单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-09-29	Shedding Light on Patterns of Unconventional Expression of Opsin Genes in Hydra vulgaris 2025-Sep-26, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf100 PMID:40581592	研究论文	本研究通过分析水螅的单细胞RNA测序数据，揭示了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非常规表达模式	首次系统性地描述了水螅中视蛋白基因在非神经元细胞类型中的广泛表达，并发现其在发育过程中的动态表达模式	研究基于已发表的测序数据，缺乏实验验证视蛋白在非神经元细胞中的具体功能	探究刺胞动物中非神经元细胞视蛋白表达的普遍性及其潜在功能	淡水水螅(Hydra vulgaris)的细胞类型和分化状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ATAC-seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	基于已发表的水螅单细胞测序数据集
122	2025-09-29	Chromosomal instability degrades developmental phenotypes essential for anti-GD2 immunotherapy outcomes in high-risk neuroblastoma 2025-Sep-26, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102375 PMID:41015032	研究论文	本研究通过分析840例高风险神经母细胞瘤样本，揭示了染色体不稳定性通过降解发育表型影响抗GD2免疫治疗效果的机制	首次将染色体11q缺失与神经母细胞瘤发育表型退化联系起来，并发现这种退化会损害抗GD2免疫治疗效果	仅分析了19对活检样本进行克隆进化研究，样本量有限	探索高风险神经母细胞瘤多模式治疗（含抗GD2免疫治疗）后的基因组相关性及治疗效果机制	高风险神经母细胞瘤患者肿瘤样本	癌症基因组学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序，基因组分析	NA	基因组数据，RNA测序数据	840个肿瘤样本，19对活检样本
123	2025-09-29	SPP1-Mediated Crosstalk Between Macrophage and Fibroblasts Promotes Benign Airway Stenosis 2025-Sep-26, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110627 PMID:41015147	研究论文	本研究通过大鼠模型和体外共培养系统揭示了M2巨噬细胞通过SPP1介导的信号通路促进良性气道狭窄的纤维化机制	首次发现SPP1介导的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用在良性气道狭窄中的关键作用，并证实雷帕霉素可通过抑制该通路改善气道通畅性	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床验证	阐明M2巨噬细胞在良性气道狭窄发病机制中的作用	SD大鼠模型、人肉芽组织来源的成纤维细胞、正常气道组织成纤维细胞	病理机制研究	良性气道狭窄	单细胞RNA测序、生物信息学分析、体外共培养系统	SD大鼠气道狭窄模型	基因表达数据、组织病理学数据	SD大鼠分为5个实验组（正常对照组和建模后第1、4、7、14天组）
124	2025-09-29	Integrated single-cell transcriptomics and Mendelian randomization identify neutrophil-associated biomarker genes in colorectal cancer 2025-Sep-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03452-9 PMID:40996626	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学与孟德尔随机化分析，识别出结直肠癌中与中性粒细胞相关的关键生物标志物基因PRDX1和FTH1	首次结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和共定位分析系统鉴定中性粒细胞相关基因在结直肠癌中的因果作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限	揭示中性粒细胞浸润在结直肠癌中的作用机制并识别关键基因	结直肠癌患者的中性粒细胞及相关基因	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)、共定位分析(coloc)、免疫组化验证	NA	基因表达数据、eQTL数据	来自GEO数据库(GSE231559)和BioBank Japan(BBJ-a-107)的多个独立队列
