单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-11	Multi-omics identifies OSM-OSMR as a key receptor-ligand in the tumor environment of endometrial adenocarcinoma 2025-Jul-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114933 PMID:40450916	研究论文	本研究通过多组学方法识别了OSM-OSMR作为子宫内膜腺癌肿瘤微环境中的关键受体-配体，并构建了一个预后模型	首次发现OSM信号在子宫内膜癌组织中的细胞通讯中显著升高，并基于OSM基因集将子宫内膜腺癌分为四种亚型，构建了七基因特征的预后模型	研究主要基于公开数据集和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证	探索子宫内膜腺癌肿瘤微环境中细胞间的配体-受体关系并构建预后模型	子宫内膜腺癌组织和细胞系	肿瘤微环境研究	子宫内膜腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组测序、批量RNA测序	随机生存森林模型	RNA测序数据和临床数据	来自GEO和TCGA的公开数据集及Ishikawa细胞系
122	2025-06-11	Phillyrin for sepsis-related acute lung injury: A potential strategy suppressing GSK-3β 2025-Jul, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.04.017 PMID:40359720	研究论文	本研究探讨了连翘苷（PHN）通过抑制GSK-3β信号通路缓解脓毒症相关急性肺损伤（ALI/ARDS）的潜在机制	首次发现PHN能与GSK-3β形成稳定复合物，并证实其通过抑制GSK-3β促进M2巨噬细胞极化和减少中性粒细胞募集来缓解ALI/ARDS	研究主要基于LPS诱导的炎症模型，临床转化效果需进一步验证	阐明PHN缓解脓毒症相关ALI/ARDS的分子机制	连翘苷（PHN）、GSK-3β信号通路、ALI/ARDS动物模型	分子药理学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	分子对接、动力学模拟、孟德尔随机化分析、单细胞测序	LPS诱导的小鼠和斑马鱼炎症模型	基因表达数据、蛋白质活性数据、细胞表型数据	从公共数据库筛选8331个ALI/ARDS相关靶基因，并进行了体内外实验验证
123	2025-06-11	Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer 2025-Jun-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500722 PMID:40492378	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学方法，揭示了乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的重塑机制，并发现GLO1在促进淋巴管生成和转移中的作用	首次通过单细胞RNA测序和多组学方法全面解析乳腺癌淋巴结转移的肿瘤微环境，并确定GLO1作为新的治疗靶点	样本量相对较小（23名患者的28个淋巴结样本），可能限制结果的普遍性	探究乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境重塑的分子机制	乳腺癌患者的淋巴结转移样本	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞RNA测序, 多组学方法	NA	RNA测序数据, 多组学数据	23名患者的28个淋巴结样本
124	2025-06-11	Baseline total lesion glycolysis identifies high-risk patients with immunosuppressive signatures in early-stage natural killer/T-cell lymphoma 2025-Jun-10, The oncologist DOI:10.1093/oncolo/oyaf164 PMID:40492497	研究论文	本研究探讨了基线总病灶糖酵解（TLG）作为生物标志物在早期自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）高风险患者识别中的应用	首次提出基线TLG作为识别高风险NKTCL患者的生物标志物，并发现其与免疫抑制微环境的相关性	样本量相对较小（n=192），且仅针对早期NKTCL患者	探索基线生物标志物在NKTCL预后预测中的应用	早期自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）患者	数字病理学	自然杀伤/T细胞淋巴瘤	18F-FDG PET/CT, scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	影像数据, 基因表达数据	192例早期NKTCL患者（训练组127例，验证组65例），其中10例进行scRNA-seq，65例进行bulk RNA-seq
125	2025-06-11	The glia-immune network: Astrocytes and oligodendrocytes as microglial co-ordinators in health and disease 2025-Jun-10, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287015 PMID:40492604	综述	本文探讨了星形胶质细胞和少突胶质细胞作为小胶质细胞协调者在健康和疾病中的作用，特别是在中枢神经系统免疫系统中的功能	强调了巨胶质细胞（星形胶质细胞和少突胶质细胞）在免疫信号通路中的参与，挑战了传统认为免疫功能仅限于免疫细胞的观点	需要进一步研究以阐明胶质细胞之间具体的分子对话机制	探讨巨胶质细胞来源的免疫信号及其在健康和疾病中的相关性	星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
