单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-27	Multi-omics analysis untangles the crosstalk between intratumor microbiome, lactic acid metabolism and immune status in lung squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1603822 PMID:40568577	研究论文	通过多组学分析探讨肺鳞状细胞癌中肿瘤内微生物组、乳酸代谢与免疫状态之间的相互作用	发现了两种基于乳酸代谢的亚型，具有不同的临床结果和生物学特性，并开发了基于组织病理学图像的深度学习模型来预测这些亚型	研究结果需要进一步验证，特别是在其他癌症类型中的适用性	探讨乳酸代谢模式与肺鳞状细胞癌肿瘤生物学的关系及其潜在的临床意义	肺鳞状细胞癌（LUSC）	数字病理学	肺癌	多组学分析（转录组、基因组、微生物组、数字病理学）	深度学习模型、机器学习算法	转录组数据、基因组数据、微生物组数据、组织病理学图像	多个数据集（具体样本数量未提及）
122	2025-06-27	Dual function of Gasdermin E: pyroptosis-mediated pan-cancer suppression versus HCC-specific oncogenic activity 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626311 PMID:40568597	research paper	该研究探讨了Gasdermin E（GSDME）在肿瘤发生中的双重作用，既作为肿瘤抑制因子又作为肿瘤促进因子	揭示了GSDME在肝细胞癌（HCC）中的异常过表达模式及其通过非焦亡机制促进免疫抑制和抗PD-1治疗抵抗的作用	当前研究面临三大挑战：阐明HCC中GSDME过表达的机制、澄清非焦亡促肿瘤途径的分子枢纽以及开发控制GSDME功能转换的精准策略	研究GSDME在肿瘤发生中的双重作用及其在HCC中的特异性致癌活性	Gasdermin E（GSDME）及其在多种癌症（包括胃癌、结直肠癌、乳腺癌和肝细胞癌）中的作用	肿瘤学	肝细胞癌（HCC）	单细胞多组学和空间转录组学	NA	NA	NA
123	2025-06-27	FABP5+ macrophages contribute to lipid metabolism dysregulation in type A aortic dissection 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113438 PMID:39447410	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了FABP5+巨噬细胞在A型主动脉夹层脂质代谢紊乱中的作用	首次系统评估了非免疫细胞与免疫细胞在主动脉夹层中的相互作用及其对代谢的影响，并发现了FABP5+巨噬细胞的新作用	研究结果需要在更大规模的临床样本中进一步验证	阐明A型主动脉夹层中脂质代谢紊乱的机制	A型主动脉夹层患者和小鼠模型	代谢组学	心血管疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂质代谢组学	NA	RNA测序数据, 代谢组数据	TAAD患者和小鼠模型（具体数量未说明）
124	2025-06-27	Spatial Proteomics towards cellular Resolution 2024-Dec-25, Expert review of proteomics IF:3.8Q1 DOI:10.1080/14789450.2024.2445809 PMID:39710940	review	本文综述了基于非靶向质谱的空间蛋白质组学工作流程及其在细胞分辨率方向上的最新进展	强调了组织解剖、样本处理、生物信息学和液相色谱-质谱技术在推动空间蛋白质组学向细胞分辨率发展中的最新进展	需要进一步发展数据分析和自动化智能组织解剖技术，以及高通量LC-MS分析	推动空间蛋白质组学向细胞分辨率发展，以更深入地理解组织微环境的分子水平空间组织	组织微环境中的基因表达、遗传变异、蛋白质表达和代谢物/脂质分布	空间生物学	NA	非靶向质谱（MS）、液相色谱-质谱（LC-MS）	NA	蛋白质组数据	NA
125	2025-06-27	Prostate luminal cell plasticity and cancer 2024-Dec-25, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217430 PMID:39730086	综述	本文综述了前列腺癌中细胞可塑性的研究进展及其在治疗抵抗中的作用	总结了利用免疫活性基因工程小鼠模型研究前列腺癌进展中细胞可塑性和克隆动态变化的最新成果	未明确阐述表观遗传改变如何影响肿瘤免疫原性的具体机制	探讨前列腺癌细胞可塑性在疾病发展和治疗抵抗中的作用	前列腺癌细胞可塑性及其与肿瘤微环境和表观遗传调控的关系	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、遗传谱系追踪	基因工程小鼠模型	NA	NA
126	2025-06-27	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的ST数据	未明确提及	开发一种计算高效的降维方法，以处理高分辨率空间转录组数据	空间转录组(ST)数据	生物信息学	NA	随机两阶段主成分分析(PCA)框架	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集(10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和10x Xenium)，涉及人类和小鼠组织
127	2025-06-27	Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma 2024-Oct-31, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14111394 PMID:39595571	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，将DNMT3B和PFKFB4的转录谱与肝母细胞瘤的转移特性联系起来	发现DNMT3B和PFKFB4的双重过表达与肝母细胞瘤患者的转移风险相关，并开发了一个代谢评分作为独立的转移预测指标	研究样本可能有限，且未在独立队列中进行验证	探索肝母细胞瘤中代谢酶的过表达与转移风险的关系	肝母细胞瘤患者和非癌肝组织	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序	ElasticNet, 逻辑回归	转录组数据	GSE131329转录组数据集中的样本
