单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-04-26	Extraembryonic mesoderm cells derived from human embryonic stem cells rely on Wnt pathway activation 2025-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13761 PMID:39385268	研究论文	本研究描述了一种通过激活Wnt通路将人类primed胚胎干细胞（hpESCs）分化为外胚层中胚层细胞（EXMCs）的三维分化方案，并进一步生成间充质干细胞（MSCs）	首次展示了hpESCs可分化为EXMCs并进一步生成MSCs，且这些MSCs具有独特的成软骨和成骨分化潜力而缺乏脂肪细胞分化能力	未探讨这些MSCs在体内环境中的功能表现	探索hpESCs分化为EXMCs及其后续生成MSCs的潜力	人类primed胚胎干细胞（hpESCs）及其分化的EXMCs和MSCs	干细胞研究	NA	三维分化、单细胞转录组分析、免疫染色、细胞分选	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量
122	2025-04-26	Single-Cell RNA Profiling of Ocular Adnexal Sebaceous Carcinoma Reveals a Complex Tumor Microenvironment and Identifies New Biomarkers 2025-Feb, American journal of ophthalmology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.ajo.2024.10.001 PMID:39393421	研究论文	首次在单细胞分辨率下对眼附属器皮脂腺癌（OaSC）进行转录组分析，揭示肿瘤微环境的复杂性并识别新的生物标志物	首次在单细胞水平上对OaSC进行转录组分析，揭示了肿瘤微环境的复杂性并发现了CALML5作为敏感的诊断标志物	样本量较小，仅包括6例患者标本	探索OaSC的肿瘤组成和转录特征，以发现潜在的免疫疗法、靶向治疗和生物标志物	眼附属器皮脂腺癌（OaSC）的肿瘤组织	数字病理学	眼附属器皮脂腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	NA	RNA测序数据和免疫组织化学图像	6例患者标本（3例原发肿瘤，2例伴佩吉特样扩散的肿瘤，1例正常睑板样本）和28例OaSC病例的存档队列
123	2025-04-26	Evidence for a lipofibroblast-to-Cthrc1 + myofibroblast reversible switch during the development and resolution of lung fibrosis in young mice 2025-Feb, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00482-2023 PMID:39401861	研究论文	该研究揭示了在年轻小鼠肺纤维化发展和消退过程中，脂纤维母细胞与Cthrc1阳性肌纤维母细胞之间的可逆转换	首次识别出aMYFs的四个亚群，并证明具有高LIF特征的肺泡纤维母细胞既是aMYFs的起源也是其消退归宿	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过数据挖掘获得	阐明肌纤维母细胞的异质性及其在纤维化消退过程中的分化轨迹	小鼠肺纤维化模型和人类IPF数据集	细胞生物学	肺纤维化	遗传谱系追踪、单细胞转录组学、类器官培养	NA	基因表达数据、转录组数据	小鼠模型和人类IPF数据集（具体数量未说明）
124	2025-04-26	Myeloid Mir34a suppresses colitis-associated colon cancer: characterization of mediators by single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01380-9 PMID:39425000	研究论文	研究探讨了髓系细胞中Mir34a缺失如何通过单细胞RNA测序技术影响结肠炎相关结肠癌的发展	首次在体内证实髓系Mir34a通过调控巨噬细胞M1样状态抑制结肠炎相关结肠癌的作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明髓系Mir34a在结肠炎相关结肠癌中的肿瘤抑制作用机制	髓系细胞特异性Mir34a敲除小鼠的结肠炎相关结肠癌模型	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明实验小鼠数量
125	2025-04-26	Aging alters the effect of adiponectin receptor signaling on bone marrow-derived mesenchymal stem cells 2025-Feb, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14390 PMID:39462849	研究论文	本研究探讨了衰老如何改变脂联素受体信号对骨髓间充质干细胞的影响	揭示了衰老过程中脂联素受体1和受体2表达水平的变化及其对骨再生的不同影响，并发现脂联素受体激动剂AdipoRon在年轻和老年小鼠中具有相反的效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究衰老对脂联素受体信号通路在骨髓间充质干细胞中作用的影响	年轻和老年小鼠的骨髓间充质干细胞	细胞生物学	骨质疏松症	单细胞测序和体内染色	小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	年轻和老年小鼠的骨髓样本
