单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-04-27	Application of computational algorithms for single-cell RNA-seq and ATAC-seq in neurodegenerative diseases 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae044 PMID:39500613	review	本文综述了整合scRNA-seq和scATAC-seq数据的计算工具和机器学习方法，以促进转录组数据与染色质可及性图谱的比对	整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，揭示染色质可及性和基因表达变化在神经退行性疾病中的作用	面临数据稀疏性和计算需求等挑战	促进神经退行性疾病的研究和临床诊断	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）	计算生物学	神经退行性疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	机器学习	单细胞测序数据	NA
122	2025-04-27	Spatial and Single-Cell Analyses Reveal Heterogeneity of DNAM-1 Receptor-Ligand Interactions That Instructs Intratumoral γδT-cell Activity 2025-Jan-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1509 PMID:39514370	研究论文	本研究探讨了肿瘤细胞配体CD112和CD155与γδT细胞上激活受体DNAM-1的相互作用如何调节γδT细胞的激活，揭示了肿瘤微环境中肿瘤细胞与γδT细胞动态互作的复杂性	揭示了CD112和CD155表达比例对γδT细胞介导的细胞毒性的影响，以及CD155通过E3泛素连接酶介导的DNAM-1降解机制	研究主要聚焦于神经母细胞瘤，结果在其他肿瘤类型中的普适性需要进一步验证	探究肿瘤微环境中肿瘤细胞与γδT细胞的相互作用机制及其对免疫治疗的影响	神经母细胞瘤肿瘤细胞和γδT细胞	肿瘤免疫学	神经母细胞瘤	空间转录组测序、单细胞RNA测序、空间代谢组分析	NA	RNA测序数据、代谢组数据	NA
123	2025-04-27	Single-cell RNA sequencing reveals common interactions between follicle immune cells and granulosa cells in premature ovarian insufficiency patients† 2025-Jan-14, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae157 PMID:39513542	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早发性卵巢功能不全(POI)、正常卵巢储备和高级母亲年龄(AMA)患者的卵泡微环境特征，并识别潜在的治疗靶点	首次在POI和AMA患者中揭示了单核细胞与颗粒细胞之间VEGFA-FLT1相互作用的缺失，以及内质网和核糖体相关通路的富集可能驱动过度炎症反应	样本量较小(每组仅3例)，且仅分析了不含卵丘细胞的首次穿刺卵泡	探索POI的发病机制并寻找潜在治疗靶点	POI患者、正常卵巢储备女性和AMA女性的卵泡微环境	单细胞测序	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	9名女性(3名POI/3名正常/3名AMA)，共87,323个细胞
124	2025-04-27	MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets 2025-Jan-13, Molecular omics IF:3.0Q3 DOI:10.1039/d4mo00111g PMID:39513632	research paper	介绍了一种基于液滴的单细胞ChIP-seq文库构建方法MobiChIP，用于表观遗传异质性研究	开发了MobiChIP方法，兼容现有测序平台，可高效捕获不同物种的片段并允许不同组织或物种的样本混合	未提及具体的技术限制或应用范围限制	开发一种方便且准确的单细胞ChIP-seq工具，用于表观遗传异质性研究	外周血单个核细胞(PBMCs)及其染色质调控景观	表观遗传学	NA	单细胞ChIP-seq (scChIP-seq), ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	未提及具体样本数量
125	2025-04-27	Efficient Predictor for Immunotherapy Efficacy: Detecting Pan-Clones Effector Tumor Antigen-Specific T Cells in Blood by Nanoparticles Loading Whole Tumor Antigens 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409913 PMID:39498880	研究论文	本文提出了一种通过纳米颗粒负载全肿瘤抗原来检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞（ETASTs）的方法，用于预测免疫治疗的疗效	利用纳米颗粒负载全肿瘤抗原来激活和检测血液中的泛克隆ETASTs，提供了一种高准确度、特异性、非侵入性的生物标志物	NA	开发一种高效预测免疫治疗疗效的方法	肿瘤抗原特异性T细胞（ETASTs）	肿瘤免疫学	肺癌	纳米颗粒负载全肿瘤抗原、单细胞测序	NA	血液样本	肺癌患者、健康个体和良性肺结节患者
