单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-24	KLRG1 identifies regulatory T cells with mitochondrial alterations that accumulate with aging 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00855-9 PMID:40307497	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，提出了一种流式细胞术面板，用于识别小鼠中与年龄相关的T细胞亚群，并评估了这些亚群的线粒体和衰老标志	发现了一种表达KLRG1的调节性T细胞亚群，该亚群随衰老在人类和小鼠中积累，并表现出线粒体改变等衰老特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	探究与年龄相关的T细胞亚群在衰老过程中的作用	CD4 T细胞亚群，特别是表达KLRG1的调节性T细胞	免疫学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	小鼠和人类样本（具体数量未提及）
122	2025-05-24	Single-Cell RNA and Transcriptome Sequencing to Analyze the Role of Lactate Metabolism in Traumatic Brain Injury Astrocytes 2025-May, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70428 PMID:40395067	research paper	通过单细胞RNA和转录组测序分析乳酸代谢在创伤性脑损伤（TBI）星形胶质细胞中的作用	首次在单细胞水平上探索TBI后乳酸代谢在脑细胞中的角色，并鉴定出与TBI相关的乳酸代谢关键基因Ndufb9和Cox8a	研究仅使用小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索创伤性脑损伤后乳酸代谢在脑细胞中的作用	10周龄雄性C57BL/6J小鼠的额叶皮层组织	digital pathology	traumatic brain injury	scRNA-seq, transcriptome sequencing	NA	single-cell RNA sequencing data	C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明）
123	2025-05-24	Optineurin Cooperates With NRF2 to Regulate Tooth Root Morphogenesis by Controlling Mitochondrial Dynamics and Apoptosis 2025-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13799 PMID:39762159	research paper	研究OPTN与NRF2在牙齿根部形态发生中的作用，特别是通过调控线粒体动力学和细胞凋亡来影响牙本质发育	首次揭示了OPTN通过与NRF2合作调控线粒体分裂和细胞凋亡，从而在牙齿根部发育中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类牙齿样本的应用仍需进一步验证	探究OPTN在牙齿根部发育中的具体作用机制	小鼠和人类的牙齿组织，特别是根尖乳头干细胞（SCAPs）	发育生物学	牙齿发育异常	单细胞测序、RNA-seq分析、体外和离体器官培养	小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	胚胎期16.5天（E16.5）、出生后1天（P1）和P7的小鼠牙齿，以及胚胎和成人的人类牙齿样本
124	2025-05-24	Single-Cell RNA Sequencing of the Primary Visual Cortex in Mice With Optic Nerve Injury 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.31 PMID:40408096	research paper	通过单细胞RNA测序研究小鼠视神经损伤后初级视皮层（V1区）的损伤变化及胶质细胞异质性	首次利用scRNA-seq技术揭示视神经损伤后V1区胶质细胞的异质性及其在神经炎症中的关键分支	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究视神经损伤后V1区的损伤机制及胶质细胞的作用	小鼠初级视皮层（V1区）的胶质细胞（星形胶质细胞和小胶质细胞）	digital pathology	optic nerve injury	scRNA-seq, H&E染色, 免疫荧光染色, qPCR, Western blot	NA	RNA测序数据, 图像数据	小鼠V1区单细胞悬液
125	2025-05-24	An integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq data revealed metastasis-related regulators as prognostic indicators in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-482 PMID:40400936	research paper	通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(RNA-seq)数据，开发了一个预测肺腺癌(LUAD)患者预后的创新模型	整合scRNA-seq和RNA-seq数据，识别与转移相关的调控基因作为预后指标	未提及样本量是否足够大以验证模型的普遍适用性	开发预测肺腺癌(LUAD)患者预后的列线图	肺腺癌(LUAD)患者	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, RNA-seq, WGCNA	prognostic model	RNA sequencing data	NA
126	2025-05-24	Single-cell analysis and machine learning-based integration develop an immune-responsive signature of antigen-presenting cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2024-2015 PMID:40400942	研究论文	本研究通过单细胞分析和机器学习整合，开发了一种与抗原呈递癌症相关成纤维细胞（apCAFs）相关的免疫反应特征，用于预测肺腺癌（LUAD）中免疫检查点抑制剂（ICIs）的疗效	发现了一种新型的具有巨噬细胞样特征的apCAFs亚群，其特征是表达MHC II类分子、CD74和共刺激分子（CD80、CD86、CD83和CD40），这一亚群与ICIs的疗效显著相关	apCAFs的丰度在个体间存在差异，可能影响预测模型的普适性	识别与ICIs疗效相关的CAF亚群，并开发预测模型以指导肺腺癌患者的治疗策略	肺腺癌（LUAD）样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习	机器学习驱动的方法	RNA测序数据	多个肺腺癌数据集中的样本