125	2025-09-29	Identification of immunosuppressive CD4+ T-cell subtype and construction of prognostic model for hepatocellular carcinoma 2025-Sep-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03556-2 PMID:40996677	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序鉴定肝细胞癌中免疫抑制性CD4+ T细胞亚型并构建预后模型	首次识别SPP1+TNFRSF18+ CD4+ T细胞作为肝细胞癌免疫逃逸的关键驱动因素，并构建基于9个基因的预后预测模型	样本量相对有限（16例患者），需要更大规模队列验证	阐明CD4+ T细胞在肝细胞癌免疫逃逸中的作用机制并开发预后预测工具	肝细胞癌患者肿瘤组织中的免疫细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、GSVA、SCENIC、CellChat、LASSO Cox回归、分子对接和动力学模拟	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	16例肝细胞癌患者（GSE149614），TCGA-LIHC队列和GSE109211验证队列
126	2025-09-29	A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes 2025-Sep-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63543-7 PMID:40998762	研究论文	本研究揭示了淋巴结淋巴管内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原长期存档的机制	首次定义了抗原存档淋巴管内皮细胞的独特转录程序，并证明该程序能预测不同疾病状态和物种中的抗原存档能力	NA	探究淋巴管内皮细胞如何实现持久抗原存档及其独特转录特征	小鼠和人类淋巴结中的淋巴管内皮细胞及树突状细胞	生物信息学	传染病	单细胞测序、空间转录组学	机器学习	基因表达数据	多个时间点的免疫后淋巴结组织样本
127	2025-09-29	Tabersonine inhibits inflammation and apoptosis through the JAK1/STAT3 signaling pathway to alleviate LPS-induced acute lung injury 2025-Sep-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17885-3 PMID:40998926	研究论文	本研究探讨塔博赛宁通过JAK1/STAT3信号通路抑制炎症和细胞凋亡，缓解LPS诱导的急性肺损伤的作用机制	首次通过网络药理学预测结合实验验证，发现塔博赛宁通过JAK1/STAT3通路治疗急性肺损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行临床验证	探究塔博赛宁治疗急性肺损伤的分子机制	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型和RAW264.7巨噬细胞系	分子药理学	急性肺损伤	网络药理学、单细胞转录组分析、分子对接、Western blot、流式细胞术	动物模型、细胞模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	GSE225664单细胞转录组数据集、LPS诱导的小鼠模型和RAW264.7细胞系
128	2025-09-29	Single-Cell transcriptomic profiles of peripheral blood immune cells reveal early monocyte and platelet activation in the transition from high-risk states to clinical sepsis 2025-Sep-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17078-y PMID:40998960	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示外周血免疫细胞在脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中的早期单核细胞和血小板激活特征	首次在单细胞水平上系统描绘脓毒症发展过程中免疫细胞的转录组重编程，发现S100A8/A9和IFITM2/3核心基因集在高风险阶段和临床脓毒症中的持续上调	研究样本量相对有限，需要在更大规模队列中验证发现	阐明从高风险状态向临床脓毒症转变过程中的免疫细胞变化机制	健康对照、高风险个体和临床脓毒症患者的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	包含健康对照、高风险个体、临床脓毒症患者，以及极早产脓毒症婴儿和糖尿病老年患者的独立队列
129	2025-09-29	Evaluation of cell type annotation reliability using a large language model-based identifier 2025-Sep-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08745-x PMID:40998963	研究论文	开发了一种基于大语言模型的细胞类型标识工具LICT，用于评估单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的可靠性	首次将大语言模型与多模型集成和'人机对话'方法相结合，用于细胞类型注释可靠性评估	NA	解决单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	大语言模型	基因表达数据	多个不同数据集