126	2025-04-27	Enhanced BMP Signaling Alters Human β-Cell Identity and Function 2025-Jan, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400470 PMID:39499224	研究论文	研究探讨了增强的BMP信号通路对人类β细胞特性和功能的影响	揭示了炎症激活的BMP信号通路对β细胞的有害作用，并提出BMP信号通路可作为保护β细胞特性的潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探索炎症诱导的β细胞功能衰竭中BMP信号通路的作用	人类胰岛β细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞转录组学分析、qPCR	NA	基因表达数据	原代人类胰岛细胞
127	2025-04-27	Deep learning-based models for preimplantation mouse and human embryos based on single-cell RNA sequencing 2025-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02511-3 PMID:39543284	研究论文	利用深度学习工具整合和分类单细胞RNA测序数据，以定义小鼠和人类胚胎细胞类型、谱系和状态	开发了一种深度学习模型，用于无偏倚地分类细胞类型，并识别用于定义谱系、细胞类型和状态的基因集	研究依赖于公开可用的数据，可能受限于数据的质量和覆盖范围	定义和比较小鼠和人类胚胎发育过程中的细胞类型和状态	小鼠和人类胚胎细胞及多能干细胞模型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	公开可用的小鼠和人类发育阶段数据
128	2025-04-27	Integrated proteomics and scRNA-seq analyses of ovarian cancer reveal molecular subtype-associated cell landscapes and immunotherapy targets 2025-Jan, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02894-2 PMID:39548315	研究论文	通过整合蛋白质组学和单细胞RNA测序分析，研究卵巢癌的分子亚型及其与免疫治疗靶点的关联	鉴定了四种具有不同临床相关性的蛋白质组学亚型，并发现了CD40作为C2亚型的特异性预后因子，以及TYMP抑制剂作为非免疫患者的潜在治疗策略	样本量相对较小，尤其是scRNA-seq分析仅涉及8个EOC肿瘤	研究卵巢癌分子亚型与免疫治疗靶点的关联	154个EOC肿瘤样本和29个正常输卵管样本，以及8个EOC肿瘤的单细胞RNA测序数据	数字病理学	卵巢癌	质谱蛋白质组学分析和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据和单细胞RNA测序数据	154个EOC肿瘤样本和29个正常输卵管样本，以及8个EOC肿瘤的scRNA-seq数据
129	2025-04-27	The role of FOXK2-FBXO32 in breast cancer tumorigenesis: Insights into ribosome-associated pathways 2025-Jan, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15482 PMID:39552461	研究论文	探讨FOXK2-FBXO32在乳腺癌肿瘤发生中的作用及其与核糖体相关通路的关系	发现FOXK2及其下游基因FBXO32在多种癌症中的表达与患者预后及免疫反应相关，提出FOXK2作为预后标志物和治疗靶点的潜力	需要进一步研究FOXK2和FBXO32在癌症中的具体作用机制以及靶向FOXK2治疗癌症的潜在益处	寻找能够预测肿瘤免疫治疗效果和预后的新生物标志物	FOXK2基因及其下游基因FBXO32在多种癌症中的表达及其与免疫反应和患者预后的关系	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞测序、TCGA数据库的批量RNA-seq分析、免疫浸润预测算法、功能富集分析、ChIP-seq	NA	RNA-seq数据	TCGA数据库中的多种癌症样本（包括PRAD、UCEC、BLCA、CRC、PDAC、STAD、LUAD、LUSC、THCA等）
130	2025-04-27	Deficiency of FABP7 Triggers Premature Neural Differentiation in Idiopathic Normocephalic Autism Organoids 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406849 PMID:39556706	研究论文	本研究通过iPSC衍生的脑类器官揭示了FABP7/MEK通路在自闭症谱系障碍(ASD)患者神经干细胞异常分化中的作用	首次发现FABP7缺陷导致ASD患者脑类器官中神经干细胞过早分化，并阐明FABP7/MEK通路在其中的调控机制	研究样本仅限于头围正常的ASD患者，结果可能不适用于所有ASD亚型	探究ASD患者神经发育异常的分子机制	ASD患者的iPSC衍生的脑类器官和基因修饰小鼠	神经发育生物学	自闭症谱系障碍	iPSC技术、scRNA-seq、组织形态学分析	脑类器官模型、基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据、组织形态学数据	前瞻性出生队列中的头围正常ASD患者(具体数量未明确)
