单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-07	Spatiotemporal and single-cell atlases to dissect regional specific cell types of the developing ovary 2025-Jun-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08277-4 PMID:40461746	研究论文	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了从胎儿期到成年期卵巢的时空发育图谱，揭示了卵巢发育过程中的细胞异质性和分子多样性	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了卵巢发育的时空图谱，并发现了Onecut2阳性黄体细胞的特异性空间分布及其来源	研究主要关注卵巢发育的细胞和分子层面，可能未涵盖所有生理或病理条件下的卵巢发育过程	解析卵巢发育过程中的区域特异性细胞类型及其分子机制	从胎儿期到成年期的卵巢组织	生物信息学	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从胎儿期到成年期的多个卵巢样本
122	2025-06-07	Pericytes in castration-resistant prostate cancer associated with disease progression and immunotherapy response: insights from single-cell analysis 2025-Jun-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03838-3 PMID:40462105	research paper	该研究通过单细胞分析揭示了周细胞在去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的作用及其与肿瘤微环境的相互作用，为免疫治疗提供了新策略	首次在单细胞水平鉴定CRPC特异性周细胞亚群，揭示其促肿瘤和免疫抑制特性，并证明PDGFR抑制剂与抗PD-1疗法的协同效应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探究周细胞在CRPC进展和免疫治疗抵抗中的作用机制	去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的周细胞亚群	digital pathology	prostate cancer	single-cell transcriptomics, immunofluorescence staining, bulk RNA-seq	RM-1皮下肿瘤模型	单细胞转录组数据、免疫荧光图像、RNA-seq数据	多个bulk RNA-seq和微阵列数据集，小鼠肿瘤模型
123	2025-06-07	DeepGFT: identifying spatial domains in spatial transcriptomics of complex and 3D tissue using deep learning and graph Fourier transform 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03631-5 PMID:40462157	research paper	提出了一种名为DeepGFT的新方法，通过结合深度学习和图傅里叶变换来识别空间转录组学中的空间域	DeepGFT方法首次同时建模点对点和基因对基因的关系，用于空间域识别	未明确提及方法的计算复杂度或对特定数据类型的适应性限制	提高空间转录组学中空间域识别的准确性	人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据	digital pathology	breast cancer	spatially resolved transcriptomics (SRT)	deep learning, graph Fourier transform	spatial transcriptomics data	涉及人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据，具体样本量未明确
124	2025-06-07	PDE3B and HBB are key prognostic biomarkers driving cell proliferation and regulating immune microenvironment in breast cancer 2025-Jun-03, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00470-z PMID:40462176	研究论文	本研究探讨了PDE3B和HBB在乳腺癌中的预后和功能作用，重点关注它们对细胞增殖和免疫微环境调节的贡献	首次将PDE3B和HBB鉴定为乳腺癌的预后标志物，并证实它们在细胞增殖和免疫微环境调节中的关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索乳腺癌中新的预后标志物和治疗靶点	乳腺癌细胞和肿瘤微环境	癌症研究	乳腺癌	scRNA-seq, TCGA数据分析, qRT-PCR, IHC, Western blot	LASSO回归, Kaplan-Meier生存分析	RNA测序数据, 临床数据	TCGA数据库中的乳腺癌样本和MDA-MB-231细胞系
125	2025-06-07	Transcriptional analysis of metastatic hormone-naïve prostate cancer primary tumor biopsies reveals a relevant role for SOX11 in prostate cancer cell dissemination 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03623-5 PMID:40462200	research paper	该研究首次对转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本进行了广泛的转录组学表征，揭示了SOX11在触发异型通讯中的核心作用	首次提供了mHNPC的广泛转录组学特征，并发现了SOX11在转移性特性获得中的关键作用	研究主要基于转录组学数据，可能未涵盖所有分子机制	深入理解mHNPC的分子特征及其对患者管理的影响	转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	bulk and single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	未明确提及具体样本数量
126	2025-06-07	Unraveling the genetic blueprint of doxorubicin-induced cardiotoxicity through systems genetics approaches 2025-Jun-03, Cardio-oncology (London, England) DOI:10.1186/s40959-025-00349-y PMID:40462234	研究论文	本研究通过系统遗传学方法，利用BXD重组自交系小鼠群体，探索阿霉素诱导心脏毒性的遗传基础	首次使用BXD重组自交系小鼠群体进行系统遗传学分析，识别与阿霉素心脏毒性相关的QTLs和候选基因	研究仅在小鼠模型中进行，人类临床应用的转化需要进一步验证	解析阿霉素诱导心脏毒性的遗传机制	BXD重组自交系小鼠群体	系统遗传学	心血管疾病	定量性状位点(QTL)定位、孟德尔随机化分析、超声心动图	BXD小鼠模型	基因型数据、表型数据、超声心动图数据	58个BXD品系及亲本B6和D2小鼠(每个品系/性别≥4只，3-4月龄)