130	2025-09-29	MitoDelta: identifying mitochondrial DNA deletions at cell-type resolution from single-cell RNA sequencing data 2025-Sep-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11931-0 PMID:40999372	研究论文	开发了首个从单细胞RNA测序数据中检测细胞类型特异性线粒体DNA缺失的计算流程MitoDelta	首个专门从单细胞RNA测序数据检测细胞类型特异性mtDNA缺失的方法，利用mtDNA高拷贝数和稳定转录的特性	NA	开发检测细胞类型特异性线粒体DNA缺失的计算方法	线粒体DNA缺失变异	生物信息学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	beta-二项分布模型	单细胞转录组数据	已发表的帕金森病单核RNA测序数据集
131	2025-09-29	EMB is essential for enteric nervous system development mediated by PI3K signaling 2025-Sep-25, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01538-1 PMID:40999499	研究论文	本研究揭示了EMB通过PI3K信号通路调控肠道神经系统发育的重要机制	首次发现EMB通过招募PP2A至细胞膜促进PI3K-AKT通路激活，从而调控肠道神经嵴细胞发育	PI3K或AKT激动剂仅能部分恢复斑马鱼emb突变体的ENS发育缺陷	探究EMB在肠道神经系统发育中的功能及其分子机制	肠道神经嵴细胞(ENCCs)	发育生物学	先天性巨结肠症(HSCR)	scRNA-seq、免疫荧光染色、基因敲除、迁移实验、类器官培养	斑马鱼和小鼠基因敲除模型	基因表达数据、表型数据、患者变异数据	斑马鱼和小鼠模型，以及HSCR患者队列
132	2025-09-29	Tumor-derived CCL5 recruits CCR1+ macrophages to suppress apoptosis and drive proliferation in duodenal adenocarcinoma 2025-Sep-25, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.218064 PMID:41015267	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了十二指肠腺癌中肿瘤细胞通过分泌CCL5招募CCR1+巨噬细胞抑制细胞凋亡并促进增殖的机制	首次在十二指肠腺癌中发现CCL5/CCR1轴介导的肿瘤-巨噬细胞互作机制，并证明靶向该轴可增强化疗效果	研究样本量有限，需要更大规模验证	阐明十二指肠腺癌肿瘤微环境中肿瘤细胞与免疫细胞的相互作用机制	十二指肠腺癌患者肿瘤组织及匹配的正常组织	肿瘤免疫学	十二指肠腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，患者来源类器官培养，转录组分析	患者来源类器官模型	RNA测序数据，功能实验数据	十二指肠腺癌患者肿瘤及匹配正常组织样本
133	2025-09-29	Molecular Insights into the Role of Tumor-specific Endothelial Cells in Metastasis 2025-Sep-25, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104964 PMID:41015325	综述	探讨肿瘤特异性内皮细胞在肿瘤转移中的作用机制及靶向治疗策略	系统阐述肿瘤特异性内皮细胞区别于正常内皮细胞的独特基因表达特征及其在转移和免疫逃逸中的双重作用机制	NA	阐明肿瘤特异性内皮细胞在肿瘤进展中的功能并探索相关靶向治疗策略	肿瘤特异性内皮细胞	肿瘤生物学	癌症	单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	分子表达数据	NA
134	2025-09-29	Mechanically activated snai1b coordinates the initiation of myocardial delamination for trabeculation 2025-Sep-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62285-w PMID:40993149	研究论文	本研究揭示机械激活的snai1b阳性心肌细胞通过启动分层过程协调心脏肌小梁形成的机制	首次发现snai1b阳性心肌细胞在机械力激活下启动分层过程，且这些细胞不表现典型的上皮-间质转化特征	研究主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性需进一步验证	探究心肌细胞分层和肌小梁形成的分子机制	斑马鱼胚胎心肌细胞	发育生物学	心血管疾病	CRISPR激活/抑制、单细胞转录组测序、空间转录组学、4-D应变分析	斑马鱼模型	基因表达数据、影像数据	4天受精后斑马鱼心室心肌细胞
135	2025-09-29	Lung NR3C1+ and CXCR6high T cells distinguish immunopathogenesis of human emphysema 2025-Sep-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08698-1 PMID:40993192	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示肺气肿中T细胞亚群的免疫病理特征	首次发现NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞亚群在肺气肿中的特异性分布及其与肺功能的相关性	研究样本量有限，仅基于两个独立单细胞测序数据集	探究T细胞在吸烟者慢性阻塞性肺疾病肺气肿发病机制中的作用	人类肺组织样本中的T细胞亚群	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	两个独立的人类肺组织单细胞测序数据集