126	2025-04-26	Sensory neuroimmune signaling in the pathogenesis of Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2025-Feb, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.015 PMID:39481654	研究论文	本文探讨了感觉神经免疫信号在Stevens-Johnson综合征（SJS）和中毒性表皮坏死松解症（TEN）发病机制中的作用	揭示了神经肽CGRP及其受体RAMP1在调节CD8+ T细胞介导的炎症反应中的关键作用，为严重皮肤药物反应提供了新的潜在治疗靶点	研究主要关注CD8+ T细胞和神经肽的相互作用，未全面探讨其他免疫细胞或神经递质在SJS/TEN中的作用	研究SJS/TEN中潜在的神经免疫调节机制	健康对照者和SJS/TEN患者的循环CD8+ T细胞及皮肤组织	免疫学	皮肤药物反应	单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA、LEGENDplex检测、免疫荧光染色、钙成像、Smart-seq、3-D皮肤模型	3-D皮肤模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像	健康对照者和SJS/TEN患者的样本（具体数量未提及）
127	2025-04-26	FBXO2 as a switch guides a special fate of tumor clones evolving into a highly malignant transcriptional subtype in oral squamous cell carcinoma 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02033-5 PMID:39487312	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序数据构建口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤细胞的进化轨迹，发现FBXO2是导致肿瘤细胞转变为高度恶性转录亚型的关键开关基因	首次鉴定出FBXO2作为关键开关基因调控OSCC肿瘤细胞向高度恶性亚型的转变，并揭示了其在肿瘤进展中的多功能调控网络	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏体内动物模型的验证	揭示口腔鳞状细胞癌中肿瘤细胞克隆异质性及其恶性进展的分子机制	口腔鳞状细胞癌肿瘤细胞及其克隆亚群	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包含正常样本和不同临床分期的OSCC样本
128	2025-04-26	Dysregulation of R-loop homeostasis shapes the immunosuppressive microenvironment and induces malignant progression in melanoma 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02039-z PMID:39487313	研究论文	该研究探讨了R-loop稳态失调在黑色素瘤恶性进展中的作用及其对免疫微环境的影响	建立了基于单细胞RNA测序数据的R-loop评分模型，揭示了CENPA介导的R-loop分布变化在黑色素瘤进展中的作用机制	研究主要基于体外实验和计算模型，需要更多临床样本验证	阐明R-loop稳态失调如何促进黑色素瘤进展并影响免疫微环境	黑色素瘤细胞和免疫微环境	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、DNA/RNA免疫沉淀测序(DRIP-seq)	R-loop评分模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量（基于单细胞RNA测序数据集）
129	2025-04-26	From metabolomics to therapeutics: identifying causal metabolites and potential drugs for the treatment of osteoarthritis 2025-Feb, Inflammopharmacology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s10787-024-01594-w PMID:39488818	研究论文	通过代谢组学和孟德尔随机化研究，识别与骨关节炎（OA）相关的因果代谢物及潜在治疗靶点	首次利用大规模代谢组和基因组关联研究数据，结合多种分析方法，识别出与OA风险相关的10种代谢物及7个潜在治疗靶点基因	研究结果主要基于欧洲人群数据，可能不适用于其他种族群体	探索代谢物与骨关节炎之间的因果关系并寻找潜在治疗靶点	人类血液代谢物与骨关节炎	生物医学研究	骨关节炎	孟德尔随机化（MR）、共定位分析、表达数量性状位点（eQTL）分析、单细胞测序、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	基因组关联研究（GWAS）数据、代谢组数据	总计涉及1,091种血液代谢物和超过100万例OA病例及对照样本
130	2025-04-26	Regionalized cell and gene signatures govern esophageal epithelial homeostasis 2025-Jan-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.025 PMID:39426382	研究论文	通过区域化Smart-seq3单细胞测序技术，构建了成年小鼠食管的全面细胞图谱，揭示了食管上皮稳态的区域化细胞和基因特征	首次揭示了食管上皮基底细胞、成纤维细胞和免疫细胞的非均匀分布，以及位置依赖的转录特征，为理解食管区域化提供了细胞和转录框架	研究仅基于小鼠模型，人类食管可能存在差异	探究食管上皮稳态的区域化细胞和基因特征	成年小鼠食管	单细胞测序	食管疾病	Smart-seq3单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	成年小鼠食管组织
