单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-07-25	Prognostic significance of somatic mutations in myeloid cells of men with chronic heart failure - interaction between loss of Y chromosome and clonal haematopoiesis 2025-Jul-24, European journal of heart failure IF:16.9Q1 DOI:10.1002/ejhf.3778 PMID:40702883	研究论文	探讨男性慢性心力衰竭患者骨髓细胞中体细胞突变的预后意义，特别是Y染色体缺失与克隆性造血之间的相互作用	首次揭示Y染色体缺失(LOY)与克隆性造血(CHIP)在慢性心力衰竭患者中的相互作用及其对预后的影响	研究仅针对男性患者，未包括女性患者的数据	评估LOY和CHIP突变对慢性心力衰竭患者预后的影响	781名男性慢性心力衰竭患者	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	781名男性慢性心力衰竭患者
122	2025-07-25	Enhancing and accelerating cell type deconvolution of large-scale spatial transcriptomics slices with dual network model 2025-Jul-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf419 PMID:40704686	研究论文	提出一种名为jMF2D的双网络模型，用于增强和加速大规模空间转录组切片的细胞类型反卷积	jMF2D通过联合学习细胞类型相似性网络，整合scRNA-seq和空间转录组数据，提高了反卷积的准确性和效率，节省了约90%的运行时间	未明确提及具体局限性	开发一种高效准确的细胞类型反卷积算法，用于分析空间转录组数据	scRNA-seq和空间转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组	非负矩阵分解算法（jMF2D）	RNA-seq数据	多种平台生成的不同数据集
123	2025-07-25	Single-Cell RNA Sequencing of Murine Limbal Epithelia Reveals Gas1 as a Novel Stem/Progenitor Cell Marker for the Corneal Epithelium 2025-Jul-24, Cornea IF:1.9Q2 DOI:10.1097/ICO.0000000000003938 PMID:40704715	研究论文	通过单细胞RNA测序技术发现Gas1作为角膜上皮干细胞/祖细胞的新标记物	首次发现Gas1作为角膜上皮干细胞/祖细胞的新标记物，可用于识别和富集这些细胞	研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人类样本中验证	鉴定角膜上皮干细胞/祖细胞的标记物	鼠类角膜缘上皮细胞	数字病理学	角膜疾病	scRNA-seq, SmartSeq-2, 流式细胞术, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	5至60周龄小鼠
124	2025-07-25	Early immune response to Coccidioides is characterized by robust neutrophil and fibrotic macrophage recruitment and differentiation 2025-Jul-24, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.00442-25 PMID:40704794	research paper	该研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序技术，探究了早期免疫系统对球孢子菌的反应，特别是中性粒细胞和纤维化巨噬细胞的招募与分化	揭示了PD-L1中性粒细胞和Spp1巨噬细胞在炎症和纤维化中的关键作用，为治疗干预提供了潜在靶点	研究使用的是高剂量减毒菌株的小鼠模型，可能与人类自然感染情况存在差异	阐明球孢子菌病严重进展的免疫学机制	小鼠肺部早期免疫反应	免疫学	球孢子菌病(山谷热)	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本量(小鼠模型)
125	2025-07-25	Decoding epithelial-fibroblast interactions in lung adenocarcinoma through single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06250-6 PMID:40705084	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，解析了肺腺癌中上皮细胞与成纤维细胞间的相互作用及其在肿瘤微环境中的动态变化	整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了肺腺癌中上皮细胞与成纤维细胞亚群的关键互作及其在肿瘤进展中的作用	样本量相对较小（21例患者），可能限制了结果的普遍性	揭示肺腺癌肿瘤微环境中上皮细胞与基质细胞的相互作用及其在肿瘤进展中的角色	肺腺癌患者的上皮细胞和成纤维细胞亚群	数字病理学	肺腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, CNV分析	Seurat, Harmony, CellChat, MEBOCOST, CellTrek	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	21例肺腺癌患者