127	2025-06-07	Potential regulatory mechanism of overexpression of phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U on the glycolytic pathway in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-03, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149603 PMID:40473062	研究论文	探讨磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成U类(PIGU)在肝细胞癌(HCC)糖酵解中的潜在分子调控机制	首次综合运用多种组学数据和CRISPR敲除技术，揭示了PIGU通过调控糖酵解途径促进HCC发展的新机制	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证	探索PIGU在HCC糖酵解中的调控作用及其分子机制	肝细胞癌(HCC)细胞系(SMMC-7721和Huh7)	肿瘤代谢	肝癌	RNA测序(bulk RNA和scRNA-seq)、CRISPR敲除、免疫组化(IHC)、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞数据	3773例HCC样本(bulk RNA)、234例HCC样本(IHC和蛋白质组学)、22861个HCC细胞(scRNA-seq)
128	2025-06-07	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model (CLMPM): Integrating Single cell and Spatial Transcriptome Analysis with Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	该研究整合单细胞和空间转录组分析与病理组学，开发了一个预测结直肠癌肝转移风险的深度学习模型CLMPM	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，识别了肝转移触发恶性细胞（LMTMCs），并开发了基于ResNet18架构的深度学习模型CLMPM	模型在外部验证集SWMU-ATCMH中的AUC为0.72，性能有所下降	提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, ST, 多组学细胞通讯分析, OCLR算法	ResNet18	全切片图像（WSIs）, bulk RNA-seq数据	TCGA-CRC组织学图像内部测试集，以及外部独立验证集SWMU-AH和SWMU-ATCMH队列
129	2025-06-07	Transcriptional landscape of aniridia-associated keratopathy through single-cell RNA sequencing 2025-Jun-03, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.05.008 PMID:40473205	research paper	通过单细胞RNA测序揭示无虹膜相关角膜病变的转录景观	首次使用单细胞RNA测序技术分析无虹膜相关角膜病变的转录组特征，揭示了角膜上皮细胞的基因表达变化	研究仅基于一例患者样本，结果可能不具有广泛代表性	阐明无虹膜相关角膜病变的分子机制	先天性无虹膜患者的角膜上皮细胞	digital pathology	aniridia-associated keratopathy	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	1例48岁女性先天性无虹膜患者的角膜上皮组织
130	2025-06-07	mNSF: multi-sample non-negative spatial factorization 2025-Jun-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03601-x PMID:40457480	research paper	提出了一种名为mNSF的多样本非负空间因子分解方法，用于分析多样本空间转录组数据	mNSF是一种无需对齐的框架，扩展了单样本空间因子分解方法，能够处理多样本数据集，并整合了样本特异性空间相关性建模	在空间对齐可行的情况下，mNSF的性能与基于对齐的方法相当，但在空间对齐不可行的情况下，mNSF的优势更为明显	开发一种能够分析多样本空间转录组数据的稳健方法	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	NA
131	2025-06-07	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-Jun-02, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法表征脊髓损伤中的肿胀性坏死（oncosis）过程，揭示了相关基因的表达动态和细胞定位	首次提供了脊髓损伤后肿胀性坏死基因调控的时空图谱，并确定了潜在的治疗靶点	研究主要基于大鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明肿胀性坏死在脊髓损伤中的作用机制	脊髓损伤后的肿胀性坏死相关基因	多组学分析	脊髓损伤	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, TEM	大鼠脊髓损伤模型	RNA测序数据, 显微镜图像	五个不同时间点的脊髓损伤样本
132	2025-06-07	SLC6A6-Mediated Taurine Uptake Sustains Corneal Epithelial Stem/Progenitor Cell Function to Counteract Age-Related Dysfunction 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.25 PMID:40478558	research paper	本研究探讨了SLC6A6介导的牛磺酸转运在维持角膜缘干细胞/祖细胞功能中的作用及其在年龄相关性角膜伤口愈合中的意义	揭示了SLC6A6驱动的牛磺酸摄取在维持角膜缘干细胞/祖细胞稳态中的关键作用，并提出了针对年龄相关性角膜疾病的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明SLC6A6介导的牛磺酸转运在角膜缘干细胞/祖细胞功能维持中的作用及其在年龄相关性角膜功能障碍中的意义	小鼠角膜缘干细胞/祖细胞（LSPCs）和TKE2细胞	细胞生物学	角膜疾病	LC-MS/MS, 单细胞RNA测序, qPCR, 免疫荧光	小鼠角膜伤口愈合模型	基因表达数据, 蛋白质数据	C57BL/6J小鼠和TKE2细胞
133	2025-06-07	Emerging technologies of single-cell multi-omics 2025-Jun-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282557 PMID:39911109	review	本文概述了单细胞多组学技术的原理、历史发展及不断扩展的工具集，旨在帮助研究者选择最适合其研究需求的平台	强调了单细胞多组学技术在揭示遗传克隆性和转录异质性方面的创新应用	未具体提及技术的局限性，但暗示了技术选择的复杂性	概述单细胞多组学技术的原理和发展，指导研究者选择合适的技术平台	造血系统的正常和恶性细胞	分子生物学	NA	单细胞多组学技术	NA	单细胞测序数据	NA