128	2025-06-27	Single-cell RNA sequencing data analysis utilizing multi-type graph neural networks 2024-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108921 PMID:39059210	研究论文	本文提出了一种利用多类型图神经网络（scDMG）进行单细胞RNA测序数据分析的新模型	scDMG模型结合了去噪自编码器和多类型图神经网络，能够学习细胞间拓扑信息和scRNA-seq数据的潜在表示，有效处理数据降维、去噪和分类问题	未明确提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据分析中的降维、去噪和聚类问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	去噪自编码器（DAE）、多类型图神经网络（GNN）、ZINB模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
129	2025-06-27	Identification of miRNA signature in cancer-associated fibroblast to predict recurrent prostate cancer 2024-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108989 PMID:39142223	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，建立了一个与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的microRNAs模型，用于预测前列腺癌的复发	首次建立了一个基于9种CAFs相关miRNAs的预后模型，用于预测前列腺癌的生化复发，并确定了NVP-TAE684作为潜在的治疗药物	研究样本量较小，仅涉及34名前列腺癌患者，且未在其他独立队列中进行验证	开发一个CAFs相关的miRNAs模型，用于预测前列腺癌的预后和指导个体化精准治疗	前列腺癌患者的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	生物信息学	前列腺癌	scRNA-seq, buRNA-seq, qRT-PCR, CCK8, 伤口愈合实验, 克隆形成实验, 细胞迁移实验, 小鼠异种移植模型	Lasso, Random Forest, SVM	RNA测序数据	34名前列腺癌患者的样本
130	2025-06-27	APOE Christchurch enhances a disease-associated microglial response to plaque but suppresses response to tau pathology 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.03.597211 PMID:38895362	研究论文	研究APOE Christchurch变异对淀粉样斑块和tau病理的微胶质细胞反应的影响	揭示了APOE Christchurch变异在不同病理模型中调节微胶质细胞反应的双重作用	研究仅基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探究APOE Christchurch变异如何发挥其对阿尔茨海默病的保护作用	5xFAD淀粉样变性小鼠模型和PS19 tau病变小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	免疫组织化学、生化分析、单细胞空间转录组学和蛋白质组学	小鼠模型	分子和细胞数据	未明确说明，但涉及两种小鼠模型
131	2025-06-27	Single-cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579846 PMID:38370670	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用机制	首次发现FABP4和FABP5在PAH内皮细胞中的异常表达及其通过促进糖酵解和远端动脉编程加剧血管重塑的机制	研究主要基于动物模型和有限的患者样本，临床转化需要进一步验证	阐明肺动脉高压的细胞分子机制并开发新的治疗靶点	肺动脉内皮细胞（PAECs）和肺动脉高压动物模型	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组分析	NA	转录组数据	IPAH患者血浆样本、PH大鼠和基因敲除小鼠模型
132	2025-06-27	Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells 2024-Apr, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2024.2402191 PMID:39299930	研究论文	通过多组学方法揭示羟基氯喹耐药性的非自噬相关转录机制	研究发现羟基氯喹耐药性主要通过转录可塑性而非自噬途径实现，揭示了多种与耐药性相关的转录途径	研究仅针对OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞，可能不适用于其他癌症类型	探究羟基氯喹耐药性的分子机制	OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞	癌症研究	卵巢癌,结直肠癌	RNA-seq, exome-seq, scRNA-seq, CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据,转录组数据	两种癌细胞系（OVCAR3和CCL218）
133	2025-06-27	Solute carrier (SLC) expression reveals skeletogenic cell diversity 2023-11, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2023.08.004 PMID:37611888	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示海胆胚胎发育过程中细胞类型的多样性，特别是通过转运蛋白表达模式识别细胞功能差异	利用转运蛋白表达模式进行细胞聚类，揭示了传统基因调控状态分类方法未能发现的细胞功能多样性	研究仅针对紫色海胆晚期原肠胚阶段，结果可能不适用于其他发育阶段或物种	探索胚胎发育过程中细胞功能多样性的分子基础	紫色海胆（Strongylocentrotus purpuratus）晚期原肠胚阶段的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
134	2025-06-26	A multimorphic variant in ThPOK causes an inborn error of immunity with T cell defects and fibrosis 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241174 PMID:40392549	研究论文	本文报道了由ThPOK基因变异引起的首例人类疾病，该变异导致T细胞缺陷和纤维化	首次发现ThPOK基因的致病性变异，揭示了其在CD4+ T细胞发育、TCR激活及纤维化调控中的新作用	研究仅基于单个患者，样本量有限	探究ThPOK基因变异对人类免疫系统及纤维化的影响	一名携带ThPOKK360N变异的患者及其细胞模型	免疫学	免疫缺陷病	单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、转录组数据	1名患者及其细胞模型