126	2025-07-25	Identification of key targets and exploration of therapeutic molecular mechanisms of natural compound tangeretin in osteosarcoma 2025-Jul-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03221-8 PMID:40705154	研究论文	本研究通过综合方法鉴定了天然化合物tangeretin在骨肉瘤治疗中的关键靶点，并探索了其抗肿瘤分子机制	首次结合WGCNA、网络药理学和单细胞测序技术，系统性地揭示了tangeretin在骨肉瘤中的治疗靶点和作用机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索天然化合物tangeretin在骨肉瘤治疗中的分子机制和潜在靶点	骨肉瘤细胞和天然化合物tangeretin	肿瘤药理学	骨肉瘤	CCK-8检测、WGCNA、网络药理学、RT-qPCR、分子对接、单细胞测序	多基因诊断模型	基因表达数据	NA
127	2025-07-25	Identification of shared pathogenetic mechanisms between endometriosis and RSA based on comprehensive bioinformatics analysis 2025-Jul-24, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03596-1 PMID:40705269	research paper	通过综合生物信息学分析识别子宫内膜异位症和复发性自然流产之间的共同致病机制	首次发现FXYD1作为EM和RSA的共同枢纽基因，并揭示其在两种疾病中的潜在诊断价值和免疫细胞浸润相关性	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证FXYD1的功能机制	探索子宫内膜异位症和复发性自然流产的共享分子机制	子宫内膜异位症(EM)和复发性自然流产(RSA)患者的基因表达数据	生物信息学	子宫内膜异位症, 复发性自然流产	加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单细胞RNA测序, ROC分析	NA	基因表达数据	来自GSE7305(EM)和GSE165004(RSA)数据集
128	2025-07-25	Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair 2025-Jul-23, Journal of materials chemistry. B DOI:10.1039/d5tb00706b PMID:40566954	研究论文	本研究开发了一种脱细胞小肠水凝胶递送系统，用于包裹大鼠骨髓间充质干细胞（rBMSCs），通过靶向直肠给药治疗小鼠结肠炎	使用脱细胞小肠水凝胶（dSI）作为递送系统，显著提高了rBMSCs的存活率，并通过多靶点协同作用减轻炎症、氧化应激和组织损伤	未来研究需进一步探究dSI水凝胶与rBMSCs的相互作用机制，优化给药方案，并利用单细胞RNA测序技术阐明MSC在肠道微环境中的免疫调节作用	开发一种有效且安全的炎症性肠病（IBD）治疗策略	小鼠模型中的结肠炎病变	组织工程与再生医学	炎症性肠病	脱细胞技术、水凝胶封装技术	NA	NA	NA
129	2025-07-25	LineGRN: a line graph neural network for gene regulatory network inference 2025-Jul-23, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3591840 PMID:40699953	research paper	提出了一种名为LineGRN的新型线图神经网络框架，用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络	通过准确建模基因对之间的邻域关系，LineGRN有效保留了拓扑结构中的相互作用信号，并通过线图转换产生了高节点度主导的局部网络拓扑，实现了更高效的信息传播	未明确提及具体局限性	开发一种新的计算方法来更准确地推断基因调控网络	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线图神经网络（LineGRN）	scRNA-seq数据	未明确提及具体样本量
130	2025-07-25	Down-regulation of IGFBP2 mediates endometrial epithelial cells senescence in thin endometrium 2025-Jul-23, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf032 PMID:40700608	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析发现IGFBP2表达下调导致子宫内膜上皮细胞衰老，进而探讨了IGFBP2在薄型子宫内膜中的作用及其潜在治疗价值	首次揭示IGFBP2下调通过PI3K/AKT信号通路介导子宫内膜上皮细胞衰老的分子机制，并证明外源性IGFBP2蛋白具有优于已知抗衰老药物Dasatinib的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未进行临床验证	阐明薄型子宫内膜的发病机制并探索潜在治疗靶点	子宫内膜上皮细胞（原代细胞和Ishikawa细胞系）和薄型子宫内膜小鼠模型	生殖医学	薄型子宫内膜	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
