单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-04-27	Enhanced Translational Activity Is Linked to Lymphatic Endothelial Cell Activation in Cutaneous Leishmaniasis 2025-Apr-25, Lymphatic research and biology IF:1.6Q4 DOI:10.1089/lrb.2024.0080 PMID:40279249	research paper	本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和嘌呤霉素掺入技术，揭示了皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞（LECs）的转录和翻译活动增强现象	首次发现LECs在皮肤利什曼病病灶中表现出增强的翻译活性和抗原呈递能力，揭示了其在炎症性皮肤病中的潜在免疫调节作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的免疫激活状态及其功能	感染利什曼原虫的小鼠皮肤淋巴管内皮细胞	免疫学	皮肤利什曼病	单细胞RNA测序、流式细胞术、嘌呤霉素掺入技术	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	感染小鼠与对照小鼠的皮肤组织样本
122	2025-04-27	TissueViewer: A Web-Based Multiplexed Image Viewer 2025-Apr-25, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf246 PMID:40279289	research paper	开发了一个名为TissueViewer的基于网络的多重图像查看器，用于高效查看和共享空间生物学技术生成的大型数据集	开发了一个易于设置和使用的基于网络的查看器，能够在低带宽需求下高速传输高分辨率图像	上传数据限制为50GB，可能不适合处理超大规模数据集	解决空间生物学技术生成的大型数据集查看和共享的挑战	空间生物学技术生成的多重图像数据集	digital pathology	NA	multiplex immunofluorescence staining, spatial transcriptomics profiling	NA	image	NA
123	2025-04-27	The Genomics of Aging at the Single-Cell Scale 2025-Apr-25, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genom-120523-024422 PMID:40279573	review	本文综述了单细胞测序技术在研究衰老相关细胞变化中的应用，总结了近期关于衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性群体影响的研究	系统总结了衰老对哺乳动物全身细胞类型特异性群体的影响，填补了衰老相关系统功能障碍细胞基础的知识空白	缺乏对衰老如何影响整个哺乳动物生物体中细胞类型特异性群体的系统性理解	阐明衰老的细胞基础，为衰老及衰老相关疾病提供潜在治疗靶点	哺乳动物器官中的细胞类型特异性群体	基因组学	老年疾病	单细胞测序技术	NA	基因组数据	NA
124	2025-04-27	Transcriptomics, single-cell sequencing and spatial sequencing-based studies of cerebral ischemia 2025-Apr-24, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02596-2 PMID:40275374	综述	本文综述了基于转录组学、单细胞测序和空间测序的脑缺血研究进展	整合多层次的转录组学数据（包括转录组学、单细胞转录组学和空间转录组学）来揭示脑缺血的分子机制	NA	全面理解脑缺血的病理生理过程并寻找新的治疗策略	脑缺血的分子机制	转录组学	脑缺血	转录组学、单细胞测序、空间测序	NA	转录组数据	NA
125	2025-04-27	Cellular immunotherapy targeting CLL-1 for juvenile myelomonocytic leukemia 2025-Apr-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59040-6 PMID:40268927	研究论文	本研究开发了一种针对CLL-1的细胞免疫疗法，用于治疗青少年粒单核细胞白血病（JMML）	首次利用CLL-1 CAR T细胞（CLL1CART）进行JMML的临床前测试，并报告了其体外和体内的抗白血病活性	研究尚处于临床前阶段，未进行临床试验	开发针对青少年粒单核细胞白血病（JMML）的新型免疫疗法	青少年粒单核细胞白血病（JMML）患者细胞	细胞免疫治疗	青少年粒单核细胞白血病	批量RNA测序、单细胞RNA测序、质谱分析、流式细胞术	CAR T细胞	RNA测序数据、质谱数据、流式细胞数据	未明确提及样本数量，但涉及JMML患者细胞
126	2025-04-27	Gene regulatory networks analysis for the discovery of prognostic genes in gliomas 2025-Apr-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98542-7 PMID:40269178	研究论文	通过分析胶质瘤的基因调控网络，发现与预后相关的关键基因	首次在胶质瘤中重建基因调控网络，并鉴定出与预后相关的关键基因，如GAS2L3、HOXD13和OTP	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制	发现胶质瘤中的预后基因并解析其基因调控网络	胶质瘤患者和胶质瘤细胞	生物信息学	胶质瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	弹性网络正则化, Cox回归	基因表达数据	989例原发性胶质瘤样本（来自TCGA和CGGA数据库）和201,986个单细胞
127	2025-04-27	In-depth single-cell transcriptomic exploration of the regenerative dynamics in stony coral 2025-Apr-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08089-6 PMID:40269231	研究论文	通过单细胞转录组测序等技术深入研究了石珊瑚的再生动态	首次在石珊瑚中鉴定了11个功能特异性细胞簇，并揭示了表皮细胞向钙化细胞分化的过程	珊瑚快速再生的时间限制尚未完全解决	探索珊瑚再生的分子机制以促进珊瑚生长	快速生长的石珊瑚Acropora muricata	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序、高分辨率显微计算机断层扫描	NA	转录组数据、影像数据	未明确说明样本数量，但研究了伤后2-4周的关键再生阶段