126	2025-06-11	Multi-omics analysis of tumor necrosis factor superfamily 4 reveals its prognostic value with T cell exhaustion feature in cancer 2025-Jun-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02666-1 PMID:40493100	研究论文	通过多组学分析探讨肿瘤坏死因子超家族4（TNFSF4）在癌症中的预后价值及其与T细胞耗竭特征的关系	首次全面评估TNFSF4在泛癌中的生物学功能及其与免疫治疗反应和T细胞耗竭的关联	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证	探索TNFSF4在癌症进展和免疫调节中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	多种癌症类型及其相关临床数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组化染色, 基因集富集分析（GSEA）	NA	基因表达数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的多种癌症样本及免疫治疗队列
127	2025-06-11	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-09, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c02111 PMID:40489257	研究论文	本文介绍了一种名为nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中实现高密度条形码标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）作为条形码载体，显著提高了标记密度和稳定性，克服了现有DNA标记方法的局限性	未明确提及技术在大规模应用中的成本效益分析或长期稳定性数据	开发一种高效、稳定的样本多重标记技术，以降低scRNA-seq的成本并减少批次效应	培养细胞系、组织消化物中的异质细胞（如脾脏和肥胖啮齿动物脂肪组织）	单细胞测序技术	肥胖相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、脂质纳米颗粒（LNPs）标记	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化物（6-plex条形码样本）、肥胖啮齿动物脂肪组织样本
128	2025-06-11	Serum amyloid A1-Induced intrahepatic regulatory T cell dysfunction drives autoimmune hepatitis progression 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001419 PMID:40489740	research paper	该研究探讨了血清淀粉样蛋白A1（SAA1）如何通过Toll样受体2（TLR2）损害调节性T细胞（Tregs）功能，从而推动自身免疫性肝炎（AIH）的进展	揭示了AIH中肝内Tregs功能失调的新机制，并提出了通过靶向SAA1-TLR2通路恢复Tregs功能的新治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AIH患者中进行验证	探究AIH中Tregs功能失调的分子机制及其对疾病进展的影响	自身免疫性肝炎（AIH）小鼠模型中的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、AAV8介导的基因治疗	FoxP3-DTR/eGFP小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型
129	2025-06-11	Tumor microenvironment heterogeneity and progression mechanisms in intrahepatic cholangiocarcinoma: A study based on single-cell and spatial transcriptomic sequencing 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001423 PMID:40489753	研究论文	基于单细胞和空间转录组测序研究肝内胆管癌肿瘤微环境异质性及进展机制	揭示了肝内胆管癌肿瘤微环境的异质性，鉴定了ASPH作为侵袭亚型的标志基因，并发现CEP作为ASPH抑制剂可有效抑制肿瘤进展	样本量相对较小（12例单细胞测序样本和4例空间转录组样本），验证队列虽较大（87例RNA-seq样本），但仍需更大规模研究验证	探索肝内胆管癌的发病和进展机制	肝内胆管癌患者样本（肿瘤组织、淋巴转移灶）及小鼠模型	数字病理	肝内胆管癌	单细胞测序、空间转录组测序、RNA-seq、多重免疫荧光	小鼠模型、类器官模型	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	12例单细胞测序样本、4例空间转录组样本、87例RNA-seq验证样本
130	2025-06-11	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在肌肉再生中的关键作用	发现了一种表达GPNMB的巨噬细胞亚群，其在巨噬细胞介导的肌肉再生中发挥关键作用，并证明了GPNMB对肌肉细胞的直接影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究巨噬细胞在骨骼肌修复中的表型多样性及其在肌肉再生中的作用	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同时间点的骨骼肌单细胞