131	2025-04-27	Novel integrated multiomics analysis reveals a key role for integrin beta-like 1 in wound scarring 2025-Jan, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00322-3 PMID:39558136	研究论文	本文开发了一种新型高分辨率空间多组学方法，整合空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了伤口疤痕形成中细胞间通讯和信号传导的新特征	开发了一种整合空间转录组学和scRNA-Seq的新型高分辨率空间多组学方法，并确定了炎症相关疤痕形成中的关键基因Itgbl1	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证有限	探究伤口疤痕形成的分子机制和细胞间相互作用	伤口修复过程中的成纤维细胞和肌成纤维细胞	生物医学研究	伤口愈合障碍	空间转录组学, scRNA-Seq, Visium转录组学	转基因小鼠模型	转录组数据	PU.1小鼠和转基因小鼠的样本
132	2025-04-27	scPharm: Identifying Pharmacological Subpopulations of Single Cells for Precision Medicine in Cancers 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412419 PMID:39560158	research paper	介绍了一个名为scPharm的计算框架，通过整合药理学特征和单细胞RNA测序数据来识别肿瘤内的药理学亚群并优先选择定制药物	scPharm通过单细胞分辨率评估药物反应，成功识别了ER阳性和HER2阳性人乳腺癌组织中的敏感亚群，并揭示了人类PC9细胞在erlotinib治疗下耐药亚群的动态变化	NA	开发一种计算框架，用于癌症精准医疗，通过单细胞分辨率揭示治疗异质性	ER阳性和HER2阳性人乳腺癌组织、人类PC9细胞、小鼠模型	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	ER阳性和HER2阳性人乳腺癌组织、人类PC9细胞、小鼠模型
133	2025-04-27	Repurposing large-format microarrays for scalable spatial transcriptomics 2025-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02501-5 PMID:39562752	研究论文	本文介绍了一种名为Array-seq的方法，通过重新利用经典寡核苷酸微阵列进行空间转录组分析	利用经典DNA微阵列和下一代测序技术，创建了一个简单灵活的平台，用于从小到大的样本进行空间分子研究	NA	开发一种易于采用、低成本且可扩展的空间转录组分析工具	小鼠组织切片和人类器官	空间转录组学	NA	下一代测序	NA	空间转录组数据	多器官切片、一个样本的连续切片和整个人类器官
134	2025-04-27	Liver X receptor unlinks intestinal regeneration and tumorigenesis 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08247-6 PMID:39567700	研究论文	该研究通过RNA测序数据集挖掘和实验验证，发现肝脏X受体（LXR）通路激活在肠道损伤模型中调节肠道再生和肿瘤发生的机制	首次揭示了LXR通路在肠道损伤后作为组织适应机制，既能促进组织修复又能限制肿瘤发生	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索肠道再生与肿瘤发生之间的分子调控机制	肠道上皮细胞和肿瘤模型	分子生物学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、肠道类器官培养	NA	基因表达数据	两种肠道损伤模型和人类结直肠癌样本
135	2025-04-27	Serinc5 Regulates Sequential Chondrocyte Differentiation by Inhibiting Sox9 Function in Pre-Hypertrophic Chondrocytes 2025-Jan, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31490 PMID:39568258	研究论文	本文研究了Serinc5在软骨细胞分化过程中的作用，特别是在前肥大软骨细胞中通过抑制Sox9功能来调控软骨细胞的分化顺序	发现Serinc5作为前肥大软骨细胞的标记基因，并通过抑制Sox9的转录活性调控软骨细胞的分化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究前肥大软骨细胞的分子基础及其在软骨细胞分化中的作用	小鼠生长板软骨细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq	NA	基因表达数据、染色质状态数据	荧光标记的生长板软骨细胞