131	2025-04-26	p53 mutation biases squamocolumnar junction progenitor cells towards dysplasia rather than metaplasia in Barrett's oesophagus 2025-Jan-17, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332095 PMID:39353725	研究论文	本研究探讨了p53突变在Barrett食管（BE）向食管腺癌（EAC）进展过程中对贲门祖细胞命运和功能的影响	揭示了p53突变在慢性损伤环境下如何通过Notch激活抑制祖细胞向化生分化，直接促进发育不良	研究主要基于小鼠模型，人类BE中的具体机制仍需进一步验证	阐明p53突变在BE向EAC恶性转化中的细胞机制	L2-IL1β小鼠模型中的Cck2r+贲门祖细胞	癌症生物学	食管腺癌	谱系追踪、scRNA-seq、类器官培养、原位移植、计算分析	小鼠疾病模型（L2-IL1β）	单细胞转录组数据、病理学数据	未明确说明实验动物数量，但涉及多组学分析
132	2025-04-26	TIMP1 Mediates Astrocyte-Dependent Local Immunosuppression in Brain Metastasis Acting on Infiltrating CD8+ T Cells 2025-Jan-13, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0134 PMID:39354883	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序解析了脑转移瘤相关星形胶质细胞的异质性，发现了一类能够抑制浸润T细胞抗肿瘤活性的星形胶质细胞亚群，并揭示了TIMP1在其中的关键作用	首次发现pSTAT3+星形胶质细胞通过分泌TIMP1调控CD63+ CD8+ T细胞功能，提出了联合免疫检查点阻断与星形胶质细胞介导的局部免疫抑制的治疗策略	研究主要基于小鼠和人类脑转移模型，临床转化效果需进一步验证	探究脑转移瘤中星形胶质细胞对免疫治疗的调控机制	脑转移瘤相关星形胶质细胞和浸润CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	脑转移瘤	单细胞RNA测序	小鼠和人类脑转移模型	RNA测序数据	NA
133	2025-04-26	Development of the TP53 mutation associated hypopharyngeal squamous cell carcinoma prognostic model through bulk multi-omics sequencing and single-cell sequencing 2025 Jan-Feb, Brazilian journal of otorhinolaryngology IF:1.7Q2 DOI:10.1016/j.bjorl.2024.101499 PMID:39341197	研究论文	本研究基于TP53突变构建了一个预测下咽鳞状细胞癌（HPSCC）患者预后的模型	结合bulk多组学测序和单细胞测序技术，识别出关键基因POLD2和POLR2G，构建了预后模型，并验证了其预测能力	证据等级为5级，可能意味着研究样本量有限或 retrospective 性质	开发基于TP53突变的HPSCC预后预测模型	下咽鳞状细胞癌患者	数字病理学	下咽鳞状细胞癌	bulk多组学测序, 单细胞测序	LASSO回归模型	基因表达数据, 单细胞数据	来自TCGA和GSE65858等多个GEO数据集的数据
134	2025-04-26	Single-cell Profiling of Intrahepatic Immune Cells Reveals an Expansion of Tissue-resident Cytotoxic CD4+ T Lymphocyte Subset Associated With Pathogenesis of Alcoholic-associated Liver Diseases 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101411 PMID:39349248	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了酒精相关肝病(ALD)患者肝内免疫细胞的转录组特征，揭示了GZMK+CD4+ T淋巴细胞亚群在疾病进展中的关键作用	首次在ALD患者肝脏中发现并表征了具有组织驻留特征和终末效应状态的GZMK+CD4+ T细胞亚群，并证实其在肝纤维化区域的显著富集	研究样本量有限，且尚未阐明GZMK+CD4+ T细胞促进ALD进展的具体分子机制	阐明酒精相关肝病的免疫致病机制	健康人群、代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)患者和酒精相关肝病(ALD)患者的肝脏免疫细胞	单细胞组学	酒精相关肝病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	健康对照、MASLD和ALD患者的肝脏样本(具体数量未明确说明)
135	2025-04-26	Pathogenesis of Germinal Matrix Hemorrhage: Insights from Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan, Annual review of pathology DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-111523-023446 PMID:39401848	review	本文综述了单细胞转录组学在揭示人类胎儿大脑生发基质中神经发生和血管生成新机制方面的最新进展	利用单细胞转录组学揭示了免疫-血管相互作用在生发基质血管形态发生中的关键作用，以及促炎因子如何破坏这一过程导致出血	NA	阐明生发基质出血的发病机制并探索治疗干预措施	人类胎儿大脑生发基质中的神经发生和血管生成过程	生物医学	新生儿疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