135	2025-06-26	Nuclear Profilin-1 for DNA Damage Repair Is Involved in Phagocytic Impairment of Senescent Microglia 2025-Aug, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70028 PMID:40317528	研究论文	本研究探讨了profilin-1（PFN1）在DNA损伤修复中的作用及其与衰老小胶质细胞吞噬功能受损的关系	首次揭示了PFN1在DNA双链断裂（DSBs）修复中的核质转运机制及其与衰老小胶质细胞功能障碍的关联	研究主要基于体外实验和公开的单细胞RNA测序数据，缺乏直接的人体组织验证	阐明PFN1在DNA损伤修复中的作用及其对衰老小胶质细胞功能的影响	小胶质细胞	细胞生物学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	体外培养的小胶质细胞及公开的小鼠脑部单细胞RNA测序数据
136	2025-06-26	Integrated ultrasensitive metabolomics and single-cell transcriptomics identify crucial regulators of sheep oocyte maturation and early embryo development in vitro 2025-Jul, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.040 PMID:39233000	研究论文	本研究通过超灵敏代谢组学和单细胞转录组学技术，确定了促进绵羊卵母细胞体外成熟和早期胚胎发育的关键代谢物	首次整合超灵敏代谢组学和单细胞转录组学技术分析微量样本，识别出体外培养系统中缺乏的关键代谢物甜菜碱和左旋肉碱	研究仅针对绵羊卵母细胞和早期胚胎，结果在其他物种中的适用性有待验证	提高绵羊卵母细胞的发育能力，改善体外培养系统	绵羊卵母细胞和早期胚胎	生殖生物学	NA	超灵敏代谢组学分析、单细胞RNA-seq	NA	代谢组数据、转录组数据	微量卵母细胞和胚胎样本
137	2025-06-26	Superloaded Multiplexed scRNA-seq Data Preserves Primary Immune Cell Heterogeneity but Necessitates Stringent Doublet Removal 2025-Jul, Immunological investigations IF:2.9Q3 DOI:10.1080/08820139.2025.2457039 PMID:39882751	研究论文	本文研究了超载多路复用scRNA-seq数据对原代免疫细胞异质性的影响及双联体去除的必要性	比较了标准加载和超载对多路复用单细胞基因表达和T细胞受体数据的影响，并提出了基于TCR配置的双联体去除步骤以提高T细胞分析的准确性	研究仅针对人类胸腺和血液样本，可能不适用于其他组织或物种	评估超载多路复用scRNA-seq数据对细胞异质性和双联体率的影响	人类胸腺和血液样本中的免疫细胞	单细胞测序	NA	scRNA-seq, TCR测序	NA	基因表达数据, TCR数据	人类胸腺和血液样本
138	2025-06-26	HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer 2025-Jul, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2025.2477443 PMID:40126194	研究论文	本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1介导的ATG5泛素化和降解，逆转自噬介导的5-氟尿嘧啶耐药性，从而增强结直肠癌对化疗的敏感性	首次发现HMBOX1通过调控HACE1介导的ATG5泛素化和降解来抑制自噬，从而逆转5-FU耐药性	研究主要基于细胞和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索结直肠癌化疗耐药性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞和组织	癌症生物学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	结直肠癌患者的组织和细胞样本
139	2025-06-26	The Role of Omics Techniques in Diabetic Wound Healing: Recent Insights into the Application of Single-Cell RNA Sequencing, Bulk RNA Sequencing, Spatial Transcriptomics, and Proteomics 2025-Jul, Advances in therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12325-025-03212-9 PMID:40381157	综述	本文综述了组学技术在糖尿病伤口愈合中的最新应用，包括单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学	总结了组学技术在糖尿病足溃疡研究中的最新应用，并强调了这些技术在开发新型靶向治疗中的潜力	未具体提及研究的局限性	探讨组学技术在糖尿病伤口愈合研究中的应用及其对开发新型治疗方法的潜在贡献	糖尿病足溃疡(DFUs)的分子功能和机制	数字病理	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、空间转录组学、蛋白质组学	NA	分子数据	NA
140	2025-06-26	scRNA-Seq and Bulk-Seq Identify Novel Markers Associated With Calcium Regulation and Immunomodulation in Acute Pancreatitis 2025-Jul-01, Pancreas IF:1.7Q3 DOI:10.1097/MPA.0000000000002421 PMID:40536508	研究论文	通过scRNA-Seq和Bulk-Seq分析，识别与急性胰腺炎钙调节和免疫调节相关的新标记物	构建了一个包含6个DElncRNAs、38个miRNAs和215个DEmRNAs的ceRNA网络，并识别出5个候选mRNAs和5个候选lncRNAs，这些基因可能与钙信号通路相关	研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中进行验证	深入理解急性胰腺炎的发病机制并识别新的潜在生物标记物	急性胰腺炎（AP）患者和小鼠模型	生物信息学	急性胰腺炎	scRNA-Seq, Bulk RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量