可能丢失部分连续表达信息 | 开发更有效的细胞类型特异性标记基因识别方法 | 血液和脑组织中的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 组合优化算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集(包括小鼠、灵长类和人类数据) |
125 | 2025-07-17 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
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研究论文 | 本文介绍了一种名为lr-kallisto的方法,用于长读长测序数据的转录本定量分析 | 开发了lr-kallisto方法,将kallisto的RNA-seq定量方法适配于长读长测序技术,提高了定量分析的准确性和速度 | 未提及具体样本量或实验验证的广泛性 | 解决长读长测序数据中转录本异构体定量分析的生物信息学挑战 | 长读长测序数据中的转录本异构体 | 生物信息学 | NA | ONT长读长测序 | kallisto | RNA-seq数据 | NA |
126 | 2025-07-17 |
Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea
2025, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties
DOI:10.1159/000545134
PMID:40058359
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研究论文 | 探讨CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的作用 | 首次揭示CX3CL1在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是激活老年性听力损失局部炎症微环境的触发点 | 需要进一步的体内干预实验验证 | 研究CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的角色 | 年轻和老年小鼠的耳蜗 | 生物医学 | 老年性听力损失 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、实时定量PCR、Western blot、迁移实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 年轻和老年小鼠的耳蜗样本 |
127 | 2025-07-17 |
Inhibition of Aspartate β-Hydroxylase Enhances Anti-Tumor Immunity
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S530987
PMID:40655119
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研究论文 | 本研究探讨了抑制天冬氨酸β-羟化酶(ASPH)对增强抗肿瘤免疫力的影响 | 揭示了ASPH抑制与DNA疫苗接种联合治疗可显著增强CD8+ T细胞的抗肿瘤反应,并激活NK细胞、巨噬细胞和树突状细胞 | 研究仅在小鼠TC-1/A9模型中进行,尚未在人类临床试验中验证 | 研究ASPH抑制对诱导抗肿瘤免疫力的影响及参与的免疫细胞 | 小鼠TC-1/A9模型中的肿瘤细胞和免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ELISPOT检测 | 小鼠模型 | 实验数据 | NA |
128 | 2025-07-17 |
The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970
PMID:40655140
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和多组学分析,揭示了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用 | 首次发现ATF3在BAVM发病机制中的关键作用,为BAVM的精准治疗提供了新的可能性 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步在动物模型和临床样本中验证 | 探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略 | 脑动静脉畸形(BAVM)内皮细胞 | 精准医学 | 脑动静脉畸形 | scRNA-seq, 多组学分析, 细胞实验(CCK-8, RT-qPCR, Transwell等) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
129 | 2025-07-17 |
Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf123
PMID:40655197
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据的伪时间导数识别细胞周期调控基因 | 开发了一种通过单细胞RNA测序研究细胞周期的方法,避免了传统的细胞周期同步或选择实验 | NA | 研究细胞周期及其调控组件 | 细胞周期调控基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 伪时间方法 | RNA测序数据 | NA |
130 | 2025-07-17 |
Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1579121
PMID:40655943
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示了长期电磁场暴露对肝脏的时空影响 | 首次系统性评估长期电磁场暴露对肝脏的影响,并利用单细胞RNA测序和时空分辨分析揭示不同肝细胞对电磁辐射的敏感性和反应模式 | 研究仅在小鼠模型中进行,结果可能无法完全适用于人类 | 评估长期电磁场暴露对肝脏的影响 | 小鼠肝脏 | 生物医学 | NA | 单细胞RNA测序、脂质组学分析、组织学分析 | NA | RNA测序数据、脂质组数据、组织学图像 | 小鼠暴露于2.45 GHz电磁场长达5个月 |
131 | 2025-07-17 |
Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.114505
PMID:40657372
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了转化生长因子-β信号驱动的多细胞相互作用在宫颈癌进展中的预后相关性 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了宫颈癌进展阶段肿瘤微环境(TME)的重塑过程,并发现了一个新的转移相关上皮亚群(Epi0_AGR2)以及TGF-β驱动的细胞协同作用作为转移开关 | 样本量相对较小(scRNA-seq n=11),需要在更大规模的队列中进行验证 | 解析宫颈癌进展中肿瘤微环境异质性的时空演变及其预后意义 | 宫颈癌患者的原发灶(局部n=3、区域n=4、转移n=4)和TCGA-CESC队列(n=304) | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、多重免疫组化(mIHC) | 计算模型(基于TME转移生态位特征) | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据 | scRNA-seq样本11例(局部3例/区域4例/转移4例),TCGA队列304例 |
132 | 2025-07-17 |
Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.113580
PMID:40657391
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研究论文 | 本研究通过多尺度分析和机器学习,揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞(eCAFs)在肺腺癌(LUAD)中的预后作用 | 首次将eCAFs与SPP1+巨噬细胞的相互作用机制作为肺腺癌进展和预后的关键因素,并开发了一个包含28个eCAFs相关基因的预后模型 | 需要进一步的实验验证 | 探索肺腺癌的新型治疗靶点和预后策略 | 肺腺癌(LUAD)患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,机器学习 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 15个LUAD肿瘤样本,整合了TCGA、GSE31210、GSE72094等多队列数据 |
133 | 2025-07-17 |
Topologically associating domains of chromatin on single-cell Hi-C data: a survey of bioinformatic tools and applications in the light of artificial intelligence
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1602234
PMID:40666074
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综述 | 本文综述了在单细胞Hi-C数据上分析拓扑关联域(TADs)的生物信息学工具及其在人工智能背景下的应用 | 结合人工智能技术,特别是深度神经网络,来解决单细胞Hi-C数据分析中的挑战 | 单细胞Hi-C数据的超稀疏性、噪声、实验伪影和细胞异质性增加了分析的复杂性 | 探讨单细胞水平上TAD结构的计算分析方法及其在基因表达调控中的作用 | 单细胞Hi-C数据中的拓扑关联域(TADs) | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C(scHi-C) | 深度神经网络 | 单细胞Hi-C数据 | NA |
134 | 2025-07-17 |
SPP1+ tumor-associated macrophages define a high-risk subgroup and inform personalized therapy in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1606195
PMID:40666097
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据,建立了一种基于SPP1和FOLR2特征的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)分类系统,并探讨其在肝细胞癌(HCC)患者分层和个性化治疗中的应用 | 超越了传统的M1/M2范式,重新定义了TAMs的异质性,并将TAMs轨迹基因与HCC患者分层联系起来,提出了SPP1阻断作为抵消免疫抑制的策略 | 研究结果需要进一步的实验验证和临床转化研究 | 探索肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)在肝细胞癌(HCC)中的临床和治疗意义,并开发个性化的治疗策略 | 肝细胞癌(HCC)患者和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs) | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 大规模RNA测序(bulk RNA-seq), 轨迹分析, 无监督聚类, 生存分析, 通路富集分析, 免疫细胞浸润分析, 基因组变异分析, 多重免疫荧光 | NA | RNA测序数据, 免疫荧光图像 | 大规模sc-RNA seq数据集和bulk RNA-seq数据 |
135 | 2025-07-17 |
Integration of single-cell RNA and bulk RNA sequencing revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1579184
PMID:40666516
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示了胰腺癌中恶性导管细胞的异质性及其预后标志物 | 首次结合单细胞和批量RNA测序技术,鉴定出ANLN、NT5E和CTSV作为胰腺癌的新型预后生物标志物,并揭示了恶性导管细胞与巨噬细胞之间的促肿瘤相互作用 | 样本量相对有限(74个单细胞RNA测序样本),且体外实验仅验证了CTSV的功能 | 探索胰腺癌的早期诊断标志物和肿瘤微环境相互作用机制,以开发更有效的治疗方法 | 胰腺癌中的恶性导管细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、非负矩阵分解(NMF)、机器学习特征选择、调控网络推断(pySCENIC)、配体-受体相互作用分析(CellPhoneDB) | NMF、机器学习 | RNA测序数据 | 74个单细胞RNA测序样本,TCGA批量RNA数据,两个独立验证队列 |