128	2025-04-27	6-Gingerol, an active compound of ginger, attenuates NASH-HCC progression by reprogramming tumor-associated macrophage via the NOX2/Src/MAPK signaling pathway 2025-Apr-23, BMC complementary medicine and therapies IF:3.3Q1 DOI:10.1186/s12906-025-04890-2 PMID:40269843	研究论文	研究6-姜酚通过NOX2/Src/MAPK信号通路重编程肿瘤相关巨噬细胞，从而减缓NASH-HCC进展的作用机制	首次揭示6-姜酚通过NOX2/Src/MAPK信号通路调控肿瘤相关巨噬细胞极化，抑制NASH-HCC进展	仅进行了体外实验验证，缺乏体内动物模型或临床数据支持	探索生姜活性成分6-姜酚治疗NASH-HCC的潜在机制	非酒精性脂肪性肝炎相关肝细胞癌(NASH-HCC)和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤免疫学	肝癌	网络药理学、生物信息学分析、单细胞RNA测序、分子对接	体外细胞实验模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
129	2025-04-27	An integrated machine learning model of transcriptomic genes in multi-center chronic obstructive pulmonary disease reveals the causal role of TIMP4 in airway epithelial cell 2025-Apr-23, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03238-1 PMID:40269868	研究论文	通过整合多中心慢性阻塞性肺疾病（COPD）的转录组数据，构建了一个包含13个潜在致病基因的机器学习模型，并验证了TIMP4在COPD发病机制中的关键作用	首次整合多中心COPD患者的肺组织测序数据，结合加权基因共表达网络分析和机器学习方法，识别出13个与COPD发病相关的核心基因，并通过单细胞测序和体外实验验证了TIMP4的关键作用	研究样本来自两个中心，可能存在一定的患者异质性，且体外实验的验证结果需要在更大规模的临床样本中进一步确认	识别COPD发病机制中的核心基因，并构建分子水平的诊断模型	COPD患者的肺组织样本和小鼠模型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	加权基因共表达网络分析、机器学习、单细胞测序、孟德尔随机化	机器学习模型	转录组数据	来自两个中心的COPD患者肺组织样本
130	2025-04-27	Molecular characteristics of early- and late-onset ovarian cancer: insights from multidimensional evidence 2025-Apr-23, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01664-9 PMID:40269926	研究论文	本研究通过多维度证据探讨了早发性和晚发性卵巢癌的分子特征	结合机器学习、生物信息学分析和单细胞测序技术，鉴定了与卵巢癌相关的年龄特异性基因，并探讨了这些基因在肿瘤进展和免疫微环境中的作用	研究主要基于数据库分析和实验室数据，需要进一步临床验证	探索早发性和晚发性卵巢癌的分子机制差异及其临床意义	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	机器学习、生物信息学分析、单细胞测序	NA	基因组数据、临床数据	基于GBD数据库的全球卵巢癌数据
131	2025-04-27	Comprehensive single-cell RNA-sequencing study of Tollip deficiency effect in IL-13-stimulated human airway epithelial cells 2025-Apr-23, BMC research notes IF:1.6Q2 DOI:10.1186/s13104-025-07255-7 PMID:40269942	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Tollip缺失对IL-13刺激的人气道上皮细胞的影响	首次在单细胞水平分析了Tollip缺失的影响，并首次探索了其与IL-13的相互作用	研究仅关注了人气道上皮细胞，未涉及其他细胞类型或体内模型	阐明Tollip在IL-13介导的气道上皮反应中的作用	人气道上皮细胞	单细胞测序	哮喘及相关过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
132	2025-04-27	Serum C-C motif chemokine ligand 17 as a predictive biomarker for the progression of non-idiopathic pulmonary fibrosis interstitial lung disease 2025-Apr-23, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03237-2 PMID:40269953	research paper	该研究旨在识别可预测非特发性肺纤维化间质性肺疾病（非IPF-ILD）进展的临床可测量生物标志物	首次将血清CCL17确定为预测非IPF-ILD进展的临床可测量生物标志物	验证队列样本量相对较小（154例患者），且仅针对非IPF-ILD患者	寻找能够预测间质性肺疾病进展的临床可测量生物标志物	非特发性肺纤维化间质性肺疾病（非IPF-ILD）患者	生物标志物研究	间质性肺疾病	化学发光酶免疫测定、免疫印迹、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	血清样本、肺组织样本	发现队列252例患者，验证队列154例非IPF-ILD患者
133	2025-04-27	Single-cell sequencing reveals intracranial microvasculature-derived CXCL12 promotes CD8+ T-cell infiltration and blood-brain barrier dysfunction after subarachnoid hemorrhage in mice 2025-Apr-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03444-0 PMID:40270006	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了蛛网膜下腔出血后颅内微血管来源的CXCL12促进CD8+ T细胞浸润及血脑屏障功能障碍的机制	首次阐明颅内微血管通过CXCL12-CXCR4轴介导CD8+ T细胞浸润加剧血脑屏障破坏的具体机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究蛛网膜下腔出血后颅内微血管介导T细胞浸润对血脑屏障功能的影响机制	成年雄性C57BL/6J小鼠的脑白质区域	神经科学	蛛网膜下腔出血	单细胞RNA测序	小鼠血管内穿孔诱导的SAH模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本量（使用公共数据库OMIX006611数据）