134	2025-06-07	scDMSC: Deep Multi-View Subspace Clustering for Single-Cell Multi-Omics Data 2025-Jun, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3532784 PMID:40031269	研究论文	提出了一种基于深度多视图子空间学习的无监督聚类算法scDMSC，用于单细胞多组学数据的聚类分析	通过加权重构协调组学数据的异质性，并利用深度子空间学习识别共享的潜在特征，阐明组学间的相关性	NA	解决单细胞多组学数据的高维度、稀疏性和异质性带来的聚类分析挑战	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学测序技术	深度多视图子空间学习	单细胞多组学数据	多个真实和模拟数据集
135	2025-06-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Jun, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	使用共识非负矩阵分解(cNMF)方法识别与淋巴结转移相关的基因表达程序，并发现ELF3作为驱动肿瘤侵袭和血管生成的关键基因	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌(PTC)的恶性细胞	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	共识非负矩阵分解(cNMF), 机器学习框架	RNA测序数据	未明确说明样本数量
136	2025-06-07	Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma 2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586 PMID:40412102	研究论文	该研究报道了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例，并进行了单细胞RNA测序分析	首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例	仅为一例病例报告，需要在前瞻性临床研究中进一步验证	评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效	EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	临床数据和单细胞测序数据	1例患者，治疗前后脑脊液样本
137	2025-06-07	Molecular Mechanisms of Intervertebral Disc Degeneration: Significance of SPARC Gene Expression 2025-Jun-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions IF:1.7Q4 PMID:40452200	研究论文	探讨SPARC基因在椎间盘退变中的作用，结合生物信息学分析和体外实验	发现SPARC基因在退变的髓核细胞中显著上调，并与COL2A1和ACAN表达变化相关	未提及样本量大小或实验设计的潜在局限性	探索椎间盘退变的分子机制，特别是SPARC基因的作用	椎间盘退变（IDD）中的髓核细胞	生物信息学	椎间盘退变	单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、免疫组化	NA	基因表达数据	NA
138	2025-06-07	CXCL10highTNFαhighKi67+ Microglia Recruit and Activate CD8+ T Cells in the Brainstem During Experimental Cerebral Malaria 2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70425 PMID:40457525	研究论文	本研究探讨了实验性脑疟疾(ECM)中小胶质细胞的异质性及其在招募和激活CD8+ T细胞中的作用	发现了一种独特的ECM相关小胶质细胞亚型CXCL10highTNFαhighKi67+，并揭示了其通过持续相互作用介导CD8+ T细胞招募和持续激活的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究小胶质细胞在实验性脑疟疾神经炎症发病机制中的作用	C57BL/6J小鼠、小胶质细胞、CD8+ T细胞	神经免疫学	脑疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、电子显微镜、transwell实验、粘附实验、细胞毒性测试	小鼠脑疟疾模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明小鼠数量，但使用了单细胞RNA测序等技术
139	2025-06-07	Single-cell and spatial transcriptome profiling identifies cellular heterogeneity and immunosuppressive tumor microenvironment in inflammatory breast cancer 2025-Jun-01, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.061 PMID:40460936	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析，揭示了炎症性乳腺癌（IBC）的细胞异质性和免疫抑制性肿瘤微环境	首次在单细胞和空间水平上分析IBC的免疫细胞群和信号通路，并发现CXCL13的表达与患者预后相关，同时筛选出具有免疫调节潜力的天然产物	研究样本量未明确说明，且体外和体内实验的转化效果需进一步验证	探究IBC的病理和分子基础，开发精准医疗策略	炎症性乳腺癌（IBC）和非IBC样本	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, qRT-PCR, 荧光染色, NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, 肿瘤-免疫细胞共培养实验	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
140	2025-06-07	Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654940 PMID:40475580	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病（T1D）自然病程中胰腺及胰腺引流淋巴结（pLN）的炎症反应	整合空间转录组学与单细胞RNA测序数据，揭示了T1D发病过程中胰腺和pLN的转录变化及潜在的炎症特征	样本来源有限，仅包括非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体	研究1型糖尿病发病机制中的炎症反应	胰腺和胰腺引流淋巴结（pLN）组织	空间转录组学	1型糖尿病	空间转录组学（ST），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体的胰腺及pLN样本