136 | 2025-07-17 |
Identification and validation of genes related to stem cells and telomere maintenance mechanisms as biomarkers for breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618193
PMID:40666524
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和单细胞RNA测序分析,探讨干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌潜在生物标志物的作用及其细胞机制 | 首次将干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌生物标志物进行系统研究,并利用单细胞RNA测序技术揭示其细胞机制 | 样本量较小(8对肿瘤和癌旁组织),且仅通过RT-qPCR验证了部分基因表达 | 寻找乳腺癌的新型生物标志物并阐明其作用机制 | 乳腺癌组织和匹配的癌旁组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq, RT-qPCR, LASSO算法 | NA | RNA测序数据 | 8对乳腺癌肿瘤和癌旁组织样本 |
137 | 2025-07-17 |
Thymic hyperplasia in myasthenia gravis: a narrative review
2025, Mediastinum (Hong Kong, China)
DOI:10.21037/med-25-12
PMID:40666538
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综述 | 本文回顾了胸腺增生在乙酰胆碱受体抗体阳性重症肌无力(AChR-MG)中的病理学、免疫学及环境因素,并探讨了未来研究方向 | 总结了胸腺滤泡增生(TFH)与早发型重症肌无力(EOMG)的关联,强调了新兴技术如单细胞和空间转录组学在研究TFH机制中的应用 | 文献搜索仅限于PubMed,且未限制发表日期,可能遗漏部分相关研究 | 探讨胸腺病理学在EOMG中的作用及胸腺增生的免疫学和环境因素 | 乙酰胆碱受体抗体阳性重症肌无力(AChR-MG)患者,特别是早发型重症肌无力(EOMG)患者 | 医学研究 | 重症肌无力 | 单细胞和空间转录组学,胸腺类器官模型 | NA | 文献数据 | NA |
138 | 2025-07-17 |
Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease
2024-Oct, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00828-8
PMID:39304772
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研究论文 | 通过空间分析揭示了肝细胞癌最小残留病中可靶向的巨噬细胞介导的免疫逃逸机制 | 发现了PD-L1+M2样巨噬细胞与干细胞样肿瘤细胞的空间相互作用,以及巨噬细胞来源的TGFβ1在维持干细胞样肿瘤细胞中的作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证可能有限 | 探究肝细胞癌最小残留病的免疫逃逸机制并寻找潜在治疗靶点 | 肝细胞癌患者和小鼠模型中的最小残留病 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞高维细胞成像、空间转录组学 | 转基因小鼠模型、同源原位模型 | 图像、转录组数据 | 108名患者,107万个细胞,两种小鼠模型 |
139 | 2025-07-17 |
DISSyphilis and the risk of HIV infection: A Mendelian randomization study
2024-Jul-31, AIDS research and human retroviruses
IF:1.5Q4
DOI:10.1089/AID.2024.0005
PMID:39086230
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研究论文 | 通过孟德尔随机化分析评估梅毒对HIV感染的因果效应 | 揭示了梅毒与HIV感染之间的直接因果关系,并发现RPAIN基因上调可能是促进HIV感染进展的关键因素 | 研究依赖于基因组关联研究的数据,可能存在未测量的混杂因素 | 评估梅毒对HIV感染的因果效应 | 梅毒和HIV感染 | 遗传流行病学 | HIV感染 | 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序 | 加权中位数、MR Egger、逆方差加权 | 基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据 | NA |
140 | 2025-07-17 |
CRISPR-Cas9 Genome Editing Allows Generation of the Mouse Lung in a Rat
2024-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202306-0964OC
PMID:38507610
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研究论文 | 利用CRISPR-Cas9基因组编辑技术在大鼠体内生成小鼠肺组织 | 首次通过CRISPR-Cas9基因组编辑和囊胚互补技术在大鼠体内生成小鼠肺组织,实现了供体胚胎干细胞对肺组织近99%的贡献 | 研究仅在小鼠和大鼠之间进行,尚未在更大动物或人类中验证 | 探索利用大型动物作为生物反应器生成人类肺组织的可能性 | 小鼠胚胎干细胞和大鼠胚胎 | 生物工程 | NA | CRISPR-Cas9基因组编辑、囊胚互补技术、免疫染色、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞图像数据 | 小鼠-大鼠嵌合体 |