134	2025-04-27	Pathological α-synuclein dysregulates epitranscriptomic writer METTL3 to drive neuroinflammation in microglia 2025-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115618 PMID:40279247	research paper	该研究揭示了m6A甲基转移酶复合物METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的调控作用	首次发现METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的关键调控作用，并证实其在多种神经退行性疾病患者组织中的上调表达	研究主要基于体外和动物模型，需要更多临床样本验证	探究m6A RNA修饰在神经退行性疾病中的作用机制	人类小胶质细胞、星形胶质细胞、阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者尸检组织	神经科学	神经退行性疾病（阿尔茨海默病、帕金森病、路易体痴呆）	scRNA-seq	NA	RNA测序数据、组织样本	人类体外细胞模型、动物模型和人类尸检组织
135	2025-04-27	Activated polyreactive B cells are clonally expanded in autoantibody positive and patients with recent-onset type 1 diabetes 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115425 PMID:40117290	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和BCR测序分析了自身反应性B细胞在1型糖尿病（T1D）中的作用	揭示了自身抗体阳性和新发T1D患者中胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和BCR库变化，并发现多反应性B细胞的克隆扩增	样本量有限，且未涵盖T1D进展的长期观察	探究自身反应性B细胞在1型糖尿病中的作用及其作为疾病风险生物标志物的潜力	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发T1D供体的外周血胰岛抗原反应性B细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、BCR测序	NA	RNA序列数据、BCR序列数据	未明确提及具体样本数量，但包括三类供体（非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发T1D）
136	2025-04-27	Integrated multi-omics profiling characterizes the crucial role of human dental epithelium during tooth development 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115437 PMID:40120109	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和分泌组学分析，研究人类胎儿牙齿发育过程中的关键上皮细胞作用	首次构建了人类牙齿发育的多层次时空图谱，揭示了未表征的上皮亚群及其在牙齿形态发生中的关键作用	研究仅关注胎儿牙齿发育阶段，未涉及成人牙齿再生或疾病模型	解析人类牙齿早期发育的细胞和分子机制	人类胎儿牙齿原基	发育生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 分泌组分析	NA	单细胞转录组数据, 空间表达数据, 分泌蛋白数据	人类胎儿牙齿发育不同时期的样本
137	2025-04-27	A spatiotemporal cell atlas of cardiopulmonary progenitor cell allocation during development 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115513 PMID:40178979	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和计算分析，构建了一个时空细胞图谱，揭示了心肺祖细胞在发育过程中的分配机制	创建了一个心肺祖细胞衍生的细胞图谱，揭示了之前未被充分认识的心肺祖细胞衍生细胞谱系	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类发育过程	探索心肺祖细胞在发育过程中的分配机制	Wnt2表达的心肺祖细胞及其衍生细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	计算分析	基因表达数据	E8.5小鼠胚胎的心肺祖细胞及其发育过程中的后代细胞
138	2025-04-27	Single-cell RNA-seq analysis identifies the atlas of lymph fluid and reveals a sepsis-related T cell subset 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115469 PMID:40178976	研究论文	通过单细胞RNA测序分析大鼠淋巴液中的免疫细胞，发现了一种与脓毒症相关的CD4 T细胞亚群	首次在大鼠淋巴液中鉴定出CD4_Icos T细胞亚群，并揭示其在脓毒症早期抑制炎症的作用	研究主要基于大鼠模型，人类临床数据验证有限	探究淋巴液中免疫细胞亚群及其在脓毒症中的作用	大鼠淋巴液中的免疫细胞	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
139	2025-04-27	Ciliary marginal zone of the developing human retina maintains retinal progenitor cells until late gestational stages 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115460 PMID:40178972	research paper	本研究揭示了人类视网膜发育晚期，睫状边缘区（CMZ）仍保持视网膜祖细胞（RPCs）的增殖能力	首次发现人类视网膜发育晚期的CMZ区域仍能生成早期和晚期神经元，且细胞周期较中央RPCs更长	研究未涉及CMZ在出生后的功能变化及其与视网膜再生潜能的直接关联	探究人类视网膜发育过程中CMZ区域的神经发生持续时间及特性	人类发育晚期的视网膜组织	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、5-乙炔基-2'-脱氧尿苷（EdU）追踪	NA	基因表达数据、细胞增殖标记数据	未明确样本量（人类发育晚期视网膜组织）
140	2025-04-27	STAT3 signaling enhances tissue expansion during postimplantation mouse development 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115506 PMID:40188437	研究论文	本研究探讨了STAT3信号在小鼠胚胎植入后组织扩张中的作用	揭示了STAT3在胚胎发育时间控制中的新作用，特别是在需要快速细胞分裂的组织中	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的直接证据有限	阐明STAT3信号在胚胎发育过程中的功能	小鼠胚胎干细胞和胚胎组织	发育生物学	NA	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠胚胎干细胞和胚胎组织样本