131	2025-06-11	Mapping the role of cytokine signaling at single-cell and structural resolution in uveal melanoma 2025-Jun-09, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00337-3 PMID:40490526	研究论文	通过单细胞RNA测序和结构生物学方法，研究细胞因子信号在葡萄膜黑色素瘤中的角色及其预后和治疗意义	结合单细胞RNA测序与结构生物学方法，首次揭示ISG20在葡萄膜黑色素瘤中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	样本量较小，仅包括8个原发性和3个转移性葡萄膜黑色素瘤样本	理解葡萄膜黑色素瘤肿瘤微环境的复杂性并探索新的治疗策略	葡萄膜黑色素瘤（UVM）患者的原发性和转移性肿瘤组织	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、AlphaFold 2技术、分子对接分析	Cox回归和LASSO风险模型	RNA测序数据	8个原发性葡萄膜黑色素瘤眼组织和3个肝脏转移性葡萄膜黑色素瘤样本
132	2025-06-11	Prognostic and immune modulatory effects of ammonia-induced cell death in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Jun-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02508-0 PMID:40490575	research paper	该研究探讨了氨诱导的细胞死亡（ACD）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预后意义和免疫调节作用	首次将氨代谢与HNSC的肿瘤进展和免疫抑制联系起来，并开发了一个新的预后模型	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	研究HNSC中ACD的预后相关性和免疫学效应	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	random survival forests (RSF), ssGSEA, TIP analysis, single-cell RNA sequencing	RSF	transcriptomic data	NA
133	2025-06-11	Single-cell chromatin accessibility profiling reveals regulatory mechanisms and evolution in pig brains 2025-Jun-09, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02263-2 PMID:40490756	研究论文	通过单细胞染色质可及性分析揭示猪脑的调控机制和进化	首次对家猪和野猪大脑进行单细胞染色质可及性分析，揭示了细胞类型特异性调控景观和少突胶质细胞的发育轨迹	样本量相对有限，仅分析了71,798个细胞	研究猪脑的调控机制及其进化特征	家猪和野猪的大脑皮层和小脑	生物医学	阿尔茨海默病	单细胞染色质可及性分析，单细胞RNA测序	NA	单细胞测序数据	71,798个细胞（来自家猪和野猪的大脑皮层和小脑）
134	2025-06-11	Comprehensive analysis of immunoglobulin expression in the mouse brain from embryonic to adult stages 2025-Jun-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03457-9 PMID:40490799	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据和Ig库分析，揭示了从小鼠胚胎到成年阶段大脑中免疫球蛋白（Ig）的表达谱	首次全面描绘了Ig在大脑中从胚胎到成年阶段的表达谱，并发现小胶质细胞和皮质丘脑神经元中Ig的表达模式及其对脂多糖的反应与B细胞不同，提示Ig在大脑中具有新的、非经典免疫功能	NA	阐明Ig在小鼠大脑中从胚胎到成年阶段的表达情况及其可能的功能	小鼠大脑中的免疫球蛋白（Ig）表达	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序, Ig库分析	NA	RNA测序数据	从小鼠胚胎到成年阶段的大脑样本
135	2025-06-11	Validation of single-cell transcriptomic profiles from Illumina and MGI Tech sequencing platforms 2025-Jun-09, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.70087 PMID:40490970	研究论文	比较Illumina和MGI Tech测序平台在单细胞转录组分析中的性能	首次比较Illumina和MGI Tech在单细胞RNA测序中的表现，特别是在异质性样本中的生物学见解	研究仅基于三个人类癌症样本，样本量较小	验证和比较不同测序平台在单细胞转录组分析中的性能	人类癌症样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个人类癌症样本