127	2025-05-24	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的严谨性和可重复性，重点关注数字空间分析和单分子成像平台的性能	首次系统评估数字空间分析技术在临床样本中的表现，并与新型单细胞分辨率平台进行性能比较	研究主要集中于肾脏组织，可能不适用于其他组织类型	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用潜力	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	空间转录组学	肾脏疾病	数字空间分析(DSP)和单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本(具体数量未提及)
128	2025-05-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	研究谷胱甘肽在植物再生过程中加速细胞周期和细胞重编程的作用	发现谷胱甘肽在G1期细胞中短暂核内积累，促进细胞快速进入S期并加速细胞重编程	研究主要基于拟南芥根部细胞，在其他植物组织中的普适性有待验证	探究细胞周期动态在细胞重编程中的作用机制	拟南芥根部细胞	植物细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	拟南芥根部细胞(具体数量未说明)
129	2025-05-24	Unlocking plant regeneration: The role for glutathione 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.012 PMID:40262524	research paper	本文揭示了谷胱甘肽（GSH）在植物再生中的关键作用，通过促进细胞周期转换加速器官再生	首次发现GSH在植物组织损伤后释放，并通过缩短G1期加速细胞周期，从而促进器官再生	NA	探究植物再生过程中GSH的作用机制	植物再生过程中的细胞周期调控	植物发育生物学	NA	scRNA-seq, 活体成像	NA	RNA序列数据, 图像数据	NA
130	2025-05-24	Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645175 PMID:40196550	research paper	该研究提出了一个评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先方法的框架	提出了一个评估遗传祖先推断方法的框架，并验证了现有工具在单细胞RNA测序数据中的准确性	研究中使用的遗传多态性数量有限，且单细胞RNA测序的变异检测不完美	评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先的方法，以确保数据集的遗传同质性和人类遗传多样性的代表性	196名来自人类细胞图谱四个单细胞RNA测序数据集的捐赠者	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ADMIXTURE	RNA测序数据	196名捐赠者
131	2025-05-24	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Mar-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞在辐射诱导的肠炎中促进肠道再生的关键作用	首次发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin等关键分子促进肠道干细胞区室周围的上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	阐明辐射性肠炎中肠道再生程序的激活机制	小鼠和人类肠道类器官与巨噬细胞的互作	免疫学与再生医学	辐射性肠炎	RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞轨迹分析	小鼠辐射损伤模型、人源类器官共培养系统	基因表达数据、影像数据	NA
132	2025-05-24	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40402791	research paper	构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类	首次通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性	技术限制和缺乏全面的数据可能影响对TcEV异质性的深入理解	探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）在免疫调节和肿瘤微环境调控中的作用	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	277,265个EV液滴，来自21个项目中的221个样本，涵盖51种T细胞类型
133	2025-05-24	CAF-macrophage crosstalk in tumour microenvironments governs the response to immune checkpoint blockade in gastric cancer peritoneal metastases 2025-Feb-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333617 PMID:39537239	研究论文	本研究探讨了胃癌腹膜转移（GCPM）中肿瘤微环境内CAF-巨噬细胞间的相互作用如何影响免疫检查点阻断（ICB）治疗的响应	揭示了GCPM中独特的免疫抑制模式，主要由SPP1+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和THBS2+基质癌相关成纤维细胞（mCAFs）构成的基质-髓系生态位介导ICB耐药性	研究样本量有限，且为单中心II期临床试验，需要更大规模的多中心研究验证	阐明GCPM患者对ICB治疗产生耐药性的机制，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌腹膜转移患者	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	II期临床试验患者样本（具体数量未明确说明）
134	2025-05-24	Changes in border-associated macrophages after stroke: single-cell sequencing analysis 2025-Jan-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01092 PMID:39927762	研究论文	通过单细胞测序分析探讨中风后边界相关巨噬细胞的变化	首次全面分析了中风后边界相关巨噬细胞的动态转录变化及其在炎症相关通路中的作用，并提出了Stat3抑制作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究中风后边界相关巨噬细胞的变化及其在神经炎症中的作用	小鼠边界相关巨噬细胞	生物医学	中风	单细胞测序、CellChat分析、pySCENIC工具	动物模型	基因表达数据	来自GEO数据库的数据集GSE174574和GSE225948