136	2025-09-29	Multi-omics integration reveals key miRNAs, immune inflammation, and signaling pathways in Alzheimer's disease: Implications for targeted therapy 2025-Sep-24, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147874 PMID:41005404	研究论文	通过多组学整合分析揭示了阿尔茨海默病中关键miRNAs、免疫炎症和信号通路的作用	整合三种组学数据集识别AD相关关键基因和信号通路，提出免疫调节与神经再生相结合的治疗框架	候选miRNAs对成熟神经元标志物影响有限，需要合适的神经元环境才能诱导神经元分化	阐明阿尔茨海默病的分子机制并探索靶向治疗策略	阿尔茨海默病患者的多组学数据（miRNA-seq、RNA-seq、单细胞转录组）和神经元细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	多组学分析、miRNA-seq、RNA-seq、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据	三种组学数据集（具体样本数量未明确说明）
137	2025-09-29	Amyloid-β-driven Alzheimer's disease reshapes the colonic immune system in mice 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116109 PMID:40885186	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了阿尔茨海默病小鼠模型中结肠免疫系统的变化及其与大脑的关联	首次在阿尔茨海默病模型中系统揭示肠道免疫系统变化与大脑免疫细胞迁移的关联，并发现菊粉益生元纤维的干预效果	研究基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探索阿尔茨海默病中肠脑轴的免疫学特征	5XFAD淀粉样蛋白小鼠模型的结肠免疫细胞和大脑组织	免疫学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序，流式细胞术，生物信息学分析	NA	基因表达数据，流式细胞数据	5XFAD阿尔茨海默病小鼠模型
138	2025-09-29	Single-cell RNA sequencing in high-burden viral respiratory infections: Decoding immune cell subsets and immune-related differential gene expression 2025-Sep-23, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases DOI:10.1016/j.meegid.2025.105834 PMID:40998072	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在高负担病毒性呼吸道感染研究中的应用，重点解析免疫细胞亚群和免疫相关差异基因表达	系统总结了scRNA-seq在揭示COVID-19和流感等病毒感染中新型免疫细胞亚群和关键生物标志物方面的最新发现	在其他微生物来源的呼吸道感染中应用有限	解析高负担病毒性呼吸道感染的免疫景观和分子机制	人类外周血、支气管肺泡灌洗液、小鼠肺组织及外植体	生物信息学	呼吸道感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	来自人类和小鼠模型的多个公开数据集
139	2025-09-29	A multi-omic analysis to investigate the causal associations between circulating proteins and risk of spontaneous abortion and their potential implications 2025-Sep-22, JBRA assisted reproduction DOI:10.5935/1518-0557.20250031 PMID:40674570	研究论文	通过孟德尔随机化分析循环蛋白与自然流产风险的因果关系	整合多组学数据（蛋白质组、转录组）探索自然流产的遗传机制和细胞类型特异性表达	排除了性别间差异表达的蛋白质，可能存在遗漏重要生物标志物的风险	探究循环蛋白与自然流产风险的因果关系及潜在治疗靶点	自然流产相关遗传变异和循环蛋白	生物信息学	自然流产	孟德尔随机化、pQTL分析、KEGG通路富集、单细胞转录组分析	NA	遗传数据、蛋白质表达数据、单细胞转录组数据	NA
140	2025-09-29	Orlistat Confers Neuroprotection in Traumatic Brain Injury by Modulating Microglial Lipid Metabolism 2025-Sep-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14181469 PMID:41002434	研究论文	本研究探讨奥利司他通过调节小胶质细胞脂质代谢在创伤性脑损伤中的神经保护作用	首次发现奥利司他通过靶向小胶质细胞脂蛋白脂肪酶介导的神经炎症发挥神经保护作用	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	探索奥利司他在创伤性脑损伤中的神经保护潜力及作用机制	小鼠创伤性脑损伤模型和小胶质细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、分子对接、转录组学、代谢组学	小鼠TBI模型	行为学数据、组织学数据、分子数据	未明确样本数量的小鼠模型