136	2025-04-27	Cryptotanshinone alleviates immunosuppression in endometriosis by targeting MDSCs through JAK2/STAT3 pathway 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156227 PMID:39580997	research paper	该研究探讨了隐丹参酮（CTS）通过JAK2/STAT3信号通路调节髓源性抑制细胞（MDSCs）在子宫内膜异位症（EMS）中的免疫抑制作用及其治疗效果	首次证明隐丹参酮（CTS）通过抑制MDSCs积累和调节MDSC介导的免疫反应，成为治疗子宫内膜异位症（EMS）的有前景的天然化合物	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	研究隐丹参酮（CTS）在调节MDSCs介导的免疫抑制中的作用及其在EMS治疗中的潜力	子宫内膜异位症（EMS）患者和小鼠模型	免疫学	子宫内膜异位症	转录组数据分析、单细胞RNA测序、表面等离子体共振（SPR）、细胞热位移分析（CETSA）、流式细胞术、免疫荧光、Western blot	C57BL/6J小鼠模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质数据	GSE141549和GSE213216数据集中的患者样本、C57BL/6J小鼠模型
137	2025-04-27	Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease 2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241299119 PMID:39584353	research paper	该研究通过空间基因表达技术探索了早期阿尔茨海默病模型中背侧中缝核（DRN）基因表达的空间差异	利用Visium空间基因表达平台和RNAscope技术，首次在DRN中发现了与阿尔茨海默病相关的基因表达差异，并识别出长链非编码RNA Map2k3os可能参与tau蛋白磷酸化的调控	研究依赖于小鼠模型，结果可能需要进一步验证才能推广到人类	探索5-HT神经元对阿尔茨海默病病理易感性或抵抗性的潜在遗传因素	人类tau过表达小鼠（htau小鼠）的背侧中缝核（DRN）	神经科学	阿尔茨海默病	Visium空间基因表达平台、RNAscope、免疫组化评估	htau小鼠模型	空间转录组数据	NA
138	2025-04-27	CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids 2025-Jan, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-024-03934-2 PMID:39585363	review	综述了基于CRISPR的功能基因组学筛选方法在人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官中的应用	结合CRISPR基因筛选与单细胞RNA测序技术，揭示神经发育障碍的致病机制	面临技术挑战，如筛选效率和数据分析的复杂性	研究神经发育障碍的遗传基础和潜在治疗策略	人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官	功能基因组学	神经发育障碍（如小头畸形和自闭症谱系障碍）	CRISPR基因编辑技术, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
139	2025-04-27	Comprehensive single-cell aging atlas of healthy mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer 2025-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00751-8 PMID:39587369	研究论文	本研究通过单细胞分辨率技术，全面分析了小鼠乳腺组织在衰老过程中的转录组和表观基因组变化，揭示了衰老与癌症共享的表观遗传和转录特征	首次在单细胞水平上构建了健康乳腺组织的衰老图谱，揭示了衰老过程中上皮细胞、基质细胞和免疫细胞的转录组和表观基因组变化，并发现这些变化与乳腺癌的分子特征相似	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证相对有限	探究衰老如何通过细胞和分子水平的变化影响乳腺癌的发生	小鼠乳腺组织的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠乳腺组织的多种细胞类型
140	2025-04-27	Single-Cell RNA-Seq and Histological Analysis Reveals Dynamic Lrig1 Expression During Salivary Gland Development 2025-Jan, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31487 PMID:39587709	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和组织学分析揭示了Lrig1在唾液腺发育过程中的动态表达模式	首次系统研究了Lrig1在唾液腺发育不同阶段的表达模式及其功能，并预测了可能调控LRIG1表达的转录因子	研究主要基于小鼠模型，人类细胞实验仅使用了HSG细胞系，可能需要更多临床样本验证	探究Lrig1在发育中和成熟小鼠颌下腺中的表达模式及功能	小鼠颌下腺和人类唾液腺细胞系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、qRT-PCR、免疫荧光(IF)、RNAscope染色	NA	基因表达数据、图像数据	不同发育阶段的小鼠颌下腺样本和HSG细胞系