135	2025-05-24	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-Jan-27, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:39868591	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进单核细胞迁移至肾小球及巨噬细胞产生IL-1β等机制加剧肾小球肾炎的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎进展中的作用机制	NZBWF1小鼠模型中的肾小球巨噬细胞	免疫学	系统性红斑狼疮/肾小球肾炎	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量的NZBWF1小鼠
136	2025-05-24	Plasticity in metastatic colorectal cancer 2025-01-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.018 PMID:39837278	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术，探索了结直肠癌（CRC）进展过程中癌细胞状态的变化	使用单细胞转录组测序技术绘制了CRC进展过程中癌细胞状态变化的图谱	NA	研究结直肠癌（CRC）进展和耐药性中癌细胞状态的变化	结直肠癌细胞	digital pathology	colorectal cancer	single-cell transcriptome sequencing	NA	transcriptomic data	NA
137	2025-05-24	Comprehensive analysis of autophagy-related prognostic genes in breast cancer using bulk and single-cell RNA sequencing 2025, American journal of clinical and experimental immunology IF:1.4Q4 DOI:10.62347/XPCM9169 PMID:40401006	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和传统高通量RNA测序（bulk RNA-seq）分析了乳腺癌中的自噬相关基因（ARGs），并开发了一个基于3个自噬相关基因的预后模型	首次在乳腺癌中结合单细胞和批量RNA测序数据构建自噬相关基因的预后模型，并识别出FEZ1、STX11和ADAMTSL1这三个关键基因	研究样本量有限，外部验证数据集较少，且未进行功能实验验证基因的生物学机制	阐明乳腺癌中的自噬景观并开发预后模型	乳腺癌患者和肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	Cox比例风险回归模型	RNA测序数据	TCGA数据集、GSE75688、GSE20685和GSE48390数据集中的样本
138	2025-05-24	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2025, BMC methods DOI:10.1186/s44330-025-00029-4 PMID:40401145	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够利用单细胞数据中的450万个祖先信息性SNP，准确推断供体的祖先组成	依赖于1000 Genomes Project数据集中的SNP信息，可能不覆盖所有人群的遗传多样性	提高单细胞图谱的人类遗传多样性代表性	单细胞基因组数据	genomics	NA	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq	NA	genomic data	3201 individuals from 26 population groups
139	2025-05-24	Single cell RNA-sequencing identified CCR7+/RELB+/IRF1+ T cell responding for juvenile idiopathic arthritis pathogenesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528446 PMID:40406113	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究青少年特发性关节炎（JIA）不同亚型的疾病异质性及其发病机制	首次在单细胞水平上鉴定了CCR7+/RELB+/IRF1+三重阳性T细胞在JIA发病机制中的关键作用，并揭示了其在HLA-B27阳性和阴性JIA患者中的差异	研究样本仅限于外周血单个核细胞，未涉及关节组织中的免疫细胞	探索青少年特发性关节炎的疾病异质性和发病机制	青少年特发性关节炎患者的免疫细胞	免疫学	青少年特发性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	JIA患者的外周血单个核细胞（PBMCs）
140	2025-05-24	Decoding multiple myeloma: single-cell insights into tumor heterogeneity, immune dynamics, and disease progression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1584350 PMID:40406148	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了多发性骨髓瘤（MM）和高风险冒烟型多发性骨髓瘤（SMMh）样本，揭示了肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展的新见解	首次利用单细胞RNA测序技术系统分析了MM和SMMh样本中的细胞多样性，并揭示了神经免疫调控在肿瘤进展中的关键作用	样本量相对有限，且未进行功能验证实验	探索多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展机制	多发性骨髓瘤（MM）和高风险冒烟型多发性骨髓瘤（SMMh）患者样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CytoTRACE, Monocle2, Slingshot	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量（MM和SMMh样本）