136	2025-06-11	The rules of different B cell subtypes in colorectal cancer: friends or foes? 2025-Jun-09, Future oncology (London, England) DOI:10.1080/14796694.2025.2511588 PMID:40491002	review	本文总结了近年来基于单细胞RNA测序在结直肠癌中肿瘤浸润B细胞（TIBs）的研究进展，重点关注了不同B细胞亚群在结直肠癌肿瘤微环境中的特定效应或调节特性	聚焦于结直肠癌肿瘤微环境中B细胞亚群的异质性及其功能多样性，揭示了TIBs在免疫反应中的双重作用	TIBs在肿瘤微环境中的具体作用及其与非免疫细胞的相互作用仍不明确	探讨TIBs在结直肠癌肿瘤微环境中的功能及其对免疫治疗的影响	肿瘤浸润B细胞（TIBs）及其在结直肠癌肿瘤微环境中的亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
137	2025-06-11	KRT5high TP63-expressing urothelial basal cells act as a driver to bladder urothelium regeneration in rabbit 2025-Jun-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04417-z PMID:40483513	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定了一组具有干细胞特性的KRT5高表达TP63阳性基底细胞，这些细胞在兔膀胱粘膜全层切除后能够激活并分化为中间层和表层伞状细胞，为膀胱组织工程提供了理想的种子细胞	首次鉴定并验证了KRT5high TP63-expressing基底细胞亚群在膀胱尿路上皮再生中的驱动作用，并开发了基于胶囊血管床的生物工程尿路上皮构建策略	研究仅在兔模型中进行，尚未验证在人类或其他大型动物模型中的适用性	探索膀胱尿路上皮再生的细胞机制并开发组织工程新策略	兔膀胱尿路上皮基底细胞	组织工程	膀胱疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞片移植技术	NA	基因表达数据、组织形态学数据	兔膀胱粘膜样本(具体数量未明确说明)
138	2025-06-11	Single-cell transcriptome sequencing reveals new epithelial-stromal associated mesenchymal-like subsets in recurrent gliomas 2025-Jun-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02036-6 PMID:40483536	研究论文	该研究通过单细胞转录组测序揭示了复发性胶质瘤中新的上皮-基质相关间充质样亚群	发现了复发性胶质母细胞瘤中富含EMT相关基因（如EGR1和SERPINE1）的新型间充质样亚群，并验证了这些亚群在肿瘤侵袭和复发中的关键作用	样本量相对较小（52例），且仅针对IDH野生型胶质母细胞瘤	探索驱动胶质瘤复发的转录和调控机制，特别是间充质样亚群的作用	52例IDH野生型胶质母细胞瘤标本（26例原发性和26例复发性肿瘤）	数字病理学	胶质瘤	单核RNA测序、空间转录组学、基因调控网络分析、拷贝数变异检测、非负矩阵分解	NA	转录组数据、空间转录组数据	52例IDH野生型胶质母细胞瘤标本
139	2025-06-11	Heterogeneous characteristics of γδ T cells in peripheral blood of diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jun-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00795-x PMID:40483533	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者外周血中γδ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次在DLBCL患者中鉴定出6种不同的γδ T细胞亚群，并发现TIGIT高表达的γδ T细胞亚群与不良预后显著相关	样本量较小(6例患者和3例健康对照)，需要更大规模的队列验证	探究DLBCL患者外周血中γδ T细胞的异质性及其临床意义	弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者和健康个体的外周血样本	肿瘤免疫学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	9例血液样本(6例DLBCL患者和3例健康个体)
140	2025-06-11	A reflux linked GATA factor fulcrum dictates lineage commitment through GPRC5B during the esophageal dysplastic transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	研究论文	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生过渡期间对肿瘤发生的影响机制	发现了GATA因子在BE-HGD-EAC过渡中的关键作用，并确定了GATA诱导的GPRC5B作为HGD向EAC进展的功能标志物和潜在驱动因子	研究主要基于体外实验和TCGA数据分析，需要更多体内实验验证	阐明GATA家族成员在食管腺癌发生过程中的作用机制	食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生过渡	癌症生物学	食管癌	RNAseq分析、shRNA/CRISPR基因沉默、空间转录组学、器官芯片（OOAC）研究	NA	基因表达数据、空间转录组数据	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）、TCGA数据集