131	2025-07-25	RBM17 promotes hepatocellular carcinoma progression by regulating lipid metabolism and immune microenvironment: implications for therapeutic targeting 2025-Jul-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02642-2 PMID:40702000	research paper	本研究探讨了可变剪接因子RBM17在肝细胞癌（HCC）进展中的作用，特别是其对脂质代谢和免疫微环境的调控机制	首次揭示了RBM17通过调控CSAD和HACD3前体mRNA的外显子剪接，影响taurocholic acid（T-CA）生成和脂肪酸代谢，进而促进M2巨噬细胞浸润和调节CD8 T细胞浸润的机制	研究未涉及RBM17在其他类型癌症中的作用，且临床前模型的验证仍需进一步开展	阐明RBM17在HCC进展中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌组织和细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	label-free proteomics, scRNA-seq, high throughput sequencing, FCM, LC‒MS/MS, mIF, Chip	NA	蛋白质组学数据、单细胞测序数据、质谱数据	未明确说明样本数量，涉及HCC组织和多种实验技术
132	2025-07-25	NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity 2025-Jul-23, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09303-5 PMID:40702186	研究论文	该研究探讨了NNMT在高级别浆液性卵巢癌中的作用，并开发了一种NNMT抑制剂以恢复抗肿瘤免疫力	发现NNMT通过诱导H3K27me3低甲基化驱动CAFs分泌补体，吸引免疫抑制性MDSCs到肿瘤，并开发了特异性NNMT抑制剂	研究主要在免疫活性小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	研究NNMT在肿瘤微环境中的免疫调节作用及开发相关治疗方法	高级别浆液性卵巢癌、乳腺癌和结肠癌模型	肿瘤免疫学	卵巢癌、乳腺癌、结肠癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、高通量筛选	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	多种小鼠癌症模型
133	2025-07-25	Precisely defining disease variant effects in CRISPR-edited single cells 2025-Jul-23, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09313-3 PMID:40702188	研究论文	本文提出了一种多组学单细胞测序方法，用于精确评估CRISPR编辑后单个细胞中疾病变体的功能影响	开发了一种结合基因组DNA编辑识别、转录组分析和细胞表面蛋白表达测量的多模态单细胞测序技术	未提及样本量或实验重复次数，可能影响结果的普遍性	解决非编码疾病相关等位基因功能验证的技术瓶颈	人类T细胞中的基因破坏、调控区缺失、非编码单核苷酸多态性等位基因及多重编辑效应	功能基因组学	自身免疫疾病	多组学单细胞测序（含DNA测序/转录组/表面蛋白检测）、CRISPR-Cas编辑	NA	基因组DNA序列、转录组数据、蛋白质表达数据	NA
134	2025-07-25	Transcription factors TCF4 and KLF4 respectively control the development of the DC2A and DC2B lineages 2025-Jul-23, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02208-5 PMID:40702338	研究论文	本研究通过单细胞测序等技术揭示了转录因子TCF4和KLF4分别控制DC2A和DC2B谱系发育的分子机制	首次明确了Klf4表达可将cDC谱系与pDC谱系清晰区分，并定义了两个pre-DC2亚群及其分化调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类DC细胞谱系是否遵循相同机制仍需验证	阐明常规树突状细胞(cDCs)异质性群体的发育调控机制	小鼠常规树突状细胞(cDCs)及其前体细胞	免疫学	NA	单细胞测序、转录因子命运示踪模型、条件性敲除模型、过继转移	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（小鼠细胞）
135	2025-07-25	Single-cell perspective on the Monocyte-to-HDL cholesterol ratio as a metastasis biomarker in papillary thyroid cancer 2025-Jul-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14373-9 PMID:40702447	research paper	该研究首次从单细胞角度揭示了单核细胞与高密度脂蛋白胆固醇比率（MHR）在甲状腺乳头状癌（PTC）中的潜在作用，并证实其与淋巴结转移（LNM）的显著相关性	首次从单细胞角度研究MHR在PTC中的作用，并结合临床数据和基础实验验证其作为术前LNM预测标志物的潜力	研究样本量有限，且未涉及其他类型甲状腺癌的验证	探索MHR作为PTC淋巴结转移生物标志物的潜在价值	甲状腺乳头状癌（PTC）患者及其淋巴结转移情况	digital pathology	thyroid cancer	scRNA-seq, immunohistochemistry, co-culture, Transwell assays	NA	clinical data, single-cell RNA sequencing data	来自GSE191288和GSE193581数据集的scRNA-seq数据及临床数据