136	2025-04-26	The Human Milk-derived Peptide Drives Rapid Regulation of Macrophage Inflammation Responses in the Neonatal Intestine 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101420 PMID:39414025	研究论文	本研究探讨了母乳细胞外囊泡中的肽CASB135-150在调节新生儿肠道先天免疫稳态中的作用及其对坏死性小肠结肠炎的保护机制	首次鉴定了母乳细胞外囊泡中的β-酪蛋白衍生肽CASB135-150，并阐明其通过破坏FHL2/TRAF6复合物抑制NF-κB信号通路的分子机制	研究主要基于大鼠坏死性小肠结肠炎模型，人体内的效果尚需进一步验证	探索母乳肽对新生儿肠道先天免疫稳态的调节作用	母乳细胞外囊泡中的肽CASB135-150及其对巨噬细胞炎症反应的调控	免疫学	坏死性小肠结肠炎	免疫荧光分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、共免疫沉淀(co-IP)、RNA测序(RNA-seq)	大鼠坏死性小肠结肠炎模型	分子生物学数据、测序数据	未明确说明具体样本数量（使用大鼠模型和体外培养的骨髓来源巨噬细胞）
137	2025-04-26	Impact of potential biomarkers, SNRPE, COX7C, and RPS27, on idiopathic Parkinson's disease 2025-Jan, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01591-x PMID:39467967	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别了特发性帕金森病(IPD)的潜在生物标志物SNRPE、COX7C和RPS27	首次在全血样本中识别出与IPD相关的关键基因和分子机制，并通过表观遗传学和RNA干扰验证了这些基因的调控	研究样本仅来自血液，未直接验证这些生物标志物在脑组织中的功能	寻找适用于特发性帕金森病的生物标志物	特发性帕金森病患者	生物信息学	帕金森病	基因表达分析、GO和KEGG通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、甲基化数据、microRNA数据	124个差异表达基因(来自未明确数量的IPD患者血液样本)
138	2025-04-26	Machine learning identification of NK cell immune characteristics in hepatocellular carcinoma based on single-cell sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Jan, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01581-z PMID:39433650	研究论文	本研究利用单细胞测序和大规模RNA测序技术，结合机器学习方法，识别肝细胞癌中具有NK细胞免疫特征的分子标志物	首次发现CD7在肝细胞癌中的高表达及其与预后的相关性，并验证了CD7高表达的NK细胞对肝癌细胞生长的抑制作用	样本量较小(8例正常肝组织和8例肝癌组织)，需要更大规模的研究验证结果	识别肝细胞癌中NK细胞的免疫特征分子标志物，并开发预后预测系统	肝细胞癌组织和正常肝组织中的NK细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，大规模RNA测序，RT-qPCR，MTS，流式细胞术	机器学习模型	RNA测序数据	8例正常肝组织和8例肝癌组织
139	2025-04-26	Challenges and Opportunities in the Clinical Translation of High-Resolution Spatial Transcriptomics 2025-Jan, Annual review of pathology DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-111523-023417 PMID:39476415	review	本文回顾了高分辨率空间转录组学技术在临床转化中的挑战与机遇	探讨了空间转录组学技术在亚细胞分辨率下数字化基因表达的潜力，及其在疾病机制识别和个性化治疗中的应用	讨论了高分辨率空间转录组学技术在快速转化中面临的挑战	推动空间转录组学技术在临床病理学中的应用，以实现个性化医疗	常规收集和存档的临床样本	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, next-generation sequencing	deep learning	gene expression data	NA
140	2025-04-26	Therapeutic targets for hepatocellular carcinoma identified using proteomics and Mendelian randomization 2025-Jan, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16785 PMID:39477889	研究论文	本研究利用蛋白质组学和孟德尔随机化方法识别了与肝细胞癌风险相关的10种蛋白质生物标志物，并探讨了其在HCC治疗中的潜在应用	首次通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法系统识别HCC相关蛋白标志物，并深入分析其细胞表达特征、蛋白互作网络及成药性	研究结果主要基于欧洲人群数据，需要在其他种族群体中进行验证	发现肝细胞癌的新型治疗靶点和蛋白标志物	肝细胞癌相关蛋白质	生物医学研究	肝细胞癌	蛋白质组学、孟德尔随机化(MR)、单细胞测序、KEGG通路分析、PPI网络分析	孟德尔随机化模型	蛋白质组数据、基因组数据	多个GWAS数据集(7个已发表研究)、DeCODE队列、FinnGen队列和UK Biobank数据