136	2025-07-25	Probability of stealth multiplets in sample-multiplexing for droplet-based single-cell analysis 2025-Jul-23, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11835-z PMID:40702454	研究论文	本文研究了基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的多重捕获问题，特别是样本多重化scRNA-seq（mx-scRNA-seq）中的隐蔽多重捕获（stealth multiplets）概率	提出了隐蔽多重捕获的概念，并开发了一个理论模型来预测其概率，揭示了部分隐蔽多重捕获对数据集的影响	模型假设可能简化了实际情况，且仅针对特定类型的mx-scRNA-seq数据进行了验证	评估mx-scRNA-seq中隐蔽多重捕获的概率及其对数据完整性的影响	基于液滴的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, mx-scRNA-seq	理论模型	单细胞RNA测序数据	NA
137	2025-07-25	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2025-Jul-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03682-8 PMID:40702544	研究论文	介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征异常细胞状态轨迹并整合单细胞基因组学数据	Decipher能够联合建模和可视化正常与扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动态过程	未提及具体的技术限制或数据局限性	开发有效的计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	生物信息学	胰腺炎、急性髓性白血病、胃癌	单细胞RNA-seq	深度生成模型	基因表达数据	NA
138	2025-07-25	Amlodipine as an Immunomodulatory Agent in Cancer Therapy: Enhancing Dendritic Cell Activation in Combination with Tumor-associated Antigen 2025-Jul-23, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.07.030 PMID:40702728	研究论文	本研究探讨了氨氯地平作为免疫调节剂在癌症治疗中的作用，特别是其对树突状细胞成熟和抗肿瘤免疫的影响	发现氨氯地平能显著促进树突状细胞成熟，并与肿瘤相关抗原联合使用时增强CD8 T细胞活性，为癌症免疫治疗提供了新策略	研究仅在鼠模型中进行，尚未在临床试验中验证	探索氨氯地平在癌症免疫治疗中的潜在应用	树突状细胞和CD8 T细胞	癌症免疫治疗	乳腺癌和结肠癌	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序	NA	细胞和分子数据	4T1乳腺癌和CT26结肠癌鼠模型
139	2025-07-25	Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection 2025-Jul-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00533-25 PMID:40539781	研究论文	本文研究了针对严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)的高效中和人源单克隆抗体的分子机制	首次从SFTS幸存者中通过单细胞RNA-seq获得多种单克隆抗体，并发现SD4、SD12和SD22具有高中和活性，其中SD4和SD22对不同病毒基因型表现出32-83 pM的强效中和能力	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发针对SFTSV的有效治疗性抗体	严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)及其糖蛋白Gn	分子生物学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞RNA-seq, X射线晶体学	NA	分子结构数据	多种从SFTS幸存者获得的单克隆抗体
140	2025-07-25	Lonidamine alleviates inflammation and tissue remodeling in a mouse model of eosinophilic chronic sinusitis: A single-cell transcriptomics study 2025-Jul-22, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115258 PMID:40700828	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探讨了lonidamine在嗜酸性慢性鼻窦炎小鼠模型中的抗炎和组织重塑作用	首次揭示了HK2抑制剂lonidamine通过调控Cxcl1-Cxcr2和Ptn-Ncl信号通路减轻嗜酸性慢性鼻窦炎的炎症和组织重塑	研究仅基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究HK2抑制剂lonidamine对嗜酸性慢性鼻窦炎的治疗潜力	嗜酸性慢性鼻窦炎小鼠模型和人鼻上皮细胞(HNEpC)	单细胞转录组学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，使用人鼻上皮细